酵母丙氨酸tRNA的纯化、半分子制备及其末端鉴定

本文报道了用DEAE-葡聚糖凝胶A-25柱层析纯化酵母丙氨酸tRNA的方法,纯化的tRNA,按接受丙氨酸的活力计算,其纯度达60～70%。经核糖核酸酶T_1(RNase T_1)限制性降解(tRNA与RNase T_1的比率为1毫克/15单位,0℃,4分钟),柱层析,制备了tRNA的两个半分子。用萤光标记法,[~3H]标记法,测得5′半分子的3′末端为鸟苷酸;用[~(32)P]标记法测得3′半分子的5′末端为胞苷酸。因此,RNase T_1限制性降解丙氨酸tRNA的切点在反密码子的G—C键之间。     

编码酵母丙氨酸tRNA两个半分子的DNA的克隆

用DNA合成仪合成寡聚脱氧核苷酸。用T4-DNA连接酶把这些寡聚脱氧核苷酸重组成双链DNA。这两个双链DNA的上游是T7-启动子,下游分别编码酵母丙氨酸tRNA的5′半分子(1-35位核苷酸)和3′半分子(35-76位核苷酸)。再把这两个双链DNA克隆到PUC 12质粒中。经点杂交筛选和DNA顺序测定证明克隆是成功的。     

tRNA衍生片段和tRNA半分子的生物学功能及其在疾病发生中的作用

tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragment,t RF)和tRNA半分子(tRNA halves,ti RNA)由成熟tRNA或其前体tRNA在不同位点特异性剪切产生,它们是一类广泛存在于原核生物和真核生物转录组中的非编码小RNA分子.t RF主要有tRF-5、tRF-3和tRF-1等3亚类,分别来自成熟tRNA的D环至反密码环茎区间切割至5′端、T环开始至3′端和前体tRNA的3′端尾部,其长度为14~30个核苷酸(nucleotide,nt).ti RNA主要有5′ti RNA和3′ti RNA等2亚类,是在成熟tRNA反密码子环处切割分别产生,其长度为29~50 nt.t RF和ti RNA具有多种生物学功能,既可以在应激反应中作为信号分子,又可以作为基因表达的调节者.它们与人类多种疾病(如肿瘤、神经退行性疾病、代谢性疾病和传染病等)的发生密切相关,有希望成为疾病诊断的新型标志物.本文就t RF和ti RNA的分类、生物学功能以及与人类疾病的关系作一综述.     

1-甲基次黄苷抗体的制备、鉴定及其在酵母丙氨酸转移核糖核酸研究中的应用

本文制备了m~1I~*专一性抗体。经过双向琼脂扩散实验,微量免疫沉淀抑制实验,半抗原结合抑制实验及亲和层析实验证明:抗体可以特异性地与m~1I相结合。可以和含有该核苷的tRNA_y~(ala)的反密码环部位结合。这种结合并不影响tRNA_y~(ala)t与鼠肝氨酰基-RNA合成酶相互识别。似乎从较为直接的意义上说明:反密码环部位不参与tRNA_y~(ala)分子与相应的鼠肝氨酰基-tRNA合成酶的识别。文中强调了用于核酸大分子研究的核酸类物质抗体,必须去除核酸酶的污染。用固相化的m~1I抗体进行亲和层析,可能是一种纯化tRNA_y~(ala)的有用手段。     

1-甲基次黄苷抗体的制备、鉴定及其在酵母丙氨酸转移核糖核酸研究中的应用

本文制备了m~1I专一性抗体。经过双向琼脂扩散实验,微量免疫沉淀抑制实验,半抗原结合抑制实验及亲和层析实验证明:抗体可以特异性地与m~1I相结合。可以和含有该核苷的tRNA_y~(ala)的反密码环部位结合。这种结合并不影响tRNA_y~(ala)t与鼠肝氨酰基-RNA合成酶相互识别。似乎从较为直接的意义上说明:反密码环部位不参与tRNA_y~(ala)分子与相应的鼠肝氨酰基-tRNA合成酶的识别。文中强调了用于核酸大分子研究的核酸类物质抗体,必须去除核酸酶的污染。用固相化的m~1I抗体进行亲和层析,可能是一种纯化tRNA_y~(ala)的有用手段。     

酵母丙氨酸转移核糖核酸5'-半分子顺序14～22九核苷酸的合成

本文报道了酵母丙氨酸转移核糖核酸5'-半分子中二氢尿嘧啶环区的九核苷酸AGDCGGDAG的合成工作。合成的方案是采用先合成AGD、CGG和DAG三个三核苷二磷酸片段,然后再以AGD pCGGDAG(3 p6)或AGDCGG pDAG(6 p3)两种方式用T_4 RNA连接酶连接成为所需要的九核苷酸。CGG和DAG是采用磷酸二酯法进行化学合成,AGD是用AG>P同D借核糖核酸酶N_1酶促合成。这个路线的优点是三个三核苷二磷酸片段易于大量合成制备,无论是3 p6或6 p3两条路线的中间产物AGDOGG(产率61%)和CGGDAG(产率64%)和最终的九核苷酸产物都能得到好的连接产率和分离纯度。3 p6和6 p3两条路线所得的九核苷酸的连接产率分别为52%和82%。合成的产物均经过毗邻分析,5'末端~(32)P标记后的电泳-同系层折双向纯度鉴定或凝胶电泳以及核苷酸顺序分析证明了合成产物的均一性和结构的正确性。     

酵母丙氨酸转移核糖核酸5’-半分子顺序14～22九核苷酸的合成

本文报道了酵母丙氨酸转移核糖核酸5′-半分子中二氢尿嘧啶环区的九核苷酸AGDCGGGDAG的合成工作。合成的方案是采用先合成AGD、CGG和DAG三个三核苷二磷酸片段,然后再以AGD pCGGDAG(3 p6)或AGDCGG pDAG(6 p3)两种方式用T_4RNA连接酶连接成为所需要的九核苷酸。CGG和DAG是采用磷酸二酯法进行化学合成,AGD是用AG>P同D借核糖核酸酶N_1酶促合成。这个路线的优点是三个三核苷二磷酸片段易于大量合成制备,无论是3 p6或6 p3两条路线的中间产物AGDCGG(产率61%)和CGGDAG(产率64%)和最终的九核苷酸产物都能得到好的连接产率和分离纯度。3 p6和6 p3两条路线所得的九核苷酸的连接产率分别为52%和82%。合成的产物均经过毗邻分析,5′末端~(32)P标记后的电泳-同系层析双向纯度鉴定或凝胶电泳以及核苷酸顺序分析证明了合成产物的均一性和结构的正确性。     

3′-半分子5′-末端双链结构阻止tRNA连接酶酶促反应

用定点突变技术将不同核苷酸引入酵母苯丙氨酸tRNA反密码子环32,37和38位.体外转录制备tRNA前体,其32,37和38位的核苷酸与野生型tRNA前体相应位点的核苷酸不同.用纯化的酵母tRNA内切酶和tRNA连接酶对这些tR-NA前体进行剪接加工.结果说明,这些位点的核苷酸不仅影响tRNA内切酶对tR-NA前体的酶切效率,而且3’-半分子5’-末端双链结构阻止tRNA连接酶将相应的tRNA半分子连接成整分子tRNA.     

tRNA衍生片段的鉴定及对靶分子的调节机制

随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-derived stress-induced RNA,tiRNA),其中tRF是一类具有调节功能的非编码RNA。为了加深对tRF的研究,近年来一些基于测序数据的tRF鉴定方法和相关数据库不断涌现,前者主要包括Telonis等人的算法和tDRmapper方法,后者主要有tRFdb、tRF2Cancer和MINTbase等。同时这两者为tRF的深入研究提供了更有效的工具。大量的研究表明,tRF主要以类似miRNA的方式对RNA、DNA及蛋白质进行调节,但也存在特异的作用方式。随着对这三者的深入研究,研究人员发现tRF在人类疾病的各种生物过程中也扮演着重要的角色,例如可以作为生物标志物。因此本文主要对tRF的鉴定方法、数据库、对靶分子的调节机制及其与人类疾病的关系作一综述。     

酵母校正tRNA的提取及其对番茄花叶病毒增殖的抑制作用

从酵母(Saccharamyces cerevisiae SUP-6-1温度突变株,含SUPt RNATyr,SUFtRNAleo,SUPtRNAHis)和菠菜提取了总tRNA,经过BD-纤维素柱层析,得到部份纯化的amber终止密码校正tRNA,它们在兔网织细胞裂解液翻译体系中能促进番茄花叶病毒(ToMV)RNA183k抄读蛋白的合成。研究了酵母SUP6-l校正tRNA对ToMV在烟草中增殖的影响。在用酵母SUP6-l校正tRNA处理的植株顶部新生叶中病毒滴度接种3、5、11、15和20天后,分别是对照的3％、12％、3 8％、42％和67％。用校正tRNA处理的烟草植株中层叶片,在接种后11—20天明显低于对照。下层接种叶中的病毒滴度无显著差异。讨论了校正tRNA对ToMV增殖抑制的机理。     

Bacillus pumilus WL-11木聚糖酶A的纯化、鉴定及其底物降解方式

对一株BacilluspumilusWL_11木聚糖酶的纯化、酶学性质及其底物降解模式进行了研究。经过硫酸铵盐析、CM_Sephadex及SephadexG_75层析分离纯化,获得一种纯化的WL_11木聚糖酶A ,其分子量为2 6 0kD ,pI值9 5 ,以燕麦木聚糖为底物时的表观Km 值为16 6mg mL ,Vmax值为12 6 3μmol (min·mg)。木聚糖酶A的pH稳定范围为6 0至10 4 ,最适作用pH范围则在7 2至8 0之间,是耐碱性木聚糖酶;最适作用温度为4 5℃～5 5℃,在37℃、4 5℃以下时该酶热稳定性均较好;5 0℃保温时,该酶活力的半衰期大约为2h ,在超过5 0℃的环境下,该酶的热稳定较差,5 5℃和6 0℃时的酶活半衰期分别为35min和15min。WL_11木聚糖酶A对来源于燕麦、桦木和榉木的可溶性木聚糖的酶解结果发现,木聚糖酶A对几种不同来源的木聚糖的降解过程并不一致。采用HPLC法分析上述底物的降解产物生成过程发现木聚糖酶A为内切型木聚糖酶,不同底物的降解产物中都无单糖的积累,且三糖的积累量都较高;与禾本科的燕麦木聚糖底物降解不同的是,木聚糖酶A对硬木木聚糖降解形成的五糖的继续降解能力较强。采用TLC法分析了WL_11粗木聚糖酶降解燕麦木聚糖的过程,结果表明燕麦木聚糖能够被WL_11粗木聚糖酶降解生成系列木寡糖,未检出木糖,这说明WL_11主要合成内切型木聚     

多肽分子中C-末端酰胺化氨基酸残基的鉴定

本文报道了一种新的鉴定多肽分子C-末端酰胺化氨基酸残基的方法,17种酰胺化氨基酸的DABTC衍生物标准品在高效液相色谱上得到充分分离与鉴定,采用上述方法对多肽激素TRH、LHRH、SP及PLG中的C-末端酰胺化氨基酸残基的鉴定同样得到满意结果。     

猪血清转铁蛋白含单一铁结合部位的半分子的制备、鉴定和受体结合能力

用胰蛋白酶水解铁饱和的猪血清转铁蛋白 ,可同时获得含单一铁结合部位的N端和C端半分子。比较了猪血清转铁蛋白及其N端和C端半分子与人胎盘细胞膜转铁蛋白受体的结合能力 ,其受体结合能力依次为 :猪血清转铁蛋白 >C端半分子 >N端半分子     

层析聚焦法分离纯化末端脱氧核苷酰转移酶及其抗血清制备和鉴定

 应用层析聚焦和Oligo(dT)-纤维素亲和层析相结合的方法,从小牛胸腺中分离纯化末端脱氧核苷酰转移酶(TdT)。纯化的TdT聚丙烯酰胺凝胶电泳呈一条区带,SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分子量为24,000及26,000d的两条区带。此纯化TdT径戊二醛交联法,自身交联后免疫家兔,得到兔抗小牛TdT的单价抗血清,并进行了免疫学鉴定。     

Bacillus pumilus WL-11木聚糖酶A的纯化、鉴定及其底物降解方式

对一株Bacilluspumilus WL_11木聚糖酶的纯化、酶学性质及其底物降解模式进行了研究。经过硫酸铵盐析、CM_Sephadex及SephadexG_75层析分离纯化,获得一种纯化的WL_11木聚糖酶A ,其分子量为26.0kD ,pI值9.5 ,以燕麦木聚糖为底物时的表观Km 值为16.6mg mL ,Vmax值为12.63μmol (min·mg)。木聚糖酶A的pH稳定范围为6 0至10 4 ,最适作用pH范围则在7.2至8.0之间,是耐碱性木聚糖酶;最适作用温度为45℃～55℃,在37℃、45℃以下时该酶热稳定性均较好;50℃保温时,该酶活力的半衰期大约为2h ,在超过50℃的环境下,该酶的热稳定较差,55℃和60℃时的酶活半衰期分别为35min和15min。WL_11木聚糖酶A对来源于燕麦、桦木和榉木的可溶性木聚糖的酶解结果发现,木聚糖酶A对几种不同来源的木聚糖的降解过程并不一致。采用HPLC法分析上述底物的降解产物生成过程发现木聚糖酶A为内切型木聚糖酶,不同底物的降解产物中都无单糖的积累,且三糖的积累量都较高;与禾本科的燕麦木聚糖底物降解不同的是,木聚糖酶A对硬木木聚糖降解形成的五糖的继续降解能力较强。采用TLC法分析了WL-11粗木聚糖酶降解燕麦木聚糖的过程,结果表明燕麦木聚糖能够被WL-11粗木聚糖酶降解生成系列木寡糖,未检出木糖,这说明WL-11主要合成内切型木聚糖酶A,同时发酵液中不含木糖苷酶,适合用来酶法制备低聚木糖。     

多核苷酸合成的研究 Ⅵ.酵母丙氨酸转移核糖核酸5′-半分子反密码区中CpUpCpC和CpUpUpI的合成

本文报道用化学方法合成了酵母丙氨酸转移核糖核酸5'-半分子中反密码区的CUCC和CUUI两个四核苷酸片段。CUUI的合成路线是由_(HO)I~(OBz)_2开始,先同_(MMT)U(OBz)-p缩合并脱去5'-MMT后得到_(HO)U(0Bz)-p-I~(Bz)(OBz)_2,然后与_(B(?))C~(Bz)(OBz)-p-U(OBz)一p缩合或者与_(MMT)U(OBz)-p和_(Bz)C~(Bz)(OBz)-p依次缩合得至4全保护的四核苷三磷酸,最后用NH_3-甲醇溶液脱去保护基并分离纯化得到CUUI。而用_(Bz)C~(Bz)(OBz)-p-U(0Bz)-p同_(HO)C~(Bz)(OBz)-p-C~(Bz)(OBz)_2缩合然后脱去保护基并分离纯化则可得到CUCC。反应缩合剂均采用DCC。合成的CUCC和CUUI均能为牛胰核糖核酸酶完全水解得到预期的碱基组成比例。     

一株耐盐酵母的分离、鉴定及其生物学特性

以洋河酒厂的酒曲为材料,首先利用盐浓度梯度富集培养和氯化三苯四唑(TTC)染色法初筛获得18株酵母菌株,再通过杜氏小管产气及摇瓶发酵实验,从18株初筛菌株中分离得到1株在1. 4 mol/L NaCl浓度下生长性能较好的菌株,命名为W58。经形态观察和26S rDNA基因序列比对分析,该酵母菌株被鉴定为1株库德里阿兹威氏毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)。对菌株的生长性能及耐受性进行研究发现:该菌最适生长温度为30℃,最适pH为6. 0,在高盐条件下(1. 4 mol/L NaCl),其胞内海藻糖的积累显著增加,比对照菌株高28. 6%。此外,菌株W58在高盐条件下,其ATPase活性比对照菌显著提高(约3倍)。综上所述,菌株W58在高盐条件下能通过胞内积累海藻糖以及维持一定的ATPase活性抵抗外界环境压力。