基于nrDNA ITS 序列数据的兰属系统发育关系的初步分析

现存的兰属分类系统是基于宏观形态学性状、尤其是花粉块的数目以及唇瓣与蕊柱的愈合程度而建立的.兰属因此而划分为3个亚属:兰亚属 (subgenus Cymbidium),大花亚属(subgenus Cyperorchis) 和建兰亚属 (subgenus Jensoa).本文运用PCR扩增和直接测序的方法分析兰属 (Cymbidium) 27种、3个栽培品种以及3个外类群的核DNA ITS 区段序列.通过最简约性分析产生的ITS系统发育树表明,兰属的3个亚属均可能为不自然的类群.大花亚属表现为一复系群,兰亚属的冬凤兰 (C.dayanum) 隐藏于其中;建兰亚属为一并系群,它的成员之一兔耳兰 (C.lancifolium) 偏离出去而成为兰属一最基部的分支;兰亚属为一复系群,它分为几支而分别与另两个亚属组合在一起.由于兰属ITS序列位点变异率较低,最简约性分析产生的几支主要分支均得不到Bootstrap分析的高度支持,各亚属内组之间的关系也不明确.研究兰属的系统发育关系还需要新的数据.     

基于nrDNAITS序列数据的兰属系统发育关系的初步分析(英)

现存的兰属分类系统是基于宏观形态学性状、尤其是花粉块的数目以及唇瓣与蕊柱的愈合程度而建立的。兰属因此而划分为 3个亚属 :兰亚属 (subgenusCymbidium) ,大花亚属 (subgenusCyperorchis)和建兰亚属 (subgenusJensoa)。本文运用PCR扩增和直接测序的方法分析兰属 (Cymbidium) 2 7种、3个栽培品种以及 3个外类群的核DNAITS区段序列。通过最简约性分析产生的ITS系统发育树表明 ,兰属的 3个亚属均可能为不自然的类群。大花亚属表现为一复系群 ,兰亚属的冬凤兰 (C .dayanum )隐藏于其中 ;建兰亚属为一并系群 ,它的成员之一兔耳兰(C .lancifolium)偏离出去而成为兰属一最基部的分支 ;兰亚属为一复系群 ,它分为几支而分别与另两个亚属组合在一起。由于兰属ITS序列位点变异率较低 ,最简约性分析产生的几支主要分支均得不到Bootstrap分析的高度支持 ,各亚属内组之间的关系也不明确。研究兰属的系统发育关系还需要新的数据。     

中国紫金牛属的分支分类学研究

基于60个形态学性状,对中国广义报春花科（Primulaceae s.l.）紫金牛属（Ardisia）90个分类群的系统发育关系运用分支分析方法进行了分析。采用最简约性分析得到了100个同等简约树。50%多数规则一致树的分支结构与以前建立的紫金牛亚属划分系统基本一致。外类群酸藤子属、铁仔属、密花树属聚在分支树的最基部,紫金牛属为一单系类群。形态分支树的一致性指数和保持性指数和各分支内部支持率均较低,只在种与变种或亚种之间获得较高的支持率。高木亚属、腋序亚属、短序亚属、顶序亚属处于分支树较为基部的位置,推测这四个亚属的类群在紫金牛属中较为原始;圆齿亚属和锯齿亚属共同组成一大支,二者亲缘关系紧密,推测这两个亚属为该属中最为进化的类群。结合形态学对属内系统发育关系进行了讨论和推测了一些性状的演化趋势,以期为分类修订提供依据。     

基于ITS序列对中国簇毛黄耆亚属（黄耆属）系统学问题的初步研究

测定了簇毛黄耆亚属（Pogonophace)4组8种和外类群Caragana roborovskyi的ITS序列,从GenBank中调出相关12属47种的ITS序列,组成数据距阵,应用PAUP程序中的最大简约法构建了系统发育树状图。扁荚组（Sect.Sesbanella)与亚属其余类群在系统树上处于不同的分支,亲缘关系较远这个亚属不是一个单系类群;膨果组（Sect.Bibracteola)。背扁组（Sect.Phyllolobium)和袋果组（Sect.Trichostylus)作为一个单系类群能得到ITS序列的支持,但与分组以及膨果组下系的划分都得不到ITS序列分析的支持。     

珍珠菜属系统发育关系的初步研究

本文运用形态学性状对珍珠菜属（Lysimachia)进行系统发育分析。内类群包括珍珠菜属29个代表种以及珍珠菜族其它单种、寡种属;仙客来属（Cylclamen)被选作外类群。最简约性分析表明,珍珠菜属并不构成－自然分类群;在其严格一致化树的二岐分支中,异花珍珠菜（L.crispidens)单独构成一支,其它所有内类群构成一支。香草亚属（subgen.Idiophyton)、木黄连花亚属（subgne.Lysimachiopsis)以及珍珠菜亚属（subgen.palladia)均表现为单系群,而黄连花亚属（subgen.Lysimachia)则为一异形的并系群。球尾花亚属（subgen.Naumburgia)仍“内藏”于珍珠菜属的主体之中。而喉鳞花亚属（subgen.Seleucia)则偏离出来而与七瓣莲属（Trien talis)构成姐妹群。如何准确地界定珍珠菜属和进行属下分类群的划分,还需进一步研究。     

基于ITS序列探讨杜鹃属的亚属和组间系统关系

首次报道了15种杜鹃属(Rhododendron)植物、1种杜香属(Ledum)植物和Cassiope fastigiata的内转录间隔区(ITS) (包括5.8S)序列.加上从GenBank下载的13种杜鹃属植物和Bajiaria racemosa的ITS序列,以C. fastigiata和B. racemosa为外类群,用最大简约法对杜鹃属的亚属和组间的系统关系进行了分析.结果表明: 1)杜鹃属是一个单系类群,叶状苞亚属为杜鹃属的基部类群; 2)杜香属确应归并到杜鹃属中,且与有鳞杜鹃亚属有较近的亲缘关系; 3)有鳞杜鹃亚属和杜香构成一个单系分支,该分支是其余无鳞杜鹃花的姐妹群; 4)由无鳞杜鹃花组成的一个分支的内部支持率较低,其中常绿杜鹃亚属和映山红亚属均为内部支持率很高的单系类群,而羊踯躅亚属和马银花亚属均为多系类群; 5)在马银花亚属中,长蕊杜鹃组和马银花组均分别得到强烈支持,马银花组与异蕊杜鹃亚属可能构成姐妹群关系,异蕊杜鹃亚属和马银花组组成的一个分支可能与映山红亚属构成姐妹群关系.     

基于ITS序列探讨杜鹃属的亚属和组间系统关系

首次报道了 15种杜鹃属 (Rhododendron)植物、1种杜香属 (Ledum)植物和Cassiopefastigiata的内转录间隔区(ITS) (包括 5 .8S)序列。加上从GenBank下载的 13种杜鹃属植物和Bajiariaracemosa的ITS序列 ,以C .fastigiata和B .racemosa为外类群 ,用最大简约法对杜鹃属的亚属和组间的系统关系进行了分析。结果表明 :1)杜鹃属是一个单系类群 ,叶状苞亚属为杜鹃属的基部类群 ;2 )杜香属确应归并到杜鹃属中 ,且与有鳞杜鹃亚属有较近的亲缘关系 ;3)有鳞杜鹃亚属和杜香构成一个单系分支 ,该分支是其余无鳞杜鹃花的姐妹群 ;4 )由无鳞杜鹃花组成的一个分支的内部支持率较低 ,其中常绿杜鹃亚属和映山红亚属均为内部支持率很高的单系类群 ,而羊踯躅亚属和马银花亚属均为多系类群 ;5 )在马银花亚属中 ,长蕊杜鹃组和马银花组均分别得到强烈支持 ,马银花组与异蕊杜鹃亚属可能构成姐妹群关系 ,异蕊杜鹃亚属和马银花组组成的一个分支可能与映山红亚属构成姐妹群关系。     

基于ITS序列对中国簇毛黄耆亚属(黄耆属)系统学问题的初步研究

测定了簇毛黄耆亚属(Pogonophace)4组8种和外类群Caragana roborovskyi的ITS序列,从GenBank中调出相关12属47种的ITS序列,组成数据距阵,应用PAUP程序中的最大简约法构建了系统发育树状图.扁荚组(Sect. Sesbanella)与亚属其余类群在系统树上处于不同的分支,亲缘关系较远,这个亚属不是一个单系类群;膨果组(Sect. Bibracteola),背扁组(Sect. Phyllolobium)和袋果组(Sect. Trichostylus)作为一个单系类群能得到ITS序列的支持,但与鱼鳔槐亚族比与黄耆属其他类群的关系更近; Astragatus complanatus和A. tribulifolius可能为一对替代种;亚属下的分组以及膨果组下系的划分都得不到ITS序列分析的支持.     

紫乌头复合体nrDNA的ITS序列与系统发育分析

对乌头属 Aconitum L. 27个类群的nrDNA ITS序列进行了简约法与邻接法分析,两种方法得到的系统发育树基本一致。乌头亚属subgen. Aconitum 的蔓乌头系 ser. Volubilia 不是一个单系类群,显柱乌头系 ser. Stylosa 与兴安乌头系ser. Ambigua 各自作为单系类群也没有得到支持。特产于云南西北部横断山区的一些种之间存在非常近的系统发育关系,说明这些种可能是近期物种形成的产物。紫乌头 A. delavayi 复合体的不同类群在系统发育树上位     

柳属的分支系统学分析

基于61个广义的形态学性状,以杨属为外类群对柳属进行了分支系统学分析.经简约性分析,得到了21个同等简约的分支树,其严格一致树支持柳属为一个自然的分类群,但不支持将钻天柳属和心叶柳属从柳属中划分出去独立成属,也不支持对柳属进行属级水平上的细分,后两个结果得到孢粉学和分子系统学研究的支持.柳亚属为一个单系分支,皱纹柳亚属和黄花柳亚属也形成了一个单系分支.根据本研究的结果,建议将柳属划分为钻天柳亚属、柳亚属及黄花柳亚属3个亚属.由于较低的靴带支持率,其系统发育关系难于探讨.鉴于分支分析的一致性指数、保持性指数、各分支内部的支持率均不高,柳属的属下分类系统的划分有待进一步的研究.     

睡莲科的系统发育:核糖体DNA ITS区序列证据

以金鱼藻Ceratophyllum demersum为外类群,使用PAUP4.0b4A软件对睡莲科Nymphaeaceae植物7属11个代表种的ITS区序列进行了系统发育分析。采用最大简约法分析获得了3个最简约树,步长为1125,一致性指数(CI)和维持性指数(RI)值分别为0.7618和0.7214。利用3个最简约树获取严格一致树。结果表明:(1)莲属Nelumbo位于系统树的基部,自展支持率为100%,可从睡莲科中独立出来成立莲科Nelumbonaceae和莲目Nelumbonales;(2)萍蓬草属Nuphar是一单系类群,位于分支Ⅱ的基部,并和睡莲科其他属(不包括莲属)植物聚在一起构成姐妹群,故萍蓬草属仍应置于睡莲科中;(3)水盾草属Cabomba和莼菜属Brasenia聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为99%,说明这两属之间亲缘关系较近;(4)睡莲属和芡实属Euryale、王莲属Victoria聚成一小支并构成姐妹群,自展支持率为94%,说明三者亲缘关系较近,仍应置于睡莲科中。     

基于广义形态学性状对木通科的分支系统学分析

基于43个广义的形态学性状,对木通科进行了分支系统学分析。经过简约性分析,得到了68个同等简约的分支树。50％多数规则一致树的分支结构与以前建立的族划分系统基本一致。外类群大血藤属与木通科的勃奎拉藤属形成姐妹群,与以前的分支分析结果一致,但在分子系统发育树中,大血藤属却是整个木通科的姐妹群;除此之外,形态分支树的结构与分子树的结构差别不大,但一致性指数、保持性指数和各分支内部支持率均较低。单型的猫儿屎族和串果藤族位于分支树的基部,拉氏藤族与木通族是姐妹群,在木通族内,长萼木通属和木通属是姐妹群,作为一个分支;另一分支是PHS（牛藤果属、八月瓜属和野木瓜属）复合群,牛藤果属位于八月瓜属和野木瓜属各类群的基部。但八月瓜属和野木瓜属的属内系统发育关系仍有待进一步研究。     

利用RAPD 技术分析云南兰属部分种的种间关系

采用RAPD 技术对云南兰属的11 个种和3 个变种中的39 个样本进行了相似性分析。在相似系数0. 58 水平上, 大花亚属的虎头兰、西藏虎头兰、长叶兰和碧玉兰聚为一支; 建兰亚属的寒兰、墨兰、蜜蜂兰、蕙兰、春兰、豆瓣兰、春剑、莲瓣兰和送春聚为另一支, 兔耳兰与大花亚属关系更近。春剑和莲瓣兰相似性更高, 它们与春兰的关系较远, 不支持送春作为蕙兰下的变种。这些结果可为开展兰属育种提供重要参考价值。     

利用RAPD技术分析云南兰属部分种的种间关系

采用RAPD技术对云南兰属的11个种和3个变种中的39个样本进行了相似性分析。在相似系数0．58水平上,大花亚属的虎头兰、西藏虎头兰、长叶兰和碧玉兰聚为一支;建兰亚属的寒兰、墨兰、蜜蜂兰、蕙兰、春兰、豆瓣兰、春剑、莲瓣兰和送春聚为另一支,兔耳兰与大花亚属关系更近。春剑和莲瓣兰相似性更高,它们与春兰的关系较远,不支持送春作为蕙兰下的变种。这些结果可为开展兰属育种提供重要参考价值。     

基于ITS序列分析探讨杜鹃属映山红亚属的组间关系

以叶状苞亚属的叶状苞杜鹃为外类群,以杜鹃属映山红亚属（subg.Tsutsusi)2组12种杜鹃和羊踯躅亚属（subg.Pentanthera）3种4种杜鹃的ITS区（包括5.8S rDNA)的序列了系统学分析。3个亚属的ITS区序长度范围为642－645bp。排序后ITS区的序列长度为653个位点,gap做缺失处理时,变异位点和信息位点分别占6．58％和3．68％。运用PAUP4．0软件分析,获得15个最简树,步长为75,一致性指数（CI）和维持性指数（RI）值分别为0．9333和0．9515,利用15个最简约树获取严格一致树,结果表明：1）映山红亚属为一单系类群,其内部支持率为81％;2）不支持将R.ashiroi独立成假映山红组,也不支持将R.tashiroi并入映山红组,而支持将R.tashiroi并入轮生叶组中的观点;3）支持将R.tsusiophyllum并入映山红组中的观点;4）大字杜鹃的系统位置还需进一步的研究。     

基于细胞核rDNA ITS片段的水青冈属的分子系统发育

对山毛榉科水青冈属6种、1亚种、1栽培变种的ITS区片段进行了测序和分析,并对其中2个具有ITS序列多态性的分类群进行了ITS区克隆。水青冈属ITS系统发育树聚成两支,位于基部的是分布于北美的大叶水青冈,另一分支则包括了欧洲和东亚的类群。在欧洲和东亚分支中,又包括两支,其中日本北部的波叶水青冈位于基部,台湾水青冈和欧亚大陆的水青冈形成另外一支。ITS区分析与现行的水青冈属基于形态学性状的属下分类系统有一定差异,而与本属现存物种的地理分布格局较为一致。各类群间TIS区序列差异较小,显示属内现存物种的分化时间不是太长。     

基于ITS序列探讨忍冬属的系统发育关系

以七子花(Heptacodium miconioides)为外类群,运用MEGA软件对20种忍冬属植物进行系统发育分析,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发育树,从分子系统学角度探讨忍冬属下的亲缘关系.结果表明:(1)在NJ和MP系统树中,没有形成系统树的基部分支,忍冬亚属(Subg.Chamaecerasus)和轮花亚属(Subg.Lonicera)没有形成姐妹群关系.(2)在各系统树中,囊管组内的各种没有聚为一支,故认为对囊管组的划分应进一步探讨.(3)忍冬属ITS区(ITS1+ITS2)的信息位点达到11.0%,信息位点比较丰富,证明ITS序列可以为解决忍冬属植物的系统发育问题提供较强的证据.     

以礼草属系统发育的分析

基于分支系统学的原理和方法。对禾本科以礼草属进行了系统发育分析,以礼草属是个单系在群,它的３２个外部性状选作极性分析。鹅观草属中的肃草作为外类群,采用ＰＡＵＰ程序对矩阵进行运算,获得了１个最简约的谱系分支图。在分支图上,以民礼草属２６个种可以归为３个组,但不适合于划分系,３个组中各组包含的种数分别与传统分类的３个组基本吻合,从而支持了传统分类的结果。同时,分支图还展示了各个类群间的亲缘演化关系,其     

基于叶绿体rps16基因和核基因ITS片段研究肉苁蓉属系统位置

在前人对列当科系统发育研究的基础上,追加了肉苁蓉属(Cistanche)的基因序列数据,运用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推断方法探讨了其在列当科中的系统位置及列当科中属间关系.基于rps16基因序列及rps16+ ITS联合序列建立了列当科系统发育树,结果显示,肉苁蓉属、列当属(Orobanche)以及草苁蓉属(Boschniakia)聚在同一进化枝内,肉苁蓉属和列当属表现出最近亲缘关系;列当科中的全寄生类群、半寄生类群和非寄生类群分属在3个不同分支中.     

中国锦鸡儿属的分子系统发育

测定了中国锦鸡儿属Caragana各属下分类群20个代表种的ITS、trnL-F和trnS-G序列.基于3种DNA片段的单独分析所获得的系统发育树具有相似的拓扑结构;3种片段的合并分析提高了各分支的支持度,并获得了相似的系统发育树.落轴亚属subgen.Caragana的种类构成了一个在系统树上首先分化出来的单系分支,与形态特征和地理分布的研究一致.短齿系ser. Occidentales和长齿系ser. Bracteolatae的代表种构成了1个单独的分支,因此短齿系应被放入长齿系所属刺叶组sect.Longspina 而不是针刺组sect.Spinosae或sect.Pruinosa.分子系统学证据支持依据叶片宽窄在掌叶组sect.Frutescentes中再划分2个系的形态学研究结论;但Ser.Dasyphyllae和针刺系ser.Spinosae的亲缘关系较近,系统发育分析的结果似乎不支持在针刺组中单独划分2个系.宿轴类的物种聚成一个单系的分支,因此应被处理为一个组--鬼箭组sect.Jubatae;荚果里面被毛和无毛的种类各自构成2个小支,支持依据该特征在组下分系.系统树显示Sanczir定义的sect.Tragacanthoides然为多系类群,应将该组中所包含的刺叶组、针刺组、和鬼箭组的种类划分出来.基于ITS的遗传距离表明卷叶锦鸡儿C. ordosica与藏锦鸡儿C, tibetica应该是2个不同的种.