人白细胞介素-36受体拮抗剂的二级结构及B细胞表位的预测

[目的]预测人白细胞介素-36受体拮抗剂(interleukin-36 receptor antagonist,IL-36Ra)蛋白的特性及其B细胞抗原表位。[方法]以人IL-36Ra基因序列为基础,应用Expasy工具中Prot Param程序分析人IL-36Ra蛋白的氨基酸组成、理化性质和二级结构;采用Prot Scale网络服务器预测亲水性和柔韧性;采用Emini和Kolaskar方案分析其可及性。结合其二级结构的特性,进一步预测IL-36Ra的B细胞抗原表位。[结果]人IL-36Ra的二级结构主要由无规则卷曲(44.52%)、β折叠(30.97%)、α-螺旋(18.06%)和β-转角(6.45%)组成。IL-36Ra蛋白肽链的36-37、72-79、91-96、103-110、126-130和134-138区段为B细胞表位区域的可能性较大。[结论]该研究采用多参数方案综合预测人IL-36Ra蛋白的二级结构和B细胞表位,为深入鉴定IL-36Ra的抗原表位及试验方法探索其单克隆抗体奠定了理论基础。     

B细胞表位预测

从原理、方法及应用等多方面对B细胞表位预测研究的既往成果、当前现状及存在问题进行了回顾与分析,对其未来发展提出了建议并作展望。     

B细胞表位的计算机预测

B细胞表位预测对于多种免疫学研究是必不可少的重要工具.本文概括了计算机预测B细胞表位的现状,汇总了多种表位预测工具及其原理和应用,介绍了一些用于建立与评价预测工具的数据库和数据集,对各类预测工具和数据库的特点和网址进行整理列表.另外,还分析了B细胞表位预测领域存在的问题,并对其未来发展提出了建议.     

B细胞表位预测方法研究进展

B细胞抗原表位预测方法的研究对基础免疫学的研究及实际应用有着重要的意义。本文归纳了理论预测B细胞表位的常用方法,并对目前预测B细胞表位方法存在的问题进行了分析。     

人IL-32α二级结构及B细胞表位的预测

以人IL-32α的氨基酸序列为基础,采用SOPMA法预测IL-32α的二级结构;应用ProScale、Bcepred服务器和EMBOSS软件,分析人IL-32α亲水性、柔韧性、可及性和抗原性指数,并结合二级结构特征,预测IL-32α的届细胞表位．结果显示：IL-32α的二级结构由α螺旋（61．07％）和无规卷曲（38．93％）组成：其B细胞表位可能位于N端第87～94、102～108、121～127区段．预测结果将有助于确定IL-32α的B细胞表位,为研制抗人IL-32单克隆抗体提供了理论依据．     

山羊痘病毒P32基因序列分析及其B细胞表位预测

目的：比较山羊痘病毒不同分离株间P32基因的同源性,并对其B细胞表位进行预测。方法：选取GenBank上10株不同山羊痘毒株P32基因序列,采用DNAsis MAX序列分析软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测P32蛋白B细胞表位。结果：10株不同山羊痘毒株P32基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.4%和98.4%;在P32蛋白的肽链中,19-60、64-80、98-118、138-182和214-275区段亲水性强,17-45、64-75、88-97、110-128、152-165和201-251区段柔韧性好,150-172、200-255区段抗原指数高,而31-59、101-119、142-145、165-172和215-252区段表面可及性高,42-56、159-181、200-208和227-259区段。结论：不同山羊痘病毒株间P32基因具有较高的同源性,P32蛋白227-251区段可能是B细胞表位优势区,为P32蛋白功能的深入研究与新型疫苗的设计提供一定的基础。     

细胞毒性T细胞表位预测

细胞毒性T细胞表位是由8～10个连续的氨基酸残基构成的特殊肽段。本文对基于基序、基于结构、基于人工神经网络和隐马尔可夫模型的各类细胞毒性T细胞表位预测方法进行了综述。     

EB病毒gp125蛋白的B细胞表位预测

目的预测EB病毒gp125蛋白的B细胞表位。方法基于EB病毒gp125蛋白的氨基酸序列,采用亲水性参数、可及性参数、极性参数和抗原性指数方案等,辅以对gp125蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测gp125蛋白的B细胞表位。结果最有可能的B细胞表位位于gp125蛋白N端第403-416、565—574、578—584、618-630和832—843区段及其附近。结论用多参数预测EB病毒gp125蛋白的B细胞表位,为制备具有高灵敏度和高特异性的鼻咽癌诊断试剂及研究抗肿瘤转移靶向治疗的分子免疫学奠定基础。     

EB病毒潜伏膜蛋白1的B细胞表位预测

目的 预测EB病毒潜伏膜蛋白1(Latent Membrane Protein 1,LMPl)的B细胞表位.方法 基于EB病毒基因组序列,采用DNAStar Lasergene软件包中的Protean软件,对LMP1的亲水性,表面可能性,抗原指数及其二级结构中的柔性区域进行分析,并结合吴玉章的抗原指数预测法预测其B细胞表位.结果 B细胞表位最有可能位于潜伏膜蛋白N端第356-358,2-19,249-314区段或其附近,而潜伏膜蛋白N端第185-223区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论 用多参数预测EB病毒LMP1的B细胞表位,为鼻咽癌的筛查及抗肿瘤转移靶向治疗的分子免疫学研究奠定基础.     

辅助性T细胞表位预测

辅助性T细胞表位是由十几个连续的氨基酸残基构成的特殊肽段,在体液与细胞免疫中有重大作用。本文回顾了辅助性T细胞表位预测的原理与方法;同时也简要述评了有关研究成果及应用。     

金黄色葡萄球菌肠毒素A蛋白的B细胞表位的预测

目的预测金黄色葡萄球菌肠毒素A蛋白（SEA）的B细胞表位。方法以金黄色葡萄球菌合肥乳源分离株M3基因组DNA为模板,PCR扩增SEA基因并进行序列测定与分析。应用DNAstar protean软件对SEA蛋白的二级结构、柔性、亲水性、表面可能性和抗原指数等多参数进行综合分析,预测其B细胞表位。结果M3分离株的SEA基因全长774bp,编码由257个氨基酸组成的相对分子量为29．67kDa的SEA蛋白,M3分离株SEA基因与标准株的核苷酸序列与氨基酸序列同源性分别为98．7％和98．4％。SEA蛋白的优势B细胞表位位于肽链的第64—68、100～107、138—141、156—160、166～173、213～217和237～244区段。结论预测出SEA蛋白的7个优势B细胞表位,为进而克隆表达表位蛋白,制备针对SEA表位的单克隆抗体奠定了基础。     

小鼠可溶性ST2二级结构及B细胞表位的预测

目的:预测小鼠可溶性ST2的二级结构及B细胞表位。方法:采用SOPMA法预测小鼠可溶性ST2的二级结构;借助ProScale、Bcepred服务器,分析小鼠可溶性ST2的亲水性、可及性和柔韧性,并结合二级结构特征,预测小鼠可溶性ST2的B细胞表位。结果:小鼠可溶性ST2的二级结构由α螺旋(12.46%%)、无规卷曲(50.15%%)、β折叠(32.64%)和β转角(4.75%)组成。其B细胞表位可能位于N端第24～34、37～50、59～89、110～118、128～137、177～186、267～288和318～333氨基酸区段。结论:预测结果将有助于确定小鼠可溶性ST2的B细胞表位,为研制抗小鼠可溶性ST2抗体提供理论依据。     

沙眼衣原体多形态膜蛋白D基因序列分析及其B细胞抗原表位预测

分析沙眼衣原体多形态膜蛋白D(PmpD)的基因序列并预测PmpD蛋白的B细胞抗原表位。在GenBank中检索沙眼衣原体不同血清型的PmpD基因序列,进行序列比对分析。以L2血清型PmpD基因序列为材料,采用Karplus-Schulz、Chou-Fasman和Gamier-Robson方案预测蛋白质的二级结构和柔性区;按Jamesonv-Wolf方案预测抗原指数,运用Kyte-Doolittle方案预测PmpD氨基酸的亲水性,利用Emini方案预测蛋白质的表面可及性。检索到20个沙眼衣原体不同菌株的PmpD基因序列,分析发现其核苷酸序列非常保守,一致性高达99.14%~100%;对预测结果综合分析,推测最有可能的B细胞表位位于PmpD N端的67~74、132~140、335~340、851~861、972~988及1091~1097。多参数方案综合预测PmpD蛋白的B细胞抗原表位,为进一步实验鉴定PmpD抗原表位及其多表位疫苗设计和研究奠定基础。     

重组人白细胞介素-6的纯化

重组人白细胞介素－６（ｒｈＩＬ－６）在工程菌ｐＢＶ２２０／ｒｈＩＬ－６／ＤＨ５ａ中以包涵体形式高效表达。ｒｈＩＬ－６经过工程菌体破碎、包涵体分离及抽提、复性、色谱分离后得到高度纯化。纯化产物纯度９５％,具有良好的生物学活性     

扁豆过敏原LenC3蛋白B细胞抗原表位预测及同源建模

目的：通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B 细胞抗原表位, 为探索基于扁豆过敏原Len c 3 抗原表位的改造提供依据。方法：从Uniprot 蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0 模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果：扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26 位有一跨膜区,Ramachandran 图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论：本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B 细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。     

绵羊肺炎支原体DnaK B细胞抗原表位预测及其蛋白结构分析

以绵羊肺炎支原体(Mo)热休克蛋白Hsp70(DnaK蛋白)氨基酸序列为基础,运用DNAStar软件和在线服务器等生物信息学分析工具,在同源性分析的基础上,通过Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法、Karplus-Schulz法及Welling法分别预测其抗原指数、亲水性、柔韧性、表面可极性等参数,综合分析、预测了该蛋白的B细胞抗原表位,并进行了蛋白的二级结构预测和3D结构模拟。结果表明,Mo贵州分离株的Hsp70蛋白与其它可致羊发病支原体的Hsp70蛋白同源性较低,说明该蛋白具有良好的特异性;Mo Hsp70蛋白整体抗原性较好,同时呈现较规则的空间结构,其中以C末端较稳定,区域也最大(第394-598区段),为优势B细胞抗原表位区域。     

SARS冠状病毒E、M基因序列比较及B细胞抗原表位预测

为了比较SARS冠状病毒分离株E、M基因序列及氨基酸序列之间的差异,分析E、M蛋白的可能B细胞抗原表位。利用Lasergene软件包中的Editseq将E、M基因从SARS-CoV全基因序列中截取出,再翻译成氨基酸序列,用Clustal X软件分析它们之间的异同,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,预测E、M蛋白的B细胞抗原表位。结果证明SAPS-CoV的E、M基因序列相当保守,变异甚少,并分别预测出E、M蛋白有2段和7段可能为B细胞抗原表位。     

细胞毒性T淋巴细胞表位预测

细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte, CTL)表位预测是高效、准确筛选候选表位肽,进行表位疫苗设计的关键技术.随着免疫学和生物信息学的发展,一系列的算法和软件被开发并运用在 CTL表位的预测.本文综述了目前CTL表位预测的常用方法与研究进展.通过在 CTL表位预测原理和方法上的不断改进,候选表位肽的筛选效率将显著提高,表位疫苗的研制速度也将大大加快.