新疆土著大豆根瘤菌种群遗传结构的初步分析*

应用重复序列REP (repetitiveextragenicpalindromic ,重复基因外回文 )和ERIC (ente robaterialrepetitiveintergenicconsensus,肠细菌重复基因间共有序列 )结合聚合酶链式反应(ERP PCR和ERIC PCR)对从新疆采集的 2 7株土著大豆根瘤菌染色体进行指纹分析 ,发现在相似水平 0 5时可基本分为两大聚类群 ,一个类群主要包括慢生型根瘤菌 ,另一类群为快生型根瘤菌 ,来自同一地区的根瘤菌株具有较高的遗传相似性。以上结果     

新疆土著大豆根瘤菌的表型多样性

选用分离自新疆昌吉市郊土壤的大豆根瘤菌61株和参比菌5株,对它们进行唯一碳氮源、抗生素抗性和抗逆性等表型性状分析,结果表明所有菌株在70.1％相似水平上分为快生大豆根瘤菌和慢生大豆根瘤菌2群,其中快生大豆根瘤菌在81.4％相似水平上又分为2个亚群,40株供试的新疆快生大豆根瘤菌与新疆中华根瘤菌聚为一群;7株供试菌聚为一小群,抗逆性强。所有供试快生菌株都与费氏中华根瘤菌相似性低,所以新疆快生大豆根瘤菌可能是与费氏中华根瘤菌相独立的一个种。     

安徽地区大豆根瘤菌遗传多样性研究

采用RAPD技术对分离自安徽地区的大豆根瘤菌和部分参比菌株进行了遗传多样性和系统发育研究.结果表明:来自山东即墨、宿州灵壁、凤阳小溪河和六安金寨的菌株归为慢生型根瘤菌、来自安庆宿松、凤阳中都城、巢湖含山、滁州天长、淮北杜集、蚌埠淮上的菌株归为S.xinjiangensis,来自滁州全椒和风阳韭山洞的菌株是与花生根瘤菌和苜蓿根瘤菌更接近的快生型根瘤菌.而1株来自巢湖庐江的大豆根瘤菌和其它菌株的遗传距离较远,单独归为一类,其遗传地位特殊.     

吉林省黑土土著大豆根瘤菌的生态特性及与不同豆种的共生效应

黑土土壤中有丰富的土著大豆根瘤菌,为了稳定和提高大豆根瘤菌在黑土区的接种效果,我们从１９８８年起,对吉林省黑土土著大豆根瘤菌的类型、血清型、固氮酶活性、快慢生型的分布、结瘤竞争能力以及与不同大豆品种的共生效应等进行了测定,并提出了吉林省黑土区高固氮力和低固氮力种质。以菌体本身的固氮酶活性来看,榆树黑土为２４．８１６Ｃ２Ｈ４μｍｏｌ／克干瘤·小时,公主岭黑土为２４．８２７Ｃ２Ｈ４μｍｏｌ／克干瘤．小时．榆树黑土用４０株进行土著大豆根瘤菌血清型的测定,其中３４株属于４４７－２８血清型,６株为其它血清型。公主岭黑土用１６４株进行测定的,有１４３株属４７７－２８血清型,１７株属１１３血清型,有４株属其它血清型。榆树黑土和公主岭黑土中以慢生型大豆根瘤菌为主．共生效应测定结果,吉林２３固氮力最强,固氮量为４．２４９０８ｇ／盆;其次是长８２１０—４,固氮量为２．００９８ｇ／盆;长农５最低,为０．５４１９ｇ／盆。     

木霉肽类代谢产物对豇豆土著根瘤菌遗传性状的影响

利用RAPD与ISSR分子标记检测手段,分析了哈茨木霉T2-16肽类代谢产物处理豇豆土著根瘤菌,对其遗传性状的影响,同时,比较了RAPD和ISSR两种不同分子标记在检测根瘤菌种间的遗传相似性以及遗传变异性的分辨力.实验中,从100条引物中筛选到具有多态性的ISSR引物5条,从80条引物中筛选到具有多态性的RAPD引物6条,用5条ISSR引物扩增出54条带,多态性条带比率为75.93 %;6条RAPD引物扩增出61条带,多态性条带比率为68.85 %.两种分子标记均能揭示出处理前后根瘤菌间的遗传差异,但ISSR标记比RAPD标记可检测到更大的遗传变异.根据两种标记的结果,对供试的根瘤菌进行聚类分析,结果表明,土著根瘤菌经木霉肽类代谢产物处理后,与出发菌株相比,表现出一定程度的遗传分化和遗传差异性.     

16S rDNA-RFLP分析新疆快生大豆根瘤菌的分类地位

采用１６Ｓ ｒＤＮＡ－ＲＦＬＰ技术,对自新疆土壤中捕捉的３４株快生大豆根瘤菌及相关已知种的模式菌株进行了比较分析。从酶切图谱类型和在结果表明,所有新分离的菌株与Ｓ．ｘｉｎｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ的图谱类型基本一致,而与Ｓ．ｆｒｅｄｉｉ的图谱类型有明显差异,与Ｓ．ｍｅｌｉｌｏｔｉ,Ｓ．ｓａｈｅｌｉ,Ｓ．ｍｅｄｉｃａｅ,Ｓ．ｔｅｒａｎｇａ也不相同。３４株新分离的菌株全部与Ｓ．ｘｉｎｇｊｉａｎｇｅｎｓｉｓｉ     

川中丘陵地区大豆根瘤菌遗传多样性与系统发育关系

【目的】研究分离自川中丘陵地区大豆根瘤菌的遗传多样性和系统发育。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rRNA基因、glnII、共生基因(nodC)系统发育分析的方法进行研究。【结果】供试未知菌的16S rDNA用4种限制性内切酶(HaeⅢ、HinfⅠ、MspⅠ及TaqⅠ)酶切后获得5种16S遗传图谱类型。16S rDNA PCR-RFLP结果表明,所有供试菌株在83%水平分为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和中华根瘤菌属(Sinonrhizobium)两大类群,而75%的菌株为中华根瘤菌。6个代表菌株的16S rDNA、glnII和nodC三个位点基因的系统发育结果基本一致,4株与S.fredii USDA205T相似度最高;有2株分别与B.yuanmingense CCBAU10071T、B.diazoefficiens USDA110T相似度最高。4个Sinonrhizobium代表菌株16S rDNA、glnII序列相似度分别为98.3%-99.9%、98.2%-100%,但它们的nodC基因序列完全相同。【结论】川中丘陵地区大豆根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,S.fredii为优势种。     

我国南北大豆产区慢生大豆根瘤菌的遗传多样性和系统发育研究

利用16S rRNA基因RFLP、16S rRNA基因序列分析以及16S-23S rRNA IGS PCR RFLP技术对分离自我国南北大豆产区的慢生大豆根瘤菌进行了群体遗传多样性和系统发育研究。16S rRNA基因PCR RFLP分析以及16S rRNA基因序列分析结果表明:所有供试慢生大豆根瘤菌可分为B.japonicum和B.elkanii两个类群,其中属于B.japonicum的为优势种群,占供试菌株的91%,属于B.elkanii的仅占9%,多样性水平较低。16S-23S rRNA IGS PCRRFLP研究结果表明:属于B.japonicum的慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在69%的相似性水平上可分为群Ⅰ和群Ⅱ两大类群。群I的菌株以分离自黑龙江和河北等北部区域的菌株为代表,群Ⅱ的菌株以分离自广西和江苏等南部地域的菌株为代表,反映出明显的地域特征。两群菌株在系统发育上均与USDA6、USDA110和USDA122等B.japonicum的模式或代表菌株有差异。     

不同紫花苜蓿品种根瘤菌遗传多样性的PCR-SSCP分析

用PCR-SSCP方法对分离自23个紫花苜蓿品种的42株供试根瘤菌和2株苜蓿根瘤菌参比菌株Sinorhi-zobium meliloti、Sinorhizobium medica进行遗传多样性分析.结果表明,供试的紫花苜蓿根瘤菌存在丰富的遗传多样性,在16S rDNA的V2~V3区段中有12种不同的等位基因,V4~V5区段有13种不同的等位基因,基因型27个;大部分供试菌株的基因型各不相同,来自同一品种菌株之间表现出不同的基因型,来自不同品种的菌株却表现出相同的基因型;9株供试菌株在V2~V3区段的基因型与参比菌株S.meliloti相同,所有供试菌株的基因型与参比菌株S.medica都不同.     

单株根系来源的土著大豆慢生根瘤菌多样性

本文对由１株大豆根瘤分离、鉴定的１２个土著大豆慢生根瘤菌（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍｊａｐｏｎｉｃｕｍ）菌株进行了种内多样性分析。在ＹＥＭ琼脂培养基上观察菌落大小不同（直径≥１０ｍｍ至≤０５ｍｍ）的菌株,有形成粘稠而半透明的Ｍ型菌落和稀薄而透明的Ｗ型菌落。以ＥＬＩＳＡ鉴定血清类型,分为ＬＬ１９血清族（包括Ｓｚ１１２ｓ）血清组和Ｓｚ１１９ｓ血清型及其他血清组）和非ＬＬ１９血清族（包括Ｓｚ１１３ｓ和Ｓｚ１２１ｓ两血清型及未知血清型）。以Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记的ｐＭＪＳ１２为探针检测菌株染色体ＤＮＡ的ＥｃｏＲＩ消化产物的分子杂交谱,出现称为Ⅰ型的９６ｋｂ和Ⅱ型的６４ｋｂ两种类型的单一分子杂交带。ＨＰ５８９０Ａ气相色谱分析细胞脂肪酸,检出８种成分。其中,Ｃ１４∶１、Ｃ１８∶１和Ｃ１４∶０存在于所有供试菌株中,为不同于快生根瘤菌的３种主要成分,以此可将供试菌株分成６组不同菌株     

超慢生大豆根瘤菌2062菌株的部分16SrRNA序列测定

采用ＰＣＲ（聚合酶链式反应）的方法扩增并克隆了超慢生大豆根瘤菌（ＥＳＧ,ｅｘｔｒａ－ｓｌｏｗｌｙ－ｇｒｏｗｉｎｇ ｓｏｙｂｅｎ ｒｈｉｚｏｂｉａ）２０６２菌株的１６Ｓ ｒＲＮＡ的部分区段,然后进行核苷酸序列测定和分析。比较了测定的２６４个碱基序列与已经发表的其他相关根瘤菌序列的差异,并通过计算机遗传距离进行聚类分析。结果表明,ＥＳＧ与Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ、Ｂ．ｅｌｋａｎ     

大别山山核桃种群遗传多样性研究

为了更有效地保护和合理开发大别山山核桃(Carya dabieshanensis)资源,该文利用RAPD分子标记技术,对3个天然大别山山核桃种群的90个单株的遗传多样性、种群内和种群间的遗传变异进行了研究,结果表明:20对10 bp随机引物共检测到238条谱带,其中多态带为162条,占68.1%。遗传多样性分析结果显示: Shannon多样性指数为0.476 1,58.18%的变异分布于群体内,而种群间变异占了41.82%;Nei指数群体总基因多样度为0.314 5,群体内平均基因多样度(H_S)为0.186 5,群体间的基因多样度(H_ST)为0.128 0,群体Nei基因分化系数(G_ST)为0.406 7,说明40.67%的变异存在于种群间,群体内的变异占了总变异的59.33%,与Shannon多样性指数相比基本一致,均表明种群内有较丰富的遗传变异,这为优良品种选育提供广阔前景;种群间的基因流(N_m)为0.730 6,证明种群间遗传交换较小,这与环境适应性和高山阻隔有一定的关系。     

利用SRAP标记研究四个暗纹东方鲀群体的遗传多样性

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)分子标记首次对4个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)群体(1个长江捕捞群体、1个放流群体和2个养殖群体)进行了遗传多样性分析。从49对引物组合中筛选出18对扩增条带清晰、稳定的引物组合对4个群体进行扩增,共获得231个位点,其中多态位点数为156个,总多态位点百分率为67.53%。4个群体内多态位点比例为54.98%—58.87%,群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.1992—0.2005,群体Shannon多样性指数(I)为0.2953—0.3016,群体间基因流(Nm)为4.1291。长江捕捞群体的多态位点比例、基因多样性指数、Shannon多样性指数均略高于其他三个群体。采用UPGMA法对4个群体进行聚类分析显示,上海养殖群体单独聚为一类,其余3个群体聚为另一类。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.40%。以上结果表明,4个暗纹东方鲀群体具有较高的遗传多样性,群体间相似性较大,并且存在一定的基因交流。     

五个红罗非鱼群体的遗传多样性分析

实验采用微卫星标记技术,选用22对微卫星引物对5个红罗非鱼群体进行遗传多样性分析。经PCR扩增,16个微卫星位点扩增产物在关岛红罗非鱼（GD）、珍珠白红罗非鱼（ZZ）、佛罗里达红罗非鱼（FL）、明月红罗非鱼（MY）、马来西亚红罗非鱼（ML）中均获得了清晰稳定的条带。分析结果显示:16个微卫星标记共检测到146个等位基因。5个群体的平均等位基因数（N_a）在6.5625-8.5625,平均有效等位基因数（N_e）在4.1495-6.1330,平均杂合度（H_e）在0.7491-0.8247,平均多态信息含量（PIC）在0.6939-0.7840,说明它们的遗传多态性丰富。卡方检验表明5个红罗非鱼群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡。在5个群体中,关岛红罗非鱼（GD）与珍珠白红罗非鱼（ZZ）遗传相似系数（0.6171）最小,遗传距离（0.4827）最大,说明两者亲缘关系最远;佛罗里达红罗非鱼（FL）与马来西亚红罗非鱼（ML）遗传相似系数（0.9069）最大,遗传距离（0.0977）最小,可推断两者亲缘关系最近。采用UPGMA进行聚类分析,结果表明:佛罗里达与马来西亚先聚成一支,二者再与珍珠白聚在一起,接着三者与明月聚在一起,最后,四者与关岛聚到一起。聚类结果说明关岛群体与其他4个群体亲缘关系最远;佛罗里达与马来西亚亲缘关系最近,珍珠白群体次之,明月群体再次之。以上结果可推断5个红罗非鱼群体遗传多态性丰富,具有较大的选育潜力。     

中国东部栗疫病菌群体的遗传分化

本实验采用RFLP技术,对中国东部栗疫病菌(Cryphonectria parasitica)进行了群体遗传结构的研究。313个参试菌株来自10个省(市)的16个群体(子群体),样本分布在北纬24°N—41°N。各菌株的DNA分别用限制性内切酶Pst Ⅰ和EcoR Ⅰ酶切,先后以10个低拷贝DNA探针和1个DNA指纹图谱探针进行了杂交和检测。结果表明,两个探针(pCB29和pMS29.1)的杂交图谱呈单态性;探针pCB19的杂交图谱显示,菌株DNA以PstⅠ酶切的为单态性,以EcoR Ⅰ酶切的则呈多态性;其他7个低拷贝探针的杂交图谱都呈多态性(Pst Ⅰ酶切)、指纹图谱探针的检测结果显示,辽宁凤城群体的菌株与中国东部其他群体的菌株相比,具有更多的限制性杂交片段,菌株间的遗传变异性也更大。     

中国东部栗疫病菌群体的遗传分化*

本实验采用RFLP技术,对中国东部栗疫病菌(Cryphonectria parasitica)进行了群体遗传结构的研究。313个参试菌株来自10个省(市)的16个群体(子群体),样本分布在北纬24°N—41°N。各菌株的DNA分别用限制性内切酶Pst Ⅰ和EcoR Ⅰ酶切,先后以10个低拷贝DNA探针和1个DNA指纹图谱探针进行了杂交和检测。结果表明,两个探针(pCB29和pMS29.1)的杂交图谱呈单态性;探针pCB19的杂交图谱显示,菌株DNA以PstⅠ酶切的为单态性,以EcoR Ⅰ酶切的则呈多态性;其他7个低拷贝探针的杂交图谱都呈多态性(Pst Ⅰ酶切)、指纹图谱探针的检测结果显示,辽宁凤城群体的菌株与中国东部其他群体的菌株相比,具有更多的限制性杂交片段,菌株间的遗传变异性也更大。     

超慢生大豆根瘤菌DNA G+C含量和DNA同源性测定

用热变性温度法和液相复性速率法分别测定了超慢生大豆根瘤菌(ESG,extra-slow-growing soybean rhizobia)DNA G+C mol%及与其它根瘤菌间的DNA同源性.结果表明,ESG的DNA G+C mol含量在59.2—63.5%之间,且不同地区不同血清型的ESG代表菌株DNA同源率在70%以上,说明它们是遗传型一致的类群.ESG与在大豆上结瘤的快生大豆根瘤菌(Rhizobium fredii USDA205)同源率为14.8%,与慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobiumjaponicum)三个DNA同源组的同源率分别为20.5%,30.0%,19.4%.测定结果还表明,ESG与其它根瘤菌遗传学的亲缘关系也很远.     

塔里木裂腹鱼群体遗传结构及遗传多样性分析

塔里木裂腹鱼为塔里木河水系特有濒危裂腹鱼类。研究采集5个群体(多浪渠首、喀拉喀什河、木扎提河、塔什库尔干、玉龙喀什河)塔里木裂腹鱼,扩增线粒体控制区第一高变区,共获得长度456 bp序列95条。塔里木裂腹鱼单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.7118、0.0024。AMOVA分析显示,群体间遗传分化显著。FST值统计检验表明,除喀拉喀什河群体与玉龙喀什河群体之间差异不显著外,其他两两群体之间都是显著的。分子系统树和单倍型网络图分析表明,塔里木裂腹鱼单倍型间关系较近。中性检验和mismatch分析显示,塔里木裂腹鱼群体经历过近期群体扩张事件。根据核苷酸不配对分布τ值计算其群体扩张时间为20万年前。天山、昆仑山的运动以及第四纪冰期-间冰期的变化可能影响了塔里木裂腹鱼的群体历史动态。     

中国人群遗传结构分析

本文根据红细胞血型基因频率,用Harpending和Jenkins(1973)方法计算了中国22个人群间的遗传距离,同时在国内首次运用主坐标分析及其排序方法展示了中华民族的遗传结构,反映出中国东西人群与南北人群间的基因流。