一种预测单链RNA分子二级结构的计算机算法

本文给出了一个利用已知能量数据构成具有最小自由能的单链RNA分子二级结构的计算机算法,并给出了此算法的可行性证明和应用实例。     

neo Trichosanthin及其突变体Y70A neo Trichosanthin的晶体结构研究

天花粉蛋白（Ｔｒｉｃｈｏｓａｎｔｈｉｎ,ＴＣＳ）的一个亚型,ｎｅｏＴｒｉｃｈｏｓａｎｔｈｉｎ（ｎ－ＴＣＳ）,及其突变体Ｙ７０Ａｎ－ＴＣＳ被克隆和表达为重组蛋白。用悬滴汽相扩散法得到ｎ－ＴＣＳ和Ｙ７０Ａｎ－ＴＣＳ的晶体。在ＭａｒＲｅｓｅａｒｃｈ面探测器系统上分别收集了０．２０ｎｍ和０．２０５ｎｍ分辨率的Ｘ射线衍射数据。用同晶差值傅立叶法解析了结构。最后晶体学Ｒ因子分别为０．１８３和０．１８４。键长的     

基于螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测

提出了基于螺旋区随机堆积的ＲＮＡ二级结构预测算法,包括三个步骤：１．根据螺旋区定义,找出所有可能螺旋区;２进行螺旋区随机堆积,形成一定数目的ＲＮＡ二级结构;３．统计处理,推测ＲＮＡ可能折叠方式。最后以酵母Ｐｈｅ－ｔＲＮＡ为例来说明方法的可行性。     

ISFOLD: Structure Prediction of Base Pairs in Non-Helical RNA Motifs from Isostericity Signatures in Their Sequence Alignments

Abstract

The existence and identity of non-Watson-Crick base pairs (bps) within RNA bulges, internal loops, and hairpin loops cannot reliably be predicted by existing algorithms. We have developed the Isfold (Isosteric Folding) program as a tool to examine patterns of nucleotide substitutions from sequence alignments or mutation experiments and identify plausible bp interactions. We infer these interactions based on the observation that each non-Watson-Crick bp has a signature pattern of isosteric substitutions where mutations can be made that preserve the 3D structure. Isfold produces a dynamic representation of predicted bps within defined motifs in order of their probabilities. The software was developed under Windows XP, and is capable of running on PC and MAC with Matlab 7.1 (SP3) or higher. A PC standalone version that does not require Matlab also is available. This software and a user manual are freely available at www.ucsf.edu/frankel/isfold.     

一种研究蛋白质晶体中分子堆积的图形程序—PACKING

在蛋白质晶体结构研究中常需分析分子在晶胞内的堆积,本文介绍一种用于IRIS-4D计算机的图形软件,可显示分子在晶胞中的堆积图形、计算原子之间的距离和键角等,进行分子置换、模拟不同的分子堆积模型。     

A_(21)—Asp人胰岛素突变体2.4埃分辨率晶体结构研究

A_(21)-Asp人胰岛素(A_(21)D-HI)是经由蛋白质工程途径制备的突变体,具有高稳定特性.本文报道在2.4埃分辨率A_(21)-HI X-射线晶体结构的测定,所获结构模型经能量制约的最小二乘技术(EREF)精化,最后的晶体学一致性因子R=0.192,共价键长与标准值的平均偏差为0.019埃.在(2F-F_e)电子密度图上,突变残基A_(21)-Asp清晰可见.与天然胰岛素比较,除践基A_(21)外,突变体分子的构象在该分辨率未见显著变化,具有重要结构意义的残基A_(21)-NH与B_(23)-Co之间的主链氢键在两个独立分子中都仍然保持,A链末端羧基与B_(22)-Arg的侧链胍基间的盐键在分子中也仍然保持.在这一基础上,讨论了突变体与分子的化学稳定性和生物活力的关系.     

湖北地区部分医院肠球菌耐药性监测及相关因素分析

目的：了解湖北地区2000年度肠球菌的分离情况及耐药状况,并对抗感染用药进行探索,指导临床合理用药。方法：对湖北地区15所三甲医院各类临床标本中的538株肠球菌采用API细菌鉴定系统或Vitek全自动细菌鉴定系统进行分离鉴定,用纸片扩散法进行药敏试验,并以WHO细菌耐药监测网提供的WHONET4软件分析系统对试验数据进行分析处理。结果：本试验共分离肠球菌13个种别538株,其中大多数是粪肠球菌408株,占75.8%,屎肠球菌54株,占10.0%;坚忍肠球菌24株,占4.46%;鸟肠球菌10株,占1.86%。酪黄肠球菌6株,占1.11%;母鸡肠球菌6株,占1.11%等。本研究结果表明肠球菌的主要感染部位为泌尿道31.4%和各种分泌物31.0%。同时从药敏结果可见屎肠球菌和坚忍肠球菌对大多数抗生素的耐药性高于粪肠球基本国策 ;并发现糖肽类抗生素耐药菌株比例尚不高;庆大霉素呈高水平耐药球菌株比例则较高;对青霉素和氨卞西林耐药,本研究结果亦有反映,并且鸟肠球菌的耐药性高于粪肠球菌近三倍。结论：本年度分离的肠球菌占全年总分离菌的第六位,说明我国目前由肠球菌引起的感染所占比例不高,但仍应引起临床的高度重视,并进行动态的监测。加强对肠球菌特别是VRR耐药性的监测是非常必要的,泌尿道肠球菌感染的抗生素中呋喃妥因的耐药率较四环素和喹诺酮类药物为低,故仍不失为治疗该类泌感的首选药物,菌株差别与地区有关,由于肠球菌属中的不同种对抗生素的敏感性不同。因此种的鉴定是对该地区医院感染暴发流行,选择治疗方案的重要工具。     

叶表皮结构在榆属分类中的应用

本文利用扫描电子显微镜对榆属9种1变种的成熟叶表皮结构进行了观察,认为榆属叶表皮结构在扫描电镜下存在着明显的差别,可以作为榆属分种的辅助特征。     

中国人群遗传结构分析

本文根据红细胞血型基因频率,用Harpending和Jenkins(1973)方法计算了中国22个人群间的遗传距离,同时在国内首次运用主坐标分析及其排序方法展示了中华民族的遗传结构,反映出中国东西人群与南北人群间的基因流。     

安西荒漠鼠类群落结构与环境因子的无偏对应分析

本文通过对安西荒漠鼠类群落结构与环境因子的无偏对应分析,得出决定鼠类群落结构的环境主导因子因季节不同而所有同;春季是地下水位、海拔高度、平均奖降水量和平均气温;夏季是植被覆盖度、植物平均高度、土壤含水率和土壤坚实度;秋季是土壤含水率。综合主导因子。其中水是决定荒漠地区鼠类群结构的最重要因子。     

一种新型的植物细胞结晶

高山芹Coelopleurum saxatile (Turcz.)Drude为大型多年生草本植物,茎粗而直立,不分枝,叶三回三出状羽裂。与苔藓植物混生于长白山高山冻原带的林缘处。其活体植物细胞内含有特殊类型的结晶,其化学性质属于草酸钙。因为这种结晶的形状不同于已报道过的任何一种结晶,因此,提出一种新型的细胞结晶——羽毛状结晶。     

RNA的二级结构在动物分子系统学研究中的应用

作为一类重要的信息和功能分子,RNA在分子系统学研究中有着特殊的重要作用。RNA除了其一级结构以外,其二级结构亦可用于同源性比较。由于高级结构与功能的关系更为密切,比较的结果可以揭示一些在一级结构比较中难以发现的现象。     

皱纹盘鲍肠粘膜上皮的结构和功能

以透射电镜和扫描电镜观察、组织化学及酶活性测定等方法研究了皱纹盘鲍的肠和直肠,肠和直肠粘膜上皮由5种细胞组成。具微绒的柱状细胞呈现吸收细胞的超微结构特征,纤毛柱状细胞参与运输食物颗粒和粪便,Ⅰ型腺细胞具蛋白酶、非特异性酯酶和脂酶活性,以顶浆分泌形式分泌消化酶,Ⅱ型腺细胞分泌物可能与包裹粪便有关,状细胞分泌酸性粘多糖。体外酶活性分析表明肠和直肠粘膜上皮分别具有4种和3种植物多糖酶。     

The Exquisite Structure and Reaction Mechanism of Bacterial Pz-peptidase A toward Collagenous Peptides: X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE ANALYSIS OF PZ-PEPTIDASE A REVEALS DIFFERENCES FROM MAMMALIAN THIMET OLIGOPEPTIDASE*

Pz-peptidase A, from the thermophilic bacterium Geobacillus collagenovorans MO-1, hydrolyzes a synthetic peptide substrate, 4-phenylazobenzyloxycarbonyl-Pro-Leu-Gly-Pro-d-Arg (Pz-PLGPR), which contains a collagen-specific tripeptide sequence, -Gly-Pro-X-, but does not act on collagen proteins themselves. The mammalian enzyme, thimet oligopeptidase (TOP), which has comparable functions with bacterial Pz-peptidases but limited identity at the primary sequence level, has recently been subjected to x-ray crystallographic analysis; however, no crystal structure has yet been reported for complexes of TOP with substrate analogues. Here, we report crystallization of recombinant Pz-peptidase A in complex with two phosphinic peptide inhibitors (PPIs) that also function as inhibitors of TOP and determination of the crystal structure of these complexes at 1.80–2.00 Å resolution. The most striking difference between Pz-peptidase A and TOP is that there is no channel running the length of bacterial protein. Whereas the structure of TOP resembles an open bivalve, that of Pz-peptidase A is closed and globular. This suggests that collagenous peptide substrates enter the tunnel at the top gateway of the closed Pz-peptidase A molecule, and reactant peptides are released from the bottom gateway after cleavage at the active site located in the center of the tunnel. One of the two PPIs, PPI-2, which contains the collagen-specific sequence, helped to clarify the exquisite structure and reaction mechanism of Pz-peptidase A toward collagenous peptides. This study describes the mode of substrate binding and its implication for the mammalian enzymes.     

长白山次生林繁殖鸟的群落结构

研究了长白山次生林繁殖鸟的群落结构及其与森林植被的关系。在３块林龄相同而样地面积不等的次生林中,繁殖鸟种类有随样地面积增加的趋势,繁殖鸟数量随面积的增加而增加更为明显。相似性指数测定表明,３样地鸟类群落组成基本相似,多样性指数也无显著差异。鸟类物种多样性与植被剖面层次多样性相关。边缘种随林缘长度的增加,种－数系数不断增加。由林缘至林内５０ｍ宽的地带为鸟类高密度带。由边缘至林内３００ｍ后,鸟类密度有