四川麻咪泽自然保护区四川山鹧鸪繁殖期对栖息地的利用

四川山鹧鸪Arborophila rufipectus属鸡形目雉科山鹧鸪属,是我国特产珍稀鸟类,国家Ⅰ级重点保护动物,世界自然保护联盟濒危物种。2014年4—5月,在四川麻咪泽自然保护区对四川山鹧鸪及其栖息地进行了野外调查。结果表明,四川山鹧鸪分布在海拔1700~2550 m,主要分布在2100~2300 m;其栖息生境主要为天然阔叶林,尤喜原始林;利用的坡度集中在20°~40°;偏好乔木数量多、高大和郁闭度大的森林生境;其中乔木均高是影响四川山鹧鸪栖息地利用的主要因子。保护四川山鹧鸪偏好的天然阔叶林,减少栖息地的人类干扰,是保护四川山鹧鸪这一濒危物种的首要措施。     

四川山鹧鸪的分布及生境选择

研究了四川山鹧鸪(Arborophila rufipectus)的分布区域和栖息地的生境,认为四川山鹧鸪的分布范围比已知的要大,但其实际分布区呈明显的岛屿状,显示出生境的破碎化;指出四川山鹧鸪的适宜生境是原始的常绿阔叶林、针阔混交林和具有较大常绿落叶阔叶乔木树种盖度的多年生次生林,亦可选择部分人工林,而对地表灌丛密度大的次生幼林以及人工幼林生境不喜好。由于天然林的禁伐和生态林的管护,四川山鹧鸪的栖息地趋于稳定并有所扩大。但四川山鹧鸪仍然处于濒危状态。     

老君山自然保护区四川山鹧鸪繁殖巢址记述

四川山鹧鸪(Arborophila rufipectus)是中国特产珍稀鸟类,国家Ⅰ级重点保护动物,被列为全球濒危物种。四川山鹧鸪分布范围极其狭窄,仅存于四川南部及云南东北部海拔1000～2200m处的低山亚热带阔叶林中。四川山鹧鸪繁殖资料仅在20世纪90年代有过2例记录(李桂垣,1992),之后未见报     

再谈四川山鹧鸪的模式产地

四川山鹧鸪 Arborophila rufipectus 系由R.Boulton于1932年依据F.T.Smith'.在原两康省某地"Ta Cho.Fu"采获的单独一号雄性标本而定名.中国鸟类学家以往多认为该种的模式标本产地为今四川甘洛县的大桥乡.通过对大桥乡所在地理坐标的实测,并使用Google Earth对该地区进行查检,作者曾提出"Ta Cho Fu"当在今四川汉源县境内,并指出对该地点具体位置的订正和重新定位,使四川山鹧鸪的总分布区域北推了至少100 km范匍.尽管'"Fraylor(1967)曾对"Ta Cho Fu"这一地点给出过一个差异颇大的地理坐标,作者通过进一步研究和对相关史料的分析,认为F.T.Smith当年采得四川山鹧鸪的地点仍应当是在四川汉源县境内.     

四川山鹧鸪冬季栖息地特征

四川山鹧鸪(Arborophila rufipectus)是我国西南山地特有的珍稀濒危鸟类,迄今对其越冬栖息地的了解甚少。2013年1月和2014年1—2月,在四川老君山国家级自然保护区对其冬季栖息地特征进行了研究。野外共测定了48个利用样方和30个对照样方的特征参数。结果表明:四川山鹧鸪偏好选择海拔较低、坡度平缓、乔木盖度较小、竹子较矮、草本低矮稀疏、1.0 m层盖度较大、4.0~5.0 m层盖度较小、距小路和林缘较近的栖息地。此外,四川山鹧鸪还倾向于选择在距水源较近及地表落叶丰富的栖息地活动。安全与食物条件可能是影响四川山鹧鸪冬季栖息地选择的关键因素。     

四川老君山国家级自然保护区四川山鹧鸪繁殖期的生境利用及其变化研究

基于2006年4月—2018年6月四川老君山国家级自然保护区四川山鹧鸪Arborophila rufipectus固定样点监测数据,对四川山鹧鸪栖息地利用及变化进行了分析,结果显示:(1)不同年间四川山鹧鸪对样点的利用率存在差异,2006—2012年对样点的利用频次呈现下降趋势,2012年后呈现上升趋势;(2)利用样点的平均海拔为1 580 m±183 m,年间差异不大,总体保持稳定;(3)对人工林的利用频次最低,2006—2012年对原始林和次生林的利用偏好不明显,2012年之后对原始林的利用率大于次生林;(4)高频利用的生境具有海拔较高、坡度较小、灌丛盖度和竹丛盖度较大、且为原始林的特点。高海拔区域的原始林是保护区需要重点加强保护的区域;加强对低海拔区域人类活动的管控,促进次生林恢复,同时加强对人工林的改造,促进人工林林下灌丛和竹丛生长,将有利于保护区内四川山鹧鸪的栖息与繁衍。     

基于454 GS FLX高通量测序的四川山鹧鸪基因组微卫星特征分析

为了有效地保护四川山鹧鸪Arborophila rufipectus这一中国特有珍稀濒危鸟类,本研究采用454 GS FLX对该物种基因组测序,首次利用微卫星搜索软件搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共搜索到l~6个碱基重复类型的完美型微卫星335 263个。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,为197 913个,约占总数的59.03%,其次是四碱基、三碱基、六碱基、二碱基和五碱基,分别约占微卫星总数的13.59%、8.39%、7.55%、6.49%和4.95%。单碱基微卫星中A重复类型数量最多,两碱基中AC最多,三碱基中AAC,四碱基中AAAC最多,五碱基中AAACA最多,六碱基中AGGGTT最多。A、AGGGTT、AAAC、AC、AAAT、AAC、C、AG、AAAG、AAACA、AAT、AGG、AT、AGC、AAGG、CCG是在所搜索到的四川山鹧鸪微卫星中数量最多的16种重复拷贝类型。本研究深化了对四川山鹧鸪基因组的认识和了解,并为以后开发和筛选大量高质量微卫星标记提供数据支持,也为利用微卫星标记研究更加有效地保护和管理四川山鹧鸪这一珍稀濒危动物奠定了基础。     

对四川山鹧鸪模式产地的再认识

四川山鹧鸪Arborophila rufipectus系由R.Boulton于1932年依据F.T.Smith在原西康省某地"Ta Cho Fu"采获的单独一号雄性标本而定名,中国鸟类学家以往多认为该种的模式标本产地为今四川甘洛县的大桥乡。通过对大桥乡所在地理坐标的实测,并使用GoogleEarth对该地区进行查检,作者提出"Ta Cho Fu"当在今四川汉源县境内,对该地点具体位置的订正和重新定位,使四川山鹧鸪的总分布区域北推了至少100km范围。     

老君山自然保护区四川山鹧鸪非繁殖期对栖息地的利用

四川山鹧鸪（Arborophila rufipectus）是中国西南山地特产珍稀鸟类，由于亚热带阔叶林破碎化，其种群数量显著下降。2005年11—12月在老君山自然保护区，共记录四川山鹧鸪非繁殖期栖息地20个。以其新鲜粪便为中心设一个10 m×10 m大样方和4个1 m×1 m的小样方，测量每个样方中与栖息地利用有关的12个生境因子(海拔、坡向、坡度、乔木层盖度、灌木高、灌木密度、灌木层盖度、竹盖度、竹密度、雪盖度、林缘距离和道路距离)；并在距栖息地100 m处任意设对照样方1—2个，共获取30个对照样方，测量相同的生境因子。结果表明，四川山鹧鸪非繁殖期以靠近林间小道和森林边缘的次生落叶阔叶林为栖息地，主要利用海拔高度为1 000—1 600 m，坡度为2—15°的南坡；其偏爱的栖息地竹盖度、竹密度和雪盖度明显小于对照样方，而灌木盖度明显大于对照样方。对栖息地变量进一步分析表明，影响四川山鹧鸪栖息地利用的主要因子依次为地面层食物因子、地型因子、隐蔽因子、温度因子等，其中食物条件的贡献率为29.407%。四川山鹧鸪在利用栖息地时可能面对食物资源与天敌风险的权衡。因此，为了更好地保护四川山鹧鸪栖息地，应重视阔叶林的保护和恢复。     

老君山自然保护区四川山鹧鸪非繁殖期对栖息地的利用(英文)

四川山鹧鸪(Arborophila rufipectus)是中国西南山地特产珍稀鸟类,由于亚热带阔叶林破碎化,其种群数量显著下降。2005年11—12月在老君山自然保护区,共记录四川山鹧鸪非繁殖期栖息地20个。以其新鲜粪便为中心设一个10m×10m大样方和4个1m×1m的小样方,测量每个样方中与栖息地利用有关的12个生境因子(海拔、坡向、坡度、乔木层盖度、灌木高、灌木密度、灌木层盖度、竹盖度、竹密度、雪盖度、林缘距离和道路距离);并在距栖息地100m处任意设对照样方1—2个,共获取30个对照样方,测量相同的生境因子。结果表明,四川山鹧鸪非繁殖期以靠近林间小道和森林边缘的次生落叶阔叶林为栖息地,主要利用海拔高度为1000—1600m,坡度为2—15°的南坡;其偏爱的栖息地竹盖度、竹密度和雪盖度明显小于对照样方,而灌木盖度明显大于对照样方。对栖息地变量进一步分析表明,影响四川山鹧鸪栖息地利用的主要因子依次为地面层食物因子、地型因子、隐蔽因子、温度因子等,其中食物条件的贡献率为29.407%。四川山鹧鸪在利用栖息地时可能面对食物资源与天敌风险的权衡。因此,为了更好地保护四川山鹧鸪栖息地,应重视阔叶林的保护和恢复。     

绿色杜氏藻转录组分析

为了深入了解绿色杜氏藻(Dunaliella viridis)基因信息及功能、耐盐相关通路(甘油脂代谢)及关键酶,本文首次通过Illumina HiSeq^TM 2000高通量测序技术对绿色杜氏藻转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行COG(Clusters of Orthologous Groups)、GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类和功能注释、Pathway注释以及蛋白编码区(Opening reading fragment,ORF)的预测,并对甘油脂代谢通路关键酶基因进行了分析。转录组测序共获得81 593个转录本,其中ORF共有77 117条,约占所有转录本的94.50%。COG分类结果表明,16 569条转录本被分为24个类别。GO分类结果表明,76 436条转录本被注释。在所有注释分类中,生物学过程转录本数量最多,为30 678条,占总转录本数的40.14%。KEGG分析结果表明,317个标准途径中包含26 428条转录本,含转录本最多的类别是代谢,为9949条(37.65%)。与代谢有关的途径为131条,占所有注释途径的41.32%。在甘油脂代谢通路中仅发现1条关键酶转录本(二羟丙酮激酶),该酶可能与绿色杜氏藻耐盐胁迫中甘油的合成有较大关系。本研究进一步完善了绿色杜氏藻的基因信息,为绿色杜氏藻代谢途径研究奠定了坚实的基础。     

基于高通量测序的阿尔泰蝠蛾(鳞翅目:蝙蝠蛾科)幼虫转录组分析

本研究采用Illumina HiSeq TM 2500测序平台对阿尔泰蝠蛾Hepialus altaicola Wang幼虫进行转录组测序及生物信息学分析.经序列拼接后共获得100133个Unigenes,总长度86319112 bp,平均长度862 bp,N50长度1628 bp.将Unigenes与NR、COG/KOG、Pfam、Swiss-Prot、GO、KEGG数据库比对,共获得38198条Unigenes,其中Nr数据库注释的Unigenes最多,为32381条,占32.34％.通过GO功能分类,共有13216个Unigenes在GO数据库中细胞组分、分子功能和生物学过程等3大类57个分支中找到注释;KEGG通路分析,共有15058条Unigenes被注释,归属于305条代谢通路.CDS预测发现54002条序列可被编码,占全部基因的53.93％.基因注释进一步获得311个与冷适应相关的代谢调节基因,并用FPKM值对基因表达量进行评估.本研究获得的转录组信息及分析结果,为进一步研究阿尔泰蝠蛾的基因功能及低温生态适应性奠定分子基础.     

解淀粉芽孢杆菌生防菌BS-3全基因组测序及生物信息分析

【背景】解淀粉芽孢杆菌BS-3是从健康橡胶树树根中分离获得的一株对真菌具有较强抗菌活性的内生细菌,有作为生物农药的潜力。【目的】解析菌株BS-3的基因组序列信息,以深入研究该菌株防病促生机制及挖掘次级代谢产物基因资源。【方法】采用第二代BGISEQ与第三代Pac Bio平台相结合的测序技术,对生防菌BS-3进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、共线性分析及次级代谢产物合成基因簇预测等。【结果】BS-3全基因组大小为3 870 130 bp,平均GC含量为46.88%,共编码4 161个基因;含有92个t RNA基因、28个r RNA、10个sRNA;含有122个串联重复序列、98个小卫星DNA、2个微卫星。在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库分别注释到基因2 875、2 620、1 885、4 040和3 328个。同时,预测到BS-3中有10个次级代谢产物合成基因簇,编码表面活性素、丰原素、多烯类、儿茶酚型嗜铁素等抑菌物质。基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号为CP060384。【结论】为基因组层面上解析菌株BS-3具有良好防病效果的内在原因提供基础数据,为深入了解解淀粉芽孢杆菌次级代谢合成途径提供参考信息,对菌株BS-3后续相关研究具有重要意义。     

花椒窄吉丁转录组及化学感受相关基因的分析

【目的】建立花椒窄吉丁 Agrilus zanthoxylumi 转录组数据库,挖掘其基因组数据。【方法】采用高通量测序平台Illumina NovaSeq6000对花椒窄吉丁成虫不同组织(触角、头、胸、腹、足、翅)进行转录组测序、序列组装,使用BLAST软件将花椒窄吉丁unigenes序列与公共数据库进行比对,BLAST同源性搜索的方法从中筛选出与其化学感受相关的基因,并与其他已研究发表的鞘翅目昆虫化学感受相关基因的核酸序列比对,进行系统发育分析。利用RPKM值对这些基因在花椒窄吉丁成虫不同组织中的表达量进行分析。【结果】经测序及序列拼接后共得到80 320条unigenes和 169 398 条contigs,其G+C比例分别是37.63%和39.18%,平均长度分别为828.75和1 084.33 bp;unigenes长度主要分布在200~400 bp的共有37 374条,占全部unigenes的46.53%。在NR数据库中注释的与花椒窄吉丁转录组相似基因所属物种分布为赤拟谷盗 Tribolium castaneum 所占比例26.80%,其后依次是小家鼠 Mus musculus (13.87%),蛀犀金龟 Oryctes borbonicus (5.26%),山松甲虫 Dendroctonus ponderosae (4.10%),黑蚁 Lasius niger (2.36%),其他物种所占比例是47.61%。在GO数据库中比对到27 488个unigenes,可分为分子功能、细胞组分和生物学进程三大类共59个过程;利用KOG数据库功能注释分为25类,注释到unigenes 最多功能类别的是普通功能,共 4 666个,最少的是与细胞移动相关,共40个;将80 320个unigenes映射到KEGG数据库中,21 104条unigens注释到代谢通路35个,占26.27%,注释最多的代谢途径是转录途径,共涉及到2 037条unigenes。从NR数据库中共注释到8个气味受体(odorant receptor, OR)基因、7个离子型受体(ionotropic receptor, IR)基因和6个味觉受体(gustatory receptor, GR)基因,各组织中的基因表达量分析发现,这3类化学感受相关基因在成虫触角中的表达量显著高于其他组织中的表达量,雌、雄触角中表达量差异最显著的为 AzanOR 1,而在雌、雄成虫足中这3类化学感受相关基因表达量没有差异。【结论】本研究首次获得了花椒窄吉丁转录组数据,为进一步研究花椒窄吉丁的基因功能奠定了分子基础。     

樟树5种化学类型叶片转录组分析

樟树(Cinnamomum camphora )是樟科植物的一个代表种, 具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设等多种用途。叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合物。依据叶精油中主要成分的种类和含量, 可将樟树划分为脑樟、芳樟、油樟、异樟、龙脑樟5种化学类型。文章采用Illumina HiSeq™ 2000高通量测序技术, 对5种化学类型叶片转录组进行测序, 对测序得到的所有Unigene进行GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类, 给出功能注释和Pathway注释, 并预测Unigene蛋白编码区(Coding sequence, CDS)。De novo组装共获得156 278个Unigene, 序列平均长度584 bp, N50(覆盖50%所有核苷酸的最大Unigene长度)为1 023 bp。通过与其他核酸、蛋白数据库的Blast搜索比对, 共有55 955条Unigene获得了基因注释, 占所有Unigene的35.80%。其中, 有24 717条Unigene得到GO注释, 有21 806条Unigene得到COG注释。KEGG pathways分析结果表明, 共有3 350条基因(10.19%)注释到次生代谢生物合成途径, 其中参与单萜、二萜、倍半萜和萜类骨架合成的Unigene有424个。在单萜合成的代谢通路中, 有9条Unigene可能编码芳樟醇合成酶基因, 且表达分析结果显示, 芳樟醇合成酶基因在芳樟化学类型中优势表达, 在油樟化学类型中表达水平较低。这些注释信息的完成为樟树功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据。     

基于RNA-seq的能源植物芒转录组分析

芒(Miscanthus sinensis Anderss)是多年生C4草本植物,可为能量和纤维素产品生产提供高品质的木质纤维素材料,是一种理想的能源植物。采用Illumina Hi Seq?2000高通量测序技术,对芒花芽和叶芽进行转录组分析。经拼接组装共获得98 326个Unigene,序列平均长度822 bp,N50为1 337 bp。将Unigene序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和COG数据库进行比对(Evalue1e-5),共有74 134条Unigene获得了基因注释,占总Unigene的75.40%。其中,通过GO功能分类,45 507个Unigene映射到GO不同的功能节点上;通过KEGG pathways分析,共有36 710个Unigene参与了128个代谢通路;比对到同源序列比例最高的物种分别为高粱(37 731,60.86%)、玉米(16 258,26.22%)、水稻(3 065,4.94%),共占所有同源序列的92.02%。此外,获得了芒C4关键酶相关基因24个。这些注释信息的完成为芒功能基因及相关候选基因的发掘提供了重要依据。     

基于高通量测序的极小种群野生植物长梗杜鹃转录组分析

为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina HiSeq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 092个Unigenes,平均长度、N₅₀、Q₂₀、Q₃₀以及GC含量分别为938 nt、1 616 nt、98.22%、95.20%和43.24%,其中1 Kb以上的Unigenes有23 879条。通过与七大功能数据库比对,分别有39 876（NR：53.82%）、38 065（NT：51.38%）、27 384（Swissprot：36.96%）、16 099（COG：21.73%）、30 401（KEGG：41.03%）、17 518（GO：23.64%）以及29 676（Interpro：40.05%）条Unigenes获得功能注释。长梗杜鹃转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类,其中执行生物学过程的基因最多,占41.53%;与COG数据库比对,根据其功能大致可分为25类;以KEGG数据库为参考,可归为6个代谢通路大类、32类代谢途径,并发掘出176条与人类疾病相关的Unigenes,包括内分泌及代谢疾病（167条）和抗药性（9条）。根据注释结果共检测出39 418个CDS,未注释上的Unigenes使用ESTScan预测后获得3 194个CDS。同时,预出到1 488个编码TF的Unigenes,以及检测到57 927个SNP多态位点。该转录组分析为今后长梗杜鹃乃至杜鹃属植物功能基因挖掘与利用、基因克隆、抗性机理分析、遗传资源分类和进化、分子标记开发以及分子辅助育种等研究提供了基础数据和重要参考。