功能基因组学的研究方法

基因组学的研究已从结构基因组学转向功能基因组学,功能基因组学时代对于基因功能的研究也由单一基因转向大规模,批量分析,本综述了功能基因组学的研究内容与方法,主要包括：差异显示反转录PCR,基因表达序列分析（SAGE）,微点阵,遗传足迹法,反求遗传学,蛋白质组学和生物信息学等新方法。     

筛选差异表达基因方法的新进展

了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要信息。以差别筛选、削减杂交等基本方法为出发点,研究基因表达差异的方法不断完善,先后出现了DDRT—PCR、RDA、SSH、cDNA微阵列(基因芯片)、基因表达的系统分析(SAGE)等技术。本着重对这些方法的优缺点及改进进行论述和评介,并对技术的发展趋势进行了分析。     

分离差异表达基因的方法

了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要信息。以差别筛选,扣除杂交等基本方法为出发点,研究基因表达差异的方法不断完善,先后出现了DDRT-PCR,RDA,SSH,cDNA微阵列(基因芯片)等技术。这里着重对这些方法的优缺点及改进进行了论述和评介,并对技术的发展趋势进行了分析。     

生物信息学基因表达差异分析

基因的差异化表达由多种因素共同导致,并且与许多疾病的发生和发展有密切联系,对差异化表达的基因进行生物信息学以及生物统计学的分析对于研究细胞调节机制和疾病机理有着重要意义。目前,对差异化表达的基因有以下几种主流的研究方法：DNA微阵列（DNA microarray）,抑制性消减杂交（SSH）,基因表达连续性分析（SAGE）,代表性差异分析（RDA）,以及mRNA差异显示PCR（mRNA DDRT-PCR）。目前许多基因差异化表达数据是建立在时段（time series）基础上,因此对基于时间变化的基因差异化表达分析变得尤为重要。本文将对差异化表达基因的几种主流方法进行详细阐述,并介绍一种基于傅里叶函数的时段基因差异化表达分析。     

几种差别表达基因显示技术及其在植物方面的应用

９０年代以来,先后出现了ＤＤ,ＲＤＡ,ｃＤＮＡ－ＲＤＡ,ＳＡＧＥ,ＧＥＦ,ＲＦＤ,ＳＳＨ以及ＡＴＡＣ－ＰＣＲ等数种未知产物的差别表达基因显示技术,本文对这些技术的异同。各自的优缺点以及它们在植物方面的应用现状和前景作了简单综述。     

北京油鸡与AA肉鸡脂肪组织差异表达基因的研究

运用mRNA差异显示技术对AA肉鸡和北京油鸡脂肪组织基因的差异表达进行研究,从分子遗传学角度分析导致两品种脂肪组织差异表达的原因,对了解性状形成的遗传基础和调控机理是十分必要的。通过反Northern杂交验证共筛选出脂肪组织差异表达基因10条,经与GenBank数据库进行相似性比对,XF1 与已知基因有较高同源性,该基因是人类cDNA全长开放阅读框（ORF）的一段; XF2、YF1、YF2及YF4经与nr数据库进行同源性比对,均可找到同源性较高的基因,但功能未知;XF4 与克隆人类胎盘CL0BA010ZF08基因的一段cDNA序列同源性为83%;YF3与预测原鸡MLL5 (LOC417712)基因有一定的同源性,目前尚无功能报道;XF5和YF5 与原鸡高迁移率族蛋白（HMGN3）有较高同源性;XF3 在nr库中未找到同源序列,确定为新发现的EST,提交数据库获得GenBank登录号(Accession number: EU594549)。为进一步研究北京油鸡与AA肉鸡脂肪组织差异基因的功能与脂肪发育的关系奠定基础。     

基于mRNA水平的差异表达基因筛选技术

随着分子生物学技术的深入发展,基因组研究重点已经由基因组测序转向基因功能鉴定,即由结构基因组学向功能基因组学转变。研究获得不同处理下基因的差异表达谱是功能基因组学的重要一环,目前已经有多种检测基因差异表达的技术可供选用。在减法杂交技术和PCR基础上发展起来的DDRT—PCR、cDNA—RDA、cDNA—AFLP和SSH技术因其实用性而得到广泛的应用,并取得了令人满意的结果。     

Gene expression profiling of human diseases by serial analysis of gene expression

Until recently, the approach to understanding the molecular basis of complex syndromes such as cancer, coronary artery disease, and diabetes was to study the behavior of individual genes. However, it is generally recognized that expression of a number of genes is coordinated both spatially and temporally and that this coordination changes during the development and progression of diseases. Newly developed functional genomic approaches, such as serial analysis of gene expression (SAGE) and DNA microarrays have enabled researchers to determine the expression pattern of thousands of genes simultaneously. One attractive feature of SAGE compared to microarrays is its ability to quantify gene expression without prior sequence information or information about genes that are thought to be expressed. SAGE has been successfully applied to the gene expression profiling of a number of human diseases. In this review, we will first discuss SAGE technique and contrast it to microarray. We will then highlight new biological insights that have emerged from its application to the study of human diseases.     

筛选差异表达基因和蛋白质的方法进展

分离和鉴定差异表达基因和蛋白质不仅有助于发现基因和蛋白质的功能,更有助于揭示某些疾病的发生机理.目前筛选差异表达基因的方法主要有差异显示PCR方法(differential display RT-PCR,DDRT-PCR)、消减杂交法(subtractive hybridization,SH)、基因芯片技术(DNA chip technique)和基因表达的系统分析(serial analysis of gene expression,SAGE)等,其中消减杂交法中又先后建立了代表性差异分析技术(representational difference analysis,RDA)、抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)和获得全长基因的消减杂交法(full-length-gene-obtainable subtractive hybridization).筛选差异表达蛋白质的方法主要有双向电泳技术(two-dimentional gel electrophoresis)和噬菌体全套抗体库技术(phage display antibody repertoire library technique).这些方法各有特点,各有利弊,研究者可根据自己的需要选择适合于自己的方法.     

筛选差别表达基因的方法及其应用新进展

筛选差别表达基因是进行生物个体生长、发育调控和病理等研究工作的关键步骤之一,对基因组学、蛋白质组学以及更深层次的生命科学研究都具有重要意义。目前,筛选差别表达基因常用的方法主要有DDRT-PCR、SSH、SAGE和基因芯片等方法。本文就这些方法最新的应用进展进行了综述,并重点介绍了近年问世的Megaclone、Megasort和MPSS等新方法。     

基于PCR的基因差异表达分析技术

基因差异表达分析是研究许多生物学过程的分子基础的一条直接、有效的途径。自DDRT-PCR技术建立以来,一系列基于PCR的基因差异表达分析技术,如SAGE、SSH、RDA和DNA微阵列等相继发展起来,为分析和克隆差异表达的基因提供了更为快速、灵敏的工具。本对这几种方法进行了简要综述,比较了不同方法的优缺点,并展望了今后基因差异表达研究技术的发展方向。