水溶性壳聚糖对小鼠肠道菌群的影响

目的 应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术研究水溶性壳聚糖对正常小鼠肠道菌群的影响。方法 使用SPF级昆明小鼠18只,随机分为3组,每组6只,依次为正常对照组（NC）、水溶性壳聚糖高（WSC-H）和低浓度组（WSC-L）,灌服对应药物30 d后收取鼠便,细菌基因组DNA提取,PCR-DGGE电泳得到肠道菌群图谱,计算菌群结构多样性指数,聚类分析相似性并鉴定优势条带序列。结果 水溶性壳聚糖处理后小鼠肠道菌群结构发生改变,多样性指数、丰富度和均匀度较低,乳杆菌成为肠道中的优势菌群。结论 水溶性壳聚糖能够增加肠道中乳杆菌的种类和数量,起到益生元的作用来调节肠道微生态平衡。     

胃癌患者肠道菌群的分布特点分析

目的 应用聚合酶链式反应－变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）基因指纹图谱技术,检测胃癌患者肠道菌群的变化情况,探讨肠道菌群与胃癌发生发展的关系。方法 选取7例符合临床诊断标准的胃癌患者和相同年龄段的3例健康者的粪便标本,提取粪便总DNA。通过PCR-DGGE技术获得菌群指纹图谱,进行相似性、多样性分析。结果 胃癌患者肠道菌群与健康对照组相比,其肠道菌群构成发生显著性变化。其中,条件致病菌唾液乳杆菌、唾液链球菌、大肠埃希菌数量均增加。益生菌直肠真杆菌、Dorea longicatena、柔嫩梭菌群数量均较少。结论 胃癌患者肠道菌群的多样性和构成与健康对照相比发生了显著变化,该特点对于胃癌的预测提供了实验依据。     

大熊猫肠道放线菌的种群组成及多样性分析

【目的】探究不同年龄、不同性别大熊猫肠道放线菌的多样性及群落结构,为寻找潜在产生活性化合物的放线菌资源提供理论依据。【方法】采用PCR-DGGE技术对大熊猫肠道放线菌进行分析,对电泳结果进行UPGMA聚类分析、主成分分析、生物多样性等多重比较。【结果】变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱显示,不同大熊猫肠道中放线菌的多样性及群落结构存在明显差异。随着年龄的增长,雌性大熊猫肠道中放线菌的多样性指数(H')和丰富度(S)逐渐减少,而雄性大熊猫肠道内放线菌的多样性指数(H')和丰富度(S)逐渐增多。不同个体的大熊猫肠道放线菌的群落结构存在明显差异,但相同性别之间的相似性很高。DGGE条带回收测序结果表明,获得的28条序列归属于10个放线菌属,其中链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属,占总数的46%;北里孢菌属(Kitasatospora)、红球菌属(Rhodococcus)、棒杆菌属(Corynebacterium)、迪茨氏菌属(Dietziaceae)、大理石雕菌属(Marmoricola)、布登堡菌属(Beutenbergia)、微杆菌属(Microbacterium)、链嗜酸菌属(Streptacidiphilus)和芽生球菌属(Blastococcus)等为非链霉菌属,占总数的54%。【结论】大熊猫肠道内蕴藏着丰富的放线菌资源,其肠道菌群的结构与组成受年龄和性别的影响。     

白族成年人肠道菌群多样性研究

【目的】通过研究云南白族成年人肠道菌群群落结构,探索肠道菌群结构与云南白族人健康长寿的相互关系。【方法】以43份采自云南省昆明市(Urban)和大理白族自治州洱源县农村(Rural)成年白族志愿者的粪便样品为研究对象,通过种属特异性聚合酶链式反应(定性PCR)和基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对其中的优势菌群进行了分析,并测定样品中短链脂肪酸(SCFAs)含量。【结果】短链脂肪酸(SCFAs)含量测定结果显示,Rural和Urban志愿者的短链脂肪酸含量差异不显著;定性PCR结果显示Rural志愿者肠道内的乳杆菌属和双歧杆菌属的多样性明显区别于Urban志愿者;依据泳道轨迹光密度的不同对16S rRNA基因V3区PCR-DGGE图谱进行基于非加权平均距离聚类分析(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA),显示两组样品按照组别明显地聚为两簇,多样性指数分析也呈现Rural志愿者肠道菌群多样性大于Urban的趋势;进一步对Rural谱带回收克隆测序,并构建系统发育树图,结果显示样品中双歧杆菌属、肠杆菌属和肠球菌属具有较高的多样性,是Rural健康成年志愿者肠道中的优势菌群。【结论】综合上述分析,昆明城市志愿者和大理白族自治州洱源县农村志愿者肠道菌群群落结构呈现区分趋势,多样性差异不显著。该研究为后续探索宿主肠道菌群与健康长寿的相互关系提供了数据基础。     

肠道菌群变化对实验小鼠肠黏膜免疫的影响

目的探讨肠道菌群变化对肠黏膜相关淋巴组织的影响。方法通过变性梯度凝胶电泳（Denatu-ring gradient gel electrophoresis,DGGE）法研究了三种不同级别实验小鼠即清洁级小鼠、SPF小鼠和普通小鼠肠道菌群的组成,并用免疫组织化学（immunohistochemistry,IHC）方法研究了此三种不同级别的实验小鼠肠黏膜相关淋巴组织sIgA阳性细胞分布情况。结果普通小鼠肠道细菌种类最多,其sIgA阳性细胞分布最多,肠道不同部位之间sIgA分布情况差异有显著性（P〈0.05）,小肠和大肠之间的阳性细胞分布差异极显著（P〈0.01）;其次是清洁级小鼠,其肠道不同部位之间菌种组成差异无显著性,小肠和大肠之间的阳性细胞分布差异有显著性（P〈0.05）;SPF小鼠肠道细菌种类最少,故其sIgA阳性细胞分布最少,且其肠道不同部位之间菌种组成差异无显著性,小肠和大肠之间的阳性细胞分布差异无显著性（P〉0.05）。结论随着动物微生物控制级别的增高,肠道微生物多样性递减;sIgA阳性细胞与肠道细菌种类正相关。     

转Bar基因稻谷对小鼠(Mus musculus)肠道菌群的作用研究

选取6周龄、雌雄各半、体重18~22 g的SPF级昆明小鼠(Mus musculus)100只,随机分成5组,每组4个重复,每个重复5只小鼠。分别用含量为40%和60%的转Bar基因稻谷Bar68-1和非转基因稻谷D68日粮喂养小鼠,亲代小鼠饲养180 d后开始繁殖子一代(F1),每代小鼠饲养180 d。在180 d后分别从亲代和子一代每组随机抽取5只小鼠,提取肠道内容物基因组DNA,利用细菌通用引物对细菌16S r DNA的V3区序列进行PCR扩增,并将扩增产物用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis DGGE)。研究显示,各组小鼠肠道菌群相似性系数无显著差异(P0.05);肠道主要优势菌群相同。结果表明,转Bar基因稻谷对小鼠肠道菌群的作用不明显。     

两种不同品系小鼠的人源菌群模型的建立与肠道菌群的比较

目的 比较KM(封闭群)和C57 BL/6J(近交系)两种小鼠人源菌群(Human flora-associated,HFA)模型的构建过程中小鼠肠道菌群的动态变化以及定植效果.方法 通过向无菌KM和C57BL/6J小鼠体内同时灌喂同一健康人的新鲜粪便,于灌喂后1、2和4周分别收集小鼠新鲜粪便.采用变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术评价人肠道菌群在两种无菌小鼠体内的定植规律和定植效果.结果 两种小鼠的菌群条带数随时间的推移而明显增加,到第4周,两种品系的小鼠的菌群的一致性均略有增高,趋于稳定.UPGMA聚类分析显示,两种小鼠分别聚在了不同的聚类枝上;并且二者在Shannon-Wiener指数上差异有统计学意义(P＜0.05),在条带数S和与供体人的相似性差异有统计学意义(P＜0.01),且C57BL/6J HFA小鼠模型更接近人.结论 不同遗传背景的小鼠对肠道菌群具有选择性的定植效果,在多样性和与供体菌群的相似性方面,C57BL/6J HFA小鼠模型要优于KM HFA小鼠模型.     

慢性胃炎患者肠道菌群分析

探索慢性胃炎（CG）患者肠道菌群变化特点。

采集我院青年CG患者（CG组）和健康人群（NC组）的粪便样品,对其细菌16S rDNA V3—V4区域进行扩增并进行高通量测序,然后运用多种生物信息学手段进行分析。

CG组与NC组对象肠道菌群在门和科水平上均有不同之处,其中CG组对象有较高丰度的Actinobacteriota和较低丰度的Ruminococcaceae。CG组对象肠道菌群多样性及均一度均显著低于NC组（均P＜0.05）,但两者具有相似的丰富度水平。多元方差分析和相似性百分比分析均发现CG组和NC组对象肠道菌群有较大差异。Bifidobacterium、Blautia、Collinsella、Ruminococcus_torques_group和Streptococcus与CG患者密切相关。

CG患者的肠道菌群存在较大变化,其中Bifidobacterium、Blautia等细菌与CG的发生相关。

     

婴幼儿腹泻患者肠道菌群分布特点研究

目的 研究不同年龄段腹泻患儿肠道菌群分布特点,探讨不同年龄腹泻患儿肠道菌群与疾病的关联。方法 选取9例符合临床诊断标准的0~1岁婴儿腹泻患者和8例符合临床诊断标准的1~3岁幼儿腹泻患者的粪便样本,同时于健康儿童中随机选取6例粪便样本作为对照,提取各组对象粪便总DNA,采用PCR-DGGE进行菌群多样性与差异性分析。结果 0~1岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,肠道菌群构成差异显著,条件致病菌巴黎链球菌数量显著增加。1~3岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,条件致病菌解没食子酸链球菌、屎肠球菌数量显著增加,长双歧杆菌数量下降。结论 婴幼儿腹泻患者肠道菌群的构成与健康对照组相比差异显著,该特点可作为婴幼儿腹泻早期诊断的实验依据。     

分子生物学技术在肠道菌群研究中的进展

人的肠道中栖息着大量微生物,这些微生物与宿主形成一个相互依赖且相互制约的微生态系统。肠道菌群结构与遗传、饮食、疾病、环境等因素存在千丝万缕的联系,其地位与作用相当于一个后天获得的"器官",对人体的消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节、抗病等诸多方面有不可替代的作用,因此,研究人的肠道菌群具有十分重要的意义和作用。本综述着重论述荧光原位杂交(FISH)、基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(Polymerase chain reaction denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术、实时荧光定量PCR(Real-time polymerase chain reaction)技术、基因芯片(Gene chip)技术及以焦磷酸测序平台为代表的第二代测序技术等多种分子生物学技术在肠道菌群研究方面的应用,并对未来肠道菌群方面的研究进行展望。     

哈尔滨城市和乡村青年居民肠道菌群多样性研究

【目的】分析居住于哈尔滨城市和乡村的青年居民肠道菌群多样性的异同。【方法】采用PCR和DGGE技术相结合的方法对生活于哈尔滨城市和乡村的青年志愿者肠道菌群多样性进行研究。基于DGGE指纹图谱,分别使用聚类和PCA分析对志愿者肠道微生物相似性进行分析,使用Shannon-Weine多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(EH)对志愿者肠道微生物多样性进行分析,对图谱中具有代表性的共性和特异性条带进行胶回收和克隆测序以分析志愿者肠道微生物组成。基于PCR技术在种水平上对城乡志愿者肠道内乳杆菌属和双歧杆菌属多样性进行定性分析。【结果】相似性分析显示,城乡青年居民间肠道微生物群落结构存在分开趋势,相似性小于城市或乡村青年居民内部;多样性分析显示,城乡青年居民肠道微生物多样性差异不显著;测序结果表明,城乡居民肠道微生物组成在门水平上相同,但是在种属水平上存在差异。PCR定性分析显示Lactobacillus plantarum、L.casei和L.salivarius在哈尔滨城乡青年居民肠道内检出率接近100%,Bifidobacterium longum和B.breve的检测率约90%,在哈尔滨城乡青年居民肠道内普遍存在;乳杆菌属和双歧杆菌属各细菌种在城乡居民肠道中的检出频率差异不显著。【结论】哈尔滨城市和乡村青年居民肠道微生物多样性差异不显著。     

肠道微生物多样性与能量代谢调控及肥胖关系的研究进展

肠道微生物与宿主之间相互选择,构成了一个相对稳定的超有机体。宿主基因型和遗传关系影响肠道微生物的生态学特征,而肠道微生物发酵肠道内多糖,为宿主提供可吸收利用的养分,增强肠道对养分吸收的能力。同时,肠道微生物还影响一些转录因子的活性,调控宿主基因的表达,增强宿主甘油三酯的合成和脂肪沉积,减少脂肪酸氧化分解,调控宿主能量代谢。     

肠道菌群与2型糖尿病相关性的研究进展

肠道菌群是人体肠道微生态的重要组成部分,以多种途径影响宿主的代谢与生理功能,通过调节肠道菌群结构与多样性,改善慢性疾病的发生发展已成为国内外的研究热点。本研究归纳总结了近年来肠道菌群影响2型糖尿病的主要途径,为阐明肠道菌群与2型糖尿病的相关性以及基于肠道菌群靶点的药物研制和临床治疗提供新的思路。     

肠道和呼吸道菌群与肺部疾病的研究新进展

宿主微生物群落对机体局部以及系统免疫的影响已逐渐引起人们的关注,目前发现局部的微生物群落能够对机体远端部位的免疫能力造成影响。肠道和呼吸道菌群稳态对机体免疫系统发育以及抗病原微生物感染至关重要,肠道和呼吸道菌群失衡与炎症性疾病、代谢性疾病以及过敏性疾病密切相关。肠道和呼吸道菌群失衡会通过"肠—肺轴"的相互作用,引起免疫系统改变与急性、慢性肺部疾病的发生。在这篇综述中,我们对肠道微生物和呼吸道微生物在肠-肺轴中发挥作用的研究进展作一总结,并对从微生物角度进行疾病治疗干预的可能性进行分析。     

银耳多糖对免疫抑制小鼠肠道菌群的保护作用

目的 探究银耳多糖(TP)对环磷酰胺(Cy)造成的免疫抑制小鼠肠道菌群的保护作用。 方法 将18只SPF级雄性Balb/c小鼠随机分为空白对照(NC)组、模型对照(NaCl+Cy)组和银耳多糖恢复(TP+Cy)组,每组6只。NC组小鼠正常饮食饮水,不做任何处理;NaCl+Cy组小鼠每日腹腔注射环磷酰胺0.04 mg/g(以体质量计算,下同)、灌胃生理盐水0.3 mL;TP+Cy组每日腹腔注射环磷酰胺0.04 mg/g、灌胃银耳多糖0.1 mg/g,观察小鼠皮毛、行为、粪便等状态变化。10 d后处死全部小鼠,无菌条件下采集粪便,应用PCR DGGE技术进行肠道菌群分析;收集脾、结肠等器官,应用苏木精-伊红染色(HE染色)进行脏器损伤分析。 结果 与NC组小鼠相比,NaCl+Cy组小鼠脾指数、胸腺指数下降;TP+Cy组小鼠脾指数、胸腺指数与NC组差异无统计学意义。PCR DGGE结果显示,NaCl+Cy组小鼠肠道菌群多样性增加,优势菌群发生变化,疣微菌和紫单胞菌丰富度增加,乳杆菌、普雷沃菌、海洋螺菌、短杆菌和伯克菌丰富度减少;TP+Cy组小鼠肠道菌群多样性和优势菌群与NC组几乎没有差异。HE染色结果显示,NaCl+Cy组小鼠结肠、脾等脏器均有一定的炎症反应,但是TP+Cy组小鼠脏器未见明显损伤。 结论 银耳多糖对环磷酰胺造成的免疫抑制小鼠的脏器损伤、肠道菌群改变均有一定的保护作用。     

肠道菌群与精神分裂症的研究进展

精神分裂症是一种精神障碍疾病。除了遗传因素外,一些环境因素也参与了精神分裂症的发生,肠道微生物群是近年来发现的主要影响因素之一。研究表明,精神分裂症患者肠道菌群普遍发生了紊乱,肠道菌群通过肠-脑轴影响神经功能和疾病。肠道菌群可以通过影响神经系统发育、免疫和代谢功能来诱导精神分裂症的发生,肠道菌群可能是精神分裂症防治的有效靶点,调节肠道菌群可能是防治精神分裂症的一种潜在方法。本文就精神分裂症的易感因素、肠道菌群在精神分裂症中的作用、机制以及防治策略等方面的研究进展进行综述。     

肝硬化患者肠道菌群失衡的研究现状

肝硬化是我国的一种常见病,近年来越来越多的研究表明肝硬化及其并发症（如门静脉高压、自发性腹膜炎、肝性脑病及肝癌等）都与肠道菌群失衡有着密切的联系。肝脏和肠道通过“肠—肝轴”紧密联系在一起,肝硬化时因小肠细菌过度生长、肠黏膜屏障功能受损、机体免疫功能下降等因素,导致细菌移位、肠道微生态失衡。而肠道微生态失衡又会使肝功能障碍进一步发展,引起肝性脑病等并发症。本文就目前国内外对肝硬化及其并发症与肠道细菌及真菌菌群失衡的研究进行综述。     

慢性萎缩性胃炎患者肠道菌群特征

探讨不同炎症程度慢性萎缩性胃炎（CAG）患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

对36例健康人（健康对照组）和8例轻度炎症（轻度炎症组）、26例中度炎症（中度炎症组）、8例重度炎症（重度炎症组）的CAG患者的粪便样本进行16S rRNA基因高通量测序（V4—V5区）,采用Sobs、Shannon、Simpson、Ace、Chao指数评估4组对象肠道菌群的物种丰富度与多样性;采用PLS-DA分析评估4组对象肠道微生物群落结构;采用LDA与LEfSe分析确定4组对象相对丰度存在显著差异的肠道菌群;采用PICRUSt预测CAG患者显著富集肠道菌属的代谢通路信息。

与健康对照组相比,轻、中、重度炎症组患者肠道菌群Sobs、Ace、Chao、Simpson指数有降低趋势,但差异均无统计学意义（均P＞0.05）。Ruminococcus_gnavus_group、norank_f_Ruminococcaceae、Erysipelatoclostridium、Actinomyces在轻度炎症组中显著富集,Flavonifractor、Sellimonas在中度炎症组中显著富集,Eubacterium_rectale_group、Erysipelotrichaceae_UCG-003、Tyzzerella_3、Coprococcus_1、Candidatus_Soleaferrea在重度炎症组中显著富集。此外,Lachnospiraceae_UCG-004、Eubacterium_nodatum_group的丰度在健康对照组、轻度炎症组、中度炎症组、重度炎症组中呈递增趋势;Anaerostipes、Ruminiclostridium_9、Halomonas、Pelagibacterium的丰度在健康对照组、轻度炎症组、中度炎症组、重度炎症组中呈递减趋势,但差异均无统计学意义（均P＞0.05）。PICRUSt分析结果显示4组对象肠道菌群代谢通路相似,但是代谢通路的丰度不同,其中重度炎症组患者肠道菌群代谢功能潜力高于健康对照组、轻度炎症组和中度炎症组。

CAG患者肠道菌群变化的总体特征为产丁酸盐的菌属丰度减少,促炎菌属的丰度增加。促炎菌属可能通过附着于肠道上皮导致黏膜屏障受损和肠道通透性增加,影响宿主免疫反应,引起炎症。

     

肠道菌群与相关疾病的研究进展

肠道菌群被称为人体的第二基因组,对机体营养物质的代谢、人体自身发育、免疫及疾病的发病都有着重要作用。了解肠道菌群在疾病中的作用,可为疾病的预防、诊断、治疗提供合理的依据。     

Screening for lactobacilli with probiotic properties in the infant gut microbiota

Lactobacilli are believed to be beneficial for the human hosts and are currently being evaluated as potentially probiotic bacteria. In this study, Lactobacillus strains were isolated from infant faeces and were examined in vitro for potential probiotic properties. Faecal specimens from 63 healthy, full-term infants were collected at 4, 30 and 90 days after delivery. Seventy-four Lactobacillus strains were isolated and one or more different phenotypes from each infant (n = 44) were selected for further testing. The bacterial isolates were identified mainly as L. gasseri, L. crispatus, Lactobacillus paracasei, L. salivarius, L. fermentum after amplification and sequencing of 16s rRNA gene. The strains were examined for acid and bile tolerance, adhesion to Caco-2 cells, antibiotic susceptibility and antimicrobial activity against selected enteric pathogens. The great majority of the isolated lactobacilli were susceptible to ampicillin, amoxicillin/clavulanic acid, tetracycline, erythromycin, cephalothin, chloramphenicol and rifampicin. Resistance to vancomycin or bacitracin was detected to 34% of the strains. Twenty strains out of forty-four exhibited significant tolerance to bile salts. Those strains were subsequently tested for resistance to low pH conditions (pH 2 and 3). Interestingly, 85% (17 strains) of the tested lactobacilli remained unaffected at pH 3 after 3 h of incubation, 6 strains were found resistant at pH 2 after 1.5 h and only 2 strains found resistant after 3 h of incubation. Two of the strains were able to adhere to Caco-2 cells. In conclusion, two isolates fulfilled the in vitro probiotic criteria and are good candidates for further in vivo evaluation.