医学分子遗传学讲座 第五讲 限制性片段长度多态性

每个个体在遗传上是不同的,而不同的本质不是在基因产物上,而是在DNA水平上的差异。这些差异大多数都是由于不编码蛋白质的区域和没有重要调节功能的区域发生了中立突变,这些中立突变所构成的DNA变异称为DNA多态性。DNA多态性本质是由于进化过程中的各种原因引起染色体DNA中核苷酸排列顺序发生了改变,当这种改变涉及到限制性内     

RFLP分子标记及其在牧草研究中的应用

RFLP分子标记是用限制性酶(RE)消化不同个体的同源DNA分子,经电泳表现的限制性片段长度的差异。它反映了DNA分子水平上的变异,可能是限制性内切酶识别位点的改变,也可能是部分片段的缺失、插入、易位、倒位等,显示出丰富的多态性。本文综述了RFLP分子标记技术在牧草个体识别、绘制遗传图谱、目的基因定位、检测群体内或群体间序列差异程度以及辅助育种研究中的应用等,并对该技术在牧草研究中的应用作了展望。     

基因突变的检测

1985年以前对基因中显著的缺失、插入、重排,可以用Southern杂交法来鉴定。一些小的变异,包括单碱基改变,只有当它们位于限制性内切酶的切点上时,方可被检出(如RFLP,限制性片段长度多态性)。如果这些小的变异不是位于限制性内切酶的切点上,那么只有对整个的基因进行顺序测定,当然,这是费时费力的。检测基因中的未知突变较为有效的方法于1985年     

限制性片段长度多态性（RFLPS）及其原因

DNA是绝大多数生物(RNA病毒除外)携带和传递遗传信息的复杂的生物聚合体。能被限制性核酸内切酶在特定的核苷酸顺序上切割,形成各种长度的DNA片段,通过电源能将这些片段分开。 生物个体间的差异,本质上是DNA水平上的差异。这是由于进化过程中染色体DNA上核苷酸顺序发生了改变,当这种改变涉及到限制性酶切位点时,酶切后产生的DNA片段长度     

利用RFLP资料估计遗传变异

限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,缩写为RFLP),是指用限制性内切酶处理不同生物个体的DNA所产生的大分子片段的大小的差异。怎样合理地定量描述这样的差异,是许多分子遗传学家(如Jeffrey)和群体遗传学家所努力以求的目标(见Li和Graur 1991的专著)。产生限制性片段长度多态性的原因,是DNA线性分子某一特定内切酶的识别位点发生了变化.其主要的变化,目前认识到是核苷酸的替换(substitution),虽然对另一类变化如核苷酸的插入(insertion)或缺失(deletion)这样的长度变化     

DNA标记技术在螨类系统学研究中的应用

长期以来,螨类主要依靠其形态特征进行系统学研究。DNA标记是指能反映生物个体或物种间基因组中某种差异特征的DNA片段。近年来,DNA标记技术在螨类系统学研究中得到越来越广泛的应用。本文综述了随机扩增多态性RAPD、限制性内切酶片段长度多态性RFLP、微卫星SSR、核酸序列扩增、扩增片段长度多态性AFLP和直接扩增片段长度多态性DALP等6种DNA标记技术在螨类系统学研究中的应用现状及前景。     

DNA分子标记在实验动物遗传分析中的应用

DNA分子标记技术很多,基本都是建立在RFLP、PCR和重复顺序的基础上的。本文重点介绍了限制性片段长度多态性（RFLP）标记、随机扩增多态性DNA（RAPD）标记、微卫星DNA（STR）标记、DNA指纹（DFP）标记、扩增片段长度多态性（AFLP）标记等几种重要的DNA分子标记技术的定义、结构、分布、组成、保守性、优点及丰富的多态性等。并重点介绍了微卫星DNA（STR）标记在分子遗传监测、遗传多样性分析和遗传血缘关系及个体识别等领域的应用。     

RFLP——遗传学研究的新领域

RFLP——限制性片段长度多态性(restriction fragment length polym0rphisms.RFLP(s))是近几年来国外十分活跃的研究领域,其应用已渗透到遗传学研究的许多领域,如:人类遗传病的基因定位和基因诊断,法医生物物证验证,精细遗传图谱的建立、遗传育种等等,给这些领域的研究提供了一种崭新的研究手段。自Grodzicker等(1974)首次将RFLP用作腺病毒温度敏感突变的遗传标记以来,人们在真核生物包括果蝇、牛、人、玉米、莴苣、番茄、大麦、大豆、小麦、芸苔属等动植物中做了大量研究,就RFLP的遗传特性和应用作了大量卓有成效的探索。 RFLP的获得,是将基因组DNA用已知的限制内切酶消化,电泳印迹后,用DNA探     

分子标记技术的发展及应用

介绍了几种应用前景较广的分子标记,如基于DNA杂交技术的分子标记:限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA可变串联重复数标记(VNRT);基于PCR技术的分子标记:随机扩增多态性 DNA(RAPD)、酶切扩增多态性(CAPS)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星DNA(SSR)和DNA单链构象多态性(SSCP);以及新兴的第3代分子标记,即基于DNA芯片技术的分子标记:单核苷酸多态性(SNP)等。分别阐述了它们的原理、方法步骤与优缺点、应用注意事项和适用范围,同时概述了它们在生物学研究中的应用和进展。     

螨类系统学研究中的分子标记

近年来,分子标记技术在螨类系统学研究中起到越来越重要的作用。文章就几种螨类系统学中用到的分子标记的原理和应用作一回顾,其中包括随机扩增多态性RAPD、限制性内切酶片段长度多态性RFLP、直接扩增片段长度多态性DALP、扩增片段长度多态性AFLP、微卫星DNASSR、核酸序列分析。讨论这几种分子标记在其应用中的优势及其局限性,并对分子标记在螨类系统学研究中的应用作出展望。     

小麦Wx-B1基因酶切片段长度多态性及其与直链淀粉含量的关系

采用序列标志位点(sequence-tagged sites,STS)引物,对35个小麦品种的Wx-B1基因位点上的近第4个内含子区域的序列进行了扩增,用限制性内切酶BamHI切割.结果表明,扩增片段有的能被酶切,有的不能.酶切片段出现两种长度多态性,其长度与直链淀粉含量(AC)呈负相关.AC在约20%以上的小麦品种扩增的片段能够被BamHI切割,而在约20%以下的不能.以上结果表明,Wx-B1基因在扩增序列区域有多态性,这可以作为一种分子标记在育种中预测不同小麦品种的直链淀粉含量,以改良小麦品质.     

一种测定癌基因c-Ha-ras点突变的简易方法——PCR-RFLP法

利用多聚酶DNA链延伸反应与限制性内切酶酶解片段长度多态性分析相结合,可简单、迅速、准确地对胃癌组织及细胞株DNA中癌基因c-Ha-ras第12位密码子是否存在点突变进行测定。这个方法是使用非同位素方法对单拷贝基因点突变进行检测的首次报道。     

阴道分离因肯毛孢子菌的分子鉴定和种内分型

分别采用rRNA基因内转录间隔区(ITS)和基因间隔区(IGS1)测序,ITS和IGS1区PCR限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)和基因组DNA的随机扩增多态性DNA(RAPD)等方法,对三株因肯毛孢子菌Trichosporon inkin进行分子特征及种内分型研究。结果显示,不同菌株的rRNA基因ITS区和IGS1区的序列相似性均高达100%,RFLP酶切图谱具有较理想的种内一致性,而不同菌株的RAPD图谱不尽相同。研究表明:rRNA基因IGS1区测序及RFLP酶切可考虑用于因肯毛孢子菌的菌种分子鉴定,而基因组DNA的RAPD则较适合于菌种的种内分型。     

用分子生物学技术对草菇进行菌株鉴别

利用AP-PCR和RAPD技术对三个草菇菌株进行鉴别,其结果与用草菇菌株V34基因文库中的中等重复序列为探针进行限制性内切酶长度多态性分析(RFLP),及对编码核糖体5.8SrRNA的DNA(rDNA)进行PCR扩增后的产物进行限制性内切酶长度多态性分析(PCR-RFLP)的结果相一致。这一结果显示出用这四种方法对草菇菌株进行鉴别具有相似的效果。同时用这四种方法构建的分子生物学标记显示出这三个菌株中的两个菌株在遗传上有着较大程度的相似性。     

DNA限制性内切酶与RFLP的研究

植物遗传进化及分类学的研究,通常以形态特征特性和数量性状为基础。尽管这些形态学特征都是遗传本质的表现,但环境因素却在遗传表现的过程中起了过大的作用。近年来,运用同工酶谱带和以生化指标为依据进行过不少研究,但仍不能克服环境的影响。当前,DNA限制性内切酶和衍生的限制性片段长度多态性(RFLP)方法,应用于遗传进化及分类学研究,在微生物中做了大量的工作。因为这种研究是直接针对遗传物质——DNA分子的,所以,更为精确和有效。     

正常中国人和DMD患者X染色体Xp~(21)区的RFLP研究

本文应用从人类X柒色体Xp~(21)区不同部位分离得到的9种DNA探针,分析了100名正常中国人,38名DMD患者及其母亲X柒色体Xp~(21)区的14个限制性位点多态性(RSP;又称限制性片段长度多态性,RFLP)。发现正常的X染色体与携带DMD基因的X染色体Xp~(21)区的RFLP频率没有明显差别;在38例DMD患者中有7例的X染色体有DNA片段缺失;在本文分析的24例患者母杀中有17例是DMD基因携带者,她们在Xp~(21)区的RFLP均存在杂合的多态性,因此可以应用RFLP连锁分析对这些家系进行DMD的产前诊断。     

草莓DNA分子标记及其应用

综述了限制性长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)等不同类型分子标记在草莓指纹图谱构建、品种鉴别、遗传多样性、进化、遗传作图以及相关性状的标记等方面的应用,分析了草莓分子标记研究中的关键问题,提出了今后研究方向。     

DNA限制性片段长度多态性

限制性内切酶的发现和应用,给生命科学研究带来了深刻变化。通过测定DNA分子中核苷酸排列顺序,研究基因的结构与功能,从而揭示生命现象的本质,是一个具有十分重要意义的课题。其中利用DNA重组和分子探针技术在基因水平上进行限制性酶切图谱分析,确定DNA结构中具有多态性的核苷酸位点,进行基因定位和异常基因的检测,是近年来分子遗传学研究中颇受重视的一个新领域。Kan和Dozy 1978年首先在β-球蛋白基因中发现第一个DNA多态性位点以来,人们已将注意力从基因表达产物——酶和蛋白质水平的多态性研究     

幽门螺杆菌hpaA基因RFLP研究

用限制性片段长度多态性(RFLP)的方法评价幽门螺杆菌不同菌株鞭毛粘附素基因(hpaA)的变异性。PCR扩增9株幽门螺杆菌710bp的hpaA基因,用Hha Ⅰ、HaeⅢ限制性内切酶对该基因片段进行酶切分析。hpaA基因HaeⅢ单酶切可见4种带型,HhaⅠ单酶切出现5种带型。从临床分离的H.pylori菌株hpaA RFLP互有差异,且不同于国际标准菌株;临床分离株感染动物后分离得到的动物适应株其hpaA基因也发生了变异。不同H.pylori菌株间hpaA基因表现出明显的多态性,为开展H.pylori的分子流行病学调查提供了一种有效的方法。     

分子标记及其在海洋动物遗传研究中的应用

分子遗传标记在农业动植物育种和生产上得到了广泛的应用,且取得了可喜的成果,但在水生生物上的应用还处于初始阶段。本文简要介绍了限制性片段长度多态性（RFLP）、随机扩增多态性DNA（RAPD）、扩增片段长度多态性（AFLP）、小卫星DNA和微卫星DNA（或称简单序列重复,SSR）等分子标记的概念、基本原理及其特点,重点介绍了第三代分子标记单核苷酸多态性（SNP）技术。综述了这些分子标记在海洋动物遗传结构分析、亲缘关系鉴定、遗传图谱的构建和标记辅助育种等方面的应用。