基于线粒体12S rRNA基因鉴别混合牛肉及制品的牛种来源

线粒体基因组具有种内高度保守性。它的12S rRNA基因同时具有抗腐蚀、耐高温的特点, 而被用于饲料、鲜肉及肉制品的来源追踪和物种成分鉴别等研究。利用牦牛、普通牛、水牛作为研究材料, 在牛线粒体12S rRNA基因通用引物扩增片段区域发现3种特异的酶切位点, 可用于混合鲜牛肉及制品的牛种来源的鉴别。结果显示: 牦牛12S rRNA扩增片段被酶切为203 bp和250 bp, 普通牛为134 bp和318 bp, 水牛为86 bp和367 bp, 通过测序验证了特异性位点和酶切的正确性; 对样品经过不同温度(100℃、120℃、140℃、160℃和180℃)处理均能扩增到目的条带, 但条带从120℃开始变淡。该方法在鲜牛肉及制品的牛种来源鉴别上具有简单、快速、廉价等优点。     

与耳聋相关的线粒体12S rRNA突变

线粒体DNA突变是引起听力损伤的重要原因之一. 其中,线粒体12S rRNA基因突变与综合征型耳聋和非综合征型耳聋相关. 导致综合征型耳聋的线粒体DNA突变多为异质性,然 而对于非综合征型耳聋突变则多以同质性或高度异质性存在,说明这种分子致病性需要较高的阈值. 位于12S rRNA解码区的A1555G和C1494T突变是造成氨基糖甙类抗生素耳毒性和 非综合征型耳聋常见的分子机制. 这些突变可能造成12S rRNA二级结构的改变,影响线粒体蛋白质的合成,降低细胞内ATP的产生,由此引起的线粒体功能障碍导致耳聋. 但是多数 基因突变的致病机制还仅处于推测阶段. 其它修饰因子如氨基糖甙类抗生素、线粒体单体型、核修饰基因参与了线粒体12S rRNA基因A1555G和C1494T突变相关的耳聋表型表达.     

DNA 12S rRNA基因序列测定在野生动物毛发样本鉴定中的应用

目的利用mtDNA 12S rRNA基因序列测定法对西藏自治区森林公安局送检的三件毛发物证进行种属鉴定,并探讨该方法在无毛囊毛发样本鉴定中的应用价值。方法用酚/氯仿法从毛发样本中提取出基因组总DNA,再用一通用引物通过PCR技术扩增mtDNA上12S rRNA基因的部分片段并进行序列测定。测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,再利用DNAMAN软件进行同源性分析。结果1号样和3号样扩增产物序列与藏原羚的线粒体DNA的12S rRNA基因序列的部分片段的同源性均高达99%;2号样的序列与盘羊的线粒体DNA的12S rRNA基因序列的部分片段的同源性高达98%。结论1号和3号样为藏原羚,2号样为盘羊。本研究所用方法在野生动物案件的样本鉴定中有极高的应用价值。     

鹳形目12种鸟类核c-mos 基因和线粒体12S rRNA基因序列分析及其系统发生研究

鹳形目鸟类的传统分类一直存在分歧,而近期的分子系统学研究大多只用单个基因,其结论的可信度需要进一步验证.本文通过核c-mos基因和线粒体12S rRNA基因序列分别和合并分析,采用分子系统学方法探讨了鹳形目6科12种鸟类的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类6种核c-mos基因的片断序列,结合来自Genebank的其他种类的c-mos和12S rRNA基因序列,分别经Clustal W软件对位排列后,以原鸡为外类群用最大似然法、邻接法和最大简约法建立系统树.系统树分析表明, 鹳形目6科之间的系统发生关系总结为：（鹭科,（（鹮科,美洲鹫科）,（鹳科,（鲸头鹳科,锤头鹳科））））.鹭科7个属之间的系统发生关系总结为：（麻（开鸟）属（夜鹭属（池鹭属（苍鹭属（中白鹭属（白鹭属,大白鹭属））））））.分别基于两个单基因的系统树有一定差异,而基于合并数据的系统树支持率和分辨率都高于基于单基因的系统树,表明使用在遗传上相对独立的分子数据合并建立系统树有较高的可信度和分辨率,是一种更好的研究方法.     

核基因参与人类线粒体12S rRNA突变相关非综合征耳聋的临床表型

人类线粒体DNA 12S rRNA A1555G突变可引起母系遗传性非综合征耳聋,并提高氨基糖甙类药物对该类耳聋的诱导作用。我们在江苏淮阴发现了一个非综合征耳聋大家系,家系个体发病呈典型的母系遗传特征,临床可表现为先天性耳聋、中年进行性耳聋乃至完全正常的表型。对家系个体进行研究后发现A1555G突变是引起该家系耳聋的主要原因。我们用EB病毒转化的方法对该家系部分个体行建系工作后,对家系中17个个体的类淋巴母细胞进行分析,其中包括具有耳聋症状的个体7人(患者组),具有同质性A1555G突变但表型正常的个体6人(携带组),正常婚配对照 5人,与正常婚配对照相比,患者组与携带组在线粒体蛋白合成速率及在葡萄糖或半乳糖培养基中的生长速度出现了不同程度的下降,且突变细胞系中线粒体功能缺陷的严重程度与个体的临床表型相关．这些发现强有力地支持了核基因参与了该疾病临床表型的形成。     

中国沙塘鳢属鱼类线粒体12S rRNA基因序列分析

沙塘鳢属鱼类为东亚特有的小型淡水经济鱼类,中国产沙塘鳢属鱼类分类问题长期存在争议。本文测定了中国产沙塘鳢属鱼类全部种类的线粒体12S rRNA基因部分序列,结合GenBank中下载的2种日本沙塘鳢属鱼类和塘鳢科鱼类同源序列,探讨中国产4种沙塘鳢属鱼类的物种有效性,分析沙塘鳢属鱼类的系统发育关系。作者所使用的同源序列长度为690bp,其中变异位点258个,简约信息位点201个,包括插入/缺失位点34个,转换/颠换平均值为3.0,表明12S rRNA基因是研究沙塘鳢属鱼类系统发育关系的合适分子标记。基于p-distance模型的6种沙塘鳢属鱼类种内遗传距离为0.000—0.024,种间遗传距离为0.058—0.064,支持暗色沙塘鳢和中华沙塘鳢为不同种,中国产沙塘鳢属鱼类包括中华沙塘鳢、河川沙塘鳢、海丰沙塘鳢、鸭绿江沙塘鳢4个种的观点;至于中国还有没有新的沙塘鳢属鱼类,尚有待进一步研究。系统发育分析表明海丰海塘鳢是河川沙塘鳢的姐妹群,暗色沙塘鳢与O.hikimius的亲缘关系最为密切,而同属其余类群之间的系统发育关系则由于自展数据支持率较低而尚不明确。中国产沙塘鳢和日本产沙塘鳢并未单独分群,推测沙塘鳢属鱼类的共同原始祖先可能广泛分布于中国、朝鲜和日本等东亚地区,约在4.9—6.5百万年前的上新世开始分化,系统发育过程比较适合离散假说。     

基于12S rRNA和16S rRNA基因序列探讨中国蚤蝇科部分属间的系统发育关系

基于线粒体12S rRNA和16S rRNA基因序列联合分析,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建了中国蚤蝇科14属的系统发育树.结果表明:联合分析序列总长度为819 bp,其中可变位点277个,简约信息位点200个;A+T平均含量为77.7%,具A、T偏倚性.系统发育分析显:中国蚤蝇科为单系发生,分为蚤蝇亚科和裂蚤蝇亚科两个单系群.蚤蝇亚科内脉蚤蝇属、锥蚤蝇属和刺蚤蝇属亲缘关系较近,栅蚤蝇属与栓蚤蝇属亲缘关系较近;裂蚤蝇亚科中虼蚤蝇属与裂蚤蝇属互为姐妹群,寡蚤蝇属与伐蚤蝇属互为姐妹群.     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).     

水稻线粒体26S rRNA基因在大肠杆菌JM101中的克隆及分子鉴定

用BT型水稻喜峰A黄化苗为材料,按本实验过去报道经修改后的方法提取线粒体DNA,经EcoR1完全酶切后,随机克隆到pUC19载体上,转化大肠杆菌,在含氨苄青霉素(50μg/m1)和X-gal的LB固体平板上筛选白色转化子。随机提取重组子DNA,以玉米26S rRNA基因为探针,经Southern分子杂交鉴定,一个插入1.3kb水稻线粒体DNA片段的重组质粒杂交结果为阳性,并将这个含有26S rRNA基因片段的重组质粒命名为pXMT1。     

异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们父母本线粒体DNA 12S rRNA基因遗传变异的分析

采用质粒克隆测序方法,获得了异源四倍体鲫鲤5个个体、异源四倍体鲫鲤雌核发育二倍体后代2个个体、三倍体湘云鲫2个个体及红鲫、湘江野鲤和日本白鲫各1个个体的线粒体DNA 12S rRNA基因的全序列。经对比发现,异源四倍体5个个体共享2种单元型,异源四倍体鲫鲤雌核发育二倍体后代2个个体、三倍体湘云鲫2个个体以及红鲫、湘江野鲤和日本白鲫各1个个体分别共享1种单元型。用MEGA 1.0 软件分析了它们的碱基组成和核苷酸序列差异,用邻接法构建系统进化树。它们间的序列同源性在95%~99%之间,异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们母本（分别为红鲫和日本白鲫）之间的序列同源性大于异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫和它们父本（分别为湘江野鲤和异源四倍体鲫鲤）之间的序列同源性,结果表明：异源四倍体鲫鲤和三倍体湘云鲫在线粒体DNA 12S rRNA基因上具有母性遗传特征。本研究另一值得注意地方的是异源四倍体鲫鲤经过9代(F3-F11)繁殖后,在5个个体中发现了2种单元型,说明在四倍体基因库中存在遗传多样性,为四倍体基因库的繁殖、保护和种群复壮提供了一些有价值的信息。     

野生中国大鲵Sox基因的克隆与序列分析

Sox基因家族是一类编码转录因子的基因家族,其产物具有一个HMG-box基序保守区,调节动物的性别决定与分化过程,并参与多种器官的发育。参照人SRY基因HMG-box保守区序列及有关文献,设计一对简并引物,PCR扩增了野生雌性中国大鲵（Andrias davidianus）基因组DNA,结果得到了一条长约220 bp的产物片段;菌落PCR扩增结果表明,克隆后的白色菌落中90%以上都是阳性克隆;通过SSCP技术筛选到3种有差异的阳性克隆,进行测序,获得了3个Sox基因：Sox4a、Sox4b与Sox14。对所得序列进行序列比对和聚类分析,结果显示该基因在分子进化上具有高度的保守性。对中国大鲵Sox基因的研究,目前国内外尚未见报道。为研究中国大鲵性别决定机制以及Sox基因进化提供了分子遗传学资料。     

东方鲀生长激素基因3'-UTR多态性分析

以暗纹东方鲀（Takifugu. Obscurus）、红鳍东方鲀（Takifugu. Rubripes）、星点东方鲀（Takifugu. niphobles）共82个个体为对象,运用单链构向多态性（SSCP）技术和测序技术分析生长激素（Growth Hormone,GH）基因3＇非翻译区的多态性.结果表明3个群体中3＇非翻译区存在两种长度多态性,分别为320bp和317bp,与GenBank（登录号为：FRU63807）的序列（316bp）有差异;共检测到6种基因型,分别命名为aa、bb、ab、bc、cd、dd,变异频率达4.36%,其中在暗纹东方鲀中检测到四种aa、bb、ab、bc,cd和dd基因型分别只在于星点东方鲀和红鳍东方鲀检测到;7个突变位点中有1处颠换即位点212（T→G）,6处转换即位点120、180、227、265、287（C→T）和位点199（A→G）.     

氟氏链霉菌离子束注入突变谱的分析

用低能N⁺离子束注入转谷氨酰胺酶产生菌氟氏链霉菌后,通过试验,初步确定了注入的效应曲线,获得了一系列突变菌株。提取原始菌株和突变菌株的DNA,采用PCR反应分段扩增出转谷氨酰胺酶基因进行单链构象多态性分析(SSCP),并将特异性条带克隆测序进行基因突变型的鉴定,分析离子束注入引起链霉菌基因的基因突变类型及特点。结果显示:碱基变异的类型包括转换、颠换和缺失。在检测到的24个碱基突变中,主要是碱基的置换(87.5%),碱基缺失的比例比较小(12.5%)。在碱基置换中,转换的频率(58.3%)高于颠换的频率(29.2%)。转换主要以C→T,A→G为主,颠换以G→T,C→G为主。此外构成DNA的4种碱基均可以被离子束辐照诱发变异,其中胞嘧啶发生突变的频率较高。     

鸡A-FABP基因多态性分析及其与脂肪性状的

以北京油鸡为试验材料,对A-FABP基因进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和基因型与性状的关联分析。方差分析结果表明,不同基因型间腹脂率、皮脂厚、肌内脂肪含量差异极显著(P<0.01),体重在不同基因型间差异不显著(P >0.05)。由此推测,A-FABP可能为影响鸡脂肪代谢的主效基因或与主效基因相连锁。     

猪LHβ亚基基因的单核苷酸多态性研究

本研究对猪LHβ亚基基因除上游调控区以外的序列进行了SSCP分析,结果发现在该基因的3个外显子和3′调控区内没有任何SNPs位点,仅在内含子1的1367位点和内含子2的1823位点发现2个多态性位点,并对这两个位点在二花脸、约克夏和长白猪3个群体中的基因频率进行了初步分析。Study on the Single Nucleotide Polymorphisms of the Porcine LHβ GeneWANG Ai-hua1,LI Ning2,WU Chang-xin11.College of Animal Science and Technology,China Agricultural University,Beijing 100094;2.National Laboratory of AgroBiotechnology,China Agricultural University,Beijing 100094Abstract:SSCP analysis was commanded on the whole sequence of porcine LHβ gene except the upstream control region.No polymorphic site was found in the 3 exons and 3′control region.But there were 2 polymorphic sites in the 1367 site of intron 1 and 1823 site of intron 2.The gene frequencies of the 2 sites in the Erhualian,Yorkshire and Landrace populations were analyzed.Key words：LHβ gene;SNPs;intron;SSCP     

宫颈癌患者核糖核酸酶抑制因子基因突变的分析

目的通过对宫颈癌患者血液核糖核酸酶抑制因子(ribonuclease inhibitor,RI)基因RNH的突变分析,探讨RNH基因与肿瘤生长的关系。方法针对RNH全基因序列设计21对引物,PCR扩增后采用SSCP对突变进行检测。结果正常人和宫颈癌患者均扩增出相应的21个条带,未发现异常;经过SSCP分析未发现所收集的18例宫颈癌患者血液中的RNH基因有突变发生。结论尚不能肯定RNH基因的突变是否与肿瘤无关,也不能肯定其他肿瘤没有发生突变。需缩小检测片段进一步实验。     

SSCP和HMA方法在马MHC-Ⅰ类分子基因多态性研究中的应用

文章使用SSCP和HMA两种基于聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法对马MHC-Ⅰ类分子基因多态性进行了分析.在应用SSCP法进行分析时,尽管经过实验条件优化,仍未得到对MHC-Ⅰ基因理想的分离效果,提示该方法对分离多态性较高的基因有一定局限性.在对HMA法用参考标准DNA对影响DNA分子构象的温度和变性剂浓度等实验条件进行优化后,获得了对马MHC-Ⅰ类分子基因较好的分离效果.6、7、8、9和10号马的样本在相对应泳道上分别出现了6、5、6、5和7个条带.从凝胶中进行DNA条带回收后克隆测序的结果表明,这一方法可以有效地分离高度多态性的MHC-Ⅰ类分子基因.     

九种罕见的人类染色体异常核型报告

ReportonNineRareSpeciesofHumanChromosomalAbnormalKaryotypesHanWeitian;QuOu;YuPing;JiangMiao(LiaoningResearchInstituteofFamilyPlanning,Shenyang110031)自1983年以来,我们对数千例不育及胚胎丢失等生殖异常患者进行细胞遗传学研究,发现大量异常染色体核型,而且异常种类繁多,已报道世界首报人类异常核型25种[1]。最近,在不良妊娠患者中又发现9种异常核型,经湖南医科大学医学细胞遗传学国家培训中心鉴定,为世界首次报道．现报告如下。1病例摘要及核型例1男,30岁,表型及智力正常,其妻子妊娠两次,均在无任何诱因情…     

大绿蛙6个Sox基因的克隆及进化讨论

Sox基因家族编码一类转录调控因子,他们参与到个体发育的许多过程,如中枢神经系统的形成、性别分化、骨和淋巴细胞的发育等.许多动物体内都检测到Sox基因,基于序列及其结构特点,Bowles等将其划分为10个族.本文采用简并PCR技术,扩增了大绿蛙Sox基因的HMG-box保守区,经SSCP及序列分析,获得6个基因并分别命名为:RlSox3a、RlSox3b、RlSox3c、RlSox11、RlSox14 和RlSox21.所获序列无性别差异,经系统发生分析发现分属于大绿蛙Sox家族的B 和C 亚族.其中RlSox3基因出现多拷贝,为Sox基因家族进化的DDC(duplication-degeneration-complementation)模式提供了一定的分子证据.结合GenBank中已登录的31个Sox基因氨基酸序列,使用MEGA 3.0软件构建NJ (neighbor-joining) 系统发生树,讨论了Sox基因的系统发生历程.     

PAH基因内一个A／C多态性位点的分析

在苯丙氨酸羟化酶基因ＩＶＳ３的３‘端－１１位有一个Ａ／Ｃ多态性位点,应用ＳＳＣＰ分析可进行简便检测,Ａ等位基因的频率为０．６５６,Ｃ等位基因的频率为０．３４４,此位点的多态性信息含量（ＰＩＣ）为０．３５１。Ａ／Ｃ位点与同一内含子内的ＳＴＲ位点间没有连锁不平衡性,联合应用这两个多态性位点进行单体型连锁分析,对ＰＫＵ家系进行产前基断诊断率可达７５％。