天山根瘤菌（Rhizobium tianshanense）全细胞蛋白电泳和多位点酶电泳分析

用全细胞可溶性蛋白电泳和多位点酸电泳对１５株天山根瘤菌（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ　ｔｉａｎｓｈａｎｅｎｓｅ）和其它１０株快慢生根瘤菌进行聚类分析,结果表明Ｒ．ｔｉａｎｓｈａｎｅｎｓｅ种内菌株关系密切而与其它种不同。分析时将全细胞蛋白电泳图谱分为２５４等份,根据每等份内条带的有无进行聚类,结果与数值分类基本一致,说明用该方法对全细胞蛋白电泳结果进行聚类可以作为根瘤菌的分群手段;用所有出现的１０９种迁移率对１７种多位点酶的电泳结果作聚类分析,得到与全细胞蛋白电泳相似的结果。     

天山根瘤菌（Rhizobium tianshanense）全细胞蛋白电泳和多位点酶电泳分析

用全细胞可溶性蛋白电泳和多位点酸电泳对１５株天山根瘤菌（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ　ｔｉａｎｓｈａｎｅｎｓｅ）和其它１０株快慢生根瘤菌进行聚类分析,结果表明Ｒ．Ｔｉａｎｓｈａｎｅｎｓｅ种内菌株关系密切而与其它种不同。分析时将全细胞蛋白电泳图谱分为２５４等份,根据每等份内条带的有无进行聚类,结果与数值分类基本一致,说明用该方法对全细胞蛋白电泳结果进行聚类可以作为根瘤菌的分群手段;用所有出现的１０９种迁移率对１７种多位点酶的电泳结果作聚类分析,得到与全细胞蛋白电泳相似的结果。     

海南快生根瘤菌蛋白、多位点酶及质粒电泳

在本室以前的研究中,海南快生根瘤菌具有分类上的多型性。其一部分归于已知各根瘤菌种,另有一部分菌株构成独立的表观群及相应的ＤＮＡ同源群（亚群Ⅱ和Ⅳ）。本文采用不同的电泳方法,分析了海南快生根瘤菌和已知根瘤菌种的代表共５５个菌株的全细胞蛋白、酯酶、过氧化物酶及质粒组成。结果表明：同一亚群的菌株间有相似的蛋白图谱,种群之间有较明显的差异,根瘤菌中普遍存在酯酶,酶带的数量和迁移率具有菌株专一性,更适合于苗株的鉴别。过氧化物酶只在部分菌株中观察到,亚群Ⅱ与亚群Ⅳ的菌株均显示一条酶带,但二者之间的相对迁移率有明显差别     

海南快生根瘤菌蛋白,多位点酶及质粒电泳

在本室以前的研究中,海南快生根瘤菌具有分类上的多型性。其一部分归于已知各根瘤菌种,另有一部分菌株构成独立的表观群及相应的ＤＮＡ同源群（亚群Ⅱ和Ⅳ）。本文采用不同的电泳方法,分析了海南快生根瘤菌和已知根瘤菌种的代表共５５个菌株的全细胞蛋白、酯酶、过氧化物酶及质粒组成。结果表明：同一亚群的菌株间有相似的蛋白图谱,种群之间有较明显的差异,根瘤菌中普遍存在酯酶,酶带的数量和迁移率具有菌株专一性,更适合于苗株的鉴别。过氧化物酶只在部分菌株中观察到,亚群Ⅱ与亚群Ⅳ的菌株均显示一条酶带,但二者之间的相对迁移率有明显差别。质粒电泳中,大多数海南快生菌中存在着大质粒,分子量范围是２０－４０００Ｋｂ,同一亚群中的不同菌株间具有一定相似性,这些结果为海南快生型根瘤菌的分类提供了一些辅助证据。     

根瘤菌资源数据库的更新和应用*

对原有根瘤菌资源数据库进行扩充和更新。在原有7类信息子库的基础上增添了DNA同源性、全细胞蛋白电泳、多位点酶电泳、16SrRNA基因序列和付里叶变换红外光谱等5个新信息子库;并增加了图象功能和更换了新工作平台,使之运行更加灵活、快速和简便。目前库内存贮了已研究过的700余株的有关信息。     

根瘤菌资源数据库的更新和应用

对原有根瘤菌资源数据库进行扩充和更新。在原有7类信息子库的基础上增添了DNA同源性、全细胞蛋白电泳、多位点酶电泳、16SrRNA基因序列和付里叶变换红外光谱等5个新信息子库;并增加了图象功能和更换了新工作平台,使之运行更加灵活、快速和简便。目前库内存贮了已研究过的700余株的有关信息。     

分离自鸡眼草和木蓝的根瘤菌分类研究

采用数值分类方法对分离自鸡眼草(Kummerowia)和木蓝(Indigofera)的根瘤菌及已知参比菌株进行聚类分析,发现在83%的相似性水平上形成2个不同与已知菌种的新类群。以SDS全细胞蛋白电泳技术快速聚类分群扩大菌株数,在86%的相似性水平上,分离自鸡眼草的24株菌形成第1类群,分离自木蓝的20株菌形成第2类群。DNA同源性测定结果表明,这2个类群中心菌株SH713和SHL042与13个已知根瘤菌种的DNA同源性均小于61%。因此,分离自鸡眼草和木蓝的根瘤菌分别构成2个独立的根瘤菌新种群。     

东方田鼠的同工酶与异构蛋白生化基因位点

目的观察四类东方田鼠在10个同工酶与异构蛋白生化基因位点上的基因分布特征,以研究它们间的遗传关系。方法应用乙酸纤维素膜电泳对四类东方田鼠的同工酶与异构蛋白生化基因位点进行测定分析。结果与结论黑龙江小体型东方田鼠与其他三类东方田鼠的电泳结果差异较大,在6个位点上都存在其所特有的等位基因,并且在其中的3个位点上它的基因型与其他三类鼠完全不同;湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠三者间的遗传距离在0.0633~0.2107之间,而黑龙江小体型东方田鼠与其他三类鼠的遗传距离在0.7068~0.8953之间;UPGMA聚类分析显示,湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠聚为一类,亲缘关系较近,而黑龙江小体型东方田鼠单独为一类,与其他三种鼠的亲缘关系均相对较远。     

云南省德宏州含羞草β-根瘤菌多样性及系统发育研究

【目的】通过对分离自云南德宏州的含羞草β-根瘤菌进行遗传与表型多样性研究,揭示我国含羞草β-根瘤菌的物种多样性。【方法】应用16S rDNA PCR-RFLP、全细胞蛋白SDS-PAGE电泳及16S rDNA全序列分析对分离得到的60株含羞草根瘤菌进行多样性研究。【结果】16S rDNA PCR-RFLP及全细胞蛋白SDS-PAGE图谱分析将供试菌株分为2个遗传型群和2个表型群,分别与贪铜菌属(Cupriavidus)和伯克霍尔德菌属(Burkholderia)参比菌株聚群。经16S rDNA全序列分析,供试菌株被归到台湾贪铜菌(Cupriavidus taiwanensis)、含羞草伯克霍尔德菌(Burkholderia mimosarum)及结瘤伯克霍尔德菌(Burkholderia phymatum)等3个种群。【结论】云南德宏州的含羞草β-根瘤菌主要为贪铜菌及伯克霍尔德菌类群,其中贪铜菌占绝对优势,且存在遗传和表型的丰富多样性,该研究揭示了含羞草β-根瘤菌的物种多样性并丰富了我国β-根瘤菌菌种资源。     

系统聚类分析在细菌全细胞脂肪酸模式识别中的应用

用欧氏距离系数和指数相关系数,结合8种常用的系统聚类算法,对用毛细管柱气相色谱祛绘制的34株莫拉氏菌(Moraxella)及其类属菌和13株嗜肺军团杆菌(Legionella pneumo-phila)的全细胞脂肪酸气相色谱图,进行了聚类分析。比较了欧氏距离系数的8种系统聚类算法所得的聚类树状谱。结果表明,奠拉氏菌与嗜肺军团杆菌可以明确区分。在奠拉氏菌中,我国分离的两个新种与目前该属的主要标准株也能明确区分。两种相似系数中,欧氏距离系数的聚类结果较好;8种系统聚类算法中,最长距离法和类平均法的聚类结果较好。     

分离自杭子梢等3个宿主的根瘤菌的表型分析*

对86株分离自杭子梢、决明和菜豆的根瘤菌及20株已知参比菌进行了数值分类和全细胞蛋白SDS-PAGE的表型分析。在数值分类聚类中,所有供试菌在68％的相似性水平上分为两群。群I为快生和中侵生根瘤菌,群Ⅱ为慢生根瘤菌。群I在85％的相似性水平上又可分为3个亚群,群Ⅱ在76％的相似性水平上分为3个亚群。蛋白电泳结果表明,群I在68％的相似性水平上,分为4个亚群,其中亚群1和亚群2相当于数值分类中的亚群1,亚群3和亚群4与数值分类中的亚群2和亚群3相对应;群Ⅱ在59％的相似性水平上分为3个亚群,分别与数值分类中的亚群3、亚群1和亚群2大致对应。这说明两种方法在分类上得到的结果比较接近。正在通过进一步的实验确定两种方法一致的未与已知菌株聚在一起的亚群的分类地位。研究结果还表明,三种宿主的根瘤菌存在着多样性。     

根瘤菌同工酶图谱分析和分类

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了９株根瘤菌酯酶及ＳＯＤ同工酶图谱,结果显示快生型根瘤菌与慢生型根瘤菌有明显区别,不仅根瘤菌种间有明显差别,而且菌株间也存在差异。Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｒｕｍｂｉｏｖａｒｓｖｉｃｅａｅ和ｐｈａｓｅｏｌｉ具有相同的ＳＯＤ图谱和相似的酯酶图谱。快生型大豆根瘤菌的上述同工酶图谱不同于慢生型大豆根瘤菌和其它快生型根瘤菌。     

幽门螺杆菌全菌蛋白电泳影响因素的研究

本文比较研究了用反复冻融法及用含十二烷基磺酸衲(SDS)和β-巯基乙醇的样品缓冲液直接破碎法处理幽门螺旋菌对全菌蛋白电泳结果的影响,并观察了两种方法处理后的菌体裂解情况。实验表明,反复冻融法破碎细菌不够彻底,经离心后有较多的膜性结构被清除,引起膜性结构与胞浆内成份不均匀损失,对全菌蛋白电泳条带(特别是某些条带的含量)有明显的影响。提示在作细菌全菌蛋白电泳,特别是用于进行定量分析时,不宜采用冻融法处理细菌,可考虑用样品缓冲液直接破碎细菌。超声波破碎及压力破碎法是否存在对电泳结果的类似影响有待进一步研究。     

广东两种决明属（Cassia）植物根瘤菌的生物学特性

调查了广东地区１０种Ｃａｓｓｉａ植物结瘤状况,仅山扁豆（Ｃ．ｍｉｍｏｓｏｉｄｅｓ）和圆叶决明（Ｃ．ｒｏｔｕｎｄｉｆｏｌｉａ）结瘤,从山扁豆和圆叶决明各分离到１株根瘤菌并鉴定为慢生型．在所试的１０种Ｃａｓｓｉａ植物中,２株Ｃａｓｓｉａ植物根瘤菌除了与山扁豆和圆叶决明结瘤外,均不与其余８种Ｃａｓｓｉａ植物结瘤;同样,３株蝶形花科植物根瘤菌和３株含羞草科植物根瘤菌除了与山扁豆和圆叶决明结瘤外,也均不与其余８种Ｃａｓｓｉａ植物结瘤．此外,２株Ｃａｓｓｉａ植物根瘤菌均能与所试５种蝶形花科和４种含羞草科植物结瘤．２株Ｃａｓｓｉａ植物根瘤菌在碳源利用、耐盐性、耐酸碱度及５种酶的活性等特性方面,与３株蝶形花科植物根瘤菌和３株含羞草科植物根瘤菌极为相似．     

攀枝花市银合欢根瘤菌遗传多样性

【目的】研究分离自四川攀枝花的银合欢根瘤菌的遗传多样性。【方法】采用联合16S rDNA RFLP和IGS RFLP的综合聚类分析(16S-IGS RFLP)、AFLP及多位点持家基因(16S rDNA,atpD,recA)序列的联合分析对供试银合欢根瘤菌进行研究。【结果】31株未知菌具有15种16S-IGS遗传图谱类型、27种AFLP类型。16S-IGS RFLP结果表明,没有未知菌与Bradyrhizobium的参比菌株聚在一起。在71.4%的相似水平上,31个未知菌按属的水平分成3个分支:S、M和R,分别分布在Sinorhizobium属(28株)、Mesorhizobium属(2株)和Rhizobium属(1株)。S分支的28个菌在84%的相似水平上,16S-IGS RFLP聚类图中构成3个群:群S1、群S2、群S3;在AFLP聚类图中构成9个AFLP群:S1–S9。多位点基因序列表明,代表菌株SCAU215、SCAU231分别与M.Plurifarium、R.huautlense亲缘关系最近。而分布于Sinorhizobium属SCAU222和SCAU228、SCAU213、SCAU216可能代表Sinorhizobium的3个新类群。【结论】攀枝花市银合欢根瘤菌遗传多样性丰富,分布于Sinorhizobium、Mesorhizobium和Rhizobium三个属,且优势类群为Sinorhizobium。     

简易电泳洗脱蛋白方法

制备电泳的连续洗脱与切下目的蛋白谱带洗脱是从聚丙烯酰胺凝胶回收蛋白质常用的两种方法。切带回收蛋白可采用浸泡提取,化学解聚凝胶及电泳洗脱多种途径。相对比较,电泳洗脱蛋白回收率较前二者高些,因此人们多采用此法。但是,目前广泛使用     

花生根瘤菌的数值分类

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值分类方法不能将花生根瘤菌和大豆根瘤菌在属的水平上分开,但亚群和未归入亚群的菌株可能暗示亚种或种存在,同时本文结果还表现出花生根瘤菌的地域分布差异及其多样性。     

石油降解菌的分子鉴定及降解能力研究

以六株具有石油降解功能的细菌(编号为GW40、GW101、GW109、GW117、GW157、GW159)为材料, 通过全细胞蛋白电泳聚类, 16S rRNA 基因系统发育分析和生理生化特性初步鉴定, 鉴定结果为不动杆菌属(Pseudomonas sp.)。并研究了不同pH, 温度和石油浓度对菌株降解石油能力的影响。SDS-PAGE 图谱分析结果表明, 在14.4-96.4KDa 范围内, 它们有92.3%以上相似性蛋白图谱, 证明它们属于同一类群; 16S rRNA 基因系统发育分析表明六株菌与不动杆菌属的亲缘关系较近, 因此把它们归到不动杆菌属。六菌株在pH 6.0-7.0, 温度为 30 ℃和石油浓度为2 g·L−1时, 对石油的降解率最大。     

黄瓜植株性别表现与3种氧化酶同工酶的关系

采用同工酶电泳技术分析了二叶期纯雌株和雌雄株黄瓜（Ｃｕｃｕｍｉｓ ｓａｔｉｖｕｓ Ｌ．）子叶和真叶过氧化物酶、多酚氧化酶和超氧化物歧化酶同工酶,结果发现：给株比雌雄株酶活性强、酶带数量多,这种差异酶带大多与雌性或雌雄性别紧密相关,经检验可以作为黄瓜雌性株早期鉴定的生化标记,尤其以真叶中多酚氧化酶同工酶Ｒｆ０．２８７表现稳定,鉴定成功率高。等电聚焦电泳垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨效果好。     

52株链霉菌全细胞蛋白组分的数值分类

全细胞可溶性蛋白的凝胶电泳分析作为细菌分类的一种简便而客观的方法得到了广泛应用,在许多报道中已证明蛋白凝胶电泳分析和DNA-DNA杂交的结果有紧密的相关性.目前在许多属中进行了全细胞蛋白组分的数值分类研究,我们对52株链霉菌进行了SDS-PAGE分析,并以全细胞蛋白组分进行聚类分析,以期在全细胞蛋白组分上探讨链霉菌属内种间及种内不同菌株的亲缘关系.