中国近海银鲳线粒体COⅠ基因序列变异分析

对采自黄海、东海和南海的7个银鲳群体的线粒体COⅠ基因序列变异进行分析,研究银鲳的遗传多样性、遗传结构和群体历史动态。在所分析的111个个体中检测到16个单倍型。7个群体呈现出高的单倍型多样性（h=0.564～0.688） 和低的核苷酸多样性（π=0.001～0.003）。单倍型遗传学关系、两两群体间的F_ST值和分子方差分析均表明中国近海7个银鲳群体间的遗传分化不显著。中性检验和核苷酸不配对分析均表明中国近海银鲳经历了晚更新世的群体扩张事件,扩张时间约为6.0×10⁴～1.04×10⁵ 年前。研究结果表明,银鲳的卵和幼体具有较强的扩散能力、中国近海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成中国近海银鲳群体在线粒体COⅠ基因序列上存在较高的遗传同质性的原因。     

东海海域口虾蛄种群遗传多样性

为准确掌握中国沿海口虾蛄(Oratosquilla oratoria)种群遗传结构、合理开发利用其资源,采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)序列分析方法检测东海海域(庙子湖岛、南韭山、大陈岛、南麂岛)口虾蛄种群遗传多样性,并与黄渤海群体和南海群体进行比较分析(基因序列来源于Gen Bank)。经PCR扩增与测序获得100条658 bp的东海海域口虾蛄COⅠ基因序列,基于这些序列分析得到的变异位点数、单倍型数、单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为60、60、0.963±0.011和0.005 94±0.000 44,分析认为东海海域口虾蛄具有较高的单倍型多样性和较高的核苷酸多样性。单倍型分子系统树、分子方差分析及两两群体间的遗传分化系数(Fst)分析结果表明,东海海域口虾蛄遗传变异主要来自于群体内(Fst=﹣0.007 78,P0.05),各地理群体间遗传分化不显著,Fst值范围为﹣0.016 53~﹣0.009 08(P0.05),它们可能进行了一定程度的基因交流;通过与黄渤海群体及南海群体基因序列比较分析,口虾蛄东海群体、黄渤海群体与南海群体遗传变异主要来自于群体间(Fst=0.849 71,P0.01),且单倍型分子系统树存在2个显著分化的单倍型类群。东海群体与黄渤海群体间存在显著的遗传分化(Fst=0.884 58,P0.01),而与南海群体间不存在显著的遗传分化(Fst=0.020 44,P0.05),这种遗传结构模式可能与历史上的气候变化及所处海域海洋环境条件相关。建议今后对中国沿海口虾蛄资源进行开发利用时,将黄渤海群体看作一个管理单元,东海群体与南海群体看作一个管理单元。     

长江中上游银鮈线粒体DNA遗传多样性分析

银鮈(Squalidus argentatus)是长江常见小型鱼类,分布广泛于干支流,资源量较大。本研究采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素b基因序列对长江中上游干流江津、荆州、监利、洪湖、黄石江段及支流赤水河、湘江等7个江段共217尾银鮈样品的遗传结构和遗传多样性进行了分析。结果显示,银鮈群体Cyt b基因序列分别检出了81个变异位点和97个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.966和0.008 6。分子方差分析(AMOVA)显示,长江中上游银鮈群体存在显著遗传分化。群体间两两比较分析发现,赤水河群体与其他群体基因交流程度低,遗传分化显著,其他群体间没有显著遗传分化。中性检验结果不支持银鮈历史上发生过群体扩张。     

长江中游鳊群体的遗传多样性

采用线粒体DNA(mt DNA)细胞色素b基因(cytb)和控制区序列,分析长江中游宜都、沙市、燕窝、团风等4个产卵场鳊种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:长江中游鳊群体cytb序列共检出82个多态位点,86种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.930和0.00244;控制区序列共检出变异位点46个,单倍型76种,Hd指数和Pi指数分别为0.972和0.00505;构建的单倍型网络结构和分子方差分析(AMOVA)显示,4个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化;群体间的分化指数(FST)、平均基因流(Nm)和平均K2-P遗传距离均表明,4个鳊地理群体间存在广泛的基因交流,未发生明显群体遗传分化;中性检验表明,鳊历史上发生了群体扩张,扩张时间在第四纪冰期后期。     

基于线粒体Cyt b基因的龙头鱼群体遗传结构分析

在我国黄海、东海和南海海岸带上, 选取青岛、南通、舟山、三门、宁德、泉州和湛江共7个群体164尾龙头鱼(Harpadon nehereus)为研究对象, 通过PCR扩增共获得长度为1112 bp的线粒体DNA细胞色素b (Cyt b)基因序列, 共检测到32个变异位点, 其中单变异位点27个, 简约信息位点1个。164条序列定义了29个单倍型, 平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)分别为0.3026±0.0479和0.000371±0.000379, 其中泉州群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均最低。分析比较了不同龙头鱼群体间遗传变异情况, 发现群体间平均遗传距离为0.00035, 遗传分化指数F_ST值均小于0.05, 群体间没有发生明显的遗传分化。AMOVA分析结果显示龙头鱼群体遗传差异主要来源于群体内个体间的变异。中性检验的Tajima’s D和Fu’s F_s统计值均为负值且显著偏离中性, 核苷酸不配对分布图呈现明显的单峰分布, 表明龙头鱼历史上经历了群体扩张事件, 参考已知海洋鱼类Cyt b基因2%每百万年的进化速率, 估算群体扩张发生的时间大约在0.08—0.32百万年前的第四纪更新世中晚期。     

基于线粒体COⅠ和16S rRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性

测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A: 122°32′E 29°55′N、B: 123°30′E 26°75N; C: 124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析, 研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段, 其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%; 16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析, 72个个体中分别确定43个, 8个和49个单倍型, 存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992, 显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076, 核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084, 显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明, 群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富, 群体内部个体差异大于群体间差异, 群体间基因交流频率较高, 遗传分化不明显, 初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。     

我国沿海三疣梭子蟹9个野生群体线粒体CR和COⅠ片段比较分析

通过对我国沿海三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个野生群体线粒体DNA控制区(putative control region,CR)基因片段和细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段进行扩增和测序,分别得到长度为530bp和584bp的片段。分析结果表明:CR83条序列A T平均含量为73·2%,共检测到91个变异位点,83个个体具有66种单倍型(haplotype);COⅠ94条序列A T平均含量为62·2%,共检测到34个变异位点,94个个体具有34种单倍型(haplotype)。用MEGA3·1软件构建9个群体NJ分子树,聚类结果显示,黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚为一大支,南海3个群体相对遗传距离比较近,聚为一大支。AMOVA分析表明,群体间的遗传分化指数(Fst)为-0·07454~0·27087,其中部分群体间达到显著差异(P<0·05)与极显著差异(P<0·01),说明我国三疣梭子蟹不同野生群体间存在一定遗传分化。     

草鱼野生与选育群体线粒体DNA控制区D-loop遗传变异分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化, 研究对4个野生群体(邗江、九江、石首和吴江)和2个选育世代(F1和F2)进行了线粒体DNA控制区(D-loop)序列的遗传变异分析。实验结果表明, 4个野生群体在单倍型数目(H)、单倍型多样性(H_d)、核苷酸多样性(π)、平均核苷酸差异数(K)水平上均高于2个选育世代, 在2个选育世代内表现为F1代群体的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸差异数(K)大于F2代群体, 但单倍型多样性(H_d)小于F2代群体; 单倍型分析结果表明, 6个群体间无共享单倍型, 4个野生群体间共发现2种共享单倍型(Hap1和Hap3), 石首群体和2个选育世代共享1种单倍型(Hap15); 遗传分化指数(F_st)分析结果表明, 邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间存在较大的遗传分化(F_st范围为0.41475—0.55128), 石首群体与F1代群体之间存在较小的遗传分化, 与F2代群体之间存在中等水平的遗传分化, 同时F1代群体与F2代群体之间存在较小的遗传分化; 基于6个群体276个个体构建的邻接(Neighbor-Joining, NJ)进化树和基于27种单倍型构建的单倍型网络图也得到了相似的结论, 即邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间的亲缘关系较远, 石首群体和2个选育世代两两之间的亲缘关系较近。以上结果表明, 经过2个世代的选择育种, 选育群体的遗传结构已发生了变化, 并且随着选育的进行, 选育世代的遗传多样性下降的较为明显, 这警示着我们在今后的育种工作中应适当改变现有的选育方案, 并实时监测选育群体的遗传多样性, 以便为今后进一步的选育工作打下坚实的基础。     

基于线粒体COⅠ序列的南海北部栉江珧遗传多样性分析

为了解南海栉江珧(Atrina pectinata)的群体遗传变异特征, 研究利用线粒体DNA COⅠ(细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ)基因部分序列对7个群体共191个栉江珧个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析。结果显示: 在600 bp长的序列中, 共检测到113个核苷酸变异位点, 定义了73个单倍型。南海北部栉江珧总体呈现较高的单倍型多样性(0.8996)和较高的核苷酸多样性(0.0257), 但L1组内6个群体(汕头、阳江、湛江、海口、琼海、北海)呈现较高的单倍型多样性(0.8133—0.9286)和较低的核苷酸多样性(0.0033—0.0045)。单倍型系统发育树和网络支系图将7个群体划分为L1和L2(防城港群体)两大类群, 但L1组单倍型并未表现出与地理位置相对应的谱系结构。F_st分析显示, L1组内6个群体间不存在明显的遗传分化(F_st= –0.0200— –0.0055, P>0.05), 但L1组与L2组间存在极显著的遗传分化(F_st=0.8729—0.8821, P<0.01)。L1组的Tajima’s D检验(D= –2.3190, P=0)和Fu’s F_s检验(F_s=–26.8316, P=0)均为显著负值, 核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布; L2组的Tajima’s D检验(D=–1.4320, P=0.0565)为不显著负值, Fu’s F_s检验(F_s=4.9540, P=0.9620)为不显著正值。以上数据说明, L1组和L2组栉江珧可能已经分化为两个群体, L1组内6个群体具有频繁的基因交流, 导致了较高的遗传同质性。     

基于SSU rDNA序列的网状车轮虫群体遗传结构及多样性研究

基于SSU rDNA序列对当前分布于我国的网状车轮虫(Trichodina reticulata Hirschman&Partsch,1955)的群体遗传结构与多样性进行了研究。遗传结构研究结果表明:20个样本共检测到9个单倍型,含4个共享单倍型与5个特有单倍型,其中鲫来源的Hap3是最大的共享单倍型;草鱼来源的Hap8和小黄黝鱼来源的Hap9暂被视为湖北武汉和西藏地区各自特有的单倍型;同时推测鲫来源的单倍型Hap1为祖先单倍型。结合ML系统发育树分析推测,在多宿主的进化历程中,鲫寄生的网状车轮虫可能是分化最早的群体,且草鱼寄生的网状车轮虫在起源上来自于鲫。遗传多样性结果显示,所有群体均呈现较高的单倍型多样性(Hd≥0.5)与较低的核苷酸多样性(Pi<0.005),且鲫来源的单倍型多样性显著高于草鱼来源,但核苷酸多样性(Pi)明显低于后者。遗传分化(Fst)与基因流(Nm)研究结果表明, Group A(鲫来源)与Group B(草鱼来源)群体间相对独立且已经达到了极度分化程度,群体内基因层面的交流较少。综合中性检验与核苷酸单倍型错配分析认为, Group A(鲫来源)未...     

关于湖蛭属及其一新种的记述

我国原有鱼蛭科湖蛭属两种,其中中华湖蛭广泛分布华中地区,严重危害鲤、鲫鱼。据对安徽巢湖的调查,鲤鱼的感染率较鲫鱼高,大个体的感染率又较小个体的高。此蛭每年4月上旬开始离开鱼体到湖底繁殖,12月下旬新生幼体开始侵袭鱼体。哲罗湖蛭则仅限于黑龙江流域。1964年在青岛附近的黄海以及1975年在秦皇岛附近的渤海从两种硬骨鱼体上共得到4条属同一种的大型湖蛭,经鉴定为冈湖蛭Limnotrachelobdella okae,这是该种在我国首次记载。1985年在厦门附近的南海从赤点石斑鱼鳍上得到两条同属一种的小型湖蛭,被定为新种福建湖蛭(Limnotrachelobdella fujianensis sp.nov.)。本文给予此一新记录和一新种以详细的描述。       

PHYTOFLAGELLATES OF THE SALTON SEA: CRYPTOPHYCEAE

The species composition of phytoflagellates in the Salton Sea has recently been the subject of intense investigation as part of an analysis of the Salton Sea ecosystem. The Salton Sea, an inland sea occupying 980 km² in southern California, has become a major stopping point for migratory birds along the Pacific Flyway. The increasing salinity of the sea, currently at 44 gm L^?1, and its eutrophic condition (average depth is nine meters, with a high nutrient load contributed by agricultural drainage from the surrounding farmlands) have contributed to a stressed ecosystem. Massive fish kills and bird kills, including such endangered birds as the brown pelican, have become a recurring problem. Although previous investigations have noted the presence of at least two phytoflagellates implicated in fish mortality, little attention has been paid the to the identities of the smaller flagellates observed growing in the sea and their possible contribution to the fish and bird population mortality. Using freshly collected field samples as well as enrichment culture techniques, we report the occurrence of several genera of cryptomonads in the Salton Sea, including representatives from the genera Chroomonas, Hemiselmis, Leucocryptos, Plagioselmis, Storeatula and Teleaulax.     

宽鳃鮟鱇属一新种

20世纪70年代以前,全世界已知宽鳃鮟鱇属Sladenia Regan(1908)鱼类仅有3种。1980～1982年期间,东海水产研究所"东方"号和南海水产研究所"南锋"号调查船分别在东海和南海的大陆架渔场调查时,共采集到4尾珍稀的深海鮟鱇鱼类。经研究,认为这4尾标本是1新种,定名为朱氏宽鳃鮟鱇Sladenia zhui sp.nov.。     

渤、黄海蓝点马鲛种群鉴别的研究

本文讨论了渤海和黄海海域蓝点马鲛的种群问题,通过对各项性状特征差异的分析、计算以及生殖、分布回游习性的综合对比判别的结果表明:渤海与黄海诸海域群体均属同一种群。但黄海南部群体可视为同一种群的不同群体。     

南海南部表层海水古温度估算与次表层海水特征变化

南海南部～2 MaBP以来的表层海水古温度估算表明,表层海水温度变化在更新世冰期旋回中波动比南海北部为小、保持比较温暖,但在长时间尺度上转换函数古水温仍然存在一定的变化趋势。转换函数古温度计算的低温时期并不与冰期相对应,表明南海南部具有独特的表层海洋演化特征,可能与次表层水体性质、上部水体结构等密切相关。过去2 MaBP以来的浮游有孔虫组合演化表明,南海南部海水温跃层呈现由氧同位素MIS79期向～53期相对变浅,自MIS 53期向布容／松山(B／M)古地磁界线附近变深,然后,自布容／松山界线以来又相对变浅的演化过程。     

STRONG GENETIC DIVERGENCE AMONG POPULATIONS OF A MARINE FISH WITH LIMITED DISPERSAL, ACANTHOCHROMIS POLYACANTHUS, WITHIN THE GREAT BARRIER REEF AND THE CORAL SEA

Abstract Acanthochromis polyacanthus is an unusual tropical marine damselfish that uniquely lacks pelagic larvae and has lost the capacity for broad‐scale dispersal among coral reefs. On the modern Great Barrier Reef (GBR), three color morphs meet and hydridize at two zones of secondary contact. Allozyme electrophoreses revealed strong differences between morphs from the southern zone but few differences between morphs from the northern counterpart, thus suggesting different contact histories. We explore the phylogeography of Acanthochromis polyacanthus with mitochondrial cytochrome b region sequences (alignment of 565 positions) obtained from 126 individuals representing seven to 12 fish from 13 sites distributed over 12 reefs of the GBR and the Coral Sea. The samples revealed three major clades: (1) black fish collected from the southern GBR; (2) bicolored fish collected from the GBR and one reef (Osprey) from the northern Coral Sea; (3) black and white monomorphs collected from six reefs in the Coral Sea. All three clades were well supported (72–100%) by bootstrap analyses. Sequence divergences were very high between the major clades (mean = 7.6%) as well as within them (2.0–3.6%). Within clades, most reefs segregated as monophyletic assemblages. This was revealed both by phylogenetic analyses and AMOVAs that showed that 72–90% of the variance originated from differences among groups, whereas only 5–13% originated within populations. These patterns are discussed in relation to the known geological history of coral reefs of the GBR and the Coral Sea. Finally, we ask whether the monospecific status of Acanthochromis should be revisited because the sequence divergences found among our samples is substantially greater than those recorded among well‐recognized species in other reef fishes.     

东海大陆架外缘和大陆坡深海渔场浮游动物研究——Ⅰ.生物量

本文首次描述了本海区中浮游动物生物量及其分布。其平均生物量为41毫克/米~3,仅及东海西部沿海生物量的四分之一,从而表示了一般大洋性的特征。 生物量随水深增加而逐渐下降,其所下降的近似值能以对数关系值表示: logY=α-k~z Y是生物量(湿重),Z是深度, α是常数,k是递减系数。 y=α'e~(-kz) 在东海海槽深海区内,在从表层至100米以内浅水层中,平均生物量为75毫克/米~3,但自500米至2170米水层中,其生物量仅及其上层生物量的1/10或1/20。其变化也可以下列公式来表示: y=58.886e~(-2.074×10~(-3)z) r=-0.7558 r是相关系数。 本文还对浮游动物生物量和渔业水文等之间的关系作了阐述。     

末次冰期以来中国海区浮游有孔虫Pulleniatina obliquiloculata含量变化的地层学意义

西北太平洋尤其是中国海区末次冰期旋回中浮游有孔虫Pulleniatina obliquiloculata含量变化研究是近年来最重要的古海洋学内容之一.作者综合分析了中国及邻近海区具有可靠测年地层的深海沉积物柱状样中P.obliquiloculata含量变化,探讨其含量低值事件(PME)的生物地层学意义.末次冰期以来P.obliquiloculata含量变化在中国海区呈现两种变化模式:一是以东海及南海北部为代表的冰期含量低、间冰期含量高的特点;另一种则是南海南部的冰期含量高、间冰期含量低的现象.高分辨率地层记录显示,在这种冰期/间冰期总体变化趋势基础上,我国东海、南海和黑潮源区等广泛存在晚全新世～4 300-2 800 cal yr BP P.obliquiloculata含量低值,但以南海北部与东海冲绳海槽最为明显;而南海南部P.obliquiloculata含量还在冰消期(～16.5-15 cal kyr BP)有另一特征的低含量阶段.因而,末次冰期旋回中国海区P.obliquiloculata含量变化可以作为区域性地层划分和对比的标志.尽管如此,由于黑潮分支水团的影响,冲绳海槽中部和北部部分海域,在末次冰期与PME期间,P.obliquiloculata虽然含量相对较低,但仍可保持3%-5%以上,而非多数站位PME事件中的特征性零含量.研究表明PME事件主要由次表层海水的温度降低、温跃层变浅、上部水体温度梯度增加等引起,与表层海水无关,但引起这些海洋环境变化的原因尚不清楚.     

南海岛屿种子植物区系地理的研究

本文通过实地考察,广泛收集前人的研究资料,概述了南海岛屿地区的自然条件和植被,对南海岛屿种子植物的区系组成、特点、分布区类型、特有现象和替代现象等进行了较详细的分析,并与邻近植物区系进行了比较研究。同时,根据区内植物分布的特点和自然条件特征划分为５个植物区系小区,最后对南海岛屿地区植物区系的起源与演化进行了讨论。     

SEGREGATIVE MIGRATION OF DALL'S PORPOISE (PHOCOENOIDES DALLI) IN THE SEA OF JAPAN AND SEA OF OKHOTSK

Dall's porpoises from the Sea of Japan population taken by a dolphin fishery vessel were examined. Estimated body lengths at sexual maturity were similar to those for the truei -type population off the Pacific coast of Japan but larger than those for the offshore dalli -type in the North Pacific. The Sea of Japan population is known to migrate to the Pacific coast of Japan through Tsugaru Strait and to the Sea of Okhotsk through Soya Strait in summer. From the difference of catch composition, individuals of different reproductive status in this population are considered to have different patterns of summer migration. Most of the individuals which migrate into the Pacific Ocean through Tsugaru Strait are sexually immature, while those migrating into the Sea of Okhotsk are mature. The Sea of Okhotsk is thought to be a breeding area for this population. The calving season is estimated to be May through June, which is earlier than that of the truei -type off the Pacific coast of northern Japan. This may be an adaptation to lower water temperatures in the Sea of Japan during winter.