鮰爱德华氏菌外膜微孔蛋白N基因PCR快速检测方法的建立

根据Gen Bank中鮰爱德华氏菌Edwardsiella ictaluri外膜微孔蛋白N(porin N)基因序列(Gen Bank No:NC_012779.2)设计了1对引物,预计目的片段大小为381 bp。通过对反应体系和条件的优化,并进行特异性试验、敏感性试验及人工感染组织样品检测,建立了一种快速检测鮰爱德华氏菌的PCR方法。结果表明,在所检测的鮰爱德华氏菌、迟缓爱德华氏菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌、杀鲑气单胞菌、豚鼠气单胞菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲁氏耶尔森氏菌、海豚链球菌、不动杆菌、产气肠杆菌、大肠杆菌、拟态弧菌、荧光假单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌15种细菌中仅鮰爱德华氏菌扩增出特异性条带;敏感性试验结果显示,该方法最小核酸检出量为9.35×10-3ng·μL-1;同时对人工感染的病料肝脏、细菌基因组DNA、细菌菌液及菌落进行扩增,结果显示4种材料均能检测出大小为381 bp的基因片段。本研究所建立的方法特异强、灵敏度高,适用于鮰爱德华氏菌感染病例的高效、快速检测。     

迟缓爱德华菌的外膜蛋白图谱及耐药性分析

分析 2 7株不同来源的迟缓爱德华菌 (Et)的外膜蛋白 (OMP) ,可分为A～H 8个型。 2 1株致病株与 6株非致病株有明显不同的图谱。致病株OMP条带多而深浓 ,并且相同来源的菌株有几乎一致的图谱。其中国内致病株以E型为主 ,与ATCC参考株相似。非致病株OMP条带则浅而稀疏 ,来源虽不同 ,但图谱极类似。另外 ,6株非致病株对磺胺、庆大、四环素等抗生素普遍耐药 ,而致病株除少数几株外 ,均对抗生素有不同程度的敏感     

重组琼胶酶rAgaN3基因的生物信息学分析

利用生物信息学软件和数据库对从Microbulbifer sp.BN中得到的琼胶酶rAgaN3全长基因进行预测分析,结果表明:重组琼胶酶rAgaN3理论分子量为31.243 kDa,理论等电为4.81,不稳定系数为26.23,脂肪系数为62.35,平均疏水性系数为-0.662,无跨膜结构域,无信号肽;二级结构表明该蛋白无螺旋结构,有15个折叠结构,其余均为卷曲结构;序列相似性分析表明,蛋白rAgaN3属于糖苷水解酶GH16家族,为β-琼胶酶;以同源蛋白3wz1A(同源性88%)为模板,通过同源建模构建出了蛋白三级结构,并用拉式图进行了结构检验。琼胶酶rAgaN3基因的生物信息学分析,为琼胶酶的异源表达提供了指导,为琼胶酶的定点突变、深入研究其结构和功能的关系打下良好基础。     

百日咳鲍特菌外膜蛋白的致病性与免疫原性

百日咳鲍特菌外膜蛋白是存在干细菌表面的一组功能性蛋白质,包括P69、FhaC和BrkA,其中以P69最为重要。P69分子中的RGD-（GGxxP）5和（PQP）5两个富含脯氨酸结构区分别具有粘附作用和很强的免疫原性,其抗体具有较强的保护作用,可作为无细胞型百日咳疫苗中的一个重要抗原成分。P69具有多态性,百日咳流行菌株的P69已从P69A转变成以P69B或P69C为主,所引起的抗原性漂移与疫苗预防效果下降有直接关系。FhaC是该菌的一种外膜蛋白,能特异地辅助丝状血凝素分泌;BrKA不仅具有蛋白转运功能,且能抵抗抗体依赖补体介导的细胞毒作用。     

洋葱伯克霍尔德菌外膜蛋白双向电泳的建立与优化

目的:洋葱伯克霍尔德菌外膜蛋门的分离及双向电泳图谱的建立和优化.方法:用月桂酰基氯酸钠法提取外膜蛋白,以同相pH梯度为第一向和SDS-PAGE为第二向进行双向电泳,对裂解液成分,IPG胶条的pH和凝胶染色方法等进行优化.结果:获得外膜蛋白浓度为2.87μg/μl;最佳裂解液成分为:7mol/L尿素,2mol/L硫脲,4%Chaps,2%pharmalyte,65 mmol/L DTT,0.5%Triton X-100,10mmol/L Tris.结论:提取的外膜蛋白满足双向电泳条件;获得理想的外膜蛋白双向电泳图谱用于后续实验中.     

鼠伤寒沙门菌外膜蛋白与耐药性关系的分析

目的分析鼠伤寒沙门菌外膜蛋白(OMP)与耐药性的关系。方法用消除剂丫啶橙消除耐药性,盲传测其遗传稳定性,采用超声波物理裂解法制备鼠伤寒沙门菌外膜蛋白标本,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDA-PAGE)检测外膜蛋白,用紫外分光光度计测其吸光值,计算浓度。结果抗性消除表型能稳定遗传,耐药鼠伤寒沙门菌与敏感鼠伤寒沙门菌都含有6条主要的外膜蛋白条带,两者相比,发现耐药菌的外膜蛋白在约57、53、30 kDa处减弱或缺失,总的蛋白浓度也低于后者。结论鼠伤寒沙门菌耐药性与外膜蛋白的减弱或缺失有关。     

沙门菌外膜蛋白的分子免疫学研究进展

沙门菌外膜蛋白的研究目前是个热点,运用分子免疫学技术和基因检测等手段,时沙门菌外膜蛋白进行分析,有助于更深入地研究沙门菌外膜的生理结构与功能及其致病性,提高实验室诊断水平;同时有助于治疗和预防沙门菌引起的疾病,控制该菌的医院内感染。     

盘基网柄菌早衰蛋白结构与功能生物信息学分析

早衰蛋白(presenilin, PS)是γ分泌酶的组成成分,其突变可造成阿尔兹海默病(Alzheimer disease,AD)的形成。因PS所造成AD的发病机理较复杂,因而我们想探究一下模式生物盘基网柄菌(Dictyostelium discoideum)是否能够作为研究早衰蛋白的模型。从NCBI网站中得到盘基网柄菌早衰蛋白DdPsenA和DdPsenB氨基酸序列,随后利用ProtScale、ProtParam理化性分析工具、保守结构域、TMHMM2跨膜区分析网站、进化树软件MEGA6.0、二级结构PredictProtein以及三级结构SWISS-Model服务器对上述蛋白进行生物信息学分析。DdPsenA的氨基酸长度为622,是亲水性蛋白,其相对分子质量为69 502.79,等电点为4.53。DdPsenB的氨基酸长度为473,属于疏水性蛋白,其相对分子质量为52 558.74,等电点为4.49,与DdPsenA同属于Peptidase_A22B超家族。跨膜分析出DdPsenA和DdPsenB均有8个跨膜区。DdPsenA与人类presenilin-2序列相似性为67%,Dd PsenB与人类presenilin-1序列相似性分别为60%。盘基网柄菌可以作为研究早衰蛋白功能和作用机制的模型。     

肺炎克雷伯菌五种外膜蛋白研究进展

细菌的外膜蛋白是一种常见的毒力因子,同时也是控制抗菌药物进入细菌体内的重要通道.近年来,随着肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)毒性和耐药性的增强,受感染人群和感染率逐年增长.为了减少感染,多采取诸如制备相关抗耐药菌药物、蛋白疫苗等预防治疗措施.该文主要针对肺炎克雷伯菌五种重要的外膜蛋白Om...     

家蝇Prohibitin基因的生物信息学分析

为对家蝇Prohibitin蛋白序列进行生物信息学分析,从而为该基因功能研究奠定基础。利用在线分析程序和相关工具软件分析Prohibitin蛋白的理化性质、结构域、并预测其空间结构和功能。结果表明家蝇Prohibitin蛋白由277个氨基酸组成,分子量为30.54 k Da,理论等电点为5.26,为稳定蛋白,有跨膜区,但不含信号肽,该蛋白属于PHB保守结构域家族,亚细胞定位于细胞质,二级结构以α-螺旋为主。蛋白同源性比对结果显示,昆虫中的Prohibitin蛋白具有较高的同源性。这些分析结果可为今后深入研究该蛋白的结构特征和功能提供参考。     

黄颡鱼PGRP-L基因克隆及其对爱德华氏菌的反应

为了研究肽聚糖识别蛋白家族(Peptidoglycan recognition proteins, PGRPs)在黄颡鱼(Pelteobagrusfulvidraco)先天免疫应答中发挥的作用, 根据NCBI中斑马鱼(Danio rerio) 和虹鳟(Oncorhynchus mykiss) PGRP-L的基因信息, 采用简并引物和RACE方法从黄颡鱼肝脏中克隆得到了一个长型PGRP (PfPGRP-L)基因. PfPGRP-L基因的全长cDNA序列大小为1617 bp, 其中5'和3'非翻译区的长度分别为135和72 bp, 开放阅读框为1410 bp, 编码469个氨基酸. 同源性和系统进化分析表明, 黄颡鱼PGRP-L与虹鳟的同源性为60%, 与脊椎动物的PGLYRP2 或PGRP-L聚在一起. 半定量RT-PCR分析发现PfPGRP-L基因在黄颡鱼鳃、胸腺、肝脏、脾脏、肠道、肾脏、头肾、心脏、血液和肌肉组织中均有分布, 但在肠道和脾脏中的表达量较为丰富, 而在肌肉和血液中表达则很少. 用爱德华氏菌刺激后, PfPGRP-L在肝脏、脾脏、肠道及头肾中的表达明显上调. 结果表明, PfPGRP-L在黄颡鱼抵抗病原菌中具有重要作用.     

伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌分离株的外膜蛋白谱比较

目的:比较伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌流行菌株的外膜蛋白谱差异。方法:运用二维蛋白电泳方法,对我国伤寒沙门菌株XJ90和甲型副伤寒沙门菌株JX2005-92在实验室通用营养条件下培养提取的外膜蛋白进行分离,比对其差异,对差异蛋白点进行质谱鉴定,对鉴定蛋白点的基因序列也进行比较。结果:菌株XJ90中发现20个特异蛋白点,质谱鉴定出16个;菌株JX2005-92中发现29个特异蛋白点,鉴定出18个。在这些蛋白中,OmpA是数目最多的同种差异蛋白。这些差异蛋白点中的大部分编码基因在2种细菌中序列高度相似或相同。结论:伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌基因序列高度相似的外膜蛋白具有不同的修饰形式,提示其不同遗传背景在相同的环境条件下表现出精细的功能差异。     

应用绿色荧光蛋白标记迟缓爱德华菌感染斑马鱼

目的建立斑马鱼模型研究迟缓爱德华菌的致病性及感染途径。方法应用绿色荧光蛋白标记迟缓爱德华菌,追踪观察其感染斑马鱼的动力学过程及病理组织学变化。结果病理组织学检查以肝脏水肿变性,肝细胞萎缩、坏死、脱落,脾脏散在增生性结节、充血、水肿、淋巴细胞大量缺失等病变为主;感染后,该菌先后在斑马鱼肠道、鳃和皮肤中定植。结论斑马鱼可作为研究迟缓爱德华菌致病性的动物模型。肠道、鳃和皮肤可能是迟缓爱德华菌先后感染斑马鱼的主要途径。     

赖型钩端螺旋体外膜蛋白基因结构比较性研究

用ＰＣＲ方法扩增不同毒力赖型钩体ＯｍｐＬ１基因片段,进行序列测定,用相关软件比较分析核苷酸序列、蛋白质二级结构以及限制性内切酶谱,不同毒力赖型钩体能扩增出９６０ｂｐ的片段,非致病Ｐａｔｏｃ株未能扩出相应片段,中国赖型参考株ＯｍｐＬ１序列（ＧｅｎｅＢａｎｋ Ｎｏ．ＡＦ２５０３１８）与流感伤寒型相应序列比较有９８个核苷酸差异,同源性为８９．８％,二级结构预测和氨基酸疏水图显示变异主要发生在跨膜蛋白的膜     

柱状嗜纤维菌的外膜蛋白和脂多糖及其对鳜的免疫原性

柱状嗜纤维菌(Cytophaga columnaris Reichenbach)又名柱状屈挠杆菌(Flexibacter columnaris Leadbetter),这种细菌感染几乎所有的淡水鱼类。柱状嗜纤维菌可造成严重的鳃和皮肤病变,直至引起鱼的死亡［1］。国内已经分离到多株柱状嗜纤维菌。外膜蛋白和脂多糖是构成革兰氏阴性菌表面抗原最主要的成分,它们作为重要的保护性抗原而引起重视。鳜(Siniperca chuatsi)是我国名特优养殖的重要品种之一,近年来各种病害的发生严重地影响其产量。而柱状嗜纤维菌是危害鳜的病原之一。本文旨在研究这种细菌的外膜蛋白和脂多糖的不同组分对鳜的免疫原性,找出免疫原性最强的组分,为今后的疫苗的研制提供参考。     

申克孢子丝菌Pall和Pall样蛋白生物信息学分析

为初步了解申克孢子丝菌Sporothrix schenckii基因组中真菌特有蛋白PalI和PalI样蛋白的生物学特征,利用在线生物信息学分析软件,对两蛋白理化特征、功能域、二级结构、抗原表位等进行分析预测。发现两蛋白理论分子量分别为24.6kDa和75.6kDa,等电点均偏碱性; 属于同一蛋白家族,具有相同的功能域和多个PKC磷酸化位点; 两蛋白在近氨基端区域相似度较高,并与其他模式真菌中同源蛋白有很高相似度; 同时,两蛋白都有跨膜区,氨基端序列三级结构极为相似,并有丰富的抗原表位。通过生物信息学分析对申克孢子丝菌PalI和PalI样蛋白生物学特征有了初步的认识,为后续实验研究提供有力支持。     

耐冷希瓦氏菌外膜蛋白的体外折叠研究

目的:旨在建立耐低温革兰氏阴性菌外膜蛋白体外折叠体系,为膜蛋白合成耐低温机制提供理论基础。方法:以包涵体的形式在大肠杆菌中过量表达了来源于耐低温希瓦氏菌的OmpA同源外膜蛋白Omp74的全蛋白质和N端跨膜结构域,纯化包涵体后,用高浓度尿素或强阴离子表面活性剂溶液溶解包涵体,以非离子表面活性剂为折叠介质,建立该外膜蛋白的体外折叠体系,同时以大肠杆菌的OmpA作为对照进行了比较研究。结果:与OmpA相比,Omp74体外折叠受温度影响较小,低浓度的阴离子表面活性剂能促Omp74的折叠,但对OmpA的折叠没有影响;C端结构域抑制Omp74在表面活性剂中的折叠;Omp74在0.5%的月桂酰基麦芽糖苷(DDM)和0.4%的十二烷基肌氨酸钠的混合溶液中能达到接近100%的折叠效率。     

重组土拉弗朗西斯菌外膜蛋白FopA的融合表达及抗原性分析

目的:探索一种大量表达功能性土拉弗朗西斯菌外膜蛋白FopA的方法。方法:采用SignalP 3.0 Server进行信号肽预测,将土拉弗朗西斯菌外膜蛋白FopA信号肽的基因序列(75bp)去除,将1107bp的核心序列克隆至原核表达载体pET32a,并在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达。结果:构建了pET32a-fopA载体,重组蛋白FopA表达量约占菌体总蛋白量60%,Western blot分析显示重组FopA蛋白有较好的抗原性。结论:获得了高效表达FopA的pET32a-fopA表达载体,为下一步土拉弗朗西斯菌外膜蛋白FopA应用研究奠定了基础。