中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

新疆8个绵羊品种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用10个微卫星标记,采用PCR扩增,12％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色,对新疆北疆地区8个品种、1个杂交一代绵羊群体遗传多样性进行了检测,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。利用分子进化遗传分析软件,采用邻结法构建系统发生树;同时根据等位基因频率,利用PHYLIP(3．6)分析软件,采用最大似然法构建系统发生树,应用白举检验估计系统树中结点的白引导值,并进行了系统发生分析。结果表明：10个微卫星位点在9个绵羊群体中的多态信息含量除BMI824、MAF65为低、中度多态外,其余8个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系的分析;所有绵羊群体的平均PIC(0．5631)、h(0．5721)和E(2．9)均低于国外其他品种的绵羊,其基因多态性和遗传多样性相对贫乏;新疆本地土种阿勒泰羊、哈萨克羊和巴什拜羊与国外引进绵羊品种及混有外血的本地培育品种遗传距离较远,他们聚为不同的两类,各绵羊品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

六个中国固有绵羊品种遗传关系的微卫星标记分析

用5对微卫星引物对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共6个中国固有绵羊品种基因组进行了扩增, 对扩增结果用7种聚类方法(欧氏距离、欧氏平方距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基距离)进行了分析.结果表明, 分布在我国西北部的绵羊品种哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊在大多数情况下总是先聚在一起, 相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊和西北部的3个品种间距离较远,同羊和小尾寒羊之间距离也很远,大尾寒羊和小尾寒羊之间没有明显的遗传关系, 此结果与《中国绵羊品种志》中记载的情况基本一致.同时, 本研究结果也说明7种聚类方法均适用于微卫星标记资料的遗传分析.     

中国5个地方牦牛品种遗传多样性的微卫星分析

本文以大额牛（Bos frontalis）为外群,应用16对微卫星DNA标记结合荧光-多重PCR技术,评估了5个中国地方牦牛（Bos grunniens）（帕里牦牛、斯布牦牛、西藏高山牦牛、麦洼牦牛和九龙牦牛）品种内遗传变异和品种间遗传关系。6个群体的16个微卫星座位上共检测到159个等位基因,其中有33个等位基因为5个牦牛品种所特有。6个群体的有效等位基因数（Ne）在2.2043-3.2754之间,平均杂合度（H）在0.4858-0.6153之间,平均多态信息含量（PIC）在0.4230-0.5711之间。5个牦牛品种的微卫星座位有丰富的遗传多样性;而大额牛的遗传多样性相对较贫乏。5个牦牛群体间的遗传分化系数（Gst）为0.0527,表明牦牛亚群体间遗传分化水平很低。采用邻近结合法构建聚类图和模糊聚类分析表明,5个牦牛品种分为两大类,其中斯布牦牛、西藏高山牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛为一大类,九龙牦牛为一类。研究结果将为中国地方牦牛品种的保护和利用提供重要的理论依据。     

利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性

微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记,可有效地进行基因鉴定与系谱分析,并可估算群体间的遗传距离。通过选用5个微卫星标记,检测了山东省5个地方鸡种：日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异和品种间的DA遗传距离,并讨论了微卫星多态性在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面的意义。结果表明：共检测到40个等位基因,其中等位基因数最多的位点为。ADL0136(10个);等位基因数最低的位点为ADL0146(5个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。在7个品种中,杂合度最低的为寿光鸡,杂合度值为0．3327,因为此鸡种多年来一直由寿光市慈伦种鸡场进行纯繁保种,未与其他鸡种杂交,因此杂合度最小;其他鸡种杂合度也都低于0．4,据分析可能是由于日照麻鸡、济宁百日鸡群体较小;莱芜黑鸡是正在选育的一个品种,个体间遗传关系也不远;安卡黄鸡和广西黄鸡自从引人嘉明公司后,群体近交现象普遍,因此各鸡种杂合度都偏低。由此可见,通过对杂合度的计算,微卫星可以较好地反应群体内的变异。各品种PIC值的变动范围从0．6196(寿光鸡)到0．7027(莱芜黑鸡),PIC值的大小与杂合度的高低体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他鸡种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果7个鸡种被聚为3类：山东的4个地方鸡种寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡与济宁百日鸡聚为一类;安卡黄鸡和广西黄鸡聚在一起;鲁西斗鸡独自为一类。这与几个鸡种的分化与选育历史是一致的,因此聚类图能够比较正确地反映7个品种之间的亲缘关系。     

利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种：峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和群体间的DA遗传距离。结果表明：30个微卫星位点中有24个微卫星位点在8个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。各鸡种的杂合度都较高,平均杂合度范围是0.629~0.681,最高的是泸宁鸡（0.681）,最低的是旧院黑鸡（0.629）。据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：用UPGMA法进行聚类分析,结果8个鸡品种被聚为3类：Ⅰ类：峨嵋黑鸡、米易鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡聚为一类。米易鸡、泸宁鸡先聚在一起,然后又与峨嵋黑鸡在较近的距离聚在一起,然后再与旧院黑鸡聚在一起;Ⅱ类：石棉草科鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡聚为一类。兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡在较近的距离聚在一起,然后又与石棉草科鸡在较近的距离聚在一起;Ⅲ类：凉山崖鹰鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

利用SRAP标记分析中国主栽孔雀草品种的遗传多样性

为了解中国主栽孔雀草品种的遗传背景,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析了28份孔雀草材料的遗传多样性。14对SRAP引物组合共获得271个位点,其中多态位点151个,占55.72%。每对引物可扩增出14~24条DNA片段,平均19.4条。引物的多态信息含量PIC值在0.693~0.967之间,平均为0.909;每个材料得到的多态性条带比例介于38.78%与51.42%之间,平均46.38%,说明SRAP分子标记可有效鉴别孔雀草种质在分子水平上的遗传变异。品种间的遗传距离值在0.047~0.198之间,平均为0.126;Shannon多样性指数变化于0.178~0.217之间,平均0.201,表明参试的孔雀草材料总体的遗传多样性水平较低。UPGMA聚类后,在遗传距离阈值为0.146处,可将28份材料分为4大类群,与花色表现基本相符,花色可考虑作为孔雀草基于表型分类的主要因子。本研究结果对孔雀草品种鉴定、杂交育种中亲本选配和分子标记辅助选择具有重要意义。     

藏绵羊12个SSR位点的遗传多样性分析

本研究旨在以分子生物学技术研究青海省高原型藏绵羊的遗传变异情况。实验采集了高原型藏绵羊4个地理群体共计380份样本,使用微卫星多态性评估高原型藏绵羊不同地理群体的遗传多样性。数据分析结果表明:(1)各微卫星座位具有较高的平均等位基因数,其中,TJJ群体(天峻九社群体)的平均等位基因数为11个,TJS群体(天峻十一社群体)为11个,ZD (治多群体)群体为10个,MQ群体(玛沁群体)的平均等位基因数为7个。(2)高原型藏绵羊4个群体MQ、ZD、TJJ、TJS的期望杂合度(HE),观测杂合度(Ho)以及多态信息含量(PIC)的平均值分别为:0.64、0.68、0.69、0.71;0.66、0.61、0.65、0.67;0.60、0.66、0.66、0.68。表明青海省高原型藏绵羊的遗传多样性较高,本研究可为保护和利用青海省高原型藏绵羊提供理论依据。     

利用微卫星标记分析我国13个地方灰羽鹅品种的遗传多样性

我国地方鹅品种具有很多优良性状,但长期以来由于没有形成科学的选育制度和培育方法,品种的遗传多样性没有得到完整保存。为了深入了解我国地方鹅品种的遗传结构,使之得到更好的保护和利用,作者选用31个多态性较高的微卫星标记(其中19个是首次用磁珠富集法从AFLP片段中分离),检测了我国13个地方灰羽鹅(An-sercygnnoides)品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离(DA)。结果表明:13个地方灰羽鹅品种中,平均多态信息含量为0.323–0.398,平均杂合度为0.4985–0.6727,各品种的杂合度都较高,最高的是狮头鹅(0.6727),最低的是雁鹅(0.4985)。用UPGMA法进行聚类分析的结果显示,13个品种被聚为4类:丰城灰鹅、武冈铜鹅、兴国灰鹅、狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马冈鹅、钢鹅、雁鹅聚为第1类;伊犁鹅自聚为第2类;长乐鹅、右江鹅聚为第3类;永康灰鹅自聚为第4类。本研究为鹅遗传育种提供了参考资料。     

用4个微卫星标记分析7个绵羊群体之间的遗传关系

分析了4个微卫星基因座BM143、OarHH35、OarAE101、BMS2508在7个绵羊群体(小尾寒羊、湖羊、乌珠穆沁羊、萨福克羊、多赛特羊、夏洛来羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊F1代杂种羊)286只绵羊中的遗传多态性。结果表明,这4个微卫星标记在7个绵羊群体中的等位基因数分别为9、11、14和9,其多态信息含量/有效等位基因数/杂合度分别为0 7073/3 7231/0 7314、0 8267/6 4399/0 8447、0 5743/2 5178/0 6028、0 6172/3 0712/0 6744,其中OarHH35的遗传变异最大,OarAE101最小。7个绵羊群体中小尾寒羊的遗传变异最大,湖羊的最小。基于Nei氏DA距离和DS标准遗传距离,采用UPGMA方法构建了系统发生树。该发生树将中国地方品种(小尾寒羊、乌珠穆沁羊、湖羊)和法国的夏洛来羊归为一类,将F1杂种羊、英国品种(萨福克羊和多赛特羊)归为另一类。绵羊微卫星基因分型技术为检查品种(群体)之间的遗传关系提供了一个有用的工具。     

我国6个地方绵羊品种微卫星DNA多态性研究

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了我国蒙古羊、乌珠穆沁羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、滩羊和藏绵羊 6个地方绵羊品种 17个微卫星标记的多态性 ,以探讨其遗传多样性、起源分化及群体间的遗传亲缘关系。结果表明微卫星标记不同位点间遗传多样性差异极显著 (P <0 0 1) ,群体间多态信息含量 (PIC)、近交程度 (Fis)和观察杂合度 (Obs .Het)差异不显著 ,但基因多样性 (genediversity)和期望杂合度 (Exp .Het)差异显著 (P <0 0 5 )。所研究的我国 6个地方绵羊品种与欧洲品种具有相似的遗传多样性 ,但具有较高的近交系数。个体和群体的聚类分析结果提示我国地方绵羊品种可能起源于两类祖先。群体间的聚类分析结果还表明 ,蒙古羊与乌珠穆沁羊分化不明显且具有较近的遗传亲缘关系 ,蒙古羊与藏绵羊间分化明显且具有较远的遗传亲缘关系。滩羊、阿勒泰羊以及藏绵羊间也具有较近的遗传亲缘关系。所研究的我国 6个地方绵羊品种的遗传分化 (Fst)与西班牙绵羊品种接近 ,但明显小于欧洲其他绵羊品种     

三个鲤品种微卫星丰度与遗传多样性分析

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56个中国地方猪种微卫星基因座的遗传多样性

采用FA0—ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记对56个中国地方猪品种和3个引进猪种(杜洛克猪、长白猪、大白猪)进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、有效等位基因数、平均遗传杂合度、基因分化系数、多态信息含量和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以聚类结果为基础,将56个中国地方猪种分为12类：Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类都是《中国猪品种志》中的华北型猪种;Ⅳ类相当于其中的江海型猪种;Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ类的品种大部分属于华中型;Ⅹ和Ⅺ类相当于华南型品种;Ⅻ类相当于西南型品种。提出保种场结合保护区是一种比较符合我国地方猪种实际状况的保种模式。研究结果可为我国地方猪种种质特性研究提供基础数据,为我国地方猪品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

中国绵羊起源、进化和遗传多样性研究进展

中国地方绵羊品种资源丰富,部分品种具有繁殖力高、毛皮品质好、多角、多乳头、大尾脂、抗逆性强等独特性状,这些遗传资源引起了学者们对其进行深入研究的兴趣,但目前仍然存在绵羊起源问题的争议,缺乏对我国绵羊的遗传多样性进行全面系统研究等问题。本文综述了绵羊起源、品种分化等方面的研究进展,并从父系、母系、常染色体分子标记等不同层面介绍了中国绵羊遗传多样性的研究概况,为中国绵羊遗传资源的保护和利用、绵羊新品种(系)的培育以及我国绵羊产业良性发展提供参考。     

用4个微卫星标记分析7个绵羊群体之间的遗传关系

分析了4个微卫星基因座BM143、OarHH35、OarAE101、BMS2508在7个绵羊群体（小尾寒羊、湖羊、乌珠穆沁羊、萨福克羊、多赛特羊、夏洛来羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊F1代杂种羊）286只绵羊中的遗传多态性。结果表明,这4个微卫星标记在7个绵羊群体中的等位基因数分别为9、11、14和9,其多态信息含量/有效等位基因数/杂合度分别为0.7073/3.7231/0.7314、0.8267/6.4399/0.8447、0.5743/2.5178/0.6028、0.6172/3.0712/0.6744,其中OarHH35的遗传变异最大,OarAE101最小。7个绵羊群体中小尾寒羊的遗传变异最大,湖羊的最小。基于Nei氏DA距离和DS标准遗传距离,采用UPGMA方法构建了系统发生树。该发生树将中国地方品种（小尾寒羊、乌珠穆沁羊、湖羊）和法国的夏洛来羊归为一类,将F1杂种羊、英国品种（萨福克羊和多赛特羊）归为另一类。绵羊微卫星基因分型技术为检查品种（群体）之间的遗传关系提供了一个有用的工具。 Abstract：The genetic polymorphisms of four microsatellite loci BM143,OarHH35,OarAE101,and BMS2508 were analyzed in 286 sheep of seven sheep populations (Small Tail Han sheep, Hu sheep, Ujumqin sheep, Suffolk sheep, Dorset sheep, Charolais sheep, F1 of Dorset♂ × Small Tail Han sheep♀). The numbers of alleles for BM143,OarHH35,OarAE101,and BMS2508 are 9, 11, 14 and 9 in seven sheep populations, respectively. The polymorphism information content/number of effective alleles/ heterozygosity of BM143,OarHH35,OarAE101 and BMS2508 were 0.7073/3.7231/0.7314, 0.8267/6.4399/0.8447,0.5743/2.5178/0.6028,0.6172/3.0712/0.6744 in 286 sheep, respectively. The results revealed the greatest genetic variation at OarHH35 locus and the lowest at OarAE101, the greatest genetic variation in Small Tail Han sheep and the lowest in Hu sheep among seven sheep populations. In the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) dendrograms based on Nei's DA distance and Nei's DS standard genetic distance, the Chinese native breeds (Small Tail Han sheep, Ujumqin sheep, Hu sheep) were grouped together, then with Charolais sheep. The F1 crossbred sheep, and the two British native sheep (Suffolk sheep, Dorset sheep) also clustered together. Microsatellite genotyping in sheep provided a useful tool for examining the genetic relationships among breeds(populations).     

三个黄颡鱼群体遗传多样性及亲缘关系的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术对3个黄颡鱼群体(W S、TE和QF)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。通过筛选的30个引物对3个黄颡鱼群体基因组DNA的扩增,获得了19个有效引物,其中有6个微卫星位点具有多态性,并计算出了3个黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离,TE和QF群体间的遗传相似系数最大(0.8736),遗传距离最小(0.1790);W S和QF群体间的遗传相似系数最小(0.7284),遗传距离最大(0.2768)。同时运用聚类分析(UPGMA)的方法建立了3个黄颡鱼群体的系统发生树。     

利用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传多样性

中国幅员辽阔, 拥有丰富的鸡种遗传资源. 由于中国地方鸡种生产性能相对较低, 很难与国内外家禽公司育成的商业品种竞争, 现存数目较少, 有些已经濒临灭绝. 为了进一步了解中国地方鸡品种的遗传多样性状况, 本研究采集了分布于中国各地的78个地方鸡品种血样, 并利用分布于13条染色体上27个微卫星标记进行分析. 通过对2740个样本的检测分析发现, 在所有27个微卫星座位中, 等位基因数从6~51个不等, 平均值为18.74. 所检测的78个品种的杂合度(H)均在0.5以上, 所有品种的平均杂合度值为0.622, 多态信息含量(PIC)平均值为0.573. 与国外的同类研究相比, 这一结果表明中国的地方鸡品种具有更加广泛的遗传多样性. 在27个微卫星座位中, 总群内亚群的固定系数(F_ST)从0.065(LEI0166)到0.209(MCW0078)不等, 平均值为0.106. 在检测的位点中, 只有LEI0194位点在所有的群体中均偏离了Hardy-Weinberg平衡(HWE), 而其他位点基本上都处于Hardy-Weinberg平衡状态. 由于小群体中的基因漂移及非随机交配, 一些保种场保存的地方品种(如狼山鸡)的杂合度相对较低, 而保种区的品种由于保种群群体较大, 杂合度也就相对较高. 中国地方鸡品种的高杂合度与其表型多样性是一致的. 通过Nei氏遗传距离和邻接法将中国地方鸡种进行聚类, 结果表明, 中国地方鸡品种可以分为六大类, 分类结果与品种的地理分布基本一致. 通过分子生物学手段进行中国地方鸡品种的遗传多样性分析, 将对中国地方鸡品种的利用和保护提供重要的理论依据.     

微卫星分析9个哲罗鱼野生群体的遗传多样性

哲罗鱼(Hucho taimen)是我国珍稀的土著冷水性鱼类,目前已处于濒危状态.为了解哲罗鱼的种群遗传多样性和遗传结构,该研究利用20对微卫星标记对9个野生哲罗鱼群体进行了分析.结果表明:9个哲罗鱼群体的观测杂合度在0.0994～0.8882,期望杂合度在0.2005～0.8759,PIC指数在0.3432～0.5261,其中呼玛河群体的遗传多样性较低.群体间的Fst在0.0246～0.2333 (P＜0.0001),Nm在0.8216～9.9292,群体间遗传分化较明显,基因交流少;群体的同胞系比例在27.78％～90.91％,说明近交压力较大,可能经历过遗传瓶颈或存在这样的风险.AMOVA分析表明,群体间各基因座遗传分化系数的均值为0.1081;聚类分析结果显示北极江段群体独立为一支,呼玛河群体与乌苏里江各群体聚为一支,黑龙江中上游各群体聚为一支.这些结果表明,哲罗鱼资源量的减少已经影响了群体间的基因交流.应杜绝对哲罗鱼资源破坏性捕捞,同时加强群体间基因交流,以期达到全面保护哲罗鱼种质资源的目的.     

中华鳖5个群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记技术对洞庭(DT)、黄河(HH)、黄沙(HS)、日本(RB)以及洞庭(DT)与黄河(HH)的杂交子代(DT♀×HH♂)绿卡(LK)5个中华鳖群体的150个个体进行遗传多样性分析。11对微卫星引物扩增出的等位基因数为3～6个,平均等位基因数为4.1818。5个种群相比,绿卡(LK)的平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均观测杂合度和平均多态信息含量最高,分别是2.3969、0.5274、0.5545和0.4660。对种群间的遗传分化分析表明,黄河(HH)和洞庭(DT)之间的遗传分化最小,为0.0233,而洞庭(DT)和日本(RB)之间的遗传分化最大,为0.0969。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示黄河(HH)和洞庭(DT)及其子代绿卡(LK)亲缘关系较近,而与黄沙(HS)和日本(RB)的亲缘关系较远,最远的为日本(RB)群体。     

应用微卫星标记进行大豆种质多样性和遗传变异性分析

微卫星标记又称ＳＳＲ标记是近年来发展的一种新型的分子标记可有效地进行基因型鉴定,系统谱分析并可估算材料间的遗传距离。用５对ＳＳＲ引物对１５份大豆材料进行扩增,共得到２１条多态性条带。每个ＳＳＲ座位的等侠基因数目为３～＾个,基因多样性范围为０．４３７～０．６６８,对这些材料进行了遗传距离分析。家系分析表明微卫星ＤＮＡ经过多世代的九分裂的后产生了突变,在ＲＩＬ Ｆ８代中有的个体在个别ＳＳＲ等基因的大小