XPA及XPG基因多态性与晚期非小细胞肺癌铂类药物化疗疗效及预后的关系

目的：研究DNA修复基因XPAA23G及XPGC46T位点基因多态性与晚期非小细胞肺癌铂类化疗疗效及预后的关系。方法：经病理学确诊的晚期非小细胞肺癌患者89例,化疗前提取其外周血DNA,用DNA测序技术检测XPA、XPG基因型,所有患者均接受2-4个周期铂类药物为基础的化疗。结果：1）89例患者中,携带XPA23A/A及A/G＋G/G基因型的化疗有效率分别为47.5%和24.5%,差异有统计学意义（x2=5.137,P=0.023）;携带XPG46C/C及C/T＋T/T基因型的患者治疗有效率分别为47.6%、23.4%,二者间也有统计学差异（x2=5.729,P=0.017）,联合分析显示A/A及C/C型化疗有效率最高,达63.0%,而A/A及C/T＋T/T型最低,仅15.4%,四组间有显著统计学差异（x2=14.080,P=0.003）。2）89例患者中位TTP为7个月,XPA23A/A基因型中位TTP为11个月,A/G＋G/G基因型为6个月,两者比较差异有显著性（x2=44.640,P〈0.01）;XPG46C/C基因型中位TTP为10个月,C/T＋T/T基因型为6个月,两者也有统计学差异（x2=32.236,P〈0.01）。联合分析显示,XPAA/A＋XPGC/C型中位TTP最长,达到11个月,而A/G＋G/G及C/T＋T/T基因型最短,仅有4个月,四组间差异有显著统计学意义（x2=59.295,P〈0.01）。结论：XPAA23G及XPGC46T单核苷酸多态性可单独及联合用于预测晚期NSCLC病人对铂类药物的化疗疗效及TTP,初步提示可以根据患者基因型来指导个体化治疗。     

拟南芥细胞死亡突变体mod1突变座位的精细物理图谱构建

拟南芥细胞死亡突变体mod1突变位点位于第2染色体分子标记IGS1和mi421之间. 以这一区域YAC重叠群中的YAC克隆末端DNA片段CIC9A3R, CIC11C7L, CIC2G5R及RFLP分子标记克隆CDs3为探针筛选TAMU BAC文库, 获得31个阳性BAC克隆. 用BAC克隆的末端DNA片段杂交所有阳性BAC克隆, 确立了由T6P5, T7M23, T12A21, T8L6及T18A18等克隆组成的MOD1基因所在区域的BAC重叠群. 同时在这一区域发展出11个CAPS分子标记和12个STS序标, 为MOD1基因的图位克隆与鉴定分析及这一区域的全序列测定奠定了基础.     

我国常见乙型肝炎病毒基因型与基本核心启动子及前C区突变关系的初步研究

收集81份HBV DNA阳性血清标本,经PCR扩增和序列测定确定其中有50份属于基因型C,31份属于基因型B;C基因型的基本核心启动子BCP T1762/A1764的突变率(38%)明显高于B基因型(12.9%,P<0.05);前C区A1896的突变在B、C两基因型间无显著性差异,B基因型为9.7%,C基因型为12%,P>0.05;HBeAg的表达与否与BCP双突变或前C区A1896突变均无明显相关性。经定量PCR检测证明,HBeAg阳性组中的HBV DNA含量明显高于抗-HBe阳性组,P<0.05。组内BCP双突变株和野生株及前C1896突变株和野生株的HBV DNA含量无显著性差异。     

XPA 及XPG 基因多态性与晚期非小细胞肺癌铂类药物化疗疗效及 预后的关系

目的:研究DNA修复基因XPAA23G及XPGC46T位点基因多态性与晚期非小细胞肺癌铂类化疗疗效及预后的关系。方法:经病理学确诊的晚期非小细胞肺癌患者89例,化疗前提取其外周血DNA,用DNA测序技术检测XPA、XPG基因型,所有患者均接受2-4个周期铂类药物为基础的化疗。结果:1)89例患者中,携带XPA23A/A及A/G+G/G基因型的化疗有效率分别为47.5%和24.5%,差异有统计学意义(x2=5.137,P=0.023);携带XPG46C/C及C/T+T/T基因型的患者治疗有效率分别为47.6%、23.4%,二者间也有统计学差异(x2=5.729,P=0.017),联合分析显示A/A及C/C型化疗有效率最高,达63.0%,而A/A及C/T+T/T型最低,仅15.4%,四组间有显著统计学差异(x2=14.080,P=0.003)。2)89例患者中位TTP为7个月,XPA23A/A基因型中位TTP为11个月,A/G+G/G基因型为6个月,两者比较差异有显著性(x2=44.640,P<0.01);XPG46C/C基因型中位TTP为10个月,C/T+T/T基因型为6个月,两者也有统计学差异(x2=32.236,P<0.01)。联合分析显示,XPAA/A+XPGC/C型中位TTP最长,达到11个月,而A/G+G/G及C/T+T/T基因型最短,仅有4个月,四组间差异有显著统计学意义(x2=59.295,P<0.01)。结论:XPAA23G及XPGC46T单核苷酸多态性可单独及联合用于预测晚期NSCLC病人对铂类药物的化疗疗效及TTP,初步提示可以根据患者基因型来指导个体化治疗。     

应用SELEX技术检测水稻RFL转录因子的DNA结合位点

FLORICAULA/LEAFY是植物特有的转录因子,其可以通过调控下游基因的表达对植物的发育起到调控作用。水稻(Oryza sativa)中的同源基因RFL(Rice FLORICAULA/LEAFY)能够调控多个发育过程,包括开花、叶间期以及枝梗和颖花分化。指数富集配体的系统进化(SELEX)技术已经被广泛应用于体外筛选转录因子的DNA结合位点。应用SELEX技术检测水稻RFL的DNA结合序列,经过7次PCR循环富集过程获得结合特异序列,通过测序和MEME分析,鉴定到RFL的DNA结合序列为(C/A)(C/T)NN(T/C/A)G(G/T)。实验结果为进一步阐明RFL分子功能奠定了基础。     

错配修复系统hMSH2基因IVS12（-6）T〉C多态及饮食习惯与结直肠癌的易感性

目的：研究江苏省结直肠癌发病与hMSH2基因IVS12（-6）T〉C多态及饮食习惯的相关性。方法：对江苏省金坛、泰兴和淮安地区近2年来新发结直肠癌患者共计108例以及配对180例健康体检者的饮食等生活习惯因素进行调查,提取外周血DNA,应用PCR-DHPLC和DNA序列分析的方法,采用病例对照研究结合现场收集的流行病学资料统计分hMSH2基因IVS12（-6）T〉C与结直肠癌发病的关系。结果：hMSH2基因IVS12（-6）T〉C在家族性结直肠癌患者中检出率较高,且与散发性结直肠癌病例之间差异有统计学意义（P〈0.05）,在喜食油炸和腌渍食物组,hMSH2基因IVS12（-6）T〉CC突变与正常人群之间也存在明显的统计学差异（P〈0.05）。结论：hMSH2基因IVS12（-6）T〉C突变,通过遗传性和后天获得性等多重因素影响,使得该突变的携带者有更高的结直肠癌发病风险。     

XPG基因多态性与奥沙利铂治疗晚期胃癌疗效相关性的研究

目的:研究人着色性干皮病G组(XPG)C46T与奥沙利铂治疗晚期胃癌敏感性的关系.方法:用REAL-TIMEPCR技术检测92例晚期胃癌患者外周静脉血DNA的XPG基因的单核苷多态性(SNP)分型.比较三种基因型与奥沙利铂化疗后患者的2周期化疗临床疗效、中位疾病进展时间(TTP)的关系.结果:92例患者的C/C、T/T、C/T基因型分别为51.09%(47/92)、38.04%(35/92)、10.87%(10/92),C/C与T/T+C/T基因型2周期临床获益率和中位TTP分别为76.59%、6个月和53.33%、4个月,C/C基因型的临床获益率和中位TTP均优于T/T+C/T基因型.结论:XPG基因多态性与奥沙利铂疗效之间存在相关性,其检测结果可以指导胃癌选择奥沙利铂化疗.     

IL-10基因多态性与子宫内膜异位症易感性的相关性研究

目的:探究白细胞介素-10(IL-10)基因多态性与子宫内膜异位症(EMs)易感性的相关性。方法:选取87例经病理组织学证实为EMs患者,对照组为100例健康女性,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析方法,对两组妇女IL-10-1082、-819和-592位点的基因行多态性分析。结果:与对照组相比,EMs组-1082G/A位点等位基因及基因频率无差异(P0.05),-819 T/C和-592A/C位点等位基因或基因型频率较高(P0.05);与Ⅰ-Ⅱ期EMs患者相比,Ⅲ-Ⅳ期EMs患者-819T/C和-592A/C位点等位基因或基因型频率显著较高(P0.01)。结论:IL-10基因在-819T/C以及-592A/C位点的多态性与EMs的易感性有显著相关性。     

植物WRKY转录因子结构特点及其生物学功能

WRKY转录因子是近年来在植物中发现的N-端含有WRKYGQK高度保守氨基酸序列的新型转录调控因子, 它能够与(T)(T)TGAC(C/T)序列(W-box)发生特异性作用, 调节启动子中含W-box元件的调节基因和/或功能基因的表达, 从而参与植物的各种防卫反应, 调节植物的生长发育等。文章主要论述了植物WRKY转录因子的基本结构及其生物学功能。     

NIDDM新候选基因KCNA7的cSNP在东北人群中的分布及意义

为研究NIDDM新候选基因KCNA7的cSNP在东北人群中的分布及意义,本实验采用PCR-RFLP技术检测了97例NIDDM患者、141例健康对照者KCNA7基因418M（C/T）多态;并利用SSCP技术筛查了该位点附近其他未知SNP。发现CNA7 基因T418M（C/T）基因型频率在正常人群中分布符合Hardy-Weinberg平衡,基因频率和基因型频率在NIDDM组和正常对照组中分布无显著性差异（P＞0.05）;NIDDM组和正常对照组中各基因型间临床生化指标无显著性差异;该位点附近尚未发现其他SNP。结果提示,T418M（C/T）仅为KCNA7基因多态性标志,但不排除KCNA7基因其余结构变异与NIDDM存在相关性的可能。     

水稻WRKY转录调控因子研究进展

WRKY转录调控因子是植物中最大的转录调控因子家族之一,包含1或2个大约由60个氨基酸残基组成的高度保守的WRKY结构域。WRKY结构域的N端有严格保守的WRKYGQK氨基酸序列,其C端有锌指结构模型Cys(2)-His(2)或Cys(2)-His Cys。WRKY转录调控因子与靶基因启动子区域的DNA序列(T)TGAC(C/T)(W盒)特异性结合,调节目的基因的表达,在调控植物生长发育、物质代谢、抗病耐逆及氧化衰老过程中起重要作用。我们就有关水稻WRKY转录调控因子的结构分类及其生物学功能的研究进展做简要综述。     

线粒体DNA聚合酶的起源研究

随着新的DNA聚合酶A家族成员的加入,家族内部的系统发育关系需要重新检查。分析显示：在真核生物演化的不同阶段,线粒体DNA聚合酶基因可能通过水平基因转移方式起源于不同类群的生物。原始真核生物线粒体DNA聚合酶基因可能来源于细菌,植物线粒体DNA聚合酶基因可能从质粒获得,而真菌和动物线粒体DNA聚合酶基因可能起源于T3/T7相关噬菌体。     

一种改良的植物基因组DNA通用提取方法

高质量的基因组DNA是分子生物学研究的基础,而从富含糖类和次生代谢物且异质性强的植物材料中分离DNA相对困难。本方法在CTAB法和商业DNA提取试剂盒的基础上,在裂解细胞之前,对植物材料进行预处理．去除干扰DNA提取的代谢物,并在后续步骤中进行了一些优化。该方法适于多种不同的植物种类,所提取的基因组DNA质量较好,能满足下一步基因操作的要求,是一种通用的植物基因组DNA提取方法。     

重组hIL-12病毒在Sf9细胞传代中遗传稳定性的研究

将含重组白细胞介素12(hIL-12)的杆状病毒(Ac-hIL12)经空斑纯化后,在草地贪夜蛾Sf9细胞中进行连续无稀释传代到P55代,收集被P15、P25、P35、P45、P55代重组病毒感染的细胞,抽提胞内病毒(ICV)DNA.根据重组病毒构建的原理,在P35 cDNA和P40 cDNA的3′末段设计一对引物进行PCR,扩增出了包括P35 cDNA、Polyhedrin启动子、P10启动子和P40 cDNA序列在内的全长约2.0kb片段,克隆至T Vector进行序列测定后发现,在第P15、P25和P35代所扩增出的序列没有发生任何突变.但在P45代,P35cDNA中就有3个碱基发生了点突变(461T→C,517A→G以及630C→T),Polyhedrin启动子的+1位后插入了一个碱基T,P40 cDNA与P10启动子区(230bp)没有变化;而第P55代除了以上碱基突变以外,P10启动子区-168位的G替换突变为T, -136与-135位之间插入一个碱基T,以及-122位缺失一个碱基T.以上结果表明杆状病毒在体外细胞连续传代过程中可导致外源基因本身的突变.     

应用基因芯片技术检测非综合征型耳聋基因突变

目的:应用遗传性耳聋基因芯片对散发性聋患者进行分子病因学检测,评估其在遗传性耳聋快速基因诊断中的可靠性。方法:门诊收集散发性聋患者10例,取外周血,提取基因组DNA,用遗传性耳聋基因芯片检测4个中国人中常见的耳聋相关基因中的9个热点突变,包括GJB2(35delG、176del16bp、235delC及299delAT)、GJB3(C538T)、SLC26A4(IVS7-2AG、A2168G)和线粒体DNA 12S rRNA(A1555G、C1494T)。同时,PCR扩增GJB2、线粒体12S rRNA基因全序列,DNA测序,以验证基因芯片检测结果的准确性。结果:在10名耳聋患者中,基因芯片方法检出1例携带线粒体DNA 12S rRNA C1494T突变;2例GJB2基因235delC纯合突变;2例235delC杂合突变;SLC26A4基因和GJB3基因未检出突变。基因芯片的结果与测序结果完全一致。结论:遗传性耳聋基因芯片技术对中国人常见耳聋相关基因热点突变的检出率高,结果准确、可靠,具有快速、高通量、高准确性、低成本等特点,能够满足临床耳聋基因检测的要求,同时结合产前诊断技术能有效预防耳聋患儿的出生,因而具有广阔的临床应用前景。     

血管内皮生长因子基因3＇UTR不同基因型载体的构建与鉴定

目的：构建含SNP位点的血管内皮生长因子（VEGF）基因3＇UTR的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3＇UTR的单核苷酸多态性（SNP）影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法：以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌症病人血液DNA为模板,扩增出两位点为C/C单体型、长度为1448 bp的VEGF基因3＇UTR目的片段,测序验证后将其克隆至pMIR-REPORT荧光素酶报告基因载体上,得到重组质粒pMIR-C/C。同时,我们以pMIR-C/C为模板定点突变两个SNP位点,得到具有T/T单体型的重组质粒pMIR-T/T。将各重组质粒转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性克隆后提取质粒进行双酶切鉴定及DNA测序鉴定。结果：单菌落质粒测序验证显示带有C/C单体型的VEGF基因3＇UTR重组质粒pMIR-C/C构建成功;经两次定点突变,成功将pMIR-C/C质粒转变为pMIR-T/T,经测序验证未引入任何其他突变。同时生物信息学预测还显示rs3025040位点位于miR-199a/b与VEGF基因mRNA的结合位置,其改变可以影响miRNA与mRNA的结合效率。结论：本研究成功构建了含有两个连锁SNP的VEGF基因3＇UTR的荧光素酶报告基因载体,为今后VEGF基因3＇UTR的功能研究奠定基础。     

血管内皮生长因子基因3'UTR 不同基因型载体的构建与鉴定

目的:构建含SNP位点的血管内皮生长因子(VEGF)基因3’UTR的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3’UTR的单核苷酸多态性(SNP)影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法:以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌症病人血液DNA为模板,扩增出两位点为C/C单体型、长度为1448 bp的VEGF基因3’UTR目的片段,测序验证后将其克隆至pMIR-REPORT荧光素酶报告基因载体上,得到重组质粒pMIR-C/C。同时,我们以pMIR-C/C为模板定点突变两个SNP位点,得到具有T/T单体型的重组质粒pMIR-T/T。将各重组质粒转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性克隆后提取质粒进行双酶切鉴定及DNA测序鉴定。结果:单菌落质粒测序验证显示带有C/C单体型的VEGF基因3’UTR重组质粒pMIR-C/C构建成功;经两次定点突变,成功将pMIR-C/C质粒转变为pMIR-T/T,经测序验证未引入任何其他突变。同时生物信息学预测还显示rs3025040位点位于miR-199a/b与VEGF基因mRNA的结合位置,其改变可以影响miRNA与mRNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含有两个连锁SNP的VEGF基因3’UTR的荧光素酶报告基因载体,为今后VEGF基因3’UTR的功能研究奠定基础。     

白介素-10-819 C/C和肿瘤坏死因子-α-1031 C/C/基因型与胃十二指肠疾病易感性的关系

目的分析人群中IL-10-819 C/C和TNF-α-1031 C/C基因型与胃十二指肠疾病的关系,确定携带以上该基因型的的人群罹患胃十二指肠疾病易感性的风险性。为临床诊断和预防这些疾病提供新的思路和方法。方法选取H.pylori阳性的48例慢性胃炎患者,46例十二指肠溃疡患者,51例胃溃疡患者,43例胃癌患者和100例健康对照者,2种基因型分别采用普通PCR和多重引物特异PCR法检测。结果在胃炎组中TNF-A-1031各基因型的频率(T/T,50%;T/C,40%;C/C,10%)与对照组(T/T,73%;T/C,25%;C/C,2%)比较,分布差异有统计学意义(χ2=9.975,P0.05)。在胃溃疡组中TNF-A-1031各基因型的频率(T/T,49%;T/C,43%;C/C,8%)与对照组(T/T,73%;T/C,25%;C/C,2%)比较,分布差异有统计学意义(χ2=9.464,P0.001)。在十二指肠溃疡组中TNF-A-1031各基因型的频率(T/T,72%;T/C,26%;C/C,2%)与对照组(T/T,73%;T/C,25%;C/C,2%)比较,分布差异有统计学意义(χ2=9.840,P0.05)。在胃癌组中TNF-A-1031各基因型的频率(T/T,50%;T/C,41%;C/C,9%)与对照组(T/T,73%;T/C,25%;C/C,2%)比较,分布差异有统计学意义(χ2=9.335,P0.001);Logistic回归分析与携带TNF-A-1031 T/T者比较,携带TNF-A-1031 C/C者发生胃炎的危险性为OR=7.60(95%CI:1.38-41.77);与携带TNF-A-1031 T/T者比较,携带TNF-A-1031 C/C者发生胃溃疡的危险性为OR=5.84(95%CI:1.00-33.84);与携带TNF-A-1031 T/T者比较,携带TNF-A-1031 C/C者发生十二指肠溃疡的危险性为OR=7.94(95%CI:1.44-43.67);与携带TNF-A-1031 T/T者比较,携带TNF-A-1031 C/C者发生胃癌的危险性为OR=6.95(95%CI:1.19-40.63)。在疾病组和对照组中IL-10-819的各基因型频率的分布差异无统计学意义(P0.05)。结论 TNF-α-1031基因多态性与胃炎、胃溃疡、十二指肠、胃癌的易感性相关。     

有关巨噬细胞集落刺激因子的基本专利

美国专利与商标局批准了Cetus公司的两项基本专利,包括巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF)和PEG M-CSF。1989年3月,Cetus公司开始在晚期癌症患者上对M-CSF进行临床试验。 M-CSF的美国专利号为4847201。该专利包括:编码各种具生物活性的鼠M-CSF和人M-CSF的基因;DNA序列、表达系统以及生产这些M-CSF的过程。Cetus公司在1985年8月首次宣布了M-CSF的克隆和表达,并且相信在全世界该公司的科学家首     

鳙的线粒体基因组核苷酸全序列分析

对采集自我国长江的鳙的线粒体DNA全序列进行了测定.结果表明,鳙的线粒体DNA全长为166221 bp,其碱基因组成为A=31.6%;C=27.1%;G=16.0%;T=25.3%,A+T含量为56.9%.鳙线粒体基因组的排列、结构和组成与其它鲤科鱼类相似,包括37个基因,即13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因和一个非编码控制区(D-loop).在13个蛋白编码基因中,除ND6由轻链编码外,其余12个基因均由重链编码.COI基因的起始密码子为GTG,而其它12个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG.