乌塌菜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对48份乌塌菜种质资源进行遗传多样性分析。从60条随机引物中筛选出稳定性强、条带清晰且多态性丰富的9条引物进行PCR扩增,共扩增出103条谱带,平均每个引物扩增出11.4条带,其中多态性带85条,多态性位点百分率为82.68%。不同乌塌菜种质间遗传相似系数变幅为0.59~0.97,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,ISSR标记能将48份乌塌菜品种完全区分开,48份乌塌菜种质被划分为4个类群,聚类结果与叶片颜色相关,为乌塌菜品种资源的研究利用提供参考。     

基于ISSR标记的烤烟种质遗传多样性研究

利用ISSR标记分析了24份代表性烤烟种质的遗传多样性。从100个ISSR引物中筛选出10个引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳可以检测到208条稳定的条带,片段大小介于200~2 400 bp之间,条带数在7~37条之间;扩增片段中多态性带141条,平均多态性比率(PPB)为67.79%。 通过UPGMA聚类分析,24个烤烟品种分为5类,最大一类有12个材料,主要衍生于Coker319。品种间遗传相似指数(GS)范围为0.66~0.85,表明其遗传多样性较低,需要拓宽烤烟种质的遗传基础。同时,利用2个多态性好的ISSR引物可以将这24份烤烟材料区分开,每个品种都有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性研究。     

小苍兰种质遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR(Inter Simple Sequence Repeat)分子标记对12份小苍兰(Freesia refracta)种质进行了遗传多样性分析研究。从34条ISSR引物中筛选出了12条适宜的引物。这12条引物中每条引物可扩增出5~11条DNA片段,共扩增了96个条带,其中多态性片段62条,平均每条引物可产生5.2条多态性片段,多态性条带比率(PPB)为64.6%。经NTSYS-pc分析,12份小苍兰种质间的遗传距离(GD)的变化范围为0.123~0.907,平均为0.442。根据Nei’s相似系数建立了UPGMA聚类图,在相似系数为0.56时,可将紫色花系的小苍兰种质与其它种质分开,形成两个组。结果表明,ISSR分子标记可有效地分析小苍兰种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为小苍兰的杂交育种和新品种保护提供理论基础。     

RAPD和ISSR分子标记对果蔗种质资源的遗传多样性研究

利用RAPD与ISSR分子标记技术对40份不同地方果蔗种质的遗传多样性进行分析。从供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物23条,ISSR引物28条。23条RAPD引物共扩增出250条带,多态性条带比率为70%,相似系数变化范围在0.68-1.00之间;28条ISSR引物共扩增出301条带,多态性条带比率为77.1%,相似系数变化范围在0.66-1.00之间。根据两种标记的结果,用UPGMA法对40份果蔗种质材料进行聚类分析,结果表明,RAPD和ISSR均将40份果蔗种质分为4类:第Ⅰ类为32份地方果蔗品种,包括福建、江西、浙江、广西、云南等地的品种;第Ⅱ类为外引黑皮果蔗Badila和丰城紫皮果蔗;第Ⅲ类为杂交种白鳝、歪干担、肚度、温岭果蔗以及人工杂交选育的果蔗品种474;第Ⅳ类只有广东的黄皮果蔗。这两种标记的聚类结果相关分析表明,它们存在呈极显著相关(r=0.9746)。但ISSR标记比RAPD标记可检测到更大的遗传变异。     

14个蝴蝶兰品种遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对14个蝴蝶兰品种进行品种间遗传关系的研究。利用14个筛选的引物共扩增出179条带,其中多态性条带147条,多态性条带比率（PPB）为82％。品种之间的遗传相似系数范围在0．734—0．936间,说明部分蝴蝶兰品种间存在显著的遗传分化。14个引物组合可区分所有14个品种,并且检测到20条品种特异性条带,这些品种特异条带可用来鉴定供试蝴蝶兰中的10个品种。因此,ISSR分子标记能有效地进行蝴蝶兰品种鉴定。UPGMA聚类分析表明,14个品种可聚为2类,聚类情况与花色特征比较一致,但与花色的划分结果不完全相同,这可能是由于品种间杂交引起的。本文也论讨了ISSR分析结果对蝴蝶兰育种的指导意义。     

14个蝴蝶兰品种遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对14个蝴蝶兰品种进行品种间遗传关系的研究。利用14个筛选的引物共扩增出179条带,其中多态性条带147条,多态性条带比率(PPB)为82%。品种之间的遗传相似系数范围在0.734~0.936间,说明部分蝴蝶兰品种间存在显著的遗传分化。14个引物组合可区分所有14个品种,并且检测到20条品种特异性条带,这些品种特异条带可用来鉴定供试蝴蝶兰中的10个品种。因此,ISSR分子标记能有效地进行蝴蝶兰品种鉴定。UPGMA聚类分析表明,14个品种可聚为2类,聚类情况与花色特征比较一致,但与花色的划分结果不完全相同,这可能是由于品种间杂交引起的。本文也论讨了ISSR分析结果对蝴蝶兰育种的指导意义。     

叶子花种质资源遗传多样性及亲缘关系的RAPD和ISSR分析

利用RAPD和ISSR标记对48份叶子花种质进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果显示:(1)筛选出具有多态性的RAPD引物7条、ISSR引物11条,RAPD引物共扩增97条多态性条带,ISSR引物共扩增140条多态性带,多态性百分率均达100%。(2)根据两种标记的扩增结果,用UPGMA法对48份叶子花种质的聚类分析显示,48份供试材料间具有较丰富的遗传多样性,其品种间遗传相似系数RAPD为0.318 8～0.955 6,ISSR为0.349 5～0.900 0;两种分子标记均能清楚地将48份种质材料区分开来,对种质类群的划分结果基本一致,仅有些许差异。(3)聚类分析结果显示,48份种质可分为两大种系:1)B.glabra种系,其品种大多以其种内来源为主;2)涵盖了B.spectabilis、B.peruviana、B.×buttiana和B.×spectoglabra等4个种的种系,种质构成较为复杂。(4)两种标记聚类结果呈显著相关关系,相关系数为0.752 3。研究表明,对一些形态上无法细分的叶子花种质(类群),RAPD和ISSR分子标记是可靠的鉴别方法。     

37份龙眼种质资源亲缘关系的ISSR分析

本研究利用ISSR技术对37份龙眼种质资源进行遗传多样性检测.研究结果表明,从100条ISSR引物中筛选出7条重复性好,条带清晰的引物对37份龙眼品种基因组DNA进行扩增,共扩增出54条带,其中43条具有多态性,比率为79.6%.不同龙眼品种间遗传相似系数变幅为0.69～0.97,平均达0.83,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性.UPGMA聚类结果表明,ISSR标记能将37份龙眼品种完全区分开,并能将来源于中国、越南和泰国的37份龙眼品种分别聚类到中国、越南和泰国三大品种群,说明龙眼品种资源的亲缘关系与地理因素有关,三个国家的龙眼品种之间存在较大的遗传差异.本研究结果将为为龙眼品种资源的研究利用提供参考.     

30个枣树种质资源遗传多样性的ISSR分析

取30个枣树品种进行ISSR分子标记分析,其扩增条带分别进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,以期获得不同产地品种之间的遗传多态性。从100条选择扩增的ISSR引物中筛选出17条扩增清晰、重复性和稳定性好的引物,选取其中8条扩增条带多态性强的引物进行遗传聚类分析。结果表明：（1）1％琼脂糖凝胶电泳和5％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增总条带数分别为72和127条,其中多态性条带分别为51条和113条,多态性条带比率（PPB）分别为70．8％和88．9％。（2）基于UPGMA软件对30个品种的遗传差异性分析表明,8个ISSR引物可以将枣树品种之间遗传差异明显区分开来。两种电泳检测方法相比较,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得较为精细的枣树品种间遗传图谱。其遗传相似系数范围在0．56～1．00之间,以0．62为最低遗传相似系数,可将30个枣树品种分成3个大类,6个亚类,为进一步研究枣树品种间分类、起源进化关系和分子辅助育种奠定基础。     

紫斑牡丹遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR标记对一个居群内的16个紫斑牡丹品种材料进行基因组多态性分析,从100条引物中筛选出15条用于紫斑牡丹的ISSR扩增。共扩增出134条带,其中多态性条带96条,多态性百分率为71.6%。根据ISSR扩增结果,利用NTSYSpc 2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,16个紫斑牡丹品种的遗传相似系数为0.45～0.93。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.534处,16个紫斑牡丹品种材料可分为4类。第Ⅰ类中的6个紫斑牡丹品种材料中有5个为皇冠型品种,1个单瓣型,其他类中也有皇冠花型品种但未聚在Ⅰ类中;第Ⅱ类仅有1个‘粉盘托桂’,它是所选材料中唯一的托桂型品种,单独聚为一类;第Ⅲ类由不同花色、花型品种聚为一类,可见亲缘关系较近的紫斑牡丹品种性状变异性也很大;第Ⅳ类中A组品种材料均为白色,花型有单瓣型、荷花型和绣球型;B组仅有一个‘银线女’,它是所选材料中唯一的红色绣球型材料。研究表明,不同相似系数的遗传聚类划分与花色、花型之间并非完全具有相关性。     

29份云南甘蔗创新种质的SSR遗传多样性分析和指纹图谱构建

该研究以16份甘蔗骨干亲本为参照,对29份云南甘蔗创新种质进行SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析,以明确创新种质与16份亲本间的遗传基础和多样性水平。结果表明:6对引物共扩增出104条带,其中101条为多态性条带,多态性条带比例为97.25%;45份材料的遗传相似性系数为0.235 3~0.891 3,平均值为0.563 3;其中16份甘蔗骨干亲本的遗传相似性系数为0.301 6~0.755 6,甘蔗创新种质与甘蔗骨干亲本的特异条带比例为14∶1,涵盖了割手密、大茎野生种、斑茅和滇蔗茅等基因源。根据骨干亲本间的相似性系数范围,在相似性系数为0.43处,可将种质分为6大类群,亲缘关系相对较远,适宜作为种质间的杂交利用。通过引物区分效率分析,6对引物扩增的多态信息量为0.967 9~0.975 8,其中MSSCIR21引物区分效率最高,利用MSSCIR21和SMC1047HA引物组合构建了云南甘蔗创新种质标准指纹图谱,在相似性系数为0.85处即可区分所有种质,图谱的鉴别准确率为100%,每份资源都有唯一的指纹图谱,可将29份创新种质和16份骨干亲本区分鉴别出来。该研究能够为后续杂交利用、种质鉴定和知识产权保护提供依据。     

利用SSR标记构建萝卜种质资源分子身份证

为了保护我国特有的优异萝卜资源,促进资源的有效区分和合理利用,保障我国萝卜产业发展,目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究。本研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术,筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定,共扩增出153条带,其中多态性条带为87条,平均多态性位点百分率为55.49%,平均每对引物可扩增出6.95条带和3.95条多态性带,有效地显示出每份萝卜种质的特异性。基于最少引物鉴定最多种质的原则,利用MATLAB程序筛选出8对SSR引物,依据8对引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建出75份萝卜种质分子身份证。结果显示利用SSR标记构建萝卜种质分子身份证进行种质资源的鉴定和保护是可行的。     

基于SRAP和TRAP标记的河北野生狗牙根种质遗传多样性分析

以SRAP和TRAP 2种标记技术对36份狗牙根材料的遗传多样性及亲缘关系进行了分析,其中包含34份河北省野生狗牙根种质资源。分别由238对SRAP和85对TRAP引物组合中筛选获得具有多态性的SRAP和TRAP引物组合各10对,PCR扩增总条带分别为186和161条,多态性条带156和132条,平均每对引物扩增出多态性条带各15.6和13.2条,多态性位点比率分别为83.4%和81.0%。2种标记合并进行聚类分析,所有供试的36份狗牙根材料遗传相似系数GS=0.519~0.983,平均为0.7。当GS=0.68时,可将36份供试材料分为4个类群。本研究结果表明河北野生狗牙根种质资源存在较丰富的遗传多样性,可为种质资源保护和选育优良狗牙根新品种提供科学依据。     

皂荚种质资源SCoT遗传多样性分析及指纹图谱的构建

采用SCoT标记分析了18个皂荚种质的遗传多样性,并采用UPGMA法对18个皂荚种质进行了聚类分析。在此基础上,通过筛选出的多态性条带构建了18个皂荚种质的SCoT指纹图谱。扩增结果表明:从51个SCoT引物中筛选了15个引物进行PCR扩增,共扩增出226条带,其中多态性条带216条,多态性比率为96.61%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.875 9、1.964 9、1.440 1、0.272 6、0.426 1。18个皂荚种质的遗传相似系数在0.491 4~0.938 1之间,表明供试材料之间具有较丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.60处可将18个皂荚种质分为3组,其中野皂荚单独为一组,山皂荚和皂荚-T聚为一组,其它皂荚材料聚为一组。利用3个引物扩增的8个多态性位点构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。该研究结果为皂荚种质的鉴定和新品种选育提供了一定的理论依据。     

48个烟草品种遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对48个烟草品种进行遗传多样性研究。从200个10bp的随机引物用RAPD方法筛选获得28个多态性引物,然后对48份烟草种质资源的基因组DNA进行扩增,共获得184条DNA扩增片断带。其中多态性带86条,平均多态检出率为46.7%。48份材料的遗传距离为0~7.81,采用UPGMA法聚类分析,可将其分为两大类群,即黄花烟草群与普通烟草群,后者又可分为4组。     

Genetic Diversity in Grapevine Germplasm Resources in the Coruh Valley Revealed by RAPD Markers

Random amplified polymorphic DNA analysis was carried out in 35 autochthonous table grapevine cultivars grown in Coruh valley. Fifty-five oligonucleotide primers were screened on cultivars, and among them, 12 primers showed clear polymorphic patterns. PCR amplification with 12 primers generated a total of 157 polymorphic bands. There was genetic variation among the cultivars with values of genetic diversity ranging from 0.19 to 0.72 using the Jaccard coefficient. UPGMA analysis of the distance matrix resulted in a dendrogram with two main clusters. The first cluster included 28 cultivars and the second 7 cultivars. The greatest genetic similarity was observed between cultivars Gah and Kolik, while the greatest dissimilarity was observed between cultivars Gah and Siyah Kus Uzumu. The dendrogram revealed that the cultivars present in Coruh valley can be distinguished to a relatively high degree.     

Assessment of genetic variation withinBrassica campestris cultivars using amplified fragment length polymorphism and random amplification of polymorphic DNA markers

Genetic relationships were evaluated among nine cultivars ofBrassica campestris by employing random amplification of polymorphic DNA (RAPD) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. RAPDs generated a total of 125 bands using 13 decamer primers (an average of 9.6 bands per assay) of which nearly 80% were polymorphic. The per cent polymorphism ranged from 60–100%. AFLP, on the other hand generated a total of 319 markers, an average of 64 bands per assay. Of these, 213 were polymorphic in nature (66.8%). AFLP methodology detected polymorphism more efficiently than RAPD approach due to a greater number of loci assayed per reaction. Cultivar-specific bands were identified, for some cultivars using RAPD, and for most cultivars with AFLP. Genetic similarity matrix, based on Jaccard’s index detected coefficients ranging from 0.42 to 0.73 for RAPD, and from 0.48 to 0.925 for AFLPs indicating a wide genetic base. Cluster analyses using data generated by both RAPD and AFLP markers, clearly separated the yellow seeded, self-compatible cultivars from the brown seeded, self-incompatible cultivars although AFLP markers were able to group the cultivars more accurately. The higher genetic variation detected by AFLP in comparison to RAPD was also reflected in the topography of the phenetic dendrograms obtained. These results have been discussed in light of other studies and the relative efficiency of the marker systems for germplasm evaluation.     

基于ISSR分子标记的叶子花亲缘关系分析和指纹图谱构建

为分析品种遗传多样性和遗传距离并构建品种聚类图和指纹图谱,该研究从DNA模板浓度、引物浓度、退火温度和循环次数等方面优化了叶子花ISSR-PCR反应体系和反应程序,利用11个ISSR引物对131个叶子花品种进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测.结果表明:优化的ISSR-PCR反应体系中DNA模板浓度为0.5 n...     

Genetic diversity analysis of Cynodon dactylon (bermudagrass) accessions and cultivars from different countries based on ISSR and SSR markers

ISSR and SSR markers were used to evaluate genetic diversity among 33 Cynodon dactylon accessions and 22 cultivars from four different countries in order to provide information on how to improve the utilization of bermudagrass germplasms. Eighty eight bands were amplified by nine SSR primer combinations and 236 bands were observed from 23 ISSR primers. The results showed that 97.7% of the SSR primers and 86.9% of the ISSR primers were polymorphic. The genetic similarity coefficients (GSC), gene diversity (He) and Shannon index (I) were 0.58–0.97, 0.27 and 0.41, respectively, for ISSR and 0.52–0.97, 0.29, and 0.43 for SSR. The UPGMA analysis clustered the 55 accessions (cultivars) into three groups. The cluster results produced by the ISSR data were close to the SSR data results. Analysis based on the combined ISSR and SSR data was more closely related to the geographical distribution of the tested germplasm.     

Genetic diversity in Vicia amoena (Fabaceae) germplasm resource in China using SRAP and ISSR markers

The genetic diversity in 17 germplasms of Vicia amoena L. from north China was analyzed using SRAP and ISSR markers. Three hundred and sixty-eight (94.11%) polymorphic bands (211 and 157 obtained from 20 pairs of SRAP and ISSR primers, respectively) were scored. Although SRAP was more effective than ISSR markers with higher PIC, RP and larger variation range of genetic distance, both the markers were useful for assessing V. amoena genetic diversity. Cluster analysis showed that the 17 germplasms were clustered into 5 groups. The results of principal coordinate analysis supported UPGMA clustering. The germplasms from source areas where the annual average temperature ranged from −1.0 to 5 °C exhibited the highest level of genetic diversity with the highest PPI, I and H. These results have important implications in genome mapping, breeding purposes, and germplasm conservation.