铁皮石斛cDNA文库的构建及分析

首次报道铁皮石斛cDNA文库的构建及其分析.以Trizol一步法从4年生的铁皮石斛叶片中提取总RNA,分离纯化mRNA,LD-PCR法反转录合成双链cDNA,以λTripEX2为载体,构建铁皮石斛cDNA文库.原始文库的滴度为4.3×105 pfu/mL,总克隆数为3.1×105,重组率为97.6%,扩增后文库总滴度为6.8×109pfu/mL,对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,结果插入片段多分布在0.5～2.0kb之间,绝大部分在1.2～1.7kb左右,文库质量鉴定结果表明,构建的铁皮石斛cDNA文库具有较好的库容量、较高的重组率以及较大的插入片段.cDNA文库的构建为铁皮石斛药用成分相关功能基因的研究奠定了基础.     

中国林蛙皮cDNA文库的构建

目的：为研究林蛙皮抗菌肽,筛选、克隆及表达相关抗菌功能基因,构建林蛙皮cDNA文库。方法：提取林蛙皮总RNA后,利用V—gene纯化试剂盒纯化mRNA,RT-PCR合成双链cDNA;取10ng／μLcDNA按照不同比例连接到入噬菌体载体,以选择最佳连接比例。结果：获得克隆总数为1．2×10^5的林蛙皮cDNA文库,重组率为99．4％。结论：所建立的cDNA文库可用于进一步筛选、克隆抗菌功能新基因。     

毛竹笋全长cDNA文库构建

Gateway技术构建cDNA文库,利用了λ噬菌体的位点特异性重组,避免使用限制性内酶切割cDNA,能够解决常规方法构建cDNA文库的技术缺陷。应用Gateway技术构建毛竹笋cDNA文库,经检测cDNA入门文库的滴度达到1.7×106cfu/mL,文库总容量为8.5×106cfu,平均插入片段在1.0 kb以上。毛竹笋文库的构建为进一步克隆毛竹纤维化分子机理打下了基础。     

cDNA文库与RACE方法结合克隆一个马铃薯病程相关蛋白基因cDNA

为克隆马铃薯晚疫病抗性相关基因,深入研究马铃薯晚疫病抗性机制,应用SMART LD—PCR技术,以晚疫病菌混合小种诱导48h的水平抗性马铃薯(Solanum tuberosum L．)(R—gene—free)叶片为材料,构建了一个富集晚疫病抗性相关基因的cDNA文库。为提高克隆全长cDNA的效率,将cDNA文库与RACE技术结合,依据本实验室得到的病原诱导表达片段测序结果,在其内部设计两个特异引物,与文库载体臂上的通用引物配对,以文库噬菌体DNA为模板,用高保真PCR分别扩增出cDNA5′端与3′端,从而简便、快捷地得到全长cDNA序列。采用此方法,在马铃薯中克隆了一个受晚疫病菌诱导表达的cDNA,该cDNA长904bp,5′端有29bp的非翻译区,3′端具有完整的polyA尾,包含一个678bp的完整开放阅读框架,编码226个氨基酸(GenBank登录号：AY 185207)。BLAST检索发现其氨基酸序列与烟草一个新的病程相关蛋白基因NtPRp27具有90％的同源性,在马铃薯中尚未发现与之同源的已知基因。Northern杂交结果表明,水杨酸(SA)、茉莉酸(JA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、机械伤害和渗透胁迫都能诱导该基因表达。该基因可能是马铃薯一个新的病程相关蛋白基因。     

cDNA文库的构建策略及其应用

cDNA文库在基因分离和克隆中具有重要的作用。从cDNA文库中能筛选出所需要的目的基因,并直接用于该目的基因的表达。cDNA文库是发现新基因和研究基因功能的基础工具。随着分子生物学技术的发展。cDNA文库构建方法有了很大改进和提高,就cDNA文库的构建方法及其应用进行综述。     

Construction and Characterization of a Goat Mammary Gland cDNA Library

A lactating goat mammary gland cDNA library was constructed by using a modified commercially available cDNA library construction kit protocol. The resulting clones were sequenced and functionally analyzed through cross-species genomic comparison to assess (1) the capacity and functional quality of the constructed library for subsequent research and (2) the efficiency of the procedural modifications. The study resulted in the construction of a high-quality mammary gland cDNA library, which was characterized by (1) the total recombinants number of 1.4 × 10⁷ colony-forming units (cfus) that was at least 10 times greater than the number expected from the application of the standard kit protocol, (2) the recombinants rate of 96%, and (3) the average insert size of 1,082 bp. BLAST analysis of sequenced clones against GenBank databases determined 55.7% of clone redundancy, 22 known function gene clusters, and 29 novel gene clusters. The analysis of the primary gene expression profile showed that 59% of the tested clones were genes that coded for milk proteins while 16% of the clones coded for ribosomal, metabolism, immune response, and translation proteins. The remaining 25% of the tested clones were described as novel genes. Cross-species comparison showed that 77% of characterized gene clusters were successfully identified by using resources from other ruminants and unrelated species. This outcome is in consonance with the common belief that the genomic resources that have been generated across species are potentially powerful tools that could be used for enhancing the molecular understanding of less genomically studied species, such as goat.     

正常人肝细胞cDNA文库的构建及应用分析

目的利用Gubler-Hoffman法构建了正常人肝细胞的cDNA文库以筛选肝细胞内部与乙肝病毒感染相关的基因。方法首先采用TRIzol法提取正常人肝细胞总RNA,纯化mRNA。逆转录合成单链cDNA,然后合成双链cDNA。用Spin Column回收0.4kb以上片段,然后与Vector pAP3neo进行连接,利用电刺激转化法导入E.coliDH10B,利用PCR法检测文库的重组效率。结果扩增后的文库重组率为93.3%。结论已经成功地构建了正常人肝组织的cDNA文库,该文库可用于筛选与乙肝相关的基因及用于基因芯片的制作。     

菠萝果实cDNA文库的构建

以菠萝幼果为研究材料,采用Creator^TMSMART^TM cDNA Library Construction Kit技术构建菠萝幼果cDNA文库,其文库的库容量为1．01×10^6,重组率为92％,PCR检测表明大多数插入片段均大于1000bp。     

枸杞果实cDNA文库的构建

目的 :通过构建枸杞果实cDNA文库 ,分离类胡萝卜素合成酶基因。方法 :枸杞果实RNA的提取采用改进的异硫氰酸胍 -酚 -氯仿法 ,利用PolyATractmRNAIsolationSystem(Promega公司 )分离mRNA ,然后利用UniversalRibocloneRcDNASynthesisSys tem(Promega公司 )合成双链cDNA ,在cDNA末端连接上EcoRⅠ接头 ,并与λExCell载体连接 ,利用PackageneLambdaDNAPackagingSystem进行包装。结果 :首次构建出滴度为 8 4× 10 4 pfu ml,重组效率为 86 9%的枸杞果实cDNA文库。结论 :构建出枸杞果实cDNA文库 ,为类胡萝卜素合成酶基因的分离奠定了基础     

星星草cDNA文库构建和金属硫蛋白(MT-1)基因的克隆

以受NaHCO3胁迫后的星星草叶片组织为材料构建了cDNA文库,文库的初始滴度为2.0×106pfu,重组率为95%,平均插入片段长度为0.8kb,扩增后文库的滴度为4.0×109pfu.mL-1.文库克隆随机测序获得了星星草的金属硫蛋白(MT-1)基因的全长cDNA序列,显示文库中含有一定量的全长基因.MT-1基因全长622bp,其中5'非翻译区57 bp,3'非翻译区343 bp,开放读码框长222 bp,编码73个氨基酸,氨基酸序列中具有植物MT-1蛋白特有的金属响应元件(MRE)序列,MT-1蛋白的分子量为7.814 kD,理论等电点为4.72.     

用限制性cDNA文库制作K562细胞基因表达谱芯片探针

以人红白血病K562细胞为材料,应用限制性显示PCR（RD-PCR）技术构建cDNA文库,该文库通过PCR引物3′端延伸两个不同碱基形成136对引物对cDNA进行限制性扩增,得到136组不同的PCR扩增产物,纯化后与载体连接并转化细菌,即为限制性cDNA文库,根据不同的分组进行克隆的鉴定和分离。并进行大量扩增制备cDNA芯片探针,该方法构建的文库因经过了限制性分组扩增,每组均含有特定的cDNA,因而大大加快了随后克隆的分离 和鉴定的速度,为基因芯片探针制备提供了一个新方法。     

SMART技术构建栀子cDNA文库

目的:构建栀子叶片cDNA文库。方法:提取栀子叶片总RNA。利用SMART技术合成双链cDNA。双链cDNA经限制酶Sfil酶切后与pDNR-LIB质粒连接。利用电刺激转化法将重组质粒导入E.coli DH5α而获得文库。利用PCR法检测文库的重组率。结果:原始文库滴度为2.63×105cfu/ml。随机检测文库中的15个克隆,表明重组率约为86.7%。选择14个插入片段的长度在400bp以上的克隆进行测序和生物信息学分析,结果预测的全长基因占所检测序列的64.3%。结论:成功构建了栀子叶片的cDNA文库,为栀子基因的结构和功能的研究提供了基础。     

小麦RCA的cDNA片断克隆和反义表达载体的构建

目的:试图分离和克隆小麦Rubisco活化酶cDNA片断并构建反义表达载体。方法:采用RT-PCR技术克隆cDNA片断,对序列用Blast等软件进行分析,并将该片断反向连接于植物表达载体pROK2的CaMV35S启动子下游,构建反义表达载体。结果:获得了小麦Rubisco活化酶(RCA)的cDNA片断(GenBank注册号:DQ984669);小麦RCA的cDNA片断推导的氨基酸序列与其它植物的RCA氨基酸序列高度同源。序列比较表明,用本实验所得的cDNA序列推导出的氨基酸序列与GenBank登录的大麦(AAA63163)、南极银须草(AAP83928)、水稻(AAX95414)、玉米(AAC97932)、拟南芥(NP 850321)和烟草(CAA78703)等的RCA序列的同源性分别为97%、95%、88%、83%、82%和82%;分析表明,该序列为新的小麦RCAα的cDNA序列;通过选择和引入合适的酶切位点进行载体构建,构建了小麦RCA的cDNA反义表达载体pR-AntiRCA。结论:构建成了小麦RCA的cDNA反义表达载体。     

红果人参叶中cDNA文库的构建

以四年生红果人参叶片为材料,提取叶中总RNA合成cDNA,连接到质粒载体pDNR-LIB上。采用电穿孔法将重组质粒转化到DH5α中。经文库质量鉴定表明:原始文库滴度为1.008×106pfu·mL-1,扩增后的文库滴度为2.968×109pfu·mL-1,重组率接近100%,插入片段大小在0.5~2kb之间,平均为0.85kb,表明已成功构建了红果人参叶中cDNA文库。     

水母雪莲愈伤组织cDNA文库的构建

用TRIZOL Reagent提取水母雪莲红色系1～15d愈伤组织总RNA,用SMART cDNA Library Construction Kit构建cDNA文库.经测定原始文库滴度达到1.5～4×106,扩增总文库滴度达到1011,重组率达到98%,插入片段在0.5kb到3kb之间,多在1kb左右.通过PCR检测,从总文库中检测到了雪莲CHS、DFR及SmP基因的特异片段.SmP基因是转录调控因子,其表达丰度很低.各项指标都表明,已获得高质量的cDNA文库,为雪莲基因资源保存,雪莲类黄酮次生代谢分子调控奠定了坚实的基础.     

Cloning and characterization of a flowering time gene from Thellungiella halophila

Thellungiella halophila (T. halophila) (salt cress) is a close relative of Arabidopsis and a model plant for salt tolerance research. However, the nature of its later flowering causes some difficulties in genetic analysis. The FRIGIDA (FRT) gene plays a key role in the Arabidopsis vernalization flowering pathway, whose homolog in T. halophila may also be a key factor in controlling flowering time. In order to study the molecular mechanism of vernalization responses in T. halophila , a full length cDNA named ThFRI (Thellungiella halophila FRIGIDA) was isolated from the young seedlings of T. halophila by RT-PCR and RACE. The ThFRI cDNA was 2017 bp in length and contained an open reading frame encoding a putative protein of 605 ami no acids. The ThFRI showed significant homology to AtFRI (74.5% at the nucleotide level and 63.9% at the ami no acid level). To study its function, ThFRI cDNA was transformed into Arabidopsis thaliana , driven by CaMV 35S promoter. Transgenic plants expressing ThFRI exhibited late-flowering phenotype, which suggests that ThFRI is the funtional FRI homolog in T. halophila . The cloning and funtional characterization of the FRI homolog of T. halophila will faciliate further study of flowering time control in T. halophila .     

利用改进的Cap-trapper法构建拟斯卑尔脱山羊草(Ae.speltoides Tausch)全长cDNA文库

Captrapper法是目前全长cDNA文库构建的重要方法之一。在引进、消化、吸收的基础上,通过设计引物,同位素检测,对末端转移反应条件控制等方面做了一些切实可行的改进,形成了一套简单易行的技术体系。利用改进的Captrapper方法,成功构建了小麦B基因组的可能供体种拟斯卑尔脱山羊草(Ae.speltoides)的全长cDNA文库。经综合评价,文库的全长比例达到89.6%,重组率为99%,库容量超过3.0×106cfu。     

黄地老虎颗粒体病毒cDNA文库的构建

以感染黄地老虎颗粒体病毒（Agrotis segetum ganulosis virus,AsGV)黄地老虎幼虫为材料提取总RNA,分离mRNA,并反转录合成cDNA ,构建了包括黄地老虎（Agrotis segetum,As)幼虫和黄地老虎颗粒体病毒的cDNA 文库。用Eco RI和HindⅢ限制性内切酶酶切AsGV基因组DNA,制备地高辛探针,与上述总RNA,mRNA,cDNA 杂交,从文库中筛选出AsGV的阳性克隆1081个,经cDNA测序,cDNA 编码序列与基因组编码序列相符。并根据基因组阅读框序列合成引物,PCR扩增出59个阅读框的编码基因,也完全与基因组序列相符。     

水稻农林8号m cDNA文库的构建与分析

用农林 8号m萌发 15天左右幼苗抽提总RNA ,然后分离mRNA ,构建农林 8号mcDNA文库。经测定原始文库滴度达到 1.4× 10 6,14个随机抽取的重组子 ,通过PCR测得插入片断的 0 .4kb～ 2kb ,平均约 1kb。重组率在 99%以上。完全符合cDNA文库构建要求