泛肽相关蛋白基因UBAP1单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关研究

UBAP1基因是在鼻咽癌9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因,通过采用病例-对照研究方法,对105例鼻咽癌患者和183例正常人UBAP1基因的5个单核苷酸多态(SNPs)用测序法进行了分型,在实验过程中,偶然发现了一个新的SNP位点,并已登录至dbSNP（登录号：rs3135929）.经相关分析发现,位于UBAP1基因第6外显子中的SNP rs1049557与鼻咽癌发病存在显著相关性,基因型GG和GC的相对危险度分别为1.64和1.31.实验结果进一步支持了UBAP1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系,SNP rs1049557由于处在UBAP1基因下游3′非翻译区,其多态类型可能在某种程度上影响UBAP1基因的表达调控,从而与鼻咽癌发病相关.     

NGX6基因单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关性

NGX6基因是本研究室在鼻咽癌 9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因。通过采用病例 对照研究方法 ,利用动态等位基因杂交 (DASH)技术对 10 5例鼻咽癌患者和 183例正常人NGX6基因的 2个单核苷酸多态 (SNP)进行了分型 ,经相关分析发现 ,位于NGX6基因上游调控区的SNPrs8792 84与鼻咽癌发病存在显著相关性 ,基因型CT和TT的相对危险度分别为 3.93和 2 .2 7。实验结果进一步支持了NGX6基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系 ,SNPrs8792 84由于处在NGX6基因上游调控区域 ,其多态类型可能在某种程度上影响NGX6基因的表达调控 ,从而与鼻咽癌发病相关     

NGX6基因单核苷酸多肽及与鼻咽癌的相关性

NGX6基因是本研究室在鼻咽癌9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因,通过采用病例－对照研究方法,利用动态等位基因杂交（DASH）技术对105例鼻咽癌患者和183例正常人NGX6基因的2个单核苷酸多态（SNP）进行了分型,经相关分析发现,位于NGX6基因上游调控区的SNP rs879284与鼻咽癌发病存在显著相关性,基因型CT和TT的相对危险度分别为3．93和2．27,实验结果进一步支持了NGX6基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系,SNP rs879284由于处在NGX6基因上游调控区域,其多态类型可能在某种程度上影响NGX6基因的表达调控,从而与鼻咽癌发病相关。     

新克隆的基因 NOR1 对鼻咽癌细胞株 HNE1 细胞生长的影响

NOR1是与鼻咽癌密切相关的抑瘤/易感基因候选者之一,将NOR1基因的全长cDNA片段亚克隆至pcDNA3.1( )的表达载体中,通过脂质体介导转染入鼻咽癌细胞系HNE1,RT-PCR、RNA印迹方法筛选高效表达NOR1的细胞株,并借助细胞生长曲线、软琼脂生长集落形成大小试验、流式细胞仪对转染细胞的生物学行为进行检测.结果发现转染了NOR1基因的HNE1细胞生长速度明显减慢,在软琼脂中的集落形成较对照组明显减小.流式细胞仪分析表明,NOR1可以延缓细胞由G0/G1期进入S期.结果表明NOR1基因可能在抑制鼻咽癌的发生发展中起重要作用,为进一步研究NOR1的功能研究打下基础.     

梅花鹿生长激素基因单核苷酸多态与产茸量性状的相关性

以梅花鹿的生长激素基因(GH)作为候选基因, 分析该基因对梅花鹿产茸量性状的影响。以吉林农业大学鹿场提供的梅花鹿为实验群体, 采用单链构象多态性(PCR-SSCP)和DNA测序的方法检测了GH基因单核苷酸多态性(SNPs), 针对该群体的特点建立合适的统计分析模型, 并进行了GH基因多态性与产茸量的相关分析。结果表明, GH基因对梅花鹿的产茸量有一定影响。G→A突变产生的3种基因型间的第五锯产茸量存在一定的差异(P<0.2), BB基因型个体在第五锯的产茸量与AA基因型个体之间有一定的差异(P<0.2)。     

P21WAF1基因单核苷酸多态性和东北地区HPV相关宫颈癌的关系

研究P21WAF1基因单核苷酸多态性与中国东北地区人群HPV阳性宫颈癌风险的关系.以聚合酶链反应-直接测序的方法分析了340例宫颈癌患者标本P21WAF1基因rs1801270和rs3176352多态性,比较不同基因型与宫颈癌风险的关系.rs3176352多态在宫颈癌患者中的分布和正常对照组差异不显著,与宫颈癌风险无关.rs1801270多态在宫颈癌患者中的分布和正常对照组差异显著,宫颈癌患者中C等位基因频率、CC和AC基因型频率明显高于正常对照组(P＜0.05);与携带A等位基因者比较,携带C等位基因者罹患宫颈癌的风险增加1.366 7倍(95％ CI:1.1121～1.6792).P21WAF1基因rs1801270多态C等位基因是东北地区人群宫颈癌遗传易感因素.     

转座子引起的猪ktn1基因结构变异及其与生产性能的关联分析

为探明转座子对猪的ktn1基因及其侧翼区结构变异的贡献,从全基因组测序(WGS)数据库中获取14个猪基因组中的ktn1基因序列和侧翼序列,通过ClustalX多序列比对和RepeatMasker转座子注释,全面解析转座子对ktn1的影响。通过PCR检测到一个SINEA1转座子插入多态,在苏姜猪群体中与相关性状进行关联分析。结果显示,ktn1基因及其侧翼区中含有至少77个转座子片段,其中绝大部分(98.70%)为SINE类转座子,并鉴定到9个小结构变异和4个由转座子引起的大结构变异,表明转座子是基因变异的重要来源。其中一个SINEA1插入多态引起的结构变异,在不同品种中呈现丰富的多态性,且无插入个体(SINE-/-)苏姜猪的断奶窝重((64.20±10.6) kg)比纯合有插入个体(SINE+/+)((74.14±9.0) kg)和杂合有插入个体(SINE+/-)((69.71±7.7) kg)轻(P<0.05),表明基于转座子插入多态研发分子标记具有可行性,提示转座子插入多态分子标记在分子辅助育种中具有较强的应用潜力。     

鸡类胰岛素生长因子-Ⅱ基因单核苷酸多态与生长、屠体性状相关性的研究

以鸡类胰岛素生长因子-Ⅱ（IGF-Ⅱ）基因作为控制鸡生长、屠体性状主基因的侯选基因,以明显肉鸡和丝毛乌骨鸡杂交产生的F2代鸡群为实验材料。通过PCR-RFLP方法对IGF-Ⅱ基因进行多态性检测。在该基因外显子2中发现一处碱基突变,可由内切酶Aci-I酶切证实,但未导致氨基酸改变。对F2鸡群个体进行了基因型鉴定,结果经方差分析显示;该基因对一些生长、屠体性状有显著性影响（如胸角宽、腺胃重、半净膛重等）。表明该基因可能调控鸡生长、屠体性状的表达,或与控制生长、屠体性状的主要因连锁。     

北极狐GHR基因单核苷酸多态性及其与生长性状的相关性分析

文章采用单链构象多态性(PCR-SSCP)和DNA测序的方法检测了北极狐生长激素受体(Growth hormne receptor, GHR)基因的单核苷酸多态性(SNPs), 并针对该群体的特点建立合适的统计分析模型, 对GHR基因多态性与生长性状的相关性进行了分析。结果表明, 在北极狐GHR基因的外显子1和外显子5上发现了4个多态位点, 分别为5′UTR上的G3A和外显子1上的C99T突变, 外显子5上的T59C和G65A突变; GHR基因G3A和C99T多态性与母狐的体重性状显著相关(P<0.05), T59C和G65A多态性与公狐的体重性状显著相关(P<0.05), 与母狐的皮张长度性状极显著相关(P<0.01)。因此, 可以利用以上点突变对北极狐的体重及皮张长度性状进行标记辅助选择研究, 以达到快速选育出快大、优质的北极狐的目的。     

脂蛋白酯酶基因HindⅢ和PvuⅡ位点多态与中国人2型糖尿病的关联及meta分析

目的:探讨脂蛋白脂酶基因HindⅢ(rs320) 和PvuⅡ(rs285)位点多态与中国人2型糖尿病的相关性.方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,对919个湖北地区汉人(包括2型糖尿病患者481人,健康对照438人)脂蛋白脂酶基因内含子6PvuⅡ和内含子8HindⅢ位点多态进行基因分型和关联分析,同时对中国大陆人群的相关研究进行meta分析.结果:HindⅢ和PvuⅡ位点湖北汉族2型糖尿病人和正常人的基因型和等位基因频率均无显著差异.5个研究包括2型糖尿病患者1252例,健康对照1075例的PvuⅡ位点meta分析表明该位点与中国人2型糖尿病无显著相关性(P=0.39);9个研究包括2型糖尿病患者1515例.健康时照1022例的HindⅢ位点meta分析表明该位点与中国人2型糖尿病也无相关性(P=0.14).结论:脂蛋白脂酶基因HindⅢ和PvuⅡ位点多态与中国人2型糖尿病的发生无关.     

鼻咽癌下调新基因NOR1相互作用蛋白的筛选和鉴定

NOR1基因是新的鼻咽癌相关基因,该基因在鼻咽癌细胞系HNE1和鼻咽癌组织中表达下调．在鼻咽癌细胞HNE1中恢复NOR1基因表达抑制了鼻咽癌细胞的生长和增殖能力．为了探讨NOR1基因的生物学功能,以NOR1基因为诱饵运用酵母双杂交技术在人胎脑文库中筛选其交互作用蛋白,挑选阳性克隆,进行DNA序列分析和同源检索,阳性克隆编码7个不同的蛋白质,其中一个阳性克隆编码线粒体ATP合成酶亚基OSCP蛋白．瞬时转染pCMV-myc-NOR1质粒进入鼻咽癌5-8F细胞,通过密度梯度离心法分离线粒体蛋白,Western blot检测表明myc-NOR1蛋白分布于线粒体与胞浆．免疫荧光检测表明在鼻咽正常上皮细胞NP69中内源性NOR1蛋白与线粒体存在明显共定位．随后采用特异性酵母双杂交、免疫荧光共定位、免疫共沉淀技术证实了NOR1与OSCP在线粒体内存在交互作用．提示,NOR1是一个新的线粒体蛋白,可能通过结合OSCP蛋白调控细胞能量代谢,为深入探讨其功能提供了重要线索．     

BRD7单核苷酸多态性及鼻咽癌易感性分析

为了探讨BRD7基因的遗传变异在鼻咽癌发生的作用,采用PCR-SSCP和直接测序方法对BRD7 基因的编码区进行单核苷酸多态性（coding-region single nucleotide polymorphism, cSNP）分析,并对两个鼻咽癌家系的高危成员、57个散发性鼻咽癌病人和50个正常人进行了BRD7等位基因分型.在BRD7基因的编码区发现了3个cSNP（C450T、A538C和A737G）,其中A538C颠换导致其编码蛋白的第162个氨基酸由Asp变为Ala;C450T改变与同义的A737C多态性偶联发生在87.7%的鼻咽癌活检组织和配对的外周血、所有的鼻咽癌家系的患者及8个易感成员,但是仅存在于22%的正常人血标本中.C450T多态性变化可以导致其编码蛋白在第133位氨基酸的翻译终止（G133Ter）.以上结果说明,C450T和A737C偶联的多态性改变是鼻咽癌发生和发展的重要遗传易感风险因子之一（P＜0.01）;BRD7基因有两种翻译方式,G133Ter可以导致另一种截断的翻译本（truncated isoform）.     

4号染色体短臂微卫星多态性与鼻咽癌相关性的研究

鼻咽癌（NPC）是一种多因素复杂疾病。其发病过程涉及EB病毒慢性感染、环境致癌因素及宿主基因之间的相互作用。在这一过程中,那些宿主基因在EB病毒感染及鼻咽癌的发生发展中起了关键作用仍不清楚。 本研究的目的是发现与鼻咽癌发生发展中两个关键步骤相关的遗传变异,即EB病毒持续性感染鼻咽部上皮细胞和鼻咽癌的形成。我们在广西梧州市及苍梧县鼻咽癌高发区收集汉族鼻咽癌患者350例、EB病毒壳抗原IgA抗体阳性者(IgA/VCA+)288例和EB病毒壳抗原IgA抗体阴性者(IgA/VCA-)346例。对先前鼻咽癌家系研究显示的鼻咽癌易感区4号染色体短臂（4p15.1-q12）进行了微卫星精细扫描,在 18 Mb的范围内选择34个微卫星标记,包括319个等位基因,对其进行基因分型。比较分析NPC 组和IgA/VCA+组等位基因频率结果显示,9个等位基因与鼻咽癌呈相关,其中5个为易感等位基因（OR=1.51-5.36, p=0.01-0.03）,4个为限制性等位基因（OR值为0.3-0.71, p值为0.02-0.045）。比较分析IgA/VCA+组和IgA/VCA-组及比较所有IgA/VCA+者（包括NPC患者）和IgA/VCA-者等位基因频率的结果显示,12个等位基因与EB病毒壳抗原IgA抗体持续存在相关,其中3个在两组比较中均呈显著相关。等位基因 D4S3241-136 (p=0.004, OR=1.9, 95%CI=1.2-3.0) 和D4S3347-213 (p=0.001, OR=1.6, 95%CI=1.2-2.1) 可增加EB病毒 IgA/VCA抗体形成的危险,为易感基因;而等位基因D4S174-202 (p=0.001, OR=0.5, 95%CI=0.3-0.7) 可限制IgA/VCA抗体的形成。 但上述结果经多因素比较校正后,均失去相关性。我们的研究结果不能 确定该区域与鼻咽癌的形成相关,而另一个家系研究的结果也未得出相关的结果,但本研究却提供了进一步发现鼻咽癌相关基因的研究模式。有关4号染色体短臂 与EB病毒慢性持续感染及鼻咽癌的形成仍值得进一步深入研究。     

鼻咽癌恶性转化基因Tx核苷酸序列分析

从人类鼻咽癌细胞系CNE2基因组DNA文库中克隆一个恶性转化基因Tx转染小鼠JB6 + 细胞 ,使细胞恶性转化 ,宿主细胞具有停泊非依赖生长的特性 .已经报道的Tx中一个 3 0kb片段(Tx3 0 )的序列分析结果表明 ,Tx包含人类免疫球蛋白κ轻链完整的J区 .进一步对Tx全长进行亚克隆和测序 ,并采用生物信息学方法进行分析表明 ,Tx包含人类Igκ完整的J区、C区基因片段、还有 5个重组信号序列 ,1个核基质结合序列和 1个N segment的插入 .Tx与正常人IgκJ、C区比较只是在某些位点存在碱基的缺失、插入或置换 ,二者同源性高达 98% ,其电子定位于 2p11 2 ,这与人Igκ的染色体定位是一致的 .可以认为 ,Tx是一个缺乏V区的异常的人类免疫球蛋白kappa轻链基因     

UBAP1 基因真核表达载体的构建 及对人鼻咽癌细胞生长的影响

为研究鼻咽癌相关新基因 UBAP1 的功能,探讨其对鼻咽癌细胞生长特性的影响,构建了 UBAP1 真核表达载体并转染到鼻咽癌细胞株 HNE1 中,借助细胞生长曲线、软琼脂集落形成试验、裸鼠接种和流式细胞计数方法对转染细胞的生物学行为进行了检测 . 结果显示, UBAP1 基因转染细胞生长速度明显减慢,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降,裸鼠接种试验显示, UBAP1 基因转染细胞 HNE1 生长速度受到抑制,流式细胞计数分析发现, UBAP1 基因表达升高能延缓细胞由 G0-G1 期进入 S 期 . 因此, UBAP1 基因的表达有助于 HNE1 恶性表型的逆转,初步证明 UBAP1 是一个鼻咽癌相关的抑瘤基因 .     

WIF-1在鼻咽未分化癌中表达的研究

目的 分析WIF-1在鼻咽慢性炎性组织、鼻咽癌中表达的特点,探寻其在鼻咽未分化癌中表达与相关临床资料的关系,以及在鼻咽癌发病机制中的作用.方法 应用免疫组化技术SP法检测65例鼻咽未分化癌鼻咽癌标本、20例鼻咽部慢性炎症中WIF-1的蛋白水平.结果 ① WIF-1在正常鼻咽上皮细胞中存在表达,在鼻咽假复层纤毛柱状上皮的纤毛柱状上皮细胞中呈强阳性表达.其表达呈周期性.② 鼻咽癌标本表达的平均百分数为（31.0±8.0）%,与非癌上皮组织中WIF-1在柱状细胞中全部呈强阳性相比,有显著差异.WIF-1在部分淋巴细胞中表达阳性.在鼻咽癌和淋巴细胞中表达两者无相关性.③ WIF-1在鼻咽未分化癌细胞中的表达与患者的年龄、性别、原发灶大小（T分期）、淋巴转移、远处转移均无关系.结论 WIF-1在正常鼻咽上皮细胞中呈阳性表达;WIF-1在鼻咽未分化癌细胞中出现表达缺少和（或）下调;WIF-1表达缺少和（或）下调的出现可能是鼻咽未分化癌发生的早期事件,WIF-1表达异常可能在鼻咽未分化癌的发病机制中发挥一定作用.     

Association of Proopiomelanocortin Gene Polymorphisms with Obesity in the IRAS Family Study

Proopiomelanocortin (POMC) has been found to be associated with rare Mendelian forms of obesity in children, and, in linkage studies, genomic regions containing the POMC locus have been linked to leptin levels, a predictor of obesity, in white, Mexican‐American, and African‐American families. POMC polymorphisms have not been investigated in detail for association with obesity in the general population. Five single nucleotide polymorphisms (SNPs) (G‐3460C, C17T, G3473A, C3755T, and A7069G) were genotyped on 811 Hispanic individuals in the Insulin Resistance Atherosclerosis Family Study and tested for association with multiple obesity quantitative traits. General and family‐based association analyses for each individual SNP and for haplotypes were performed using the generalized estimating equation and quantitative pedigree disequilibrium test (QPDT), respectively. Modest but consistent associations were observed for SNP C3755T, with p values ranging from 0.011 to 0.045 for association with BMI, waist, visceral adipose tissue, and subcutaneous adipose tissue. G‐3460C, G3473A, and A7069G were also found to be associated with additional obesity measurements (p value 0.025 to 0.04), with comparable levels of evidence observed for linkage disequilibrium between these traits and these SNPs. Results of the haplotype analyses were also consistent with the single SNP analysis, with haplotypes containing C3755T showing the greatest evidence of association (p values ranging 0.004 to 0.048). Monte Carlo simulations (gene dropping) that account for the number of comparisons and the correlation structure indicate that the multivariate significance for these obesity traits with these polymorphisms was p = 0.0091. Collectively, the POMC polymorphisms showed consistent evidence for association with obesity traits in Hispanic Americans across several analytical approaches using SNP and haplotype analysis. These results support the hypothesis that POMC contributes genetically to the development of obesity.