猪IGF-Ⅰ基因的一个遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法对长白猪(87头)、大白猪(79头)和马身猪(102头)的胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因外显子3和外显子4分别进行单核苷酸多态性分析.发现外显子3上有多态性,且存在3种基因型(AA、AB、BB).统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,多重比较差异极显著(P＜0.01).固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著(P＜0.05),而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P＞0.05).最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和AB型比较差异极显著(P＜0.01),3种基因型在初生重的大小排列顺序为AA＜AB＜BB;BB基因型与AA基因型比较有较小的背膘厚,且差异极显著(P＜0.01).因此,推测IGF-Ⅰ基因对个体的初生重和胴体瘦肉率存在一定的影响.选择带有B等位基因的个体,有望提高个体的初生重和胴体的瘦肉率.     

猪IGF2基因外显子4b的遗传多态性及其遗传效应

采用PCR-SSCP方法检测猪胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2,IGF2)基因外显子4b的多态性,并分析其对初生重、断奶重、6月龄重和背膘厚的遗传效应。根据猪IGF2基因的DNA序列(AY044828)设计引物,在exon4b上发现了一个多态性位点,并对纯合子进行测序,发现13位C→A转换,且存在3种基因型(AA、AB、BB)。统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,长白猪与大白猪比较,莱芜猪与大薄莲猪比较,沂蒙黑猪和里岔黑猪比较差异不显著(P>0.05);其他猪种间基因型分布的差异均显著(P<0.05)。固定效应模型分析结果表明,初生重,断奶重和背膘厚基因型间差异显著(P<0.05),而6月龄重基因型间差异不显著(P>0.05)。最小二乘分析结果表明,BB基因型个体同AA和AB、基因型个体比较初生重和断奶重的差异显著(P<0.05),3种基因型在初生重和断奶重的大小排列顺序为AA>AB>BB;AA基因型个体同AB和BB基因型个体比较背膘厚的差异显著(P<0.05),3种基因型在背膘厚的大小排列顺序为BB>AB>AA。因此,推测IGF2基因对个体的生长速度和胴体瘦肉率存在一定的影响,将IGF2基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择可以加快猪的育种进程。     

猪TLR4基因外显子1新等位基因的分离及遗传变异分析

文章采用PCR-SSCP方法对亚洲野猪、3个引进的商业化品种和10个中国地方猪品种共893个个体TLR4基因外显子1的遗传变异进行了检测,旨在系统分析国内外猪种TLR4基因的多态性,为探讨该基因在免疫和防御系统中发挥的作用提供依据。结果,在猪TLR4基因外显子1中分离到新的等位基因,共检测到3个等位基因,6种基因型。其中杜洛克检测到AA、BB、CC、AB、AC、BC基因型,有杜洛克血统的苏太猪中检测到BB、CC、BC基因型,长白猪、约克夏中检测到CC、BC基因型,野猪及所有10个中国地方猪品种TLR4基因外显子1高度保守,只检测到CC基因型,中国地方猪品种和引进品种TLR4基因外显子1多态性存在极显著的差异。3种基因型中CC型与GenBank中的序列一致,BB和AA基因型分别存在G93C同义突变位点和G194A无义突变位点,这2个变异位点与抗逆性和一般抗病力的关系值得进一步深入研究。     

CXCR2基因多态性与奶牛乳房炎和乳品质的关联

采用PCR-SSCP技术研究了荷斯坦牛、西门塔尔牛和通江黄牛3个品种共160头个体CXCR2基因多态性与乳房炎抗性性状和对牛奶品质性状的遗传效应。结果表明: CXCR2基因有3个SNP多态位点, 分别位于序列的第685 bp、777 bp和861 bp位点, 确定了5个等位基因A、B、C、E和F。685 bp位点表现为BC和CC基因型, 777 bp位点表现为AA和AB基因型, 861 bp位点为CC和BC基因型。与奶牛乳房炎敏感性有关的基因型主要是BC、CC和FF, 可能对乳房炎有抗性的是AA、AB和EE基因型。据不同基因型对乳品质的遗传效应分析来看, AA、AB和EE基因型的乳品质性状极显著或显著优于其他基因型。     

大蜡螟幼虫的体色遗传规律

对大蜡螟Galleria mellonella幼虫不同颜色品系的普通遗传学分析表明,大蜡螟幼虫的体色遗传是常染色体遗传且符合复等位基因遗传规律。深黄色基因（AA）对灰黑色基因(BB)和灰色基因(CC)为显性,深黄色基因(AA)对白黄色基因(DD)、灰黑色基因(BB)对白黄色基因(DD)和灰色基因(CC)、灰色基因(CC)对白黄色基因(DD)为不完全显性。基因型为AD、BD、CD的个体,其表现型均为黄色;基因型为AA、BC的个体,其表现型均为深黄色。     

水貂GH基因SNP_S与皮张长度的相关性研究

以水貂生长激素(GH)基因作为控制水貂皮张长度性状主基因的候选基因,以大兴安岭水貂养殖基地养殖的水貂群为试验材料,通过PCR-SSCP方法对GH基因进行多态性检测。在该基因内含子1中发现1处碱基突变:C→A,并检测到3种基因型(AA、AB、BB),BB基因型个体与AA基因型个体皮张长度有一定的差异(P0.05)。在外显子2中发现2处碱基突变:T→A、C→G,并由此检测到了3种基因型,分别命名CC、CD、DD,但3种基因型对水貂皮长的影响没有显著的差异(P0.05)。统计各基因型之间的组合给水貂皮长带来的影响时,发现多数组合基因型对所检测的水貂皮长有显著影响(P0.05)。     

猪IGF-I基因的一个遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法对长白猪（87头）、大白猪（79头）和马身猪（102头）的胰岛素样生长因子-I（IGF-I）基因exon3和exon4分别进行单核苷酸多态性分析。发现exon3上有多态性,且存在3种基因型（AA、AB、BB）。统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,多重比较差异极显著（P<0.01）。固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著（P<0.05）,而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异不显著（P>0.05）。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其它2种基因型比较有较大的初生重,同AA和AB型比较差异极显著（P<0.01）,3种基因型在初生重的大小排列顺序为AA相似文献   

猪IGF2基因的遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子2 (insulin-like growth factor 2, IGF2)基因外显子7, 8, 9的多态性, 并分析其对初生重、断奶重、6月龄重和6月龄背膘厚的遗传效应。根据猪IGF2基因的DNA序列(AY044828)设计3对引物, 结果在Ex8引物对扩增的片段上发现了多态性, 并对纯合子进行测序, 发现exon8的53位存在C→T转换, 且检测到3种基因型(AA、AB、BB)。统计结果表明, 3种基因型在各品种中的分布不一致, 长白猪与大白猪比较, 莱芜猪与大薄莲猪比较, 沂蒙黑猪和里岔黑猪比较差异不显著(P > 0.05); 其他猪种间基因型分布的差异均显著(P < 0.01)。固定效应模型分析结果表明, 初生重和6月龄背膘厚基因型间差异显著(P < 0.05), 而断奶重和6月龄重基因型间差异不显著(P > 0.05)。最小二乘分析结果表明, BB基因型个体同AA和AB基因型个体比较初生重的差异显著(P < 0.05), 3种基因型在初生重的大小排列顺序为AB > AA > BB; AA基因型个体同AB和BB基因型个体比较6月龄背膘厚的差异显著(P < 0.05), 3种基因型在6月龄背膘厚的大小排列顺序为BB > AB > AA。因此, 推测IGF2基因对个体的初生重和胴体瘦肉率存在一定的影响, 将IGF2基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择可以加快猪的育种进程。     

西藏小型猪SLA-DQA基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

目的分析西藏小型猪SLA-DQA基因第2外显子不同酶切位点的基因型多态性以及等位基因的多态性,检验这些酶切位点上的基因频率是否达到Hardy-Weiberg平衡态。方法采用EcoRⅠ和AluⅠ两种限制性内切酶对西藏小型猪SLA-DQA目的基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的外显子2进行PCR-RFLP分析。结果经EcoRⅠ酶切后,以纯合子BB基因型居多,BB、AB、AA基因型频率分布为45.000%、31.667%和23.333%,其中B为优势等位基因（60.833%）;经AluⅠ酶切后,MN基因型频率（50.000%）分别高于MM型（30.000%）和NN型（20.000%）,     

合作猪SLA-DQA基因第4外显子多态性分析

合作猪的MHC-DQA基因的适应性变异,其抗原识别区域(即外显子4)通过PCR扩增和随后的单链构象多态性(SSCP)和序列分析,结果显示在439个合作猪个体,SLA-DQA第4外显子检出4个等位基因和6个基因型(AA、BB、DD、AB、AC和AD),其中A等位基因和AA基因型的频率最高,为优势基因和优势基因型。对不同型的PCR-SSCP条带测序分析,发现7个突变位点(5 068 bp T→C,5 109 bp和5 149 bp处缺失C,5 131 bp A→G导致丝氨酸变为甘氨酸,5 135 bp C→T,5 234 bp G→A,5 136 bp处插入A)。遗传学分析发现,合作猪多态信息含量(PIC)为0.240 1,属于低度多态,各种基因型的分布不显著。研究结果证实,合作猪SLA—DQA基因第4外显子为低度多态。     

Polymorphism of bone morphogenetic protein 4 gene and its relationship with litter size of Jining Grey goats

Two pairs of primers (P1 and P2) were designed to detect single nucleotide polymorphisms of exon 2 and intron 2 of bone morphogenetic protein 4 (BMP4) gene in both high fecundity breed (Jining Grey goat) and low fecundity breeds (Boer, Angora and Inner Mongolia Cashmere goats) by single strand conformation polymorphism. Results showed that no polymorphism was detected for exon 2 (primer P1) of BMP4 gene in four goat breeds. For intron 2 (primer P2), three genotypes (AA, AB and BB) were detected in Jining Grey and Inner Mongolia Cashmere goats, two genotypes (AB and BB) in Angora goats, and only one genotype (AA) in Boer goats. Sequencing revealed one mutation (2203G>A) of BMP4 gene in the genotype BB in comparison to the genotype AA. The differences of litter size between AA, AB and BB genotypes were not significant (P > 0.05) in Jining Grey goats. A pair of primer (P3) was designed to detect polymorphism in the 3' flanking region of BMP4 gene that contained dinucleotide repeated sequence (CA) in the four goat breeds by microsatellite analysis. For primer P3, three genotypes (CC, CD and DD) were detected in four goat breeds. Sequencing revealed one more CA dinucleotide in genotype DD than in genotype CC. The Jining Grey does with genotype CC had 0.55 (P < 0.05) or 0.72 (P < 0.05) kids more than those with genotype CD or DD. These results preliminarily indicated that allele C of BMP4 gene is a potential DNA marker for improving litter size in goats.     

Genome-type-specific variation of the 19th intron sequence within the RNA polymerase I largest subunit gene in the genus Oryza

Rice PolA1 gene, encoding for the largest subunit of RNA polymerase I, spans ca. 15 kb containing 21 exons and presents as a single-copy-per-haploid genome. The genus Oryza comprises 22 wild species and 9 recognized genome types: AA, BB, CC, EE, FF, GG, BBCC, CCDD, and HHJJ. We analyzed sequences of the 19th intron (PI19) within PolA1 genes in 17 Oryza species. The AA species, containing two cultivated species, showed similar length of PI19 to that of CC species (287–296 bp). The longer PI19s were found in BB (502 bp) and FF (349 bp) species, although EE (217 bp) and GG (222 bp) species had shorter sequences. The size differences of the PI19s are particularly useful to discriminate between diploid (BB and CC) and allotetraploid (BBCC) species using simple PCR analysis. The evolutionary relationship among seven genomes was inferred based on the comparison of their PI19 sequences.     

中国针茅属植物的地理分布

本文论述了中国针茅属植物的地理分布、生态特点及其与植被分布的关系。中国针茅属有32种1亚种及4变种,据该属各个种所处环境中的气候和土壤等因素的变化,不同种的分布也各异。属的分布区的类型属于吴征镒(1979)的中国植物区系分区的泛北极植物区中的6个植物亚区,即亚洲荒漠植物亚区,欧、亚森林植物亚区,青藏高原植物亚区,中国-喜马拉雅植物亚区,欧、亚草原植物亚区及中国-日本森林植物亚区。     

黄颡鱼MSTN基因多态性及其与生长性状的相关性分析

肌肉生长抑制素基因(Myostatin,MSTN)属于转化生长因子β家族,其主要功能是负向调控肌肉的生长发育。采用PCR-SSCP技术对黄颡鱼MSTN基因进行单核苷酸多态性检测和分型,并与其生长性状进行关联分析。结果表明,在第一内含子部分检测到1个缺失位点和2个突变位点(T1003del、G1022A和T1063G),基因型分别为:AA、AB、CC、CD和DD;在第三外显子部分检测到1个突变位点(T132C),基因型分别为:EE和EF。关联性分析表明,AA基因型个体的全长、体长、体高、体厚、头长和体重显著大于CD和DD基因型(P<0.05),AA基因型雌性个体的全长、体长、体高、体厚、头长、尾柄高、尾柄厚和体重也显著大于DD基因型(P<0.05)。由此推断,AA基因型是影响雌性黄颡鱼生长性状的有利基因型,DD基因型是影响雌性黄颡鱼生长性状的不利基因型,可以尝试利用这两个位点对雌性黄颡鱼进行标记辅助选育。     

牙鲆MyoD基因单核苷酸多态性位点的筛选

运用PCR-SSCP技术研究100尾牙鲆(Paralichthys olivaceus)MyoD基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs), 并将筛选到的突变位点与牙鲆生长性状进行相关性分析。结果表明, 在外显子1和内含子1上存在3个SNPs, 在外显子1 (MyoD2)基因座发现3种基因型AA、AB和BB, G863A突变, 属于同义突变。在内含子MyoD4基因座检测到DD、FF、CD、CE、DE和DF型个体。利用最小二乘法研究MyoD基因多态性位点对牙鲆生长性状的影响。结果表明, 外显子1的SNPs对生长性状无显著影响(P0.05)。内含子1的SNPs对牙鲆的生长性状影响均显著(P0.05)。研究结果为SNPs位点与牙鲆生长性能关联分析奠定了基础。       

Genetic diversity and phylogenetic relationship as revealed by inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism in the genus Oryza

Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism was used to determine genetic diversity and phylogenetic relationships in Oryza. Forty two genotypes including 17 wild species, representing AA,BB,CC,EE,FF,GG,BBCC,CCDD, and HHJJgenomes, two cultivated species, Oryza sativa (AA) and Oryza glaberrima (AA), and three related genera, Porteresia coarctata, Leersia and Rhynchoryza subulata, were used in ISSR analysis. A total of 30 ISSR primers were screened representing di-, tri-, tetra- and penta-nucleotide repeats, of which 11 polymorphic and informative patterns were selected to determine the genetic diversity. The consensus tree constructed using binary data from banding patterns generated by ISSR-PCR clustered 42 genotypes according to their respective genomes. ISSR analysis suggests that the genus Oryza may have evolved following a polyphyletic pathway; Oryza brachyantha (FF genome) is the most divergent species in Oryza and Oryza australiensis (EE genome) does not fall under the Officinalis complex. DNA profiles based on ISSR markers have revealed potential diagnostic fingerprints for various species and genomes, and also for individual accessions/cultivars. Additionally ISSR revealed 87 putative genome/species-specific molecular markers for eight of the nine genomes of Oryza. The ISSR markers are thus useful in the fingerprinting of cultivated and wild species germplasm, and in understanding the evolutionary relationships of Oryza. Received: 23 August 1999 / Accepted: 10 November 1999     

Sequence variation in the gene encoding the 10-kDa prolamin in Oryza (Poaceae). I. Phylogenetic Implications

Oryza L. (Poaceae) contains approximately 20 wild and two domesticated species and nine genomes. Major disagreements exist on its systematics and genome evolution. Sequence polymorphism in the gene that encodes the 10-kDa prolamin polypeptide (a seed storage protein) was used to determine phylogenetic relationships and evaluate current systematics for 19 Oryza species. This gene in Oryza is approximately 402-bp long, and includes a 72-bp signal peptide region. A strict consensus tree shows Oryza brachyantha (FF) as the most basal species, followed by a polytomy of three clades that can be delineated based on genome composition: (1) the GG clade: Oryza granulata and Oryza meyeriana, (2) the EE clade: Oryza australiensis, and (3) the ABCD clade: the remaining Oryza species. Two subclades within the ABCD clade emerge, one containing species with the AA genome, the other with components of the BC and D genomes. Members of the AA subclade form a polytomy and were delineated by a single 3-base deletion. The African species Oryza punctata (BB) and the South American-endemic CCDD genome species form a strong lineage, pointing to a close genetic affinity of O. punctata to the missing DD genome donor. The strong association between the CC and BBCC species implies convergence at the gene level. The study supports the following sectional units of Oryza: Section Oryza (Series sativae and officinaliae), Section australiensis, Section Granulata, Section Brachyantha.     

不同草原类型针茅根部内生真菌群落结构

为了解我国北方不同草原类型中针茅根部内生真菌的群落结构及多样性变化,从新疆、甘肃、内蒙古3省(区)选择了6种不同草原类型(亚高山草甸、高山草甸、戈壁、荒漠草原、典型草原和草甸草原),进行针茅根部组织内生真菌的研究.共分离得到针茅根部内生真菌213株,根据序列的相似性(以97%为阈值),共获得51个真菌分类操作单元(OTUs),覆盖了4门7纲23科27属.在门的水平上子囊菌门真菌为绝对优势菌群,占分离真菌总数的93.4%,在各草原类型中均有分布;6种草原类型中针茅根部内生真菌的优势属差别较大,仅子囊菌门的镰孢菌属为各草原类型共有优势属,占分离真菌总数的41.3%,亚高山草甸的微结节霉属、高山草甸的Saccharicola和短梗霉属、戈壁的弯孢属和根霉属以及草甸草原的木霉属,为各草原类型中针茅根部内生真菌的优势属.高山草甸针茅根部内生真菌群落覆盖的门和属最多,Margalef丰富度指数和香农多样性指数最高,均匀度指数仅次于荒漠草原;而荒漠草原的Margalef丰富度指数最低,典型草原的多样性指数和均匀度指数最低.高山草甸和荒漠草原的内生真菌群落结构与其他草原类型之间的相似性系数都较低,分别为0.12～0.25和0.13～0.22,其他几种草原类型之间相似性相对较高,尤其是典型草原和草甸草原之间相似性系数为0.60.冗余分析(RDA)表明,海拔和纬度是影响6种草原类型中针茅根部内生真菌群落结构变化的主要环境因子.     

人工繁殖恒河猴的血清前清蛋白、转铁蛋白、苹果酸脱氢酶和醇脱氢酶遗传多态性研究

用薄层聚丙烯酰胺凝胶电泳方法分析118头人繁殖恒河猴血清四种蛋白质和同工酶遗传基因位点的多态性,结果表明,除醇脱氢酶(ADH)为单态外,其余三个基因位点均表现多态,前清蛋白(PA)可分为AA、AB、AC、AD和BB、CC,EE七种表型,各基因的频率为A 0.85,B 0.072,C 0.042,D 0.009,E 0.034转铁蛋白(Tf)可分为CC、DD、EE、FFGG、CD、CE、CG、CH、DE、DF、DG、DH、EF、EG、EH、FG十七种表型,墓因频率为C 0.064,D 0.380,E 0.188,F 0.111,G 0.244,H 0.014,苹果酸脱氢酶(MDH)可分MDH)1-1和MDH2-1两种表型,基因频率为MDH~10.958和MDH~20.042。     

内蒙古中东部草原区克氏针茅形态特征和RAPD遗传分化的相关性研究

以分布在内蒙古锡林郭勒盟东部草甸草原、中部典型草原和中西部荒漠化草原的4个克氏针茅种群为研究对象,采用形态学标记和RAPD分子标记相结合的方法进行遗传分化研究。结果表明：（1）无论是用形态学数据所得欧氏遗传距离矩阵还是用RAPD所得无偏差的Nei’s遗传距离矩阵,与种群分布的地理距离之间均不存在显著的相关关系,说明克氏针茅种群遗传分化受自然选择的影响。（2）种群之间存在显著的形态分化和遗传分化（p<0.05）。（3）对形态学数据所得欧氏遗传距离矩阵和RAPD所得Nei’s无偏差遗传距离矩阵进行Mantel检验所得结果不显著,表明对克氏针茅形态分化和遗传分化起主要作用的选择力是不完全相同的。