应用SSP-PCR/SSO方法进行中国辽宁汉族人HLA-DRB1基因的遗传多态性研究

对159名中国辽宁汉族个体的基因组DNA进行分析,共检出42种等位基因,其中以DRB1*09012(12.8%)、*0701(10.7%)、*1501(10.4%) 最为常见,其次为DRB1*1201(7.9%)、*1202(7.5%)、*1101(6.6%)、*0301(5.0%)。并发现辽宁汉族人DRB1等位基因频率与白种人间存在明显差异,揭示不同人种有其自己的主要等位基因。同时对本技术在HLA-DRB1分型应用中的优点进行了讨论。 Abstract　HLA-DRB1 alleles of 159 Chinese donors from Liaoning Han population were determined by using a set of 23 sequence specific oligonucleotide probes directed to various DRB1 alleles. The samples were first amplified and divided into 8 groups by allele/group specific primers. The SSOs enable us to identify 58 different DRB1subtypes. 42 alleles were detected in the study of this population. Among them, the DRB1*09012(12.8%), *0701(10.7%), *1501(10.4%), *1201(7.9%), *1202(7.5%), *1101(6.6%), *0301(5.0%) are the most frequent. The significant difference was found in Chinese northern Han population by comparing the gene frequencies in Caucasoid samples, suggesting that there were principal DRB1 alleles in different races.     

寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的研究

对寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚/氯仿法提取标准血样基因组DNA,在DRB1的exon2区域设计一对引物,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5-dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针,将探针固定在APS-PDC法制作的DNA Microarray上,用标记的PCR产物与之杂交,扫描仪对杂交效果进行扫描,Imagene软件对杂交图像进行分析。共检测了33例标准血样的HLA DRB1基因型。检测结果证明研制的DNA Microarray准确、灵敏。DNA Microarray技术可以有效地检测DRB1等位基因,对比常规的PCR-SSP和PCR-SSO方法、分型基因芯片方法更为直观,并有集成化优势。     

用PCR—RFLP方法研究藏族HLA0—DQA1和—DQB1基因多态性

应用目前ＨＬＡ研究领域中成熟的、有效的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ基因分型技术,从ＤＮＡ水平对藏族健康群体进行了ＨＬＡ－ＤＱＡ１（４９人）和－ＤＱＢ１（４９人）基因分型,这在国内外属首次。所采用的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ基因分型技术是在ＨＬＡ－ＤＱＡ１和－ＤＱＢ１各等位基因全部序列已知的情况下,对其第２个外显子碱基序列扩增进而进行ＲＦＬＰ分析的方法。这种方法得到的ＲＦＬＰ的所有片段都是已知序列,因而精确度很高,同时为     

云南纳西族HLA—DRB1基因多态性研究及其族源分析

首次在国内采用本室改进的高分辨率的基于内含子的PCR－SBT分型方法,检测云南纳西族HLA－DRB1基因多态性。在60例纳西族个体中共检出37种HLA－DRB1等位基因,其显著特点是等位基因的类型检出较多,频率分布比较平均,除12021（17.50%）外其他的等位基因频率均低于8％,其他较常见的等位基因（＞5％）还有1404（7.50%）,1504（5.83%0,04051（5.83%0,08032（5.83%）,09012（5％）,03011（5％）。这几种中频等位基因共占可检出等位基因的35％,与12021一起共占52.49%,其中DRB1＊0305、0438、1123、1132、1310、0812为首次在我国人群中检出,并且在世界各地人群中也比较罕见。以纳西族和世界各地人群的HLA－DRB1频率进行了聚类分析。比较分析的结果显示纳西族明显属于中国南方族群,未显示出其族源来自北方的痕迹。根据遗传数据,并参照民族学、历史学研究,对其民族起源做了初步的分析。     

应用PCR-SSOP技术研究中国汉族、维吾尔族HLA-A基因座基因多态性

人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigen,HLA)基因复合物位于6p21.3,有220多个不同的功能基因,是人类基因组最复杂的遗传多态系统。HLA等位基因的变异在医学、法医学、人类学等领域具有重要的意义。自从1964年以来,HLA分型一直采用经典的微量淋巴细胞毒实验,但该方法是血清学水平的分,不能识别很多特异性的等位基因,而且高质量的抗体也不易获得。从20世纪90年代起,在国家自然科学基金的资助下,首先开展HLAⅡ类位点基因分研究及大规模群体多态性调查,所获得的中国主要民族基因数据已应用于多个领域。相比之下,HLAⅠ类基因数量更丰富,包含了A、B、C、E、F、G和假基因H、J、K、L等10个位点;基因分子结构更复杂,更具多态性。因此,HLAⅠ类DNA分型比HLAⅡ类分型及行多困难。直至目前中国人群HLA－A基因座基因多态性和分布频率的研究尚未充分进行。而任何DNA标记用于遗传分析、法医鉴定等领域之前,必须先进行群体调查,建立不同民族基因数据库,这是不可逾越的基础工作。鉴于此,采用灵敏而非同位素污染的PCR－SSOP基因分型技术,对165个汉族和162个维吾尔族个体的HLA－A基因座多态性进行调查。结果在汉族群体中发现22种等位基因,频率最高的是HLA－A＊1101（19．7％）,其次是＊201（12．72％）;在维族群体中发现22种等位基因,频率最高的是＊2407（17．90％）,等位基因＊0101、＊0201和＊3301的频率均大于10％;HLA－A＊0203、＊0205、＊0302、＊2403和＊3302仅在汉族群体中检出;HLA－A＊0205、＊0211、＊2301、＊2502、＊68012和＊6802仅在维族群体中检出。按照Hardy-Weinberg平衡定律检验,两个民族各等位基因型频率的预期值与实际观察值相吻合（P＞0．05）,证明了所获得汉族、维吾尔族HLA－A位点基因频率具有可靠性;同时也表明各等位基因的遗传特征符合符合孟德尔规律。经计算机统计分析,汉族群体HLA－A基因座杂合度（Heterozygosity,H)、个体识别率（Discrimination Power,DP)和非父排排率（Proba-bility of Paternity Exclusion,EPP)分别为0．9029、0．9776和0．8592;维族群体H、DP和EEP分别为0．9063、0．9379和0．7885。和其他遗传标记（如VNTR、STR、SNP）的单一位点相比,HLA－A具有高度的杂合率、个体识别率和非父排除率。因此,HLA－A等位基因在法医个体识别、亲权鉴定、基因诊断、人类学等领域具有重要的应用价值。     

用ＰＣＲ—ＳＳＯ方法研究云南西部彝族ＨＬＡ—ＤＱＢ１基因的多态性

应用ＰＣＲ－ＳＳＯ基因分型技术,对我国云南西部地区３代内无血缘关系的７６个彝族健康个体进行了ＬＡ－ＤＱＢ１位点的基因分型。结果显示,在ＤＱＢ１的３８个等位基因中,观察到１３个等位基因,云南西彝族表现为ＤＱＢ１＊０３０１（３６．１８％－３６．８４％）最常见。其他频率大于５％的等位基因还有ＤＱＢ１＊０５０２（１０．５３％－１１．１８％）、ＤＱＢ１＊０４０１（９．２１％）、ＤＱＢ１＊０３０２（８．５５％－９．２１％）、ＤＱＢ１*0601(7．８９％）ＤＱＢ１＊０５０３１（６．５８％）、ＤＱＢ１＊０３０３２（５．９２％－６．５８％）。和其他１３个华人群体ＤＱＢ１等位基因的频率比较分析表明,总体上,云南西彝族和其他各华人群体间都存在很大的差异。显示其ＨＬＡ等位基因频率分布的民族独特性。     

云南澜沧拉祜族HLA-DRB1基因多态性研究

采用我们改进的高分辨率基于内含子的PCR-SBT分型方法,首次检测云南拉祜族HLA-DRB1基因多态性。在55例拉祜族个体中共检出16种HLA-DRB1等位基因,最常见的DRB1等位基因是HLA-DRB1*12021、09012、15011,基因频率分别为30.909%、15.455%、13.636%,共占拉祜族可检出等位基因的60%,其中DRB1*0413、11081、1312、1418、1504首次在我国人群中检出,并且在世界各地人群中也比较罕见。对拉祜族和世界各地人群的HLA-DRB1频率进行了比较,分析了HLA-DRB1等位基因在各人种中的分布特点,并用Neighbor-joining法进行了聚类分析。比较分析的结果显示拉祜族明显属于中国南方族群,未显示出其族源来自北方的痕迹。对此遗传数据和民族学、历史学研究的矛盾,做了初步的分析。 Abstract:The HLA-DRB1 gene polymorphism in Lahu ethnic of Yunnan,China was the first time investigated using high resolution PCR-SBT method,which is based on sequences of HLA-DRB1 Intron 1 and Intron 2 and with our improvement.From 55 individuals of Lahu ethnic 16 DRB1 alleles were detected.The three most common alleles were HLA-DRB1*12021(30.909%),09012(15.455%),15011(13.636%),and they covered 60% of the total alleles detected from Lahu ethnic.HLA-DRB1*1413,*11081,*1312,*1418,*1504 were the first time detected in the Chinese,and were very rare in worldwide ethnic groups.With comparison of HLA-DRB1 gene frequencies between various ethnic groups we analysized the characteristics of HLA-DRB1 gene distribution in worldwide populations,and constructed the phylogenetic tree by Neighbor-joining method and Nei measure of genetic distance.The result showed Lahu ethnic obviously belong to the Chinese South ethnic groups and can't trace its origin from northern groups with the HLA-DRB1 genetic data.The preliminary explanations about the contradiction were given in this paper.     

中国西北地区汉,回,维,藏民族HLA—DRB基因多态性的研究

按照第１１届国际相容性抗原研讨会工作会议ＨＬＡⅡ类ＰＣＲ－ＳＳＯ分型标准和美国国立骨髓供者计划组织对ＨＬＡ ＤＲＢ位点等位基因分型要求,设计合成１对引物,扩增ＨＬＡ ＤＲＢ ＤＮＡ片段,长度为２５６ｂｐ,设计合成不同片段大小探针２７种,可检出ＤＲＢ座位上ＤＲＢ１的３９种等位基因,ＤＲＢ３的３种等位基因,ＤＲＢ４的１种等位基因和ＤＲＢ５的３４种等位基因。     

新疆维吾尔族,哈萨克族人群HLA—DQA1,—DQB1两基因座多态性的研究？…

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ基因分型技术,首次对我国新疆地区维吾尔族和哈萨克族２个少数民族群体的ＨＬＡ－ＤＱＡ１,－ＤＱＢ１两个基因座的多态性进行了研究,结果显示,在ＤＱＡ１８个等位基因中,维族和哈族表现为ＤＱＡ１＊０３０１最常见,最少见的ＤＱＡ１等位基因,在维族中的ＤＱＡ１＊０４０１和０６０１,而在哈族中ＤＱＡ１＊０６０１;在ＤＱＢ１１６个等位基因中,ＤＱＢ１＊０２０１和＊０３０１在维族和哈族中均表现为     

HLA—DRB1等位基因的多态性及其应用

HLA系统参与和调节机体免疫功能,是人类重要叫遗传标志,具有种族、地域差异。HLA—Ⅱ类系统中DRB1等位基因的多态性最丰富,它的准确分型直接影响器官移植的供体选择、法医学个体认定、HLA与疾病相关性及人类学等研究。本文综述了HLA—DRB1分型检测方法,不同种族人群HLA-DRB1等位基因的多态性,HLA—DRB1多态性研究在探讨人类起源、民族融合方面的价值,HLA—DRB1与肝炎、系统性红斑狼疮等疾病的相关性等。     

HLA－DRB1基因位点多态性的PCR－RFLP分析

设计并建立一套适合国内应用的改良ＰＣＲ－ＲＦＬＲ方法,分５组特异性扩增ＤＮＡ样品,随后进行酶切定型分析,准确检测了编码ＤＲ抗原特异性的ＨＬＡ－ＤＲＢ１基因位点的多态性,该法采用分组扩增,不发生与其它ＤＲＢ位点等位基因的交叉扩增,不仅适合纯合子的区分而且可以清楚准确地检测杂合子样品,已报道过的ＤＲＢ１位点编码的特异性组合都可以通过这个方法得到准确分析。所使用的Ⅱ类限制性内切酶均价格便宜、易购。     

云南汉族HLA-DRB1多态性分析及与9个汉族群体的比较

主要应用聚合酶链反应—微孔板杂交(Polymerase Chain Reaction and Microtitre Plate Hybridization,PCR-MPH)的方法对云南129个无亲缘关系的汉族样品进行了HLA-DRB1的遗传多态性分析,对MPH初分出的DRB1*15组的样品进行了单链构象多态（Single-Strand Conformation Polymorphism, SSCP）检测。共发现36种等位基因,其中等位基因频率大于0.05的有DRB1*1501(0.1240),DRB1*09012(0.0969),DRB1*08032(0.0930),DRB1*1202(0.0891),DRB1*1201(0.0814),DRB1 *1401(0.0775),DRB1 *0701(0.0620)。云南汉族HLA-DRB1等位基因频率与中国其他9个汉族群体进行χ²检验,结果显示与云南汉族比较χ²>10的有西安汉族（DR8,χ²=13.9712）、上海汉族（DR4,χ²=10.1632）、广东汉族（DR9,χ²=12.6121）和南京汉族（DR4,χ²=10.5796）。从遗传距离分析发现,在9个国内汉族群体中云南汉族与辽宁汉族有最近的距离（0.0541）,而与广东汉族最远（0.1851）。云南汉族在构成上可能与辽宁汉族更为接近,尽管地处南方,但已不属典型的南方汉族。这也可能因云南汉族与当地的少数民族存在基因交流,从而形成了一个较为特殊的群体。     

中国广东汉族人群核苷酸修复基因hMTH1 遗传多态性研究

为研究中国南方汉族人群核苷酸修复基因hMTH1遗传多态性,应用聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测172名健康人外周血白细胞hMTH1基因启动子及全部5个外显子多态性,并进行DNA测序。结果发现hMTH1基因启动子及外显子1序列保守,未见突变;外显子2第73位碱基存在T→C杂合型突变,基因型TT和TC频率分别为93.02%、6.98%,等位基因T和C频率分别为96.51%、3.49％;外显子3第45位遗传密码存在T→C杂合型突变,基因型TT和TC频率分别为95.35%、4.65%,等位基因T和C频率分别为97.67%、2.33%,该多态性为首次发现;外显子4第83位遗传密码存在G→A杂合型突变,基因型GG和GA频率分别为89.53%、10.47%,等位基因G和A频率分别为94.77%、5.23％;外显子5第119位氨基酸遗传密码存在C→T杂合型突变,基因型CC和CT频率分别为95.93%、4.07%,等位基因C和T频率分别为97.97%、2.03％。Abstract: In order to study the genetic polymorphisms of nucleotide repair gene hMTH1 in southern Chinese Han population, the polymorphisms of the gene’s promoter and its five exons among peripheral blood lymphocytes of 172 Chinese Han people were analyzed with polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) and DNA sequencing. The sequences of the promoter and exon 1 of hMTH1 gene were conserved. A T to C polymorphism was detected at the 73th base in exon2. The genotype frequencies of TT and TC were 93.02% and 6.98%, respectively. The allelic frequencies of T and C were 96.51% and 3.49％, respectively. A T to C polymorphism was detected at codon 45 in exon3, which was first reported. The genotype frequencies of TT and TC were 95.35% and 4.65%, respectively. The allelic frequencies of T and C were 97.67% and 2.33%, respectively. A G to A polymorphism was detected at codon 83 in exon4. The genotype frequencies of GG and GA were 89.53% and 10.47%, respectively. The allelic frequencies of G and A were 94.77% and 5.23％, respectively. A C to T polymorphism was detected at codon 119 in exon5. The genotype frequencies of CC and CT were 95.93% and 4.07%, respectively. The allelic frequencies of C and T were 97.97% and 2.03％, respectively.     

绵羊DRB1基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊MHCⅡ区DRB1基因进行生物信息学分析,以预测DRB1基因编码产物的理化性质、结构与功能,同时构建DRB1同源基因的系统进化树。结果表明,DRB1基因编码产物为不稳定亲水性蛋白,具有明显的信号肽,其切割位点位于29-30位的氨基酸之间。二级结构主要以无规则卷曲和延伸链为主,主要在细胞质中发挥生物学作用。序列分析表明,DRB1编码产物可能具有免疫应答和受体、胁迫应答和信号转导等功能,可能在免疫应答和胁迫应答过程中发挥重要作用,可能对绵羊免疫力和抗病性起关键作用。DRB1基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,绵羊DRB1与山羊、羚羊、塔尔羊和牛等物种DRB1氨基酸距离较近,具有高度同源性。     

Rapid Analysis of Allelic Variants of the Sheep PrP Gene by Oligonucleotide Probes

A rapid method to determine the allelic variants of the sheep PrP gene was developed. DNA samples from 128 Suffolk sheep (39 rams and 89 ewes) were screened by using polymerase chain reactions and dot-blot hybridization with ³²P-labeled nine allele-specific oligonucleotide probes corresponding to the polymorphic PrP codons 112, 136, 154 and 171. Three allelic variants of the PrP gene, PrP^MARQ, PrP^TARQ and PrP^MARR, were found in the flocks. Among those variants, nearly half of the ewes had alleles of the 171-Arg variant that is closely associated with resistance to natural scrapie. Assessments of allelic mutations of the PrP gene may help to select the scrapie-resistant progenitors in the flocks.