SSR标记对不同黄子甘蓝型油菜亲本材料的遗传分析

杂交育种中,亲本选配是育种成败的关键.本研究以重庆市油菜工程技术研究中心提供的180份甘蓝型黄子油菜亲本种质为材料,应用分布于不同连锁群的60对SSR标记进行了分析,共检测出308个标记位点,每对引物在不同素本材料之间的等位基因数在1～11个之间,平均位点为5.1个.其中多态性位点207个,多态率达67.2％.对SSR扩增结果进行UPGMA分析,在遗传距离0.566处,180个品种(系)分为3个类群,聚类结果与种质来源比较一致,本研究为甘蓝型油菜黄子杂交育种和优势组合的选配提供了理论依据.     

甘蓝型油菜芥酸含量的SSR 标记分析

目的:探讨高芥酸材料与低芥酸材料杂交效果,为促进高芥酸油菜育种的研究。方法:采用高芥酸材料与低芥酸材料杂交的F2群体作为材料,研究其遗传性状,并对亲本间的芥酸含量进行了SSR标记分析。结果:发现F2群体中的单株芥酸含量受两对基因控制,其遗传规律符合由一对基因控制的分离比例,得到CB10364、Ra2-E12两个共显性标记。结论:CB10364标记与芥酸含量紧密连锁,单株带型为CB10364-a的芥酸含量<6%,单株带型为CB10364-h的芥酸含量6%～36%,带型为CB10364-b的芥酸含量>36%,能较好的区分群体的芥酸含量,该结果可促进高芥酸油菜的育种研究。     

甘蓝型油菜芥酸含量的SSR标记分析

目的：探讨高芥酸材料与低芥酸材料杂交效果,为促进高芥酸油菜育种的研究。方法：采用高芥酸材料与低芥酸材料杂交的F2群体作为材料,研究其遗传性状,并对亲本间的芥酸含量进行了SSR标记分析。结果：发现F2群体中的单株芥酸含量受两对基因控制,其遗传规律符合由一对基因控制的分离比例,得到CB10364、Ra2-E12两个共显性标记。结论：CB10364标记与芥酸含量紧密连锁,单株带型为CB10364-a的芥酸含量〈6%,单株带型为CB10364-h的芥酸含量6%～36%,带型为CB10364-b的芥酸含量〉36%,能较好的区分群体的芥酸含量,该结果可促进高芥酸油菜的育种研究。     

中国甘蓝型油菜遗传多样性的RAPD分子标记

本文利用ＲＡＰＤ方法和统计学分析,对我国７省市和国外引进的总计４０份甘蓝型油菜品种的遗传多样性进行了研究。结果表明,４０个品种的甘蓝型油菜存在着广泛的遗传变异,根据ＲＡＰＤ指纹图谱,通过在ＤＮＡ分子水平上的聚类分析可以将它们分为３大类群,反映出这些品种之间的亲缘关系,并对如何引进甘蓝型油菜资源进行了初浅的讨论。     

利用SSR分子标记检测黄淮夏大豆(Glycine max)初选核心样本的代表性

作物核心种质是用最小的样本代表其全部遗传资源的最大遗传多样性。为了检测大豆初选核心样本取样的代表性,本研究从黄淮夏大豆初选核心样本中,随机选取两个类群,其材料数分别为20份和14份;从保留种质的相应奥群中,分别随机选取6份和5份,共计45份材料,进行14个农艺性状和20对SSR引物的分析。对两组材料进行农艺性状聚类．保菌种质与初选核心种质聚在了一起;利用SSR分子标记数据聚类,也得到了相同的结果。初选核心样本两个类群材料的等位变异数分别为129个,136个;保留种质相应类群材料的等位变异分别为76个,71个;初选核心种质两个类群材料分别包合了整个资源86.00％和86．62％的遗传多样性。本研究为大豆核心种质构建及检测提供分子水平的依据。     

用RFLP标记分析甘蓝型油菜的遗传多样性

以甘蓝型油菜的２８个基因组探针和两种限制性内切酶对包括４６个中国品种、９个欧洲品种在内的５９个甘蓝型油菜品种（系）的ＲＦＬＰ标记进行了分析。在放射自显影胶片上,共检测到４１０条具多态性的分子杂交带,表明甘蓝型油菜中存在着极为丰富的遗传变异。聚类分析结果表明,在相似性为４５％的水平上,可把中国甘蓝型油菜划分为６组：胜利油菜组、跃进油菜组、中油８２１组、远缘种质组、优质油菜组和变异不详组。欧洲冬油菜与以上６组存在着较显著的遗传距离。主成分分析的结果与上述分组较为一致。以上结果表明,对于扩大中国甘蓝型油菜的遗传基础,欧洲冬油菜无疑是一个重要的种质资源。另一方面,用典型的中国甘蓝型油菜与欧洲冬油菜配制的杂交种,较易产生强大的杂种优势。从对已进行了染色体定位的６１条放射自显影带的分析看,无论是上述分组内,还是分组间,ＲＦＬＰ的相对差异均主要表现在Ａ基因组中。讨论了致使Ａ基因组遗传变异较大的可能因素。     

甘蓝型油菜秦优10号杂交种纯度鉴定的SSR引物筛选

为了建立一套快速可靠的油菜杂交种纯度的鉴定方法,本文以秦优10号及其亲本、杂种ZZH2为试验材料,对前人开发的2对SSR引物(7号引物, 9号引物)进行了再次筛选.结果显示,7号引物不但能很好地区别出混入杂交种中的亲本,还能将杂交种子的同母异父组合种子从杂交种中分离出来,能够用于鉴别秦优10号杂交种子的真伪;9号引物能区分出杂交种和母本,但不能区分开杂交种和父本.同时,本试验利用人工制成的秦优10号杂交种标准样(纯度为100%)以及7份大田鉴定不同纯度梯度的杂交种子对7号引物鉴定结果的准确性进行了验证,鉴定结果与大田鉴定结果基本一致.本文结果将为鉴定秦优10号杂交种纯度提供更准确的技术资料.     

基于SSR标记的寒地水稻品种骨干亲本分析

富士光、藤系138、上育397和五优稻1是20世纪90年代至今寒地水稻品种选育的骨干亲本。利用50对SSR引物对上述骨干亲本及其衍生品种进行聚类分析和主坐标分析(principal coordinate analysis, PCO),结果表明,50对SSR引物在51份供试材料中共检测到150个等位基因,变化范围为2~6个,平均为3个;引物PIC的变化范围为0.0725~ 0.6845,平均0.3655;聚类分析将51份材料分为4类,4个骨干亲本分别被聚到4类中;PCO分析显示,四个骨干亲本相距较远,呈独立的分支,衍生品种围绕着骨干亲本分布;在检测出的39个稀有等位基因中,仅有3个存在骨干亲本中。表明近年寒地水稻品种遗传改良是围绕少数骨干亲本进行的,骨干亲本将大部分优良基因传递到了衍生品种中,SSR分析和PCO分析与系谱分析得到了一致的结果。     

籽用西瓜种质资源SSR分析及初级核心种质库构建

采用SSR分子标记技术对50份不同来源的籽用西瓜材料进行遗传多样性研究,并基于SSR分子标记聚类分析采用最小距离逐步抽样法构建籽瓜初级核心种质库。研究表明：（1）从106对SSR随机引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高的31对引物,共得到138条清晰可辨条带,其中多态性条带115条,占83.33%,平均Shannon’s信息指数(I）为0.419 3,平均Nei’s多样指数(h）为0.272 4,平均有效等位基因数(N_e）为1.458 0,平均等位基因数(N_a）为1.981 4,说明50份籽瓜种质具有丰富的遗传多样性。（2）用NTsys2.10e软件对种质资源聚类分析表明,种质间的遗传相似系数介于0.57~0.91之间,其中来源地相同的个别种质间遗传相似系数却很小,而来源地不同的个别种质间的遗传相似系数却很高。（3）采用最小距离逐步抽样法,按70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%的比例抽样后,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显,但各抽样比例相比,以抽样比例20%获得10份初选种质的 N_e、 h和 I达到最高值,说明抽样20%构建的初级核心种质对原始种质具有很好的代表性。     

云南甘蔗常用亲本资源遗传多样性的SSR分析

以63份云南育种机构常用的亲本资源为研究对象,10份原始亲本种为外群体,使用30对多态性较高,在甘蔗遗传连锁图谱上分布较为广泛的Genomic-SSR引物对云南常用亲本资源开展遗传多样性评价。结果表明：云南常用亲本在30个SSR位点上表现出丰富的多态性,共获得363个扩增条带,其中多态性条带数为352个,平均多态性条带比例和多态信息量分别为96.97%和0.9441;从常用亲本的来源地区来看,大陆亲本的多样性要高于国外亲本和台湾亲本;在Jaccard相似性系数方面,云南常用亲本材料之间的相似性系数范围在0.2804-0.7329之间,平均为0.4309,表现出较大的遗传差异,其中来自大陆地区的亲本遗传差异最大,其次为来自国外地区的亲本;UPGMA聚类分析将所有亲本材料分为一大一小两个类群, 而大类群又可分为2个亚类群,中国大陆地区一些即是主栽品种又是亲本的材料表现出较近的亲缘关系,而引自国外的大部分亲本和一些老的国内自育亲本也表现出较近的亲缘关系。以上结果将为上述亲本资源的高效利用奠定了良好的基础,并为全国育种机构在亲本选择和组合配置提供重要参考。     

Assessment of genetic diversity in broomcorn millet （Panicum miliaceum L.） using SSR markers

The genetic diversity of 118 accessions of broomcom millet （Panicum miliaceum L.）, collected from various ecological areas, was analyzed. Using 46 SSR （Simple Sequence Repeat） polymorphic markers from rice, wheat, oat and barley, a total of 226 alleles were found, which exhibited moderate level of diversity. The number of alleles per primer ranged from two to nine, with an average of 4.91. The range of polymorphism information content （PIC） was 0.2844）.980 （average, 0.793）. The expected heterozygosity （He） varied from 0.346 to 0.989, with an average of 0.834. The average coefficient of the genetic similarity of SSR markers among the 118 accessions was 0.609, and it ranged from 0.461 to 0.851. The UPGMA （Unweight Pair Group Method with Arithmetic Mean） clustering analysis at the genetic similarity value of 0.609 grouped the 118 accessions into five groups. Mantel test meant that geographical origin and genetic distance presented positive correlation. The clustering results were consistent with known information on ecological growing areas. The genetic similarity coefficient of the accessions in the Loess Plateau ecotype was significantly lower than those in the other ecotypes. It indicates that the highest level of genetic diversity occurred in the Loess Plateau, which is probably the original site of Panicum miliaceum.     

Microsatellite markers for genome analysis in Brassica. I. development in Brassica napus and abundance in Brassicaceae species

One hundred and twenty one microsatellites were identified by screening a λ phage library of Brassica napus. The distribution of these microsatellites within Brassicaceae species was estimated using 81 locus-specific primer pairs. Most of them (83%) amplified fragments either from Brassica oleracea or Brassica campestris, or from both species, whereas less than 30% detected loci in Brassica nigra. The same was true (30–35%) for more-distantly related crucifer species such as Diplotaxis ssp., Brassica tournefortii, Sinapis alba, Raphanus sativus and Eruca sativa. Only 16 microsatellite-specific primer pairs (19.8%) amplified fragments from Arabidopsis thaliana. Moreover, 61 of the primer pairs detecting 198 polymorphisms were used to estimate the extent of genetic diversity among 32 Brassica napus varieties and breeding lines. On average, four alleles per locus were observed. The spring and winter types of oilseed rape could be clearly distinguished by using the microsatellite markers in a cluster analysis. The results demonstrated the high efficiency of these markers for monitoring genetic diversity. Received: 14 April 2000 / Accepted: 3 July 2000     

半野生大豆种质资源SSR位点遗传多样性分析

利用12对SSR引物对67份半野生大豆种质进行了遗传多样性的检测分析,结果表明,12个位点共检测到184个等位基因变异,平均每个位点等位基因数目为15．41个,平均多态性信息量,平均遗传多样性指数,平均遗传距离分别为0．849,0．706,0．118,根据SSR分析结果,按欧式距离将67份半野生大豆种质聚类并划分为5个组群。     

11份割手密遗传多样性的SSR分析

利用10对多态性丰富的SSR引物,以国家甘蔗种质资源圃中保存的14份具有代表性的割手密为对照,对未收集过的云南地区11份割手密（Saccharum spontaneum L.）野生资源进行多样性分析。结果共扩增出233条DNA谱带,与对照相比,新采集材料的多态性条带为207条,其中14条为特有条带,多态性条带比率为0.89。遗传相似性系数和UPGMA聚类分析表明,新采集的材料并没有单独聚为一类,而是比较分散,在相似性系数为0.64处做切割线,参试材料可分为三个类群：第一类群主要由龙门割手密、河边村割手密和福建仙游1号组成;第二类群中包含19份材料,其中新采集的样品有上岗割手密、他拉割手密、安乐割手密、勐根割手密、芒美割手密、贺海割手密、回落割手密、里拉割手密和曼亨割手密,对照材料主要包含了云南、四川、越南、老挝、泰国地区的割手密,其共同特点是均分布在内陆地区;第三类群包括3个材料,分别是海南1号、海南92-2和广东化州割手密,其中不包含新采集的材料。而在相似性系数为0.654处作切割线又能将上述第二类群分为较细的三个亚群。由此可见,新采集的11份割手密资源具有丰富的遗传多样性,与已收集的资源相比,具有一定的差异性。说明依靠云南高山峡谷等立体气候特点,分布着遗传差异显著的割手密无性系。     

Assessment of genetic variation in tomato （Solanum lycopersicum L.） inbred lines using SSR molecular markers

A study was conducted to determine the genetic diversity of 39 determinate and indeterminate tomato inbred lines collected from China, Japan, S. Korea, and USA. Using 35 SSR polymorphic markers, a total of 150 alleles were found with moderate levels of diversity, and a high number of unique alleles existing in these tomato lines. The mean number of alleles per locus was 4.3 and the average polymorphism information content (PIC) was 0.31. Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) clustering at genetic similarity value of 0.85 grouped the inbred lines into four groups, where one USA cultivar formed a separate and more distant cluster. The most similar inbred lines are from USA, both with determinate type, whereas the most different lines are from USA (Us-16) and Japan (Ja-2) with determinate and indeterminate growth habit, respectively. Clustering was consistent with the known information regarding geographical location and growth habit. The genetic distance information reported in this study might be used by breeders when planning future crosses among these inbred lines.     

油菜雄性核不育系及其等位可育系小孢子发育过程的比较研究

用Olympus BH2型光学显微镜对甘蓝型油菜单显性核不育系(GMS)及其等位可育系小孢子发育过程进行解剖学观察,发现在正常小孢子发育过程中,绒毡层在小孢子发育的四分体前后开始解体,为小孢子继续发育提供营养,而不育系小孢子的败育在减数分裂前就已经发生,并且不能形成四分体,小孢子逐渐解体,且小孢子解体在绒毡层解体之前发生,最后花药成为干瘪的空壳,导致不育。     

基于SSR标记的荔枝种质遗传多样性分析

从53对本课题组自主开发设计的SSR特异引物对中筛选出22对多态性引物,对46份荔枝材料的基因组DNA进行扩增,共得到54个等位基因,其中每对引物的平均等位基因数为2.4,共获得23个特异性标记,各标记的平均观察杂合度值、平均期望杂合度和PIC值分别为0.451、0.355和0.507。其中L it6位点各数值最高,是最理想的选择标记。利用22对多态性引物对46份荔枝种质进行聚类分析,构建树状图,结果表明:大多数种质相似系数在0.63～0.95之间,说明它们之间的亲缘关系较近,并发现淮枝(广东)与淮枝(海南)两者可能为同名异物品种。     

基于SSR标记的六倍体小黑麦遗传多样性分析

采用已筛选出的多态性较好的分布于六倍体小黑麦21对染色体上的100对SSR引物对从国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)引进的339份六倍体小黑麦进行了遗传多样性分析。结果显示,100对引物共检测出323个等位变异,变幅是1~6个,平均等位变异丰富度为3.23;多态信息含量(PIC)的变幅为0~0.748,平均多态信息含量为0.465;平均遗传多样性指数(H')为0.1439,说明供试的339份六倍体小黑麦品种的SSR遗传多样性较为丰富。同时基于Nei's遗传距离对339份材料进行聚类分析,可以将供试材料分为6个类群。其中,第Ⅵ类群与其他类群的遗传距离较大、遗传差异较明显。研究结果为将六倍体小黑麦的优良基因应用于普通小麦的遗传改良提供了理论依据。