猪水泡病病毒HK′1／70株基因组全长cDNA的构建及其序列测定

从实验感染猪水泡病病毒(SVDV)的乳鼠组织中提取RNA,利用长距离的RACE技术,扩增出覆盖SVDVHK′1/70株全基因组的2个忠实性的cDNA重叠片段(3′PCR片段和5′PCR片段),分别克隆进pGEM-T Easy载体。利用AatⅡ和BssHⅡ酶切含5′PCR片段的重组质粒,回收目的片段,定向克隆于含3′PCR片段的重组质粒,构建出了SVDV HK′1/70株全长cDNA重组质粒,然后进行序列测定。结果表明,HK′1/70株基因组全基因组序列长7 401 nt(poly A除外),其中5′NCR长743 nt,该毒株蛋白编码区的核苷酸序列为6 558 nt,编码一个长2 185个氨基酸的聚合蛋白,3′NCR长102 nt,其后是至少含有74个A碱基的poly A尾。在HK′1/70株全长cDNA序列的5′端引入了T7启动子序列,在poly A3′端引入了Psp1406Ⅰ识别序列。通过序列同源性和进化树分析,结果表明,HK′1/70属于第Ⅱ抗原遗传群,SVDV与CB5的遗传关系最近,且位于CB5遗传进化树的分支上。HK′1/70株全长cDNA的序列测定及构建,为拯救SVDV和在分子水平进一步深入研究SVDV打下坚实的基础。     

FMDV OH99株基因组全序列的测定及其基因特征研究

采用RT-PCR方法对FMDV OH99株基因组全序列进行了分子克隆与测序.结果表明OH99株基因组全基因组序列长8040nt,其中5'NCR长1026nt,前导蛋白(L)编码区长603nt.该毒株结构蛋白与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6318nt,3'NCR长93nt,其后是poly(A)尾巴,测序结果表明该结构至少含有56个A.应用分子生物学软件,将OH99株与其它参考毒株进行了序列比较,并对其基因特征、推导的氨基酸序列进行了研究分析.结果显示,在分类地位上OH99株归属于O型FMDV,与OTY TW/97具有较高的同源性,而与其他参考毒株的差异性比较大,而且在基因组功能未知区域和3A编码区域具有两处明显的基因片段缺失现象,其中3A编码区缺失30nt,与OTY TW/97株相同,但功能未知区域的缺失状况与OTY TW/97稍有差异.根据VP1基因序列,对OH99株与参考毒株进行了系统发生树分析,分析结果表明OH99株与OTY TW/97株在同一基因型内,其遗传关系最近,而与其毒株遗传关系较远.     

小反刍兽疫病毒基因组全长cDNA的构建及其序列的测定

根据小反刍兽疫Nigeria75/1株全基因组序列设计并合成PPRV特异引物,进而应用RT-PCR技术分5段扩增了PPRV全基因组cDNA。将扩增的各个cDNA重叠片段JF1、JF2、JF3、JF4和JF5分别克隆到载体上,建立了PPRV的初级cDNA克隆。在扩增5′末端时,引入AscI酶切位点和T7启动子序列;在基因组3′末段引入PacI酶切位点,后者供cDNA模板的线性化之用。将扩增片段再依次连接,最后亚克隆到质粒pok12中,获得了PPRV全长基因组cDNA克隆pok12-PPRV。通过序列同源性和进化树分析,结果表明,Nigeria75/1与MV和RPV的遗传关系最近。Nigeria75/1株全长cDNA的序列测定及构建,为拯救PPRV和在分子水平进一步深入研究PPRV打下坚实的基础。     

人呼吸道合胞病毒兰州株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定

目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSV Long株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSV LZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入Kpn I、Xma I和Sal I酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的p RSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSV LZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSV LZ 01/09的基因组全长为15 204 bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体p BSKS-MCS(简称p RSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体p RSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSV LZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。     

FMDV OH99株基因组全序列的测定及其基因特征研究

采用RT-PCR方法对FMDV OH99株基因组全序列进行了分子克隆与测序。结果表明OH99株基因组全基因组序列长8040nt,其中5’NCR长1026nt,前导蛋白(L)编码区长603nt。该毒株结构蛋白与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6318nt,3’NCR长93nt,其后是poly(A)尾巴,测序结果表明该结构至少含有56个A。应用分子生物学软件,将OH99株与其它参考毒株进行了序列比较,并对其基因特征、推导的氨基酸序列进行了研究分析。结果显示,在分类地位上OH99株归属于O型FMDV,与OTY TW／97具有较高的同源性,而与其他参考毒株的差异性比较大,而且在基因组功能未知区域和3A编码区域具有两处明显的基因片段缺失现象,其中3A编码区缺失30nt,与OTY TW/97株相同,但功能未知区域的缺失状况与OTY TW／97稍有差异。根据VP1基因序列,对OH99株与参考毒株进行了系统发生树分析,分析结果表明OH99株与0TY TW／97株在同一基因型内,其遗传关系最近,而与其毒株遗传关系较远。     

Asia1型口蹄疫病毒第V群猪源和牛源毒株全基因组比较分析

为了查明Asia1型FMDV第Ⅴ群猪源和牛源毒株的序列差异, 采用RT-PCR方法, 对Asia1型FMDV第Ⅴ群猪源分离毒株Asia1/HN/06的基因组全序列进行了扩增和测序, 并与第Ⅴ群牛源和猪源参考毒株基因组进行比较分析。结果表明, Asia1/HN/06毒株全基因组序列长约8236 nt [含38个A的poly(A)尾], 其中5'NCR长1116 nt, 前导蛋白(L)编码区长603 nt, 结构蛋白与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6990 nt, 3'NCR长93 nt, 3￠端是至少含有38个A的poly(A)尾巴。猪源毒株和牛源毒株的全基因比较分析表明, 属于第Ⅴ群, 全基因编码区核苷酸和氨基酸的同源性均为98.0%, 主要差别是猪源毒株Asia1/HN/06在细胞受体结合位点变为RDD和155位置的N变为S或D, 该群毒株3A更具有猪源毒株特征, 有4个特异性氨基酸变异。明确了Asia1型FMDV第Ⅴ群猪源和牛源毒株的序列差异, 为进一步利用反向遗传技术研究猪源和牛源毒株差异位点或基因在病毒表型变异中的作用奠定基础。     

狂犬病病毒CVS-11株全序列测定及其感染性克隆的构建

[目的]测定狂犬病病毒标准攻击毒CVS-11株全基因组序列,构建CVS-11株全长cDNA感染性克隆.[方法]RT-PCR扩增CVS-11株全基因组得到有重叠的12个片段,分别克隆至平端载体pEASY-Blunt,测定CVS-11株全基因组核苷酸序列.用软件DNAMAN分析CVS-11全序列单一性酶切位点,设计引物,分4段扩增CVS-11全基因组,扩增产物经多步酶切、连接逐步插入至真核表达载体pcDNA3.1,获得全长质粒pcDNA3.1-CVS-11.pcDNA3.1-CVS-11与其辅助质粒pcDNA3.1-N、P、L、G共转染NA细胞,经免疫荧光染色、RT-PCR鉴定,拯救得到重组病毒rCVS-11.[结果]CVS-11全基因组序列由11 927个核苷酸组成,编码5个结构蛋白,结构基因排列同已知的其他狂犬病病毒一致.成功构建了CVS-11全长cDNA重组质粒pcDNA3.1-CVS-11和其辅助质粒pcDNA3.1-N、P、L和G.经共转染,成功拯救了重组病毒rCVS-11.[结论]CVS-11株感染性克隆的构建为从分子水平上进一步研究狂犬病病毒奠定了基础.     

狂犬病毒街毒株全长基因cDNA克隆的构建及鉴定

利用分子克隆的方法,将狂犬病毒街毒株的全基因组分为4个片段按照它们基因组上的顺序克隆到真核表达载体pVAX1上,并将G-L间隔区的非编码区替换为表达绿色荧光蛋白(GFP)的核苷酸,构建出表达绿色荧光蛋白(GFP)的重组狂犬病毒HN10株全长基因组cDNA真核表达质粒,同时,在全长cDNA的两侧嵌入锤头状核酶(HamRz)和丁型肝炎病毒核酶(HdvRz)的序列,并置于CMV启动子的控制下,为下一步拯救出该嵌合病毒提供了可直接使用的全长cDNA真核表达质粒。     

中国柯萨奇病毒B5的全基因组测序及其序列分析

本文对我国首株与手足口病相关的柯萨奇病毒B5(01/CVB5/SD/CHN/09,CVB5/09)进行了基因组测序并与现有的相关序列进行了比较和进化分析。CVB5/09基因组长7399nt,共编码氨基酸2185aa,与现有的CVB5基因组核酸序列相似性在80.6%～85.3%之间,氨基酸序列相似性在96.1%～96.9%。进化分析发现,利用不同的基因组片段P1、P2和P3区构建的进化树中,CVB5/09分别处在不同的进化分支上,不同基因组片段有着不同的进化速率。Simplot相似性分析没有发现基因组有明显的重组发生。本文完成了我国第1株柯萨奇病毒B5全基因组序列的测定,通过与其它相关病毒的比较分析深入了解其遗传特征,以期为手足口病的流行病学调查和预防控制提供有价值的信息。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒S1株基因组序列测定和分析

应用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV上海分离株S1毒株的4条基因大片段,扩增后的产物分别克隆于pCR-XL-TOPO载体鉴定后测序,同时应用RACE方法对S1毒株的3'和5'基因末端进行了成功的扩增并克隆于pMD-18T载体进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSV S1株全基因组cDNA序列.测序结果表明PRRSV S1株基因组全长15441 bp,包含9个开放式阅读框,5'UTR含有189nt,3'端UTR含有181nt,其中包含30nt Poly (A).基因组序列分析结果显示该病毒与ATCC VR-2332和BJ-4分离株的核苷酸同源性分别99.5%和99.6%.与另一国内分离株CH-1a的核苷酸同源性为90.8%.     

Investigation of the mechanism of temperature sensitivity of the electroreceptors of ampullae of lorenzini

In experiments on Black Sea skates (Raja clavata), the potential of the receptor epithelium of the ampullae of Lorenzini and spike activity of single nerve fibers connected to them were investigated during electrical and temperature stimulation. Usually the potential within the canal was between 0 and –2 mV, and the input resistance of the ampulla 250–400 k. Heating of the region of the receptor epithelium was accompanied by a negative wave of potential, an increase in input resistance, and inhibition of spike activity. With worsening of the animal's condition the transepithelial potential became positive (up to +10 mV) but the input resistance of the ampulla during stimulation with a positive current was nonlinear in some cases: a regenerative spike of positive polarity appeared in the channel. During heating, the spike response was sometimes reversed in sign. It is suggested that fluctuations of the transepithelial potential and spike responses to temperature stimulation reflect changes in the potential difference on the basal membrane of the receptor cells, which is described by a relationship of the Nernst's or Goldman's equation type.I. P. Pavlov Institute of Physiology, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. I. M. Sechenov, Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. Pacific Institute of Oceanology, Far Eastern Scientific Center, Academy of Sciences of the USSR, Vladivostok. Translated from Neirofiziologiya, Vol. 12, No. 1, pp. 67–74, January–February, 1980.