汉江上游太白河川陕哲罗鲑(Hucho bleekery Kimura)再发现

川陕哲罗鲑(Hucho bleekeri Kimura)是我国长江流域特有鱼类,近几十年来资源量急剧下降,陕西和四川等地历史分布区已多年未见其踪迹,濒临灭绝。2013年在汉江上游陕西省太白县太白河发现了19尾成体样本。本次发现是该物种在太白河消失15年后的再次发现,也是近30多年来该物种在分布区范围内同时被发现成体数量最大的一次。本次发现对川陕哲罗鲑资源保护和恢复有重要意义。     

不同开口饵料对川陕哲罗鲑仔鱼生长和存活的影响

分别采用水丝蚓Limnodrilus sp.、丰年虫Artemia salina、鲫鱼Carassius auratus卵和2种不同配方的人工饲料饲养川陕哲罗鲑Hucho bleekeri开口仔鱼(20日龄),研究不同开口饵料对川陕哲罗鲑仔鱼生长和存活的影响。结果表明:在仔鱼开口后的0~10 d内,丰年虫投喂的川陕哲罗鲑仔鱼生长速度显著高于其他试验组,15~20 d丰年虫组仔鱼出现负增长(-0.38%),而10 d以后2个饲料组的生长速度迅速提升。在整个试验期内,水丝蚓组和鲫鱼卵组的生长较为平稳,特定生长率均介于丰年虫组和2个饲料组之间。试验结束时,丰年虫组的存活率最高,为(91.11±5.09)%,水丝蚓组的存活率最低,为(43.33±6.67)%。基于本试验的结果和川陕哲罗鲑的摄食特性,推荐最适的开口投喂方案为:0~10 d投喂丰年虫,10 d后逐步添加人工饲料进行转食。     

川陕哲罗鲑Cyt b基因克隆及其在鲑亚科中的系统发育关系

采用聚合酶链式反应克隆川陕哲罗鲑Hucho bleekeri线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道该基因的全长序列(1140 bp,GenBank 登录号FJ597623),并与鲑亚科中其他5属14个物种的Cyt b基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以白鲑亚科的白鲑Coregonus lavaretus作为外群构建了ML、NJ和MP系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,川陕哲罗鲑与细鳞鲑属的细鳞鱼Brachymystax lenok之间的遗传距离相对较小(8.47%),在系统发育树上两者聚在一起,提示川陕哲罗鲑与细鳞鱼存在较近的亲缘关系,该结果与以往的形态学分类不相符.     

濒危物种川陕哲罗鲑在汉江上游太白河再发现

正川陕哲罗鲑(Hucho bleekeri)隶属于鲑形目(Salmoniformes)鲑科(Salmonidae)哲罗鲑属,是我国特有物种,主要分布在29°~33°N秦岭以南长江流域北侧一级支流岷江水系和汉江水系的上游山区激流环境中,是欧亚大陆鲑鳟鱼类中分布纬度最低的种类。20世纪60年代以前,川陕哲罗鲑资源还较丰富,在岷江上游的干流、大渡河、青衣江及其附属支流均有分布。20世纪60年代以后,受环境恶化、过度捕捞等影响,资源量锐减,分布区域不断缩     

生长季川陕不同地带植被覆盖对气候变化的时空响应

川陕地区处于中国800mm等降水量线过渡带的南北两侧,区内分山、川、原3种地形,是退耕还林(草)最早实施区域。基于2001—2014年的MODIS、气温和降水量数据,选取10种植被地带数据,采用Sen+MK检验和时滞偏相关等方法,结合重分类后的4种地貌类型和6类土地利用/覆盖数据,分年内生长季、年际生长季和非生长季的对比、以及植被生长最好的8月与5月、6月、7月、8月、5—6月、6—7月、7—8月、5—8月共8个时间段的相关性3种时间尺度,对川陕地区植被NDVI与气候因子的关系进行了深入探讨。结果表明:1)川陕、陕西和四川年均气温分别以0.02℃/10a、0.01℃/10a和0.03℃/10a(通过0.01显著性水平)的线性速度增加,低于近50年来(1951—2001年)全国的气温增速(0.22℃/10a);2)川陕、陕西、四川尺度上,植被NDVI与同季气温、降水量的相关性一致,与上季的相关性不具一致性。植被NDVI与上季气温、降水量的相关性均高于同季,相较于降水量,与气温呈现出更多的负相关性,其中陕西地区最为显著;3)川陕地区气温变化趋势与全球变暖不同步,植被生长受气温的影响较小或无影响;降水量相较于气温对陕西地区植被生长的影响更大;气温是四川植被生长的主要限制因素。植被覆盖与气温、降水量的相关性在草地、林地和农耕区最为显著。     

舟山近海水样环境DNA获取方法的建立

以曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)为研究对象, 通过绝对定量技术建立和优化了舟山近海高浊度水样环境DNA(Environmental DNA, eDNA)的获取方法。研究结果如下: (1)同体积水样采用乙醇沉淀法获得的eDNA产量是滤膜抽滤法的1.76—2.53 倍, 但在实际应用中由于受到采样体积、处理方式、配套设备的限制, 乙醇沉淀法难以发挥出优势; (2)滤网对泥沙等杂质无过滤作用, 添加滤网并不能过滤掉泥沙及增加抽滤体积; (3)滤膜孔径的大小对少量水样的eDNA产量有很大影响, 但对大体积水样eDNA的产量无影响; (4)水样静置处理有可能会增大eDNA产量, 但也有可能会增大eDNA结果的波动性, 使生物量评估结果误差较大; (5)阳离子表面活性剂对eDNA降解有明显的抑制作用; (6)去膜法效果优于碎膜法, 建议使用去膜法进行eDNA消化, 使用时增加离心时间; (7)酚抽除沙法虽然不能提高eDNA产量, 但能明显提高产物纯度。研究首次建立了舟山近海水样大生物eDNA最适获取方法, 为相似水域的水样采集及eDNA提取提供了借鉴参考。     

濒危物种胡杨和灰叶胡杨总DNA提取及RAPD体系优化

以濒危物种胡杨和灰叶胡杨硅胶干燥的叶片为材料,研究其总DNA提取方法及RAPD-PCR体系优化条件。结果表明,用改良CTAB法提取的DNA适用于胡杨和灰叶胡杨的RAPD分析。优化的胡杨和灰叶胡杨RAPD-PCR体系为:20μL的反应体系中含Mg2+2.5 mmol·L-1、dNTP 0.15 mmol·L-1、引物0.2μmol·L-1、模板DNA100 ng和1.5 U Taq DNA聚合酶。用6条多态性引物对优化体系的稳定性进行检测,结果显示扩增结果稳定,多态性丰富。该优化体系为在分子水平开展胡杨和灰叶胡杨的保护生物学研究提供了技术支持和参考。     

RAPD条件优化及天麻基因组DNA多态性分析

建立了RAPD扩增条件快速优化程序与方法．并应用于天麻基因组DNA扩增条件的优化及多态性的测定：获得了天麻基因组DNA的RAPD扩增优化条件和DNA指纹图谱;分析了模板DNA、引物、dNTP、Taq DNA聚合酶等的浓度和退火温度对RAPD扩增的影响．结果表明：天麻基因组DNA用引物S1扩增的片段具有更明显的多态性,这种指纹图谱更适合于天麻遗传分化研究;而用引物S12扩增的DNA指纹图谱具有更大的相似性,这种指纹图谱更适合于天麻真伪鉴别．该方法使RAPD扩增条件优化过程实现了程序化和数量化,是获得RAPD优化条件的简便快速、经济实用方法．应用该方法进行RAPD扩增,可获得图谱清晰、稳定可靠的实验结果．     

日本血吸虫DNA疫苗的优化策略

血吸虫病严重危害人类及家畜健康,发展疫苗是防治血吸虫感染的有效措施。传统疫苗的发展因成本高、免疫原性低及安全隐患而受到限制。发展DNA疫苗成为近年的研究重点。为提高DNA疫苗的免疫保护力,候选抗原的筛选、CpG序列的优化、基因佐剂的选用、多价疫苗的构建等被认为是日本血吸虫DNA疫苗的优化策略。     

密码子优化对DNA疫苗免疫原性的影响

DNA疫苗作为疫苗研制工业中的新成果已经得到了越来越多得关注。为了提高其免疫原性,发挥它最大的保护作用,人们进行了各种尝试。近几年来的研究表明,通过密码子优化的方式可以提高DNA疫苗的免疫原性,增强其免疫保护作用。本文即针对该问题做了一些总结。     

Molecular diet analysis in mussels and other metazoan filter feeders and an assessment of their utility as natural eDNA samplers

Molecular gut content analysis is a popular tool to study food web interactions and has recently been suggested as an alternative source for DNA-based biomonitoring. However, the overabundant consumer's DNA often outcompetes that of its diet during PCR. Lineage-specific primers are an efficient means to reduce consumer amplification while retaining broad specificity for dietary taxa. Here, we designed an amplicon sequencing assay to monitor the eukaryotic diet of mussels and other metazoan filter feeders and explore the utility of mussels as natural eDNA samplers to monitor planktonic communities. We designed several lineage-specific rDNA primers with broad taxonomic suitability for eukaryotes. The primers were tested using DNA extracts of different limnic and marine mussel species and the results compared to eDNA water samples collected next to the mussel colonies. In addition, we analysed several 25-year time series samples of mussels from German rivers. Our primer sets efficiently prevent the amplification of mussels and other metazoans. The recovered DNA reflects a broad dietary preference across the eukaryotic tree of life and considerable taxonomic overlap with filtered water samples. We also show the utility of a reversed version of our primers, which prevents amplification of nonmetazoan taxa from complex eukaryote community samples, by enriching fauna associated with the marine brown algae Fucus vesiculosus. Our protocol will enable large-scale dietary analysis in metazoan filter feeders, facilitate aquatic food web analysis and allow surveying of aquacultures for pathogens. Moreover, we show that mussels and other aquatic filter feeders can serve as complementary DNA source for biomonitoring.     

少花龙葵与黄果龙葵染色体核型分析

利用DAPI显带技术对少花龙葵和黄果龙葵染色体进行了核型分析。结果表明,少花龙葵染色体数目为24,为二倍体,核型公式为K(2n)=24=6sm+18m;黄果龙葵染色体数目为48,为四倍体,核型公式为K(4n)=48=48m,并进一步构建了这两个种的核型模式图。此外,还初步探讨了染色体的DAPI带型及其异染色质的分布。为中国龙葵的系统分类和进化趋向研究,以及育种和资源的开发利用提供帮助。     

唐古特大黄ISSR-PCR反应条件的优化

利用单因素试验对影响唐古特大黄ISSR-PCR扩增的重要参数进行优化,以期建立其最佳反应条件。结果如下:20μL反应体系包括1.5×PCR buffer(15mmol/LTris-HCl,75mmol/LKCl),1.00mmol/LMgCl2,0.6UTaq DNA聚合酶,0.125mmol/LdNTP,0.5μmol/L引物和30ng模板DNA;引物UBC888适宜的退火温度为57.4℃。ISSR反应条件的建立为利用分子标记技术研究唐古特大黄居群遗传多样性奠定了良好基础。     

重组枯草芽孢杆菌发酵生产乳铁蛋白N叶工艺优化北大核心CSCD

为实现乳铁蛋白N叶的大规模制备,本研究对表达乳铁蛋白N叶的工程菌枯草芽孢杆菌pMA0911-D60Y/Y92D进行了发酵工艺的优化。确定了最佳的培养条件:以葡萄糖为最佳碳源,以胰蛋白胨为最佳氮源,在pH 7.0、温度28℃、发酵25.5 h条件下诱导表达目的蛋白,目的蛋白的IOD值高达68.03%。在10L发酵罐上对重组菌株的发酵条件进行优化,获得如下的最佳发酵工艺,即采用300 r/min转速,0-7 h时,在pH 7.5、30℃条件下培养菌体;7-25 h时,在pH 7.0、28℃条件下诱导表达目的蛋白。发酵结束后,收集细胞并破碎后取上清液用HisTrapHP亲和层析及SuperdexTM200(10/300GL)亲和层析法对细胞上清液进行纯化至均一条带,获得了纯度>94%的重组乳铁蛋白N叶,1 L菌体能制备23.5 mg纯蛋白。本研究为重组牛乳铁蛋白N-叶的高效制备奠定了基础。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析1

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P₄和P₅都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P₄将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P₅将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析1

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P₄和P₅都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P₄将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P₅将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

链霉菌CB02959中四霉素及四烯菌素的鉴定及培养基优化

[背景]四霉素(Tetramycin)和四烯菌素(Tetrin)是具有广谱抗真菌活性的四烯大环内酯类抗生素.链霉菌CB02959是一株雷纳霉素(Leinamycin)类化合物的潜在产生菌株,利用antiSMASH分析其基因组发现该菌株含有一个纳他霉素(Natamycin)类四烯大环内酯化合物的生物合成基因簇.[目的]对...     

金黄杆菌ZHDP1菌株基因组分析及其蛋白酶活性特征与产酶优化

【背景】蛋白酶活性研究对于理解金黄杆菌属（Chryseobacterium）菌株的生态角色、工业价值及潜在致病机理十分重要。【目的】分析一株细菌的新型基因组序列,以此推断其中潜在的蛋白酶基因,并对其蛋白酶活性进行验证与优化,为后续研究提供数据支撑。【方法】利用高通量测序技术对菌株基因组序列进行测定与组装,并利用单因素优化方法对菌株的蛋白酶作用条件与产酶条件进行优化。【结果】分离得到一株蛋白酶活性菌株,通过分子生物学手段鉴定为金黄杆菌属菌株,并命名为Chryseobacterium sp. ZHDP1。该菌株基因组大小为4 917 748 bp,GC含量为35.95%,平均核苷酸相似性和DNA-DNA杂交指数分别为91.39和47.8。该菌株基因组中发现超过20条蛋白酶基因,上清液中也检测到蛋白酶活性,其最适反应温度和pH值分别为50℃和7.0。Zn²⁺、Mn²⁺和Cr₂O₇^2-对蛋白酶活性有强烈抑制作用。ZHDP1菌株在培养温度35℃、培养时间35 h、接种量4%、碳源和氮源为...     

唐菖蒲伯克霍尔德氏菌椰毒假单胞菌酵米面亚种环介导等温扩增荧光方法的建立

【目的】建立一个基于环介导等温扩增与荧光探针结合的唐菖蒲伯克霍尔德氏菌椰毒假单胞菌酵米面亚种(Burkholderia gladioli pv. cocovenenans)特异性检测方法。【方法】通过多重序列比对分析,选择B. gladioli pv. cocovenenans共有的bonA为靶位点,设计环介导等温扩增的特异性引物和荧光探针,通过19株B. gladioli和3株非目标菌株,验证该方法的特异性。将该方法的检测特异性与现有的基于实时荧光定量PCR鉴定B. gladioli pv. cocovenenans的方法进行比较,并对建立的方法进行灵敏度探究。【结果】建立的环介导等温扩增荧光鉴定方法对B. gladioli pv.cocovenenans具有特异性,能在30 min内得出结果,且该方法能进行可视化直接观测。该方法的基因组DNA最低检测限度为1.98pg/μL,检测灵敏度为2.7×10²CFU/mL。另外,该方法能应用到食品样品中B. gladioli pv. cocovenenans的检测。【结论】本研究建立了一个快速、可视化、特异性强的检测方...