单核苷酸多态性的研究技术

本文在对人类基因组单核苷酸多态性(SNP)的概念做简要说明的基础上,系统地介绍14种检测分析SNP的技术和方法的原理、操作要点及其优缺点。 Abstract:Based on summarizing the single nucleotide polymorphisms (SNP) of human genome,14 methods for detection were reviewed in detail,including the principle,operational point,the advantages and the disadvantages of each method.     

单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP（eSNP）等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少,其结果使连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）增加,这有利于目的基因座上SNP单元型（haplotype）与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合、分子标记辅助育种和功能基因组学等领域展示了广泛的应用价值。 Abstract:Single nucleotide polymorphism(SNP) is the most common type of sequence difference between alleles,which can be used as a kind of high-throughput genetic marker.Several different routes have been developed to discover and identify SNP.These include the direct sequencing of PCR amplicons,electronic SNP(eSNP) and so on.SNP assays have been made in many crop species such as maize and soybean.The elite germplasm of some crops have been narrowed in genetic diversity,increasing the amount of linkage disequilibrium(LD) present and facilitating the association of SNP haplotypes at candidate gene loci with phenotypes.SNP analysis has been broadly used in the field of plant gene mapping,integration of genetic and physical maps,DNA marker-assisted breeding and functional genomics.     

单核苷酸多态性检测技术的研究进展

单核苷酸多态性是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的一种DNA序列多态性。因其具有密度高,遗传稳定,易于进行自动化、规模化分析等优势它已成为第三代分子标记,因此其检测技术也在近几年得到了快速的发展。将对未知单核苷酸突变位点的检测方法和已知单核苷酸突变位点的检测方法这两部分的研究进展作一综述。     

单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）的研究已成为人类后基因组时代的主要内容之一。因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。文章系统地介绍了最新发展的几种SNP检测技术的原理和检测平台,详细阐述了等位基因特异性杂交、内切酶酶切技术、引物延伸法、寡核苷酸连接反应等SNP检测原理,以及平板读数仪、基因芯片、微球阵列技术和质谱仪等检测平台,并对SNP高通量检测技术的发展进行了展望。     

单核苷酸多态性检测方法研究进展

：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的一种DNA序列多态性。SNP作为第三代分子标记,具有数量多、分布广等特点,已成为人类后基因组时代的主要研究内容之一。单核苷酸多态性在医学研究、临床诊断、药物开发与合理用药、法医学、遗传学的发展方面具有重要意义。因此,建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。各种SNP分型检测方法都由等位基因特异性的识别反应和等住基因识别产物的分析检测两个部分组成。本文系统的介绍了引物延伸反应、序列杂交反应、酶连接反应、酶切割反应、核酸链构象差异反应等SNP检测的等位基因特异性的识别原理,以及质谱、荧光共振和偏振信号、化学发光、毛细管电泳测序、生物传感器等分析检测手段,并简要介绍了相关识别原理和分析检测手段的优缺点及应用范围,并对SNP检测技术的发展进行了展望。     

人类基因组中单核苷酸多态性的检测技术

随着人类基因组测序工作的完成,单核苷酸多态性作为继限制性片段长度多态性和微卫星多态性这2种遗传标记之后的第3代遗传标记,已成为人类后基因组时代的主要研究内容之一。系统地介绍了人类基因组中单核苷酸多态性的传统检测方法、新的方法以及基于生物信息学的方法,并对SNP检测技术的发展进行了展望。     

MALDI-TOF质谱法检测单核苷酸多态性

随着基因数据的增加 ,使全面深入了解个体和群体间基因组的变异或多态性已成为可能。单核苷酸多态性 (ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ,ＳＮＰ)指ＤＮＡ序列中单个核苷酸的变异引起的多态 ,它占已知多态性的80 %。据估计 ,人类基因组中每 1 0 0 0个核苷酸就有一个ＳＮＰ ,人类 30亿碱基中共有 30 0万以上的ＳＮＰ ,其中约有 2 0万存在于编码区 ,称作ｃＳＮＰ(ｃｏｄｉｎｇＳＮＰ)。ＳＮＰ研究具有重要意义 :第一 ,存在于蛋白质编码区的ｃＳＮＰ可能与人类遗传疾病有关 ,对这些ＳＮＰ等位基因的检测有助于找到致…     

猪Mu阿片受体基因单核苷酸多态性分析

Mu阿片受体（简称MOR）属于G蛋白藕联受体,分布在痛觉传导区,以及与情绪和行为有关的区域,影响动物的神经反应和行为表现。该研究以长白猪、大白猪和杜洛克猪为试验材料, 用8对引物对Mu阿片受体基因的5′ UTR区域、整个编码区和3′ UTR区域用PCR-SSCP方法进行了扫描,发现5处突变基因座（GenBank登录号：AF521309）。统计结果发现基因型频率分布与品种有关,大白猪突变基因型频率显著高于长白和杜洛克,本研究推测分布上的差异可能是由于长期的选择压力造成的。 Abstract:Mu opioid receptor (MOR) is a member of G protein-coupled receptor family,distributed in the pain transduction region in the brain and related to emotion and behaviour.This study was designed to investigate the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) of Mu opioid receptor gene in various breeds,including duroc,landrace and Yorkshire.5′ UTR ( untranslate region),coding region and 3′ UTR of Mu opioid receptor gene were amplified by eight pairs of primers,and the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) were detected by SSCP.Five polymorphisms were found (Genebank Accession number:AF521309).The results of χ2 test showed that the frequencies of genotypes in different breeds were significantly different (P＜0.01).The frequencies of mutation genotypes in Yorkshire were significantly higher than Duroc and Landrace.According to the above results,we can speculate the difference of the frequencies of genotypes may be the results of long term choice pressure.     

微测序技术分析人类单核苷酸多态性

单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism)是指染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性 ,即一种二等位基因标记。目前推断在基因组中至少有 30万个SNP[1 ] 。随着分子遗传学的发展 ,疾病研究从对单基因疾病的研究转向探讨多基因疾病 (如心血管疾病、神经系统疾病、各种肿瘤等 )的相关因素。因此 ,需要在人类基因组中找到一种数目众多、分布广泛且相对稳定的遗传标记 ,单核苷酸多态性正代表了这样一种标记。因此SNPs已成为继第一代限制性片段多态性标记 ,第二代微卫星多态性标记后具有重要研究价值的第三代基因遗传…     

单核苷酸多态性的检测及其在医药领域的应用

单核苷酸多态性 (ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙ ｍｏｒｐｈｉｓｍ ,ＳＮＰ)是人类基因组作图的第三代多态性标记 ,它是指ＤＮＡ序列中单个核苷酸的差异 ,与限制性片段长度多态 (ＲＦＬＰ)、短串联重复序列 (ＳＴＲ)相比 ,ＳＮＰ更丰富地存在于基因组中 ,据估计在人类基因组中每千个核苷酸就有一个以上的ＳＮＰ ,其中有 2 0万存在于编码区 ,称作ｃＳＮＰ(ｃｏｄｉｎｇＳＮＰ) [1] 。而ＳＮＰ之所以引起几乎整个生命科学领域的重视 ,不仅因为它是一种理想的做图标记 ,更在于它可以成为研究基因组多态性和识别、定位疾病相关基因…     

利用动态等位基因特异性杂交技术进行单核苷酸多态高通量分型

动态等位基因特异性杂交(dynamic allele-specific hybridization, DASH)是新发展起来的一种单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms, SNP)等位基因分型技术,具有快速、经济、准确、高通量、重复性好等优点.利用DASH技术,对96份正常人外周血DNA样品成功地进行了两个SNP位点的基因分型,并摸索实验条件,对该技术进行了优化.     

与疾病相关的非同义单核苷酸多态性预测的研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),即在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化,具体是指在DNA序列中的单个碱基的变异,其是人类基因组变异种最常见的一种。SNP研究最主要的目的就是对人类表型变异遗传学的理解,尤其是关于人类遗传疾病的研究。而非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)是SNPs中的一种,主要是指处于编码区会引起翻译后对应氨基酸序列变化的单核苷酸突变。因为nsSNPs可能会对蛋白质的功能造成影响,被认为是造成人类遗传病的主要原因。因此将与疾病相关的nsSNPs从中性的nsSNPs中区分出来是很重要的。本文根据国内外与疾病相关nsSNPs预测的研究,分析了预测中所涉及到的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并概述了在预测过程中使用的各种分类器。     

PRPS2基因启动子区的单核苷酸多态性(英文)

人类基因组变异主要以单核苷酸多态性 (SNPs)为主 .采用多荧光标记的PCR单链构象多态性分析法 (MF PCR SSCP)对磷酰核糖焦磷酸合成酶亚基Ⅱ (PRPS2 )基因启动子区的序列进行了SNP的筛选 ,对筛选到的阳性片段进行序列分析以确定SNP的类型及位置 .在 1 5kb的启动子区发现了 2个SNP (- 10 79t c ,- 1110a g) .研究结果为PRPS2基因SNPs的数据库提供了新的信息 .     

BRD7单核苷酸多态性及鼻咽癌易感性分析

为了探讨BRD7基因的遗传变异在鼻咽癌发生的作用,采用PCR-SSCP和直接测序方法对BRD7 基因的编码区进行单核苷酸多态性（coding-region single nucleotide polymorphism, cSNP）分析,并对两个鼻咽癌家系的高危成员、57个散发性鼻咽癌病人和50个正常人进行了BRD7等位基因分型.在BRD7基因的编码区发现了3个cSNP（C450T、A538C和A737G）,其中A538C颠换导致其编码蛋白的第162个氨基酸由Asp变为Ala;C450T改变与同义的A737C多态性偶联发生在87.7%的鼻咽癌活检组织和配对的外周血、所有的鼻咽癌家系的患者及8个易感成员,但是仅存在于22%的正常人血标本中.C450T多态性变化可以导致其编码蛋白在第133位氨基酸的翻译终止（G133Ter）.以上结果说明,C450T和A737C偶联的多态性改变是鼻咽癌发生和发展的重要遗传易感风险因子之一（P＜0.01）;BRD7基因有两种翻译方式,G133Ter可以导致另一种截断的翻译本（truncated isoform）.     

Single Nucleotide Polymorphisms May Increase the Risk of Aspiration Pneumonia in Post-Stroke Patients with Dysphagia

This study aimed to evaluate whether genetic polymorphism is associated with an increased risk of infection, specifically post-stroke aspiration pneumonia. Blood samples were obtained from a total of 206 post-stroke participants (males, n = 136; mean age, 63.8 years). Genotyping was performed for catechol-O-methyltransferase (rs4680, rs165599), dopamine receptors (DRD1; rs4532, DRD2; rs1800497, DRD3; rs6280), brain-derived neurotrophic factor (rs6265), apolipoprotein E (rs429358, rs7412), and the interleukin-1 receptor antagonist gene (rs4251961). The subjects were stratified into two groups, aged < 65 (young) and ≥ 65 (elderly). Functional parameters and swallowing outcomes were measured at enrollment and at 3 months post-onset. The primary outcome was the incidence of aspiration pneumonia. Analysis of the association between genetic polymorphisms and aspiration pneumonia history showed that a minor C rs429358 allele was associated with the occurrence of aspiration pneumonia in the young group, both in the additive and the dominant models (odds ratio: 4.53; 95% CI: 1.60–12.84, p = 0.004). In the multivariable analysis, the minor C rs429358 allele increased the risk of post-stroke aspiration pneumonia in young stroke patients by 5.35 (95% CI: 1.64–20.88). In contrast, no such association was observed in the elderly group. Apolipoprotein E polymorphism may affect the risk of post-stroke aspiration pneumonia.     

泛肽相关蛋白基因UBAP1单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关研究

UBAP1基因是在鼻咽癌9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因,通过采用病例-对照研究方法,对105例鼻咽癌患者和183例正常人UBAP1基因的5个单核苷酸多态(SNPs)用测序法进行了分型,在实验过程中,偶然发现了一个新的SNP位点,并已登录至dbSNP（登录号：rs3135929）.经相关分析发现,位于UBAP1基因第6外显子中的SNP rs1049557与鼻咽癌发病存在显著相关性,基因型GG和GC的相对危险度分别为1.64和1.31.实验结果进一步支持了UBAP1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系,SNP rs1049557由于处在UBAP1基因下游3′非翻译区,其多态类型可能在某种程度上影响UBAP1基因的表达调控,从而与鼻咽癌发病相关.     

单核苷酸多态性在医学领域的应用

作为第三代DNA遗传标记,单核苷酸多态性(SNP)标记已经成为基因功能研究、寻找疾病基因和基因型鉴定、药物基因组学的主要研究手段,在高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及分子生物学的基础研究等方面发挥了重要作用。近年来SNP在法医鉴定等领域也有广泛应用。     

补体系统基因单核苷酸多态性及其与疾病的关系

天然免疫系统在病原微生物入侵的初始阶段发挥着重要的防御作用,其中补体系统可快速识别、杀伤和清除病原微生物,对疾病的发生、发展和转归起着重要的作用。文章综述了补体系统各成份单核苷酸多态性与疾病的关联研究进展,在DNA水平上揭示了补体系统遗传多态性对疾病发生、发展和转归的影响,对疾病的预防和个体化治疗具有重要的意义。