实时荧光定量PCR技术综述

实时荧光定量PCR技术是在PCR技术基础上发展起来的一种高度灵敏的核酸定量技术。与传统PCR相比,实时定量PCR能够更加快速、灵敏,并有效地对核酸进行定量检测。     

实时荧光定量PCR的数据分析方法

实时荧光定量PCR是目前检测目的核酸拷贝数及分析靶基因在mRNA表达水平相对变化的主流技术。研究表明,分析结果的准确性依赖于数据分析方法的可靠性。我们简要综述实时荧光定量PCR的数据分析方法。     

实时荧光定量PCR的应用和进展

实时荧光定量PCR技术通过检测PCR产物中荧光讯号强度来达到定量的目的,该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃,而且与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高等特点,目前已在动植物基因工程,微生物和医学领域中得到广泛应用。本文对实时荧光定量PCR技术的原理、优缺点及近年来新兴起的荧光探针的原理、优缺点进行了评述,重点及创新点是对实时荧光定量PCR技术在动植物基因工程,微生物和医学领域的应用进行了比较全面的综述,并对实时荧光定量PCR技术的普及应用及在基因诊断领域的前景做了进一步的展望。     

用细菌16S rRNA荧光定量PCR法检测肠道菌群的变化

目的应用细菌的16SrRNA序列设计双歧杆菌、大肠埃希菌及乳酸杆菌的引物并对肠道的3种细菌进行定量测定。方法收集轮状病毒肠炎患儿及正常对照组的粪便标本提取DNA。取准确定量的3种细菌经系列稀释后抽提细菌的DNA做荧光定量PCR,制作出标准曲线。待测样品同时进行PCR反应并和标准曲线进行比较,获得各样品中3种细菌的量。结果患儿肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌的数量较正常儿童明显减低,而大肠埃希菌的数量差异无显著性。与其他文献报道的用细菌培养的方法所得结果一致。结论荧光定量PCR是一种特异性高、敏感性强的定量方法。可正确定量肠道中的细菌数量。     

实时荧光定量PCR相对定量法检测循环miRNA的内参选择

microRNA(miRNA)是一类内源性非编码微小RNA,在调控细胞增殖、分化、凋亡等方面发挥重要作用。研究发现,miRNA能够稳定存在于细胞外液,被称为循环miRNA。在多种疾病状态下循环miRNA表达谱改变,具有成为非创伤性新型生物标志物的潜能。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)是检测miRNA表达变化的确证实验,其中内参的选择关系到相对定量结果是否真实可靠。我们简要综述国内外实验室常用的RT-qPCR内参及其特点。     

实时荧光定量PCR法研究结直肠癌患者肠道拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属量的变化

目的通过研究结、直肠癌患者肠道拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属量的变化,揭示肠道相关菌群改变在大肠癌发病中的作用及意义。方法收集术前结、直肠癌患者粪便标本40例及正常对照标本40例,根据细菌的靶基因序列设计特异性引物。提取待测粪便标本细菌DNA,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR测定不同细菌的数量。结果正常对照组与实验组粪便中细菌数量分别为拟杆菌属(8.76±0.77;9.85±0.88)、梭杆菌属(7.94±1.25;10.0±1.65)、梭菌属(3.54±0.70;6.56±0.68),拟杆菌属中的脆弱拟杆菌为(2.12±0.48;4.07±1.77)、梭杆菌属中的坏死梭杆菌为(2.31±0.26;7.62±2.68)及梭菌属中的肉毒梭菌为(2.76±1.16;5.43±1.21),实验组数量均明显增多(P0.05)。结论结、直肠癌患者粪便中拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属的数量较正常对照明显增多,提示结、直肠癌的发生发展与肠道菌群有明显关系。     

应用实时荧光定量PCR方法定量检测双歧杆菌对Caco-2细胞的黏附

【目的】采用实时荧光定量PCR的方法定量分析黏附于Caco-2细胞的双歧杆菌,并建立一种快速有效分离黏附于细胞的细菌的方法。【方法】采用Triton X-100溶液处理黏附于Caco-2细胞上的菌体,确定获得最佳分离效果的处理时间;建立实时荧光定量PCR定量检测双歧杆菌的方法,获得标准曲线,进行特异性、灵敏度、重复性评价;应用建立的方法分析11株双歧杆菌对Caco-2细胞的黏附能力。【结果】Triton X-100处理黏附于Caco-2细胞的双歧杆菌的最佳作用时间为10 min。实时荧光定量PCR定量检测双歧杆菌的方法重复性好、特异性强、灵敏度高;起始模板浓度范围在104?108 CFU/mL之间具有良好的线形关系,相关系数>99%,在该浓度范围线性方程为：y=?3.345 2x+37.637 0。应用建立的方法定量分析双歧杆菌的黏附能力,与直接镜检法相比差异不显著(P>0.05),检测时间由48 h缩短至4 h。【结论】Triton X-100分离处理结合实时荧光定量PCR方法是一种快速、有效的检测双歧杆菌对Caco-2细胞黏附能力的方法。     

实时荧光定量PCR法研究溃疡性结肠炎患者肠道双歧杆菌属、柔嫩梭菌属及拟杆菌属量的变化

目的应用荧光定量PCR技术对人粪便内双歧杆菌属、柔嫩梭菌属及拟杆菌属进行定量检测,揭示肠道相关菌群改变在溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）发病中的作用及意义。方法分别设计双歧杆菌属、柔嫩梭菌属及拟杆菌属的特异性引物。收集溃UC患者粪便标本60份及正常对照标本60份,提取细菌基因组DNA,应用实时荧光定量PCR反应测定细菌的数量。结果UC患者组双歧杆菌属及柔嫩梭菌属的数量较正常对照组明显减少（P〈0．05）,而拟杆菌属的数量较正常对照组明显增多（P〈0．05）,差异有统计学意义。结论UC患者粪便中双歧杆菌属及柔嫩梭菌属的数量较正常对照明显减少,而拟杆菌属的数量较正常对照明显增多,提示肠道菌群与UC的发生、发展有一定的关系。     

实时荧光定量PCR技术在曲霉病诊断中的应用

实时荧光定量PCR技术自问世以来,因其具有高度的特异性和灵敏性、可定量、污染少等特点而得到了广泛的应用,此技术用于曲霉的研究也有近十年的历史。本文对近年来实时荧光定量PCR技术在曲霉病诊断中的应用情况进行综述。     

白术配伍人参前后挥发油调控慢性萎缩性胃炎大鼠AQP 3、4表达的比较研究

为探究参术药对配伍治疗慢性萎缩性胃炎的增效机制,本文就白术配伍人参前后挥发油成分物质基础变化及对慢性萎缩性胃炎大鼠胃组织水通道蛋白3(AQP 3)、水通道蛋白4(AQP 4)的影响进行了比较研究。采用水蒸气蒸馏法提取人参白术配伍前后挥发油,以GC-MS法表征挥发油化学特征,并随机将大鼠分成空白组、模型组、白术挥发油组及配伍挥发油组,使用MNNG建立慢性萎缩性胃炎模型,给药后观察各组胃黏膜组织显微、超微结构变化以及AQP 3、AQP 4的表达。结果显示,白术配伍人参后挥发油的提取量升高,经GC-MS测定,配伍后苍术酮相对含量降低,新增少量人参挥发油成分。显微及超微观察显示,模型组大鼠胃组织黏膜折叠皱起,黏膜层和固有层腺体萎缩严重,胃小凹形态改变,上皮细胞破损,炎症细胞大面积浸润,且病理评分明显高于正常组(P<0.05);各药物组与模型组相比,均缓解或改善上述病理结果,且配伍挥发油组表现更优。免疫组化结果显示,模型组大鼠胃黏膜AQP 3、AQP 4表达明显低于空白组(P<0.05);相较模型组,各药物组对胃黏膜AQP 3、AQP 4蛋白的表达有增加趋势或明显增加,且配伍挥发油组...     

粪菌移植对高原环境下SD大鼠体质量、血常规指标及肠道菌群的影响

探究粪菌移植对低海拔动物的高原适应性的影响。

将30只雄性SD大鼠随机分为3组,每组10只,即模拟高原环境组（H组）、模拟高原环境＋抗生素预处理组（HA组）及模拟高原环境＋抗生素预处理＋高原鼢鼠粪菌组（HAM组）。粪菌移植结束,持续饲养3周后,将所有组大鼠转移至模拟海拔6 000 m环境低压氧舱饲养30 d。测定粪菌移植对SD大鼠体质量、血常规指标及肠道菌群的影响。

HAM组、HA组和H组3组大鼠间平均日采食量比较差异无统计学意义（F = 2.928,P＞0.05）,H组大鼠平均日增重显著低于HA组、HAM组（F = 3.951,P＜0.05）;HA组大鼠中性粒细胞数量较H组、HAM组分别上升7.85%和51.27%,HA组大鼠单核细胞数、单核细胞百分比显著高于H组、HAM组（F = 5.131、4.325,均P＜0.05）;HAM组、HA组和H组大鼠肠道菌群的优势菌门以拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）为主。HAM组大鼠肠道菌群的毛螺菌科（Lachnospiraceae）的相对丰度显著高于HA组、H组（F = 8.545,P＜0.01）,毛螺菌科NK4A136属（Lachnospiraceae_NK4A136_group）的相对丰度显著高于HA组、H组（F = 3.926,P＜0.05）。LEfSe分析显示,HAM组大鼠肠道菌群中对群落结构影响较大的物种有乳螺目（Lachnospirales）、毛螺菌科。

通过粪菌移植能够提高进入高原环境的低海拔动物的高原适应性。