竞争性RT-PCR法及对大肠杆菌acrA基因mRNA表达水平的定量研究

建立了用于检测大肠杆菌(Escherichia coli)ATCC25922的acrA基因mRNA表达水平的定量竞争性RT-PCR(QC-RT-PCR)体系。PCR合成目标片段的突变型片段(321bp)作为内标准模板(Internal standard,IS),与目标片段一致的片段(389bp)作为目标模板(Target standard,TS),优化两种模板共扩增体系;梯度稀释IS与等量大肠杆菌cDNA样本共扩增,扫描电泳条带,软件分析数据。结果表明,引物设计合适,以IS和TS为模板实现共扩增,产物(321bp和389bp)通过1.5%琼脂糖凝胶电泳有效分离;梯度稀释IS与cDNA共扩增产物出现亮度梯度电泳条带;获得一元回归曲线y=-0.345+0.097x(相关系数r=0.959,标准差s=0.05997)。该研究成功构建内标准模板,优化的共扩增PCR体系实现了对大肠杆菌ATCC25922中acrA基因mRNA表达水平的检测,具有简便、高效、敏感度高等优点。     

野生大豆未成熟种子总mRNA的分离及其cDNA的分子克隆

用氯化锂沉淀法从野生大豆(G.soja)未成熟种子中制备总RNA,经oligo(dT)-纤维素柱亲和层析,获得总mRNA,在兔网织红细胞体系中表现出一定翻译活性。以总mRNA为模板,oligo(dT)_(12)(?)为引物,反转录酶催化合成第一链cDNA,RNase H-DNA聚合酶Ⅰ协同合成第二链cDNA。双链cDNA的长度大约为200—5000 bp,且不存在发夹结构。将双链cDNA修补后钝端连接到pUC 19质粒的Sma 1位点,转化E.coli JM107,获得800多个白色重组子克隆。快速电泳检测及酶切分析表明,多数重组子带有插入片段,其中3个重组子的插入片段长度大致为1700 bp、2600 bp和1400 bp。     

TaqMan荧光定量RT-PCR检测水稻RAc1基因mRNA方法的建立

构建包含RAc1基因cDNA片段的质粒,作为水稻肌动蛋白基因RAc1之mRNA定量检测的标准品,建立检测方法,为水稻其他基因的定量建立内参.从水稻叶总RNA中逆转录扩增总cDNA,PCR扩增RAc1基因中设计的目的片段,将纯化的目的片段与pMD19-T Simple载体进行连接,转化宿主菌JM-109,提取重组质粒DNA,PCR鉴定并测序分析.纯化质粒并检测260nm吸光值,确定重组质粒原液的拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品,进行实时荧光定量PCR实验.建立了RAc1基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,特异性好,检测灵敏度达102拷贝,线性范围为102～107拷贝,阈值循环数(Ct)与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系(r=1.000),扩增效率高(E=98.2%).建立了基因RAc1实时定量PCR的质粒标准品.     

小鼠canstatin C端片段基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

为了构建小鼠canstatinC端片段的原核表达载体并在大肠杆菌中表达。以小鼠肝脏组织总RNA为模板,通过RT-PCR扩增小鼠canstatinC端片段(mCan-C)基因,克隆到pMD18-T载体中并进行序列分析。将mCan-C基因定向克隆于原核表达载体pET30a(+)中,构建表达载体pET／mCan-C,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达。结果表明,小鼠canstatinC端片段的cDNA长度为399bp,含有1个终止密码,编码132个氨基酸,与已知的人canstatinC端片段氨基酸的同源性为61％。IPTG诱导mCan-C在大肠杆菌E．coliBL21中表达,表达量约占菌体总蛋白量的28％,重组蛋白主要以包涵体形式存在。首次克隆了小鼠canstatinC端片段的cDNA,IPTG诱导mCan-C在大肠杆菌E．coliBL21中高效表达。小鼠canstatinC端片段的cDNA序列已收入GenBank,接受号为:AY502947。     

利用锌指基序的保守性从人脑组织分离新的C_2H_2型锌指蛋白基因表达序列

本文利用锌指基序的保守性设计引物,在低严谨条件下扩增人基因组总DNA,获得8个长度呈梯度的PCR扩增产物电泳条带。取其中第2和第3电泳条带,回收DNA片段并将它们克隆,经测序和查新比较,共获得60个含有锌指蛋白基因基序的单一的序列,其中23个为新的锌指蛋白基因DNA片段。以它们为探针,杂交筛选人脑组织cDNA文库,得到初筛cD-NA克隆44个。对其中28个初筛cDNA克隆进行复筛之后,得到20个cDNA单克隆。对这些阳性克隆进行测序,读出18个含有锌指蛋白基因基序的序列,国际联网查新之后,证明其中16个是新的锌指蛋白基因片段。这些新的锌指蛋白基因片段为今后克隆有意义的全长锌指蛋白cDNA提供了重要的实验材料。     

cDNA微阵列结合抑制性差减杂交研究对虾白斑综合征病毒部分表达基因

通过抑制性差减杂交技术建立了包含对虾白斑综合征病毒表达性基因的差减文库,并用cDNA微阵列技术进行了鉴定,得到255个正向克隆.对其中的184个正向阳性克隆进行了测序,测序结果通过BLAST与GenBank中序列进行比对,共得到WSSV(white spot syndrome virus,WSSV)基因30个.此次首次鉴定了5个,其中WSV184具有调控蛋白的结构特征(Cys2/Cys2型锌指),WSV321和WSV322含跨膜结构,且存在可能的糖基化位点.有3个被其它研究推断无polyA结构的阅读框所处的mRNA应有polyA结构.进一步用Dot Northern blot对克隆号PCI118(含WSSV阅读框WSV321和WSV322)进行鉴定,表明确实存在该基因的转录.进而根据已报道的WSSV基因序列设计两条引物,用快速扩增cDNA末端技术,扩增WSV321和WSV322两个阅读框所处的cD-NA的5′端片段和3′端片段,分析得到其全长共1 109bp,与已报道的WSSV全基因序列(AF332093)的相关序列完全相同.该mRNA存在polyA,并有加尾信号AATAAA;两个阅读框都没有自己的TATA盒,但都有病毒RNA聚合酶Ⅱ的结合位点-CCAAT盒;它们编码的蛋白质分别有117和227个氨基酸,都存在可能的糖基化位点,其中WSV321一个,WSV322两个.     

人HMGB1酸性尾端对其抗菌活性的影响

为研究人高迁移率族蛋白B1(high-mobility group box-1HMGB1)酸性尾端对其抗菌活 性的影响,提取人外周血单个核细胞总RNA,经RT\|PCR扩增得到编码人HMGB1的cDNA及其缺失酸性尾端的突变体cDNA(mcDNA),原核表达载体pQE\|80L分别表达重组人HMGB1蛋白(rhHMGB1)及缺失酸性尾端的突变体蛋白(mrhHMGB1),经Ni^2+_- NTA亲和层析柱纯化两种蛋白.通过试管稀释法、琼脂扩散法两种体外抗菌实验观察,并比较rhHMGB1mrhHMGB1抗菌活性的差异.实验结果显示,rhHMGB1对大肠杆菌JM109、ATCC2592 2、DH5α有明确的抗菌活性,其抗菌活性强弱依次为JM109>ATCC25922>DH5α,而mrhHMGB1 对大肠杆菌JM109、ATCC25922、DH5α则均无抗菌活性.实验结果表明,人HMGB1的酸性尾端对其抗菌活性的发挥至关重要,此研究为进一步探讨人HMGB1抗菌功能的机制奠定了基础.     

少棘蜈蚣毒腺RACE cDNA文库的构建及β-actin基因的克隆与序列分析

运用SMART技术首次构建了少棘蜈蚣(Scolopendrasubspinipes)毒腺cDNA文库。经琼脂糖电泳检测,文库所含全长cDNA主要分布在5 0 0bp以上,大于2 0 0 0bp的区域尚有很长拖尾,中间有几条高丰度mRNA亮带。以此文库为模板,通过5′RACE(RapidamplificationofcDNAends,快速扩增cDNA末端)方法获得了细胞质肌动蛋白βactin基因5′末端5 98bp片段,其中包括开放阅读框5 46bp ,编码1 82个氨基酸。将该基因片段推导的氨基酸序列通过BLAST软件与蛋白质公共数据库Swissprot比对,发现与蜜蜂(Apismellifera)的βactin基因同源性高达96% ,说明本实验所构文库质量完全可以满足用RACE方法进行功能基因的cDNA克隆。通过基于双参数模型的NJ法对部分动物βactin基因进行系统重建,较好地反映了这些动物的系统发生关系。     

套式RT-PCR检测猪繁殖和呼吸综合征病毒的研究

参照ATCC VR-2332株及LV株保守区段设计了3条引物,以此建立了检测猪繁殖和呼吸综合征病毒的套式RT-PCR方法。利用其分别对ATCC VR-2332株、LV株及B13株进行套式RT-PCR,结果从3个不同地区分离的毒株中均能特异性的扩增出相应的片段,大小分别约为430bp(预期片段为430bp)、410bp(预期片段为413bp)及410bp(预期片段为413bP),而3个非PRRSV的病毒(猪瘟病毒、细小病毒及伪狂犬病毒)均未扩增出相应的片段。其敏感性可达到10^-2TCI