长江江豚基因组大小测定

本研究采用流式细胞术,以公鸡(Gallusdomesticus)红血细胞DNA含量为标准,测定了23头长江江豚(Neophocaenaphocaenoidesasiaeorientali)的基因组大小(或称C值)。实验过程中采用了保存在3中不同条件下的长江江豚的全血样品,用3种不同的方法提取白细胞。为了获得本实验所用的公鸡红血细胞DNA含量的准确值,首先以人(Homosapiens)的C值为标准,对其进行了校正。然后其C值(2C=2.35pg)用于长江江豚的基因组大小测定。结果发现:长江江豚的单倍体DNA含量为3.27pg/C,由此得出其基因组大小为3.17×109bp;雌性和雄性的C值分别为3.25pg和3.29pg,野外长江江豚和豢养长江江豚的C值分别为3.30pg和3.05pg。对雌雄个体之间以及不同生长条件下长江江豚的C值应用独立样本t检验分析,发现:1)不同性别的长江江豚基因组大小之间没有明显的差异;2)豢养条件下的长江江豚和野生长江江豚之间的基因组大小有明显差异,豢养条件下的长江江豚的基因组明显小于野生条件下的长江江豚。据此推测必要环境因子的变化可能会对长江江豚的基因组DNA含量造成影响。     

毛竹基因组大小测定

毛竹(Phyllostachys edulis)属禾本科(Poaceae)竹亚科(Bambusoideae)刚竹属(Phyllostachys), 是我国分布和栽培面积最大的经济竹种, 有着广泛的开发前景。本实验以水稻(Oryza sativa)为内标, 用流式细胞仪对水稻和竹子样品的PI发射荧光强度进行测定, 通过比较水稻与毛竹样品峰值的倍数关系, 计算出毛竹的基因组大小。对24组样品进行重复测试, 测得毛竹基因组大小为 2 075.025±13.08 Mb, 即2 C DNA含量为4.24 pg(以1 pg DNA = 0.978×109 bp计算)。毛竹基因组大小测定为毛竹基因组文库的建立及其基因组学研究奠定了重要基础。     

毛竹基因组大小测定

毛竹（Phyllostachys edulis）属禾本科（Poaceae）竹亚科（Bambusoideae）刚竹属（Phyllostachys）,是我国分布和栽培面积最大的经济竹种,有着广泛的开发前景。本实验以水稻（Oryza sativa）为内标,用流式细胞仪对水稻和竹子样品的PI发射荧光强度进行测定,通过比较水稻与毛竹样品峰值的倍数关系,计算出毛竹的基因组大小。对24组样品进行重复测试,测得毛竹基因组大小为2075.025±13.08Mb,即2C DNA含量为4.24pg（以1pg DNA=0.978×10^9bp计算）。毛竹基因组大小测定为毛竹基因组文库的建立及其基因组学研究奠定了重要基础。     

五节芒基因组大小测定

五节芒(Miscanthus floridulus)属于禾本科(Poaceae)芒属(Miscanthus Andersson),被认为是一种开发潜力巨大的生物质能源植物。本研究以水稻日本晴(Oryza sativa L.var.Nipponbare)为内标,采用流式细胞仪测定6份采自中国不同地区的五节芒基因组大小。结果首次确定了五节芒的基因组大小平均为2596.59 Mb,即2 C DNA含量为5.31 pg(以1 pg=978 Mb计算)。     

基于流式细胞术的海菜花属植物基因组大小测定

利用改良的裂解液P1,以中国古代莲(Nelumbo nucifera Gaertn.Fruct.et Semin)为外标,采用流式细胞术(FCM)对海菜花属(Ottelia Pers.)6个代表性物种及3个存疑类群的基因组大小(C值)进行测定,并对海菜花属系统发育关系进行评估。结果显示:所测定的材料中,水菜花(Ottelia cordata(Wall.)Dandy)C值最小(6.759 pg),灌阳水车前(O.guanyangensis Z.Z.Li,S.Wu&Q.F.Wang)C值最大(12.929 pg);对基因组大小与该属系统发育树进行比较分析,结果发现该属植物基因组大小与系统发育关系具有一致性;对海菜花属3个存疑类群进行分子系统学研究,结果发现存疑类群与嵩明海菜花(Ottelia acuminata var.songmingensis Z.T.Jiang,H.Li&Z.L.Dao)及灌阳水车前的关系最近,而与水菜花的关系较远,这与基因组大小变异相一致。根据基因组大小进一步推测3个存疑类群很可能为二倍体。本研究结果可为海菜花属植物的系统学研究提供新资料,同时为该属植物基因组学研究提供基础数据。     

长江中下游江豚种群现状评价

作者根据近年在长江中下游对江豚进行考察的资料和收集到的标本,系统分析评价了长江中下游江豚的种群现状,主要结果如下:1.长江江豚上至宜昌(距河口1669公里),下至长江口,以及洞庭湖、鄱阳湖均有分布。分布型式是沿长江纵向呈集群性分布,横向呈趋岸性分布;2.长江中下游江豚种群数量估计为2700头。其数量冬季最高,夏季最低。夏季的SPUE值仅为冬季的48.7％—58.6％;3.长江中下游江豚群体以1—5头最为常见,占88％;4.理论推算长江中下游每年新产生个体为539头,年出生率为20％;5.通过分析比较长江中下游和中国沿海以及日本Inland Sea江豚种群数量变动趋势,推测长江中下游江豚很可能进行“江—海”、“海—江”长距离大规模的迁移,这种迁移与生殖有关。     

基于流式细胞术的北美冬青基因组大小测定

以10个北美冬青品种的嫩叶为材料,采用水稻‘日本晴’和二倍体大豆嫩叶为标样,检测北美冬青品种的核DNA含量及基因组大小,为北美冬青种质资源鉴定、基因组学研究以及新品种培育提供理论依据。结果表明：北美冬青品种间基因组大小存在显著差异。’Oosterwijk’、’Earlibright’、’Winter Red’、’Winter Gold’、’Apollo’、’Afterglow’和’Southern Gentleman’7个北美冬青品种基因组大小为728.46～852.99 Mb,推测这些品种为二倍体;’Cacapon’、’Red Sprite’和’Shaver’这3个品种北美冬青基因组大小为1954.99-2108.95 Mb,推测这3个品种为多倍体。’Apollo’和’Southern Gentleman’这两个雄性品种的基因组大小平均值明显小于其他雌性品种。本研究基于流式细胞术建立的北美冬青基因组大小测定方法可为该属其他植物的相关研究提供借鉴。     

海三棱藨草及其近缘种基因组大小的测定

基因组大小是物种基因组的重要特征,通常用DNA C值来衡量,能够用于快速判断基因组倍性,并为分类学与进化生物学提供重要依据。海三棱藨草(Scirpus mariqueter)是长江口和杭州湾具有重要生态意义的标志性物种,被认为是扁秆藨草(S. planiculmis)和藨草(S. triqueter)的杂交种,因染色体小而难以准确确定倍性。近年来,部分研究者指出该物种的分类和命名存在疑点。该研究通过基因组Survey分析检测海三棱藨草样本CJ1的基因组特征,测序深度约为120 ×,并以绿豆(Vigna radiata)为参考标准,利用流式细胞术测定了海三棱藨草及其同域近缘种扁秆藨草和藨草以及海三棱藨草和扁秆藨草的杂交F1共13个样本的DNA C值和相对倍性。结果表明:(1)基因组Survey分析测得CJ1的基因组大小为244.12 Mbp,杂合率为0.68%,重复序列比例为42.38%,GC含量为37.25%。(2)流式细胞术测得来自不同区域的海三棱藨草各样本的基因组倍性相同,1C值在234.87 ～ 242.5 Mbp之间,其中CJ1的基因组大小与基因组Survey检测结果高度一致。(3)扁秆藨草的1C值在251.77 ～ 264.13 Mbp之间,藨草1C值为537.33 Mbp。根据上述基因组大小,认为海三棱藨草不可能是这两者的杂交种。该研究补充了海三棱藨草及其近缘种的基因组特征,为后续全基因组测序奠定基础,同时也否定了海三棱藨草起源于扁杆藨草和藨草杂交的假说。     

利用流式细胞仪测定荚蒾属植物的基因组大小

荚蒾属 (Viburnum) 植物在园林中广泛用作观赏灌木,并且其具有优良园艺性状的杂交种在世界范围内越来越受欢迎。本研究利用流式细胞仪测定了14种荚蒾属植物的基因组大小。二倍体中基因组大小变化范围是255pg（陕西荚蒾）到426pg（琼花）。同时,琼花的核型也较不对称,这可能反应了它的育种历史。四倍体物种珊瑚树的基因组大小（762pg）是其他二倍体物种的两倍还多,这揭示了该属的多倍化在进化中可能并不遥远。该研究为荚蒾属细胞遗传学和分类学的深入研究奠定了基础,并为该属杂交育种提供有用的信息。     

豢养长江江豚性行为的观察

2001年12月至2002年11月作者采用焦点动物取样法对豢养池中3头长江江豚(1♂,2♀)的性行为进行了持续1年的水下观察。结果表明：雄性江豚生殖器全年均有伸出行为,4～5月和9-10月为高峰期。其生殖器伸出方式主要有侧伸、弓伸、仰伸、下伸和竖伸5种方式。豢养池中的气压、光照、池水透明度和pH值能基本满足江豚性活动的要求。     

应用流式细胞术测定绢毛苣属4种8居群基因组大小

以绢毛苣属（Soroseris）植物肉菊（S.umbrella（Franch.）Lipsch）、绢毛苣（S.glomerata（Decne.）Stebbins）、羽裂绢毛苣（S.hirsuta（Anth.）Shih）和金沙绢毛菊（S.gillii（S.Moore）Stebbins）4个种的8个居群为材料,采用WPB和Galbraith's buffer两种裂解液分别处理样品,运用流式细胞术测定DNA含量,并使用常规染色体压片法确定其细胞倍性。结果显示：两种裂解液中,最适于绢毛苣属植物DNA含量测定的裂解液为WPB;4个物种中,羽裂绢毛苣的基因组最小;细胞倍性水平对1Cx-值的影响较小。此外,本研究发现可采用种子萌发形成的幼苗代替难以获取的植物幼嫩叶片作为实验材料。     

长江江豚野外健康状况的调查

对铜陵江段捕获的7头长江江豚（Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)进行了体征与血液学分析。结果表明,健康的个体有2头,2头个体有明显的病变,余者营养不良,患不同程度的贫血症。这可能与长江渔业资源日趋枯竭有关。     

新疆沙冬青基因组调查测序与基因组大小预测

新疆沙冬青是中国荒漠地区代表性常绿阔叶植物,属于第三纪孑遗植物。其极强的逆境耐受性受到了研究者的广泛关注,但由于缺乏基因组序列,分子生物学研究水平进展缓慢。本研究对新疆沙冬青进行了基因组调查测序,共得到65 Gb大小的双端测序数据。结合基于K-mer分析和流式细胞分析的方法,预测基因组大小、杂合率和GC含量等特征,估计基因组大小为770~787 Mb。测序数据拼接构建得到contigs的N50为684 bp,总读长为0.538 Gb;进一步组装后scaffolds的N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb。对拼接数据进行SSR分子标记预测,共得到151858个SSR,其中二核苷酸重复单元比例最高为56.39%,在二核苷酸重复单元中,AT/TA组成形式占多数。本研究首次报道了荒漠植物新疆沙冬青的基因组特征,为后续基因组学研究提供参考。     

鄱阳湖长江江豚繁殖特征及保护启示

基于文献整理,从繁殖特征的角度对2009年、2010年、2011年和2015年鄱阳湖长江江豚捕放调查的部分原始数据进行了挖掘和探讨,发现鄱阳湖长江江豚雌豚在18～19龄可能仍然具有一定繁殖能力,雌性个体性成熟年龄可能是3龄左右.此外,鄱阳湖中心湖区可能是长江江豚繁育的主要水域,而通长江水道可能是雄性个体扩散和求偶的主要...     

鲸类微卫星引物对长江江豚的适用性研究

微卫星在长江江豚 (Neophocaenaphocaenoidesasiaeorientalis)中的应用研究还未见报道。本研究采用已发表的来自 6个鲸种的 2 3对微卫星引物对一个长江江豚群体DNA样本进行了微卫星扩增。结果表明其中有 7对引物在此群体中的扩增产物是稳定且多态的 ,序列分析结果表明这 7对引物的扩增产物都具有AC或GT两碱基重复单元 ,从而证明了扩增的有效性。研究结果表明用从其他鲸类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于长江江豚指纹分析的引物     

长江江豚细菌性疾病的诊治

人工饲养或易地保护长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis), 其水体中常含有病原菌且易引起江豚发病, 探讨长江江豚的细菌性疾病诊疗方法十分必要。文章利用细菌的分离培养与鉴定, 结合血液检测结果, 对安庆西江围网内一头患病江豚进行了病原确诊, 结果发现患病江豚的致病原为金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和魔氏摩根菌(Morganella morganii)。依据致病菌的药敏试验结果, 综合患病江豚的整体状况制定了治疗方案并对其进行系统治疗, 结果预后良好。研究的成功开展为江豚、海豚等鲸类动物细菌性疾病的诊断与防治提供了良好借鉴。     

利用流式细胞术鉴定68份三角梅基因组大小与染色体倍性

以国内外收集的54份三角梅(Bougainvillea)资源和14份实生种质为材料,选用番茄(Solanumlycopersicum)为内参,采用流式细胞术估测三角梅基因组大小,并以二倍体品种为对照,计算三角梅染色体倍性。结果表明：(1)所选用的内参与待检测样品的最高值能完全分开,没有重叠峰,峰型比较清晰集中,可以对三角梅基因组大小进行有效估测。(2)供试材料中有34份二倍体,基因组大小为2.48～2.86Gb;有28份三倍体,基因组大小为3.65～4.22Gb;有5份四倍体,基因组大小为4.98～5.12Gb;另外,‘大金边杨梅’为2X、4X、6X混倍体。利用流式细胞法鉴定三角梅染色体倍性可缩短鉴定时间,提高鉴定效率。     

十万火急 长江江豚求救信

<正>哀生路之危艰期世人施援手余本豚族,世居扬子,水中灵类,入籍中华。以头钝圆,获号沙弥;以身类豕,俗呼江猪。天性柔弱,体痴肥而心胆怯;相貌平常,多微笑且性温和。划南津崇明为门户(南津关在湖北宜昌西陵峡口,此指长江江豚生活在长江中下游),借洞庭彭蠡作行宫(彭蠡,鄱阳湖古称)。与龟鳖鼋鼍为伍,取鲤鲫鳊鲂作餐,认白鱀豚为亲表,视波上人作友邻。数十万年,悠悠然安闲度日;     

湖口至南京段长江江豚种群现状评估

对湖口至南京段长江江豚的考察资料进行分析。结果表明：1、研究长江江豚不同的生态行为,能提高野外计数的准确性;2、长江江豚大规模集群（10头以上）发生在特定的江段,近年来出现的机率在下降;3、湖口至南京段长江江豚数量为1054头,其中小孤山至湖口段种群密度最高;4、湖口至南京段支流中分布的长江江豚约占该江段种群数量的9.3%。     

昆虫基因组及其大小

昆虫基因组大小是由于基因组各种重复序列在扩增、缺失和分化过程中所致的数量差异造成的。这些差异使得昆虫不同类群间、种间和同种的不同种群间表现出基因组大小的不同。目前有59种昆虫已经列入基因组测序计划, 其中6种昆虫（黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae、家蚕Bombyx mori、意大利蜜蜂Apis mellifera、埃及伊蚊Aedes aegypti和赤拟谷盗Tribolium castaneum）的全基因组序列已经报道。有725种昆虫的基因组大小得到了估计, 大小在0.09~16.93 pg （88~16 558 Mb）之间。本文还介绍了昆虫基因组大小的估计方法, 讨论了昆虫基因组大小的变化及其意义。