威宁绵羊和贵州半细毛羊STAT5b基因部分外显子SNP研究

为给贵州本地绵羊选种选育提供更好的科学依据,本试验利用威宁绵羊和贵州半细毛羊构建DNA池,设计4对引物扩增其STAT5b基因部分外显子及内含子序列。PCR产物经纯化后进行双向测序。利用DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5b基因RNA二级结构、STAT5b蛋白二级及三级结构的影响。结果表明,在扩增的STAT5b基因中筛选到6个SNPs:exon5-G12A、exon8-G56A、exon8-C104T、intron2-A3164C、intron4-C1026T和intron5-T3323C,其中exon8-G56A为错义突变,导致编码的谷氨酸(Glu)变为赖氨酸(Lys);exon5-G12A和exon8-C104T多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变;intron2-A3164C、intron4-C1026T和intron5-T3323C均在内含子区,不参与氨基酸编码。     

甘南牦牛(Bos grunniens)FBXO32基因突变及其与胴体和肉质性状关联分析

为了分析甘南牦牛(Bos grunniens)肌肉萎缩盒蛋白32(F-box protein 32,FBXO32)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,以及基因型与胴体和肉质性状间的相关性,本研究以593头甘南牦牛为研究对象,采用混池测序和竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele specific PCR, KASP)技术,检测了甘南牦牛FBXO32基因突变位点及基因型,分析了基因型与甘南牦牛胴体及肉质性状的相关性。结果表明,从甘南牦牛FBXO32基因检测到7个SNP位点,分别是位于5′UTR区的SNP1(g.267A>C)、外显子1区的SNP2(g.326G>T)、外显子8区的SNP3(g.31231G>C),以及3′UTR区的SNP4(g.31352G>A)、 SNP5(g.31424C>T)、 SNP6(g.31503A>C)和SNP7(g.31504A>G)。其中,SNP1、 SNP4、 SNP5、 SNP6与肌肉嫩度显著相关(P<0.05), ...     

贵州黑白花奶牛ABCG2基因启动子区多态性与产奶性状关联性分析

本研究探讨贵州黑白花奶牛ABCG2基因启动子区的多态性,分析其多态性与产奶性状的相关性。运用PCR-SSCP技术进行多态性分析。结果表明:贵州黑白花奶牛ABCG2基因启动子有2种等位基因A和B,等位基因频率分别为0.873 7和0.126 3,群体多态信息含量为0.196 3,杂合度为0.178 9,A等位基因是群体中的优势等位基因;AA型个体的乳脂率显著优于BB型(p0.05),AA型个体的产奶量极显著优于BB型个体(p0.01)、显著优于AB型(p0.05),AB基因型个体的产奶量和乳脂率均显著优于BB型个体(p0.05)。     

猪Pit-1基因多态性及其与生长性状的关联分析

利用现代分子标记技术寻找影响猪生长性状的标记基因座,为应用标记辅助选择培育高生产性能猪的品种或品系提供帮助。本试验采用PCR-RFLP(RsaⅠ限制性内切酶)分子标记技术,分析了杜洛克、长白、大白及长大二元杂交4个品种共381头猪Pit-1基因exon 5至intron 5内多态性,并采用最小二乘法分析了Pit-1基因多态性对生长性状影响的遗传效应。经检测,4个品种Pit-1基因RsaⅠ位点均存在多态性。等位基因A的基因频率分别为0.831 7、0.830 2、0.676 7、0.752 3,A为优势基因。被测猪群Pit-1基因的基因频率在被测猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(p0.05)。最小二乘分析表明:Pit-1基因3种基因型的猪在出生重、断奶重及70日龄重性状上均呈现BBABAA趋势(其中,长白猪只存在AB,AA 2种基因型),B为优势基因。Pit-1基因exon 5至intron 5 RsaⅠ位点多态性对测试猪群生长性状有一定影响,但是否是影响生长性状的一个候选基因之一或是与影响猪生长性状的QTL连锁的基因,还需进一步研究。     

κ中国荷斯坦奶牛κ-酪蛋白基因第四外显子多态性与产奶性状的关联分析

摘要: 以544头中国荷斯坦奶牛为研究对象, 以k-酪蛋白基因为产奶性状的候选基因, 扩增779 bp的片段, 结合测序结果采用PCR-RFLP方法来检测k-酪蛋白基因3个位点的多态性。结果在exon 4的第10 891 bp、10 927 bp和10 988 bp处分别发生了T/C、C/A错义突变和G/A同义突变, 据此分别选择了TaqⅠ、HindⅢ、 PstⅠ等 3种限制性内切酶检测了其多态性。发现3个位点的A、B等位基因在群体中都有分布, 且处于低度多态; A 和B 等位基因的频率分别为86.03%和13.97%; AA, AB和BB基因型频率分别为73.71%, 24.63%和1.66%; c2适合性检验表明, 该群体在这3个位点的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P > 0.05); BB和AB基因型个体乳脂率显著高于AA基因型个体(P<0.05), AB基因型个体脂蛋白比显著高于AA基因型个体(P < 0.05), 但不同基因型对产奶量和乳蛋白率没有显著影响; 3个位点的酶切多态性在所研究群体中是紧密连锁的。说明在中国荷斯坦奶牛群体中, κ-酪蛋白B等位基因可作为改良奶牛乳脂率性状的分子遗传标记。     

贵州黑山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

目的:探讨STAT5A基因SNP与贵州黑山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。方法:以贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果:贵州黑山羊STAT5A基因内含子6和外显子7分别检测到1个SNP位点T-90C和C+69T,位点T-90C为2种基因型,分别命名为CC和TC。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊TC基因型个体的胸围显著高于CC基因型个体(P0.05),而其余4个指标均差异不显著(P0.05);实验山羊群体基因频率和基因型频率处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)。结论:研究结果提示:STAT5A基因可能是影响山羊胸围的主效基因或与主效基因连锁,T-90C位点可望作为提高山羊个体生长性能的分子遗传标记。     

13例肝豆状核变性家系致病基因突变的检测和分析

为了研究Wilson病(wilson disease,WD)基因突变的类型和发生情况,探讨WD疾病的病因、临床特点,通过采用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)方法结合DNA测序方法对13例无亲缘关系的患者及33住亲属进行A TP7B基因所有外显子及5'端非转录区突变检测.33例DNA标本确认11种基因突变,其中包括9种错义突变(p.R778L、p.R919G、p.T1178A、p.T977M、p.K1010Q、p.C490TERM、p.A874P、p.G943S、p.G943D),1种缺失突变(2790delCAT),1种剪切位点改变(c.1708-1G＞C (intron 4 +1 G＞C)).在13个家系中,发现4例R778L突变,2例2790delCAT,均为杂合型突变,涉及17个等位基因,本组检出率为70.8％(17/24).DHPLC-测序法是WD疾病基因突变筛查较为快捷、全面而且敏感的方法.WD基因突变存在热点区分别为3、8、12号外显子.2790delCAT、p.K1010Q、c.1708-1G＞C (intron 4+1 G＞C)是ATP7B基因新突变类型,p.S406A、p.V456L、p.V 1140A、p.R952K是中国人比较常见的多态类型.     

早胜牛类群A-FABP基因SNPs及其与胴体品质和肉质性状的相关性分析

研究早胜牛类群A-FABP基因多态性及其与胴体品质和肉质性状的相关性。采用PCR-SSCP方法对5个早胜牛类群(庆阳类群、平凉类群、南德温与庆阳类群杂种、西门塔尔与平凉类群杂种、秦川牛与平凉类群杂种)的A-FABP基因进行多态性分析,分析基因型与胴体品质和肉质性状的相关性。结果显示,A-FABP基因第三外显子区存在c.408GC的突变,并检测到3种基因型GG、GC和CC。胴体性状相关分析表明,GG基因型的胴体重显著低于CC基因型(P0.05);GG基因型屠宰率极显著低于GC基因型(P0.01),显著低于CC基因型(P0.05);GG基因型净肉率显著低于GC基因型(P0.05);GG基因型的眼肌面积显著低于GC和CC基因型(P0.05)。肉质性状相关分析表明,GG基因型失水率显著高于CC基因型个体(P0.05);GG基因型剪切力极显著高于GC和CC基因型(P0.01);GG基因型蒸煮损失和pH均显著高于GC基因型(P0.05),极显著高于CC基因型(P0.01)。A-FABP基因突变位点可作为胴体性状和肉质性状遗传标记。     

牦牛KAP6-1和KAP6-4基因序列变异分析

角蛋白关联蛋白(keratin-associated proteins,KAPs)是毛纤维的主要结构成分。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛和野血牦牛为研究对象,应用PCR-SSCP方法检测KAP6-1和KAP6-4基因外显子序列多态性。结果表明4个牦牛群体的KAP6-1基因外显子区存在c.42TC、c.135CT的同义突变及c.173GC、c.175GT的非同义突变,导致p.Cys58Ser和p.Gly59Cys的氨基酸残基改变;另外检测到1处45 bp的插入/缺失突变导致16个氨基酸残基的插入/缺失;甘南牦牛PIC值0.222 3为低度多态,其他3个牦牛群体PIC值0.393 4~0.4672为中度多态。牦牛KAP6-4基因外显子区检测到c.51CT、c.54CA、c.78TC、c.96TC和c.135TC的同义突变,以及c.118AG的非同义突变,导致编码的氨基酸残基p.Ser40Gly的改变;4类群牦牛PIC值为0.2658~0.387 2为中度多态。聚类分析表明牦牛KAP6-1基因外显子区碱基序列与普通牛、绵羊和山羊的同源性最高,其亲缘关系和系统进化远近一致。     

四个牦牛品种MC1R基因部分序列的多态性研究

为探索4个牦牛品种MC1R基因多态性的相关信息,选取甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛、大通牦牛4个品种共408头个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法分析牦牛MC1R基因部分序列的基因多态性。结果表明,与GenBank中牛MCIR基因序列(登录号:AF445641.1)比对发现,该扩增片段在3 891 bp处发生C→G的突变,在3 912 bp处发生T→C的突变,共发现CC、DD、EE、CD、CE和DE 6种基因型。4个牦牛品种中CD、CE和DE 3种基因型在青海高原牦牛和大通牦牛中占主要优势,这3种基因型频率总和在青海高原牦牛和大通牦牛群体中分别是0.778和0.781。DD和CD两基因型是甘南牦牛群里中的优势基因型,其基因型频率分别是0.351和0.328。天祝白牦牛中优势基因型是DD,其基因型频率是0.500。D等位基因是4个地方品种牦牛中的优势等位基因。4个地方品种在该基因座上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。青海高原牦牛和大通牦牛两个群体处于高度多态(PIC>0.5),甘南牦牛和天祝白牦牛处于中度多态(0.25相似文献   

家兔UCP2基因多态性的筛选和生物信息学研究

本文研究兔的UCP2基因的多态性,为地方兔种的选种和选育提供一定的依据。分别以比利时兔、加利福尼亚兔和新西兰兔构建其DNA池,设计6对引物扩增3个兔种UCP2基因的外显子序列和部分内含子序列,用PCR产物直接进行双向测序快速的筛选出兔的UCP2的多态位点。结果表明:在兔UCP2基因中筛选到8个多态性位点:intron2-G2217T、exon3-A63C、exon3-G169A、intron5-C61A、exon6-C11G、intron6-C7T、intron6-C46T、intron6-C73A,其中exon3-A63C和exon3-G169A位于第3外显子上,且exon3-A63C为错义突变,导致编码的酪氨酸(Tyr)变为丝氨酸(Ser)。exon6-C11G在第6外显子上,其余的多态位点都在内含子中,除了intron6-C7T外,其余的多态位点在三种兔种中都有。结论:通过生物信息学对兔UCP2基因的分析发现m RNA二级结构、二级结构和蛋白质的三级结构在突变前后都发生变化。     

家兔UCP3基因SNP多态性及生物信息学分析

以比利时兔、加利福尼亚兔和新西兰兔为实验对象构建其DNA池,直接测序筛选SNP位点,结果在兔UCP3基因中筛选到5个多态性位点:intron4-C1298T、exon6-G208A、exon6-G281A、exon6-T303C和exon6-G443A。其中exon6-G208A、exon6-G281A和exon6-G443A为错义突变,exon6-T303C为同义突变,而exon6-G208A导致编码的精氨酸(Arg)变为丝氨酸(Ser),exon6-G281A和exon6-G443A导致编码的丝氨酸(Ser)变为酪氨酸(Tyr)。通过生物信息学软件对兔UCP3基因突变前后RNA二级结构和蛋白质的二级结构进行预测分析,发现其结果均有差异。     

CXCR2基因多态性与奶牛乳房炎和乳品质的关联

采用PCR-SSCP技术研究了荷斯坦牛、西门塔尔牛和通江黄牛3个品种共160头个体CXCR2基因多态性与乳房炎抗性性状和对牛奶品质性状的遗传效应。结果表明: CXCR2基因有3个SNP多态位点, 分别位于序列的第685 bp、777 bp和861 bp位点, 确定了5个等位基因A、B、C、E和F。685 bp位点表现为BC和CC基因型, 777 bp位点表现为AA和AB基因型, 861 bp位点为CC和BC基因型。与奶牛乳房炎敏感性有关的基因型主要是BC、CC和FF, 可能对乳房炎有抗性的是AA、AB和EE基因型。据不同基因型对乳品质的遗传效应分析来看, AA、AB和EE基因型的乳品质性状极显著或显著优于其他基因型。     

MC4R、POU1F1基因对京海黄鸡生长性能的遗传效应

以MC4R和POU1F1基因为候选基因, 采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测两个候选基因在京海黄鸡群体中的单核苷酸多态性(SNPs), 同时对候选基因与京海黄鸡生长性能的相关性进行了研究。结果表明, MC4R基因编码区第662 bp位置有G→C碱基的点突变, 在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型, A等位基因频率为0.929, B等位基因频率为0.071; 在POU1F1基因exon3在序列的第5 231 bp位置有一个A→T碱基的点突变, 检测到CC、CD、DD 3种基因型, C等位基因频率为0.500, D等位基因频率为0.500。采用GLM模型分析基因型对生长性能的遗传效应, 结果表明, MC4R基因AA基因型个体的4、8、12周龄体重显著地高于BB型个体(P<0.05), 16周龄体重差异极显著(P<0.01); POU1F1基因CD基因型个体体重极显著高于CC型和DD型(P<0.01)。因此推测MC4R和POU1F1基因可能是影响鸡生长性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因, 能够在分子标记辅助选择中用于对鸡生长性状的遗传改良。     

CSN1S2、CSN3和β-Lg基因对西农萨能奶山羊产奶性能的影响

利用PCRRFLP技术对69只西农萨能奶山羊群体的CSN1S2基因、CSN3基因和βlg基因多态性与产奶性状的相关性进行了研究。结果表明,CSN1S2基因的不同基因型与产奶性能间存在相关性:FF基因型个体前4胎平均产奶量显著低于NN基因型个体(P<0.05),FF基因型个体第2胎产奶量比NN基因型个体低90kg以上(P<0.01),提示CSN1S2基因座F等位基因可能与低产奶量有关。在CSN3HindⅢ基因座中,DE和EE基因型个体在第1、2、3、4胎产奶量和平均产奶量上差异不显著(P>0.05);在CSN3TaqⅠ基因座中,TT、TC和CC3种基因型个体在第1、2、3、4胎产奶量和平均产奶量上差异不显著(P>0.05);CSN3基因经HaeⅢ酶切没有发现多态性。对βlg基因5′侧翼区的分析发现,AA基因型个体各胎次产奶量均比AB型高,其中在第2、3胎产奶量和平均产奶量3项指标上都达到显著水平(P<0.05),提示βlg基因的A等位基因可能与高产奶性能有关。     

山羊FGF5基因组织表达及其变异与羊绒性状的关联性分析

为了研究山羊FGF5基因的遗传变异和组织表达等分子特征及其变异对山羊羊绒性状的影响,本试验应用PCR-SSCP与测序相结合的方法检测FGF5基因第1外显子在陇东绒山羊、柴达木绒山羊和中卫山羊中的多态性,并分析该基因变异对羊绒性状的影响;采用RT-qPCR技术研究FGF5基因在陇东绒山羊和辽宁绒山羊组织中的表达.结果 表明,在山羊FGF5基因的第1外显子区检测到一个同义突变位点c.272C＞T,表现为MM、MN和NN3种基因型,其中NN型仅在陇东绒山羊中有极少量分布.3个山羊品种的优势基因型均为MM,优势等位基因均为M.c.272C＞T位点在3种山羊品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,且均为低度多态.c.272C＞T位点与陇东绒山羊的羊绒性状关联性分析表明,该位点对羊绒纤维直径的影响显著.携带等位基因N的个体的羊绒纤维直径显著低于不含等位基因N的个体的(P＜0.05);基因型MN个体的羊绒纤维直径显著低于基因型MM个体的(P＜0.05).FGF5基因在陇东绒山羊和辽宁绒山羊的心、肝、脾、肺、肾、骨骼肌和皮肤中均有表达;在陇东绒山羊的心、脾、肺、肾和皮肤中的表达量显著或极显著高于辽宁绒山羊的.本研究结果提示,若以改善羊绒细度为选育目标,山羊FGF5基因可作为羊绒性状改良的候选基因.     

从江香猪RARG基因多态性与繁殖性状关联分析

本实验目的是研究RARG基因SNP位点与从江香猪繁殖性状的相关性,寻找影响从江香猪繁殖性状的QTL,为分子标记辅助选择提供依据。本研究以从江香猪母猪为研究对象,利用DNA直接测序技术,筛选RARG基因SNP位点,并进行基因多样性、关联性和数量性状遗传分析研究。受试群体中,在RARG基因中发现3个SNP位点,其中A~(55)G、C~(1464)T位于intron7,C~(128)T位于exon8;关联分析发现,A~(55)G位点与初、经产母猪总产仔数、产活仔数及乳头数差异性均不显著(p0.05);C~(1464)T位点与经产母猪总产仔数、产活仔数及乳头数均呈显著性差异(p0.05),且CC基因型比CT、TT基因型多;对于C128T位点,AA基因型初产母猪的总产仔数、产活仔数及母猪乳头数均比AB、BB基因型多,且差异性均显著(p0.05);数量性状遗传分析发现,等位基因C对经产母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的平均效应分别为0.56、0.59、0.29,CC基因型估计育种值分别为1.12、1.18、0.58;等位基因A对初产母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的平均效应分别为0.61、0.60、0.33,AA基因型估计育种值分别为1.22、1.20、0.65。推测等位基因C和等位基因A可能为从江香猪总产仔数、产活仔数、乳头数的有利等位基因,且CC基因型和AA基因型为有利基因型。     

催乳素受体基因与羊驼繁殖性能关系的初探

通过氯仿/异戊醇法制备羊驼血液基因组DNA,采用PCR方法首次扩增出羊驼催乳素受体基因(prolactin receptor gene,PRLR)exon8-exon9序列(GenBank登录号为DQ198164),该片段长度为622bp。通过NCBI blast(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)比较,结果表明:该序列包括exon8的82bp、intron8全序列472bp和exon9的68bp。同源性比较发现,羊驼PRLR基因exon8和exon9核苷酸序列与其它哺乳动物的相应区域的同源性特高,均≥92%;同时还发现羊驼exon8引物后第19个碱基为G,而其它哺乳动物(猪除外)均为A,猪则是在羊驼exon8引物后的第34个碱基处由G变为A,通过推导氨基酸序列分析发现,这种单碱基的突变使得羊驼与其它哺乳动物相比,该处的氨基酸由亮氨酸取代了异亮氨酸;在羊驼exon9引物前第22个碱基处也发生了A-G碱基替换现象,但这个碱基的突变发生在密码子的第3个碱基上,编码的氨基酸均为脯氨酸。在这些动物中只有羊驼为单胎动物,羊驼exon8核苷酸序列中A-G的碱基替换并引起编码氨基酸序列发生改变是否与羊驼繁殖性能有关还有待进一步研究。     

CSN1S2、CSN3和β-Ig基因对西农萨能奶山羊产奶性能的影响

利用PCR-RFLP技术对69只西农萨能奶山羊群体的CSN1S2基因、CSN3基因和β-Ig基因多态性与产奶性状的相关性进行了研究。结果表明,CSMS2基因的不同基因型与产奶性能间存在相关性：FF基因型个体前4胎平均产奶量显著低于NN基因型个体（P〈0．05）,FF基因型个体第2胎产奶量比NN基因型个体低90kg以上（P〈0．01）,提示CSMS2基因座F等位基因可能与低产奶量有关。在CSN3-HindⅢ基因座中,DE和EE基因型个体在第1、2、3、4胎产奶量和平均产奶量上差异不显著（P〉0．05）;在CSN3-TaqI基因座中,TT、TC和CC3种基因型个体在第1、2、3、4胎产奶量和平均产奶量上差异不显著（P〉0．05）;CSN3基因经HaeⅢ酶切没有发现多态性。对β-Ig基因5’侧翼区的分析发现,AA基因型个体各胎次产奶量均比AB型高,其中在第2、3胎产奶量和平均产奶量3项指标上都达到显著水平（P〈0．05）,提示β-Ig基因的A等位基因可能与高产奶性能有关。     

藏绵羊PPARα基因遗传变异特征及组织表达分析

PPARα(Peroxisome proliferator activated receptorsα)基因参与调控线粒体脂肪酸β氧化,在能量代谢中具有重要作用,是动物高原低氧适应的主要候选基因之一。本研究采用PCR-SSCP和测序方法检测2个品种(藏绵羊,湖羊) PPARα基因P1区核苷酸变异及遗传特征。采用实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)检测藏羊与湖羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、骨骼肌6个组织的相对表达量。检测表明:在扩增区域发现2个SNPs (c.515-22AG, c.515-10CT)对应的等位基因A、B。基因频率在2个群体间具有统计学意义(p0.01),藏绵羊的优势基因型为AB,湖羊优势基因型为AA。推测AB基因型个体可能更有利于藏绵羊适应高原低氧环境,可作为藏绵羊低氧适应选育的分子标记。PPARα基因在2个绵羊的6个组织中均有不同程度的表达且具有品种间差异性。PPARα基因在藏绵羊心脏的表达量极显著的低于其余5个组织(p0.01),而2个品种间,藏绵羊各组织的表达量均低于湖羊,其中在心脏、肝脏、肺脏3个组织表达量极显著的低于湖羊(p0.01)。本研究可丰富绵羊基因组学内容,为藏绵羊低氧适应研究提供基础数据。