基于16S rRNA基因测序研究金银花和山银花对急性肺损伤大鼠肠道菌群的影响

目的 研究金银花(忍冬)和山银花(灰毡毛忍冬和黄褐毛忍冬)对急性肺损伤(ALI)大鼠肠道菌群的影响。 方法 60只SD大鼠随机分为正常组、模型组、阳性组、忍冬组、灰毡毛组和黄褐毛组,每组10只。灌胃给药5 d后,除正常组外其余组大鼠均腹腔注射LPS,建立ALI模型。检测大鼠血清和肺泡灌洗液(BALF)中IL 1β、IL 6和TNF α的含量,HE染色观察肺脏组织病理学变化,利用Illumina MiSeq测序平台对大鼠粪便样本进行16S rRNA基因测序。 结果 与正常组相比,模型组大鼠血清和BALF中IL 1β、IL 6、TNF α的含量升高(均P0.05)。Alpha多样性显示,与模型组比较,除灰毡毛组外均能下调急性炎症引起的菌群丰度和多样性的增加。利用LEfSe分析挖掘差异菌属,与正常组相比,模型组大鼠肠道志贺菌属、Turicibacter、变形杆菌属丰度增加,Adlercreutzia丰度减少。忍冬可降低变形杆菌属丰度,增加阿克曼菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属、Adlercreutzia等的丰度;黄褐毛忍冬使脱硫弧菌属丰度减少,拟杆菌属、阿克曼菌属、瘤胃球菌属等丰度增加。由菌群与炎症因子的关联性分析看出,志贺菌属、脱硫弧菌属、梭菌属与IL 1β、IL 6和TNF α的含量呈正相关,阿克曼菌属、瘤胃菌属、双歧杆菌属与IL 1β、IL 6和TNF α的含量呈负相关。 结论 研究表明忍冬和黄褐毛忍冬可能通过调节肠道菌群结构,影响炎症因子水平而对急性肺损伤有一定的预防作用。     

16S rRNA技术检测盐诱导高血压大鼠肠道菌群的变化

目的 检测高血压大鼠肠道菌群的变化,探讨正常菌群在盐诱导高血压发生发展中的作用。方法 以8%高盐饮食喂养SD雄性大鼠制备高血压模型。Real-time PCR检测菌群结构的改变,同时检测血浆炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平变化。结果 同对照组大鼠血压（96.00 mmHg±5.74 mmHg）相比盐敏感组（122.79 mmHg±6.37 mmHg）显著升高,而盐抵抗组无明显变化;实验组大鼠体重（172.00 g±15.58 g,164.25 g±16.11g）较对照组（377.63 g±32.47 g）明显降低;同对照组相比实验组菌群结构发生比例倒置,即双歧杆菌（6.19±0.47,7.52±0.47 vs 8.59±0.42）、乳杆菌（6.77±0.23,7.09±0.28 vs 7.60±0.26）、拟杆菌（8.98±0.45,8.46±0.47 vs 9.99±0.73）数量降低;肠杆菌（7.93±0.20,7.78±0.29 vs 7.28±0.27）数量升高。同盐抵抗组大鼠相比,盐敏感组双歧杆菌、乳杆菌降低更加显著,但拟杆菌数量高于盐抵抗组。两实验组大鼠血浆细胞因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平较对照组均显著升高（P<0.05）。结论 盐诱导高血压大鼠肠道菌群结构发生改变,盐敏感组双歧杆菌、乳杆菌和拟杆菌含量显著降低,提示其可能参与盐诱导高血压病程。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化

运用16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。

纳入60例STC患者和健康志愿者20例, 留取新鲜粪便样本, 冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱, 应用16S rRNA高通量测序技术, 分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。

测序后共得到1 702 004 524条有效序列, 样本序列平均有效长度为414.1 bp, 总样本平均序列条数为2 127 505.7条。与对照组比较, STC患者肠道菌群丰度指数Ace指数、Chao指数和肠道菌群多样性指数Shannon指数下降(P < 0.05), 肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高(P < 0.05)。在门水平上, STC组以拟杆菌门、放线菌门为主, 正常对照组以厚壁菌门为主。在属水平上, STC组以拟杆菌属(Bacteroides)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、巨单胞菌属(Megamonas)为主, 正常对照组以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特菌属(Blautia)为主。

STC患者肠道菌群发生紊乱, 表现为丰度及多样性下降, 菌群结构发生改变, 可能与慢传输型便秘的发生发展有关。

     

基于16S rRNA基因高通量测序的太原地区健康成年人肠道菌群结构分析

目的 探讨太原地区健康成年人的肠道菌群结构及多样性。方法 采集太原地区20份健康成年人的粪便样本,提取DNA、构建菌群16S rRNA基因克隆文库、高通量测序并进行生物信息学分析。结果 测序获得优质序列1 383 680条,平均序列为69 184条±551条,归类于455个OTUs;所有样本共含有10个菌门,101个菌属,141种菌;其中核心菌门3个,依次为拟杆菌门（63.13%）、厚壁菌门（31.14%）和变形菌门（5.10%）,占所有样本微生物总量的99.37%;丰度最高的前10个菌属依次为拟杆菌属（43.34%）、普氏菌属（15.51%）、栖粪杆菌属（4.92%）、罗氏菌属（4.73%）、毛螺菌属（3.27%）、萨特菌属（2.50%）、粪球菌属（2.38%）、布劳特菌属（2.31%）、瘤胃球菌属（2.18%）和副杆状菌属（1.61%）,占样本微生物总量的82.75%,未分类的菌属占6.84%。结论 健康成年人肠道微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定,为进一步研究人体肠道菌群结构与功能提供了参考依据。     

利用肠道菌群的分布和16S DNA序列研究鲤科肠道菌系统演化关系

肠道微生物与寄主具有复杂的、多方面的相互依存效应,这种依存效应所产生的共生关系或协同进化关系既可反映寄主间的系统演化关系,也可显示肠道微生物间的系统演化关系,共生关系或协同进化关系是由于寄主与肠道微生物两者之间存在着相互自然选择作用所形成的,在长期的进化历程中逐步发生的共生关系信息很可能被记录在DNA序列中。本文通过检测鱼鲤鱼科8种鱼中9种肠道菌群的分布含量对这9种菌群进行分析,且利用从GenBank调取这9种肠道细菌菌属的43个种或亚种的16S DNA序列的构建NJ树和MP树,将这6个科9个属43个种或亚种分为革兰氏阴性和革兰氏阳性两大类群（一级分枝）。在这两类群中,又以科为单位分为6个亚类群（二级分枝）,而肠杆菌科中则以属为单位分为4个小类群（三级分枝）,此外球状菌与杆状菌也能截然分开。将16S DNA的NJ树隐去所有的种,以属为单位所得到的以分枝形式的无根树在拓扑结构上与菌群分布含量（寄主范围）所构建的无根树相近,但芽孢杆菌在两种无根树的位置中有较大的差异。如果提高检测水平,扩大所检测的寄主对象,这种差异有可能消除。     

基于16S rRNA基因测序研究蜥蜴胃康方对胃癌肝转移裸鼠肠道菌群的影响

观察不同剂量蜥蜴胃康方对胃癌肝转移裸鼠肠道菌群的影响。

60只裸鼠随机分为正常对照组(10只)和造模组(50只), 造模组用HGC-27胃癌细胞通过脾脏注射制备胃癌肝转移模型, 造模4周时, 随机取正常对照组1只与造模组5只, 取裸鼠肝组织通过病理切片对比验证造模是否成功。随后剩余造模组45只裸鼠随机分为模型组、5-氟尿嘧啶(5-FU)组以及蜥蜴胃康方高(2.6 g/mL)、中(1.3 g/mL)、低(0.6 g/mL)剂量组, 每组9只。取最后一次灌胃2 h后各组裸鼠新鲜粪便进行16S rRNA基因测序。

16S rRNA测序结果显示, 与正常对照组相比模型组裸鼠肠道菌群在门水平表现为拟杆菌门、厚壁菌门丰度下降, 放线菌门、蓝藻菌门丰度富集。属水平表现为Muribaculaceae丰度显著降低(t=3.514 4, P=0.024 6), 拟普雷沃菌属丰度显著富集(t=-4.660 1, P=0.009 6), 副拟杆菌属丰度显著富集(t=-4.284 7, P=0.012 8), 瘤胃球菌属丰度显著降低(t=3.342 7, P=0.028 8)。经蜥蜴胃康方干预后, 胃癌肝转移裸鼠的肠道菌群结构得到了改善, 门水平表现为厚壁菌门丰度增加, 放线菌门丰度降低, 各组间差异有统计学意义(H=11.619 9, P=0.040 4);蓝藻菌门丰度降低, 组间差异有统计学意义(H=11.433 1, P=0.043 4)。属水平表现为Muribaculaceae丰度升高, 拟普雷沃菌属、副拟杆菌属丰度降低; 瘤胃球菌属(H=14.658 4, P=0.011 9)、乳杆菌属(H=11.386 0, P=0.044 2)丰度显著富集, 各组间差异有统计学意义(P < 0.05)。

蜥蜴胃康方能增加厚壁菌门丰度, 降低放线菌门、蓝藻菌门丰度, 提高益生菌乳杆菌属、瘤胃球菌属丰度, 降低致病菌肠杆菌属、梭状芽胞杆菌属丰度。其中以蜥蜴胃康方高剂量组对肠杆菌属、梭状芽胞杆菌属的抑制作用最显著, 并能有效提高乳杆菌属丰度, 从而调节胃癌肝转移裸鼠肠道菌群的平衡, 增强肠黏膜免疫屏障, 激活免疫细胞释放肿瘤坏死因子来发挥对胃癌的抑制作用。

     

中药提取物水苏糖对实验性肝硬化大鼠血浆内毒素及肠道菌群的影响

目的探讨中药提取物水苏糖对肝硬化大鼠血浆内毒素及肠道菌群的影响.方法36只SD大鼠随机分为正常对照组（n=6）,模型组,预防组,晚期治疗组.采用CCL4复合因素法建立肝硬化模型;实验第9周末处死所有大鼠,观察药物对肝硬化大鼠内毒素,肠道菌群,AST、ALT肝功能及肝组织病理学等的影响.结果中药提取物水苏糖对内毒素及其它指标都有明显的改善,预防组,晚期治疗组病理都有改善,预防组优于治疗组.结论中药提取物水苏糖能有效调整肝硬化肠道菌群失调,并降低血浆内毒素.对肝脏有保护作用.     

基于16S rRNA测序技术分析乳源性复合益生菌对糖尿病小鼠肠道菌群的影响

该研究旨在从肠道菌群角度研究乳源性复合益生菌对db/db糖尿病小鼠的作用机理。将32只db/db糖尿病小鼠分为模型组,阳性药(二甲双胍)组,复合益生菌高、低剂量组,8只db/m鼠作为正常对照组。采用ELISA法测定糖化血红蛋白(glycosylated hemoglobin,type A1C,HbA1c)、血清总胆汁酸(total bile acid,TBA)、血清胰高血糖素样肽1(glucagon-like peptide 1,GLP-1)水平,采用16S rRNA测序技术分析各组小鼠肠道菌群变化情况。结果显示与模型组相比,高、低剂量复合益生菌均能显著降低HbA1c、血清TBA水平,升高血清GLP-1水平;模型组小鼠肠道菌群结构较正常组发生变化,复合益生菌组小鼠肠道菌群结构较模型组发生变化;在菌属水平,模型组Proteobacteria、Enterobacteriaceae等富集,复合益生菌低剂量组norank＿f＿＿Lachnospiraceae、Lachnospiraceae＿UCG-006、Butyricicoccus、Anaerotruncus等富集,复合益生菌高剂量组Esc...     

基于16S rDNA高通量测序技术对克罗恩病患儿肠道菌群变化的研究

目的 研究克罗恩病(Crohn′s disease,CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。 方法 纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。 结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。 结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。     

肝硬化患者口服培菲康和妈咪爱对肠道菌群影响的研究

目的:研究肝硬化患者肠道菌群的特点,观察患者口服妈咪爱和培菲康前后肠道菌群、粪便pH及血氮水平的变化.方法:选择肠道菌群中具有代表性的细菌共4种进行培养和计数.选择20例正常人为对照组,计数肠道菌群中4种细菌的数量.40例肝硬化患者随机分成2组,分别给予培菲康(三联活菌)及妈咪爱(二联活菌)共治疗14 d.观察治疗前后肠道菌群落计数、粪便pH、血氨水平.结果:①肝硬化组患者存在不同程度的肠道菌群失调,主要表现为双歧杆菌减少(P＜0.05),而肠球菌、肠杆菌则显著增多(P＜0.01)②菌群失调的严重程度随患者肝功能严重程度而加重.③临床表现有腹泻的肝硬化患者,肠道总体菌量和厌氧菌数量均低于非腹泻患者,以双歧杆菌(P＜0.01)减少为著.④两种益生菌制剂均可提高肝硬化患者肠道双歧杆菌的数量(P＜0.05),并可降低血氨和粪便pH(P＜0.05).结论:①肝硬化组患者存在肠道菌群失调.②益生菌制剂均可有效改善肝硬化患者肠道菌群失调并可降低血氨和粪便pH.     

外阴阴道假丝酵母菌病患者阴道菌群多样性研究

目的探讨外阴阴道假丝酵母菌病患者阴道菌群多样性的变化。方法采集育龄期女性健康受试者(control,CN,n=50)、细菌性阴道病患者(Bacterial vaginosis,BV,n=50)、外阴阴道假丝酵母菌病患者(Vulvovaginal candidiasis,VVC,n=48)、细菌性阴道病合并外阴阴道假丝酵母菌病患者(Bacterial vaginosis in combination of vulvovaginal candidiasis,BVC,n=32)的阴道拭子,提取细菌基因组DNA,而后应用25%~55%变性梯度的PCR-DGGE进行指纹图谱分析。结果阴道菌群指纹图谱结果显示,VVC组中阴道优势菌群与CN组基本一致,但与BV组和BVC组比较差异均有统计学意义。结论外阴阴道假丝酵母菌病阴道菌群多样性无明显变化。     

巴马小型猪肝硬化前后肠道乳杆菌的比较研究

目的比较巴马小型猪诱导型肝硬化造模前(正常猪)和造模成功后(肝硬化猪)肠道乳杆菌的变化情况,探讨小型猪肝硬化模型在肝硬化肠道微生态研究中的适用性。方法收集肝硬化造模前和CCl4诱导肝硬化造模成功后巴马小型猪的新鲜粪便,提取粪便总菌DNA,用乳杆菌特异性引物进行PCR扩增,对扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel-Electrophoresis,DGGE),即用PCR-DGGE分析巴马小型猪肝硬化前后肠道乳杆菌的相似性和多样性。结果聚类分析和主成分分析显示巴马小型猪肝硬化前(正常猪)和肝硬化后混杂排列,无明显界限;多样性数据分析显示巴马小型猪肝硬化前后肠道乳杆菌的丰富度(S)、微生物区系Shannon-Wiener指数(H′)和均匀度(E)差异均无统计学意义(P0.05)。结论巴马小型猪肝硬化后肠道乳杆菌与正常猪比较差异无统计学意义。     

双台子河口沉积物中细菌多样性分析

【目的】掌握双台子河口沉积物中细菌多样性及其群落结构的季节变化特征。【方法】于2009年4月、7月、10月和12月共4个航次在内陆河流入海口处进行四季样品的采集, 采用PCR-DGGE技术对沉积物中细菌多样性进行分析。【结果】通过序列比对发现, 该处沉积物中的细菌主要归属于5个细菌类群, 分别为变形菌门(52.6%)、放线菌门(15.8%)、拟杆菌门(10.5%)、酸杆菌门(5.3%)以及绿弯菌门(5.3%), 此外还有一部分分类地位尚不明确的细菌(10.5%)。在四季样品中变形菌门(52.6%)为优势菌群, 而在变形菌门中, δ亚群又占绝对优势地位。实验结果还显示四季沉积物中细菌Shannon-Wiener多样性指数范围为1.84?2.79, 且春夏两季沉积物中的Shannon-Wiener多样性指数比秋冬两季沉积物中Shannon-Wiener多样性指数大。【结论】双台子河口沉积物中的细菌多样性符合典型河口沉积物中细菌多样性的特征; 低温能导致沉积物中细菌多样性的减少。本研究为初步掌握双台子河口沉积物中细菌种类和组成状况提供了一定的参考, 同时也为该处海洋环境的监测及生物资源的保护提供了科学依据。     

利用PCR-DGGE技术分析内蒙古西部地区土壤细菌的多样性

为明确内蒙古西部地区土壤细菌的多样性,利用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳PCR-DGGE(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis)技术对170份土壤样品中的细菌丰度和群落结构组成进行了分析,并研究了土壤细菌多样性与肥力参数的关系。结果表明:内蒙古西部地区土壤细菌的多样性是比较丰富的,丰富度指数处于4到60之间,香浓指数处于1.38到4.09之间。不同土壤类型,其细菌的多样性有明显差异。其中,新积土、棕钙土、栗钙土和灰钙土中的细菌多样性指数均高于其他类型土壤,而灰漠土的多样性指数最低。且土壤的不同利用方式也会对土壤细菌多样性有所影响,其中耕地土壤细菌多样性指数最高,而未利用土壤的多样性指数最低。细菌多样性与土壤肥力参数的相关性分析结果显示二者之间并无显著的相关性。内蒙古西部地区土壤中的优势种群包括Proteobacteria(变形菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Firmicutes(厚壁菌门)、Actinobacteria(放线菌门)、Acidobacteria(酸杆菌门)、Gemmatimonadetes(芽单胞菌门)、Nitrospira(硝化螺旋菌门)。可为该地区的土壤生态系统治理与恢复及未来该地区特有微生物资源的开发利用、农业生产指导等提供一定的科学依据。     

肠道微生物代谢物在肝硬化中的作用

肝硬化是由多因素引起的终末期肝病,也是导致慢性肝病患者病死的主要原因之一。随着微生物相关多组学的发展和应用,越来越多的研究发现,肠道微生物及其代谢产物如短链脂肪酸、胆汁酸和内毒素等在肝硬化等肝脏疾病中发挥主要作用,但这些肠道微生物代谢产物影响肝硬化发展的机制依然不明确。因此,根据近年来关于肠道微生物及其代谢产物与肝硬化关系的研究,本文重点介绍几种研究比较深入的微生物代谢物以及其影响肝硬化发展的潜在的作用机制,并简要介绍微生物代谢物治疗肝硬化的方法,以期为肝硬化的病理生理学机制、诊断和治疗提供新的见解。

     

PCR-DGGE对长江河口八种野生鱼类肠道菌群多样性的比较研究

目的分析长江河口捕获的8种野生鱼类的肠道菌群多样性的差异并观察这种差异与食性的联系。方法采用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术,DGGE图谱用PCA(principal component analy-sis)方法进行分析。结果建立了长江口8种鱼野生条件下肠道菌群的DGGE指纹图谱,观察到它们在野生条件下的肠道菌群的差异。其中,营底栖生活的舌鰕虎鱼的肠道菌群和其他7种野生鱼有着明显的差异,其他7种鱼的肠道菌群多样性的差异与它们的食性差异相关。结论PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地分析研究鱼类肠道菌群结构的技术。8种野生鱼的肠道菌群的结构有明显的差别,并且食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异也     

Ethylene removal efficiency and bacterial community diversity of a natural zeolite biofilter

To establish an economical and environmentally friendly technology for ethylene removal from horticultural facilities and industrial point sources, a bench-scale natural zeolite biofiltration system was developed in this study. The system was evaluated for its performance in removing ethylene from an artificially contaminated air stream and characterized for its bacterial diversity under varied ethylene concentrations, and in different spatial stages of the filter. The biofilter enabled to approximately 100% remove ethylene at loading rates of 0.26-3.76 g m⁻³ h⁻¹ when operated with inoculum containing enriched ethylene-degrading bacteria. The bacterial diversity and abundance varied with the height of the biofilter. Moreover, the occurrence and predominance of specific bacterial species varied with the concentrations of ethylene introduced into the biofilter, as observed by PCR-DGGE methods. Phylogenetic analysis indicated that the biofilter system supported a diverse community of ethylene-degrading bacteria, with high similarity to species in the classes Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacilli, and Actinobacteria.     

基于PCR-DGGE和高通量测序分析白云边酒窖泥细菌群落结构与多样性

【目的】探索白云边酒不同窖龄窖泥细菌群落结构及其多样性,分析窖泥细菌群落特征对兼香型白酒风格形成的影响。【方法】分别提取2年和23年窖泥样品总DNA,采用PCR-DGGE、基因克隆以及高通量测序技术,研究窖泥细菌的分布情况。【结果】白云边窖泥细菌归属于变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)4个菌门。2、23年窖泥共同的优势菌属(≥1.0%)包括棒状杆菌属(Corynebacterium)、香味菌属(Myroides)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、梭菌属(Clostridium)、醋杆菌属(Acetobacter)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、肠杆菌属(Enterobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。2年窖泥特有优势菌属为Dysgonomonas、Fluviicola、变形杆菌属(Proteus)和Wohlfahrtiimonas,而23年窖泥特有优势菌属为葡萄球菌属(Staphylococcus)、Hazenella、魏斯氏菌属(Weissella)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和摩根氏菌属(Morganella)。【结论】2年窖泥细菌群落多样性高于23年窖泥。比较了白云边两种窖龄窖泥主要细菌组成情况,为研究微生物对白云边酒浓酱兼香型独特风味形成的影响提供依据。     

Characterization of bacterial diversity in two aerated lagoons of a wastewater treatment plant using PCR-DGGE analysis

Aerated lagoons are commonly used for domestic and industrial wastewater treatment due to their low cost and minimal need of operational requirements. However, little information is known regarding microbial communities that inhabit these ecosystems. In this study, a 16S-DGGE approach was used to estimate bacterial diversity and to monitor community changes in two aerated lagoons from a wastewater treatment plant receiving urban and industrial effluents. Pronounced shifts between bacterial communities collected in winter–spring and summer–autumn months were detected. Temperature, dissolved oxygen (DO) and pH were the variables that most influenced the bacterial communities. Phylogenetic affiliation of predominant members was assessed by the determination of the 16S rDNA sequence of correspondent bands. Affiliations to Cytophaga–Flexibacter–Bacteroides (CFB) group, Firmicutes, and β- and ε-proteobacteria were found.     

Investigation of bacterial community diversity in water of Zoige Alpine Wetland

Spatial isolation is currently thought to represent one of the major factors resulting in bacteria genetic variation and population abundance. The bacterial diversity in a distinct environment Zoige Alpine Wetland located in the northeast of the Qinghai-Tibetan Plateau with the altitude 3400 m on average aroused our great attention. This area belongs to Qinghai-Tibetan cold climate zone with the mean annual temperature about 1 °C. Although several studies on bacterial diversity in Qinghai-Tibetan Plateau had been reported, there is no report on wetland water in this area. In this work, six water samples were collected and the water qualities including COD_Cr, NH₄⁺-N, NO₃^--N, NO₂^--N, TN, TP, TOC were investigated, of which results indicated that more than 80% samples sorted as II–V class of surface water sources according to the National Water Quality Standard of China (GB3838-2002). Comparison of bacterial communities among the six samples was analyzed by DGGE of PCR-amplified 16S rDNA with universal bacterial primer sets. The profiles demonstrated that samples from the Flower Lake had more DNA bands than the Conservatory Station inferring higher diversity. In addition, the samples from the same environment shared similar compositions of bacterial communities. Bacterial community composition and predominant bacteria were analyzed by 16S rDNA clone library. The dominant group was Proteobacteria (51.6% of the total clones, which contained 24.2% alpha proteobacteria, 14.5% beta proteobacteria and 12.9% gamma proteobacteria). And the Bacteroidetes added to 17.7%, Verrucomicrobia to 4.8%. More than 24.2% of the total clones showed high similarity to uncultured bacteria. The above work provides some information on bacterial diversity for special site of spatial isolation.