我国SEO型汉坦病毒全S基因核苷酸序列测定

为获得SEO型病毒基因组更为详尽的资料，也为局部暴发的原因提供科学的资料，我国采用病毒分离、McAbs分型。RT－PCR扩增及核苷酸序列测定的方法，在国内首次测出我国SEO型病毒较为完整的全S片段，并与76－118、Seoul,SRⅡ株的核苷酸及氨基酸同源性进行比较，分别为：64．2％、91．8％、96．8％及80．5％、95．4％、97．3％。表明病毒基因组间的重排不是造成发病高峰的原因。     

汉坦病毒的基因分型及其序列分析

为了探讨从核苷酸水平耐汉坦病毒进行分型,设计两对型特异性引物,采用反转录和聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,对亚太地区１８株汉坦病毒进行了扩增鉴定,并对其中７株汉坦病毒的ＰＣＲ产物进行了测序分析。ＰＣＲ的分型结果表明,Ⅰ型引物只能扩增血清Ⅰ型病毒的ｃＤＮＡ;Ⅱ型引物也只能扩增血清Ⅱ型病毒,其间无交叉反应。采用巢式ＰＣＲ和限制性内切酶验证了ＰＣＲ产物的特异性。序列分析结果表明,Ｒ３６Ｍ片段Ｇ１区的核苷酸序列与血清Ⅰ型病毒代表株７６－１１８的同源性为７８．４％,而与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性为６８．１％;Ｒ３６与汉坦病毒序列同源性的成对比较结果也表明,Ｒ３６与血清Ⅰ型病毒的同源性均高于血清Ⅱ型病毒;Ｌｅａｋｅｙ虽然能被Ⅱ型引物扩增,但其序列与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性仅为４４．９％,故不属于血清Ⅱ型病毒。上述研究结果表明,反转录聚合酶链反应能对多数汉坦病毒准确分型,但最终结果尚有赖于序列分析。     

浙江省汉坦病毒基因分子进化分析

为了分析浙江省汉坦病毒分子流行病学的特点,本文应用分子生物学软件对1981～2007年从浙江省不同地区不同宿主分离的12株汉坦病毒的S、M基因序列进行分子进化分析,结果显示:浙江省属汉滩(HTN)型和汉城(SEO)型的混合型疫区,病毒的基因差异和亲缘远近关系主要表现在地区性,而与病毒分离的年代与宿主关系并不大,表现出明显的地理聚集现象,该现象在HTNV中的表现尤为明显,同一地区分离的病毒表现为较高的基因同源性,系统进化树上分布于同一或临近分支。另外发现分离自浙江省建德地区的Gou3和ZJ5株在SEOV进化枝中构成一独立分支,而且与国内外SEOV其他毒株的基因差异均较大,在浙江省建德地区存在着SOEV的特殊亚型病毒。     

汉坦病毒HTN261株S基因片段的核苷酸序列测定及分析

黑龙江省是肾综合征出血热(HFRS)的重疫区。近年来HFRS年的发病人数曾超过万人。流行病学和血清学研究表明黑龙江省HFRS疫区主要是姬鼠型,但目前尚缺乏病毒的分子生物学资料。我们对从疫区捕获的宿主动物-黑线姬鼠肺中分离的汉坦病毒HTN261株的S基因片段的全基因序列进行了测定和初步分析。结果如下,HTN261株的S基因片段的全序列长为1697nt。只有一个主要的编码N蛋白的ORF,起始位置为第37nt,终止于1326nt,编码的蛋白长为429aa。没有发现存在ORF2。HTN261株的S基因片段核苷酸序列与HTN型中的病毒株的同源性很高,而与汉坦病毒其他型的同源性较差。从种系发生树分析来看,HTN261株归结于汉坦病毒的HTN型。在HTN型之内,HTN261株和HTN76-118株在一个分枝内。就其核苷酸和蛋白的同源性来说,HTN261株和HTN76-118株的同源性分别是89%(全S基因)和98%(蛋白)。而与中国境内发现的其他汉坦病毒株Z10,HU,Chen4,NC167等基因和蛋白的同源性相对较差。汉坦病毒除具有其宿主的依赖性外,还具有其地理的簇集性。HTN261株和HTN76-118株之间S基因和N蛋白序列的变异性的差异分别为11%和2%,表明HTN261株和HTN76-118株还有不同,可能是不同的亚型。不过,尚有待于进一步研究证明。     

汉坦病毒受体

汉坦病毒感染可引起两种严重威胁人类生命的传染性疾病:肾综合征出血热(HFRS)和肺综合征出血热(HPS)[1,2],这两种疾病都与急性血小板减少和血管渗透性变化有关[3].因此,弄清汉坦病毒与宿主细胞的相互作用及其机制,对控制汉坦病毒性疾病显得尤为重要.整合素对维持血管壁的渗透性和完整性具有重要作用.一种整合素可以在不同的细胞上表达,同一种细胞也可以表达多种不同的整合素,并且不同类型整合素的作用也各有不同.在汉坦病毒与内皮细胞相互作用研究中,细胞整合素受体起到了关键性的作用,致病性汉坦病毒通过细胞膜上β3整合素感染细胞,而非致病性汉坦病毒通过细胞膜上β1整合素感染细胞[4,5].这些都为汉坦病毒的受体和发病机制研究奠定了一定的基础.本文拟对该研究近况作一综述,为汉坦病毒致病机制的深入研究提供参考.     

汉坦病毒陈株S基因编码区的克隆,序列分析及表达

从汉坦病毒陈株感染的ＶｅｒｏＥ６细胞裂解液中提取病毒ＲＮＡ,经逆转录ＰＣＲ获得病毒Ｓ基因编码区约１．３ｋｂｃＤＮＡ片段,克隆该片段后进行核苷酸序列测定,并与汉坦病毒７６１１８株进行同源性比较,结果二者核苷酸序列同源性为８６％,推导的氨基酸序列同源性为９７％。将该基因片段插入原核表达载体ｐＧＥＸ４Ｔ１,在大肠杆菌中获得高效表达。表达产物为ＧＳＴＮＰ融合蛋白。ＳＤＳＰＡＧＥ检测表达蛋白分子约７２ｋＤ左右。Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔｉｎｇ和ＥＬＩＳＡ试验结果表明,表达产物可与多株抗汉坦病毒核蛋白的ＭｃＡｂ发生反应,其抗原表位及ＭｃＡｂ反应谱与７６１１８株相比存在某些差异。     

汉坦病毒陈株S基因编码区的克隆、序列分析及表达

从汉坦病毒陈株感染的Vero-E6细胞裂解液中提取病毒RNA,经逆转录PCR获得病毒S基因编码区约1.3kb cDNA片段,克隆该片段后进行核苷酸序列测定,并与汉坦病毒76-118株进行同源性比较,结果二者核苷酸序列同源性为86%,推导的氨基酸序列同源性为97%.将该基因片段插入原核表达载体pGEX-4T-1,在大肠杆菌中获得高效表达.表达产物为GST-NP融合蛋白.SDS-PAGE检测表达蛋白分子约72kD左右.Western blotting和ELISA试验结果表明,表达产物可与多株抗汉坦病毒核蛋白的McAb发生反应,其抗原表位及McAb反应谱与76-118株相比存在某些差异.     

汉坦病毒HTN261株S基因片段的核苷酸序列测定及分析

黑龙江省是肾综合征因热（HFRS）的重疫区。近年来HFRS年的发病人数曾超过万人。流行病学和血清学研究表明黑龙江省HFRS疫区主要是姬鼠型,但目前尚缺乏病毒的分子生物学资料。我们对从疫区捕获的宿主动物－黑线姬鼠肺中分离的汉坦病毒HTN261株的S基因片段的全基因序列进测定和初步分析。结果如下,HTN261株的S基因片段的全序列长为1697nt。只有一个主要的编码N蛋白的ORF,起始位置为第37nt,终止于1326nt,编码的蛋白长为429aa。没有发现存在ORF2。HTN261株的S基因片段核苷酸序列与HGTN型中的病毒株的同源性很高,而与汉坦病毒其他型的同源民生较差,从种系发生树分析来看,HNT261株归结于汉坦病毒的HTN型。在HTN型之内,HTN261株和HTN76－118株在一个分枝内,就其核苷酸和蛋白的同源性说,HT N261株和HTN76－118株的同源性分别是89％（全S基因）和98％（蛋白）。而与中国境内发现的其他汉坦病毒株Z10,HU,Chen4,NC167等基因和蛋白的同源性相对较差,汉坦病毒除具有其宿主的依赖性外,还具有其地理的簇集性。HTN261株和HTN76－118株之间S基因和N蛋白序列的变异性的差异分别为11％和2％,表明HTN261株和HTN76－118株还有不同,可能是不同的亚型。不过,尚有待于进一步研究证明。     

汉坦病毒空气传播感染的实验室和野外采样研究

本项研究是通过动物实验和现场采样研究汉坦病毒气溶胶传播感染。用感染的黑线姬鼠排泄物自然形成的病毒气溶胶进行实验。黑红姬鼠感染后第5天放入离乳小鼠和乳小鼠,暴露10d,检测不到抗体,感染后第7天,放 乳小鼠和乳小鼠,暴露10d,可以检测出抗体;黑线姬鼠在暴露15d时,可以检测出抗体,可见黑线姬鼠感染后,第4天可能是它向体外排毒的一个时间标志,且形成的病毒气溶胶具有感染性。对现场采集的空气样品和收集的打谷者佩戴的口罩样品的研究发现,在稻田堆放的稻捆根部和鼠栖息的草窝的空气中每350L空气中和打谷场脱粒机附近每96L空气中,含有至少一个具有生物活性的汉坦病毒粒子,结合流行病学调查结果,可以判定,汉坦病毒经空气传播吸入感染可能是秋冬季节肾综合征出血热发病的主要传播途径。     

西瓜花叶病毒中国分离株全基因组核苷酸序列测定

西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)是马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员,主要危害西瓜和甜瓜,引起花叶病。在田间,该病害主要由蚜虫以非持久性方式传播。西瓜和甜瓜花叶病在国内陕西、山东、云南、辽宁、山西、新疆、河南和黑龙江等地广泛发生[1-6]。从20世纪80年代中期开始发生,逐渐上升为普遍发生的主要病害。我国大部分地区因西瓜和甜瓜病毒病造成的损失为30%~50%,甚至会绝产,西瓜花叶病毒已经成为制约西瓜和甜瓜高产稳产最主要的因素之一[7]。到目前为止,多数工作集中在对西瓜和甜瓜病毒病的鉴定,在分子生物学上仅限于对CP基因…     

油菜叶绿体16SrRNA基因的一级结构分析

本文报道了油菜叶绿体16S rRNA基因的全顺序及其5′端上游的156bp和3′端下游的101bp的核苷酸顺序。油菜叶绿体16s rRNA基因长为1491bp,和烟草、玉米相比,同源程度分别为98.5％、96.1％。油菜叶绿体16S rRNA基因5′端上游及3′端下游的顺序能互补而形成一个较大的茎环结构,但与烟草相比,由于3′端下游顺序有79bp的缺失,因此,该结构中的茎部分大小仅为烟草的二分之一。     

大蒜花叶病毒外壳蛋白基因cDNA的克隆和序列分析

我们从自然发病的大蒜中分离得到了大蒜花叶病毒。以其基因组ＲＮＡ为模板合成了３＇末端部分ｃＤＮＡ。从中选出一批插入片段在２．０ｋｂ以上的重组克隆,经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ点杂交分析证实了所选克隆与基因组ＲＮＡ同源。通过对若干个克隆的插入片段两端部分序列的测定,选出一个克隆ｐＧＭ４９５,其插入片段的长度约为２．４ｋｂ,３′末端存有一个Ｐｏｌｙ（Ａ）结构,它应包含了编码该病毒外壳蛋白全部序列。序列测定的结果表明,这个ｃＤＮＡ片段全长为２３７９ｂｐ,其中含有与酶切图谱分析结果相符的ＥｅｏＲＩ、ＰｓｔＩ及ＢａｍＨＩ酶切位点。第一个终止密码子ＴＡＡ与３′ｇ末端相距２６４ｂｐ,我们根据碱基序列推定的氨基酸序列与其它已发表的Ｐｏｔｙｖｉｒｕｓ的外壳蛋白氨基酸序列以及外壳蛋白翻译后加工的蛋白酶专一切点相比较后推测,编码该病毒外壳蛋白序列可能起始于３′末端上游的１１７０ｂｐ处,共编码３０２个氨基酸,其分子量为３６ｋＤ,略大于ＳＤＳ－ＰＡＧＥ所测定的３３ｋＤ,非编码区域长２６４ｂｐ,富含ＡＴ,并有多个终止密码子的存在。趾３′末端３２～２７ｂｐ处有一个ＡＡＴＡＡ序列。     

Isolation and Complete Nucleotide Sequence of the Measles Virus IMB-1 Strain in China

The complete nucleotide sequence of the measles virus strain IMB-1,which was isolated in China,was determined.As in other measles viruses,its genome is 15,894 nucleotides in length and encodes six proteins.The full-length nucleotide sequence of the IMB-1 isolate differed from vaccine strains (including wild-type Edmonston strain) by 4%-5% at the nucleotide sequence level.This isolate has amino acid variations over the full genome,including in the hemagglutinin and fusion genes.This report is the first to de...     

水稻矮缩病毒第11号组分基因序列和编码蛋白的功能分析

水稻矮缩病毒(Rice Dwarf Virus-RDV)广泛分布于中国、日本及东南亚地区,侵染水稻和禾本科其它一些作物,是造成水稻减产的主要原因之一,对农作物危害极大。RDV属于呼肠孤病毒科(Re-oviridae)中的植物呼肠孤病毒属(Phytoreovirus)成员,其病毒粒子直径70nm,为20面体,有双层     

水稻矮缩病毒小外壳蛋白基因的合成、克隆和序列分析

从感染水稻矮缩病毒(RDV)的水稻叶片中分离纯化了RDV,用人工合成的寡核苷酸为引物,合成了长度为1.0kb的小外壳蛋白基因,经PCR扩增后,克隆至pUC-19载体上。以双脱氧链终止法测序得到其全长序列,同已发表的RDV日本分离物小外壳蛋白基因序列相比有很高的同源率。     

Nucleotide Sequence of the Akv env Gene

The sequence of 2,191 nucleotides encoding the env gene of murine retrovirus Akv was determined by using a molecular clone of the Akv provirus. Deduction of the encoded amino acid sequence showed that a single open reading frame encodes a 638-amino acid precursor to gp70 and p15E. In addition, there is a typical leader sequence preceding the amino terminus of gp70. The locations of potential glycosylation sites and other structural features indicate that the entire gp70 molecule and most of p15E are located on the outer side of the membrane. Internal cleavage of the env precursor to generate gp70 and p15E occurs immediately adjacent to several basic amino acids at the carboxyl terminus of gp70. This cleavage generates a region of 42 uncharged, relatively hydrophobic amino acids at the amino terminus of p15E, which is located in a position analogous to the hydrophobic membrane fusion sequence of influenza virus hemagglutinin. The mature polypeptides are predicted to associate with the membrane via a region of 30 uncharged, mostly hydrophobic amino acids located near the carboxyl terminus of p15E. Distal to this membrane association region is a sequence of 35 amino acids at the carboxyl terminus of the env precursor, which is predicted to be located on the inner side of the membrane. By analogy to Moloney murine leukemia virus, a proteolytic cleavage in this region removes the terminal 19 amino acids, thus generating the carboxyl terminus of p15E. This leaves 15 amino acids at the carboxyl terminus of p15E on the inner side of the membrane in a position to interact with virion cores during budding. The precise location and order of the large RNase T(1)-resistant oligonucleotides in the env region were determined and compared with those from several leukemogenic viruses of AKR origin. This permitted a determination of how the differences in the leukemogenic viruses affect the primary structure of the env gene products.