军事医学科学院微生物与流行病学研究60周年回顾与前瞻

60年来,军事医学科学院的微生物与流行病学始终致力于防生物危害医学相关领域研究,为我国的新发和再发传染病防控发挥了重要作用.本文从病原微生物的检验和鉴定、新发传染病的发现与追踪、新发虫媒传染病的确认与流行趋势研究、重要病原微生物致病机理和媒介生物学等方面对军事医学科学院微生物与流行病学研究进行了综述.     

人乳头瘤病毒致癌机制的研究进展

宫颈癌发病率居全球女性恶性肿瘤的第二位,每年约有50万宫颈癌新发病例,其中80%在发展中国家,我国每年约有新发病例13.15万,占世界新发病例的28.8%.近年来宫颈癌发病年龄趋向年轻化,从原来的40～50岁提前到35岁左右[1].     

建立和人类密切接触的动物血清学检测体系具有重要的社会意义

近年来新发传染病体已经成为人类健康的主要威胁之一．其中给社会造成巨大损失和对人类健康威胁最大的新发传染病有SARS,艾滋病,禽流感等（图1）。在最近30年的新发传染病中的病原体多达30多种,其中四分之三与野生动物有关。这些人和动物共患病之所以一直层出不穷,主要是因为动物本身有自己广泛的病原群,人同动物密切接触（猎食,宠物,皮毛或入药）可以直接造成人的感染,     

加强动物病毒学研究，促进动物生产

动物病毒学与教育科研、社会生产、百姓生活等密切相关。我们在利用和享受动物病毒学研究成果的同时,也需要随时应对动物病毒性疫病新发和再现的严峻挑战。跟踪和展示动物病毒学领域最新研究成果有助于我们了解病毒这种最简单的生命形式,也有助于我们驯服和控制病毒并让其服务于社会需要。本专栏稿件包含了冠状病毒、非洲猪瘟病毒、圆环病毒、流感病毒、鸡马立克氏病毒、牛病毒性腹泻病毒等6种动物病毒病原体相关研究报告和综述,汇集了病原进化、表位筛选、病原与宿主互作等诸多研究内容,期望该专栏的出版有助于促进动物病毒性疫病相关研究领域的交流与进步。     

诺瓦克和诺瓦克病毒的研究进展

诺瓦克和诺瓦克样病毒作为急性胃肠炎的病原之一,日益受到人们的重视。本文主要对这种病原所致疾病的流行情况、病原的血清免疫学及其基因组织和蛋白表达等方面进行了综述。     

宏基因组学在传染病防控中的应用进展北大核心CSCD

新发突发传染病暴发给全球公共卫生防控带来严峻挑战。快速识别致病病原体是应对新发突发传染病的首要问题,传统病原检测方法难以应对已知变异较大病原或未知病原,基于高通量测序的宏基因组学研究给病原识别鉴定带来了新的方法和思路。核酸提取、高通量测序和数据分析等关键技术方法不断发展,使宏基因组学成为新突发传染病防控的重要研究方向。宏基因组学可对传染病防控中的多种类型样本进行直接测序,获得高通量的测序数据,并结合病原核酸数据库,通过序列比对、变异进化分析等生物信息学方法,通过监测可疑样本对疫情暴发进行预测预警;识别传染病患者感染致病病原,为临床诊治提供指导;构建病原系统发育关系,追溯疫情潜在感染来源,最终实现新突发传染病病原的快速识别、分型、耐药及溯源分析。宏基因组学作为一项新兴技术,在传染病防控领域具有巨大潜力和发展空间。通过对宏基因组学在传染病病原监测、检测及溯源等方面的应用进展进行综述,以期为传染病防控提供新的视角。     

临床微生物实验室如何应对新发和再发传染病

为使临床微生物实验室能较好地应对包括生物恐怖在内的各种新发和再发传染病,文中列出了发达国家主要担忧的各种相关病原,并回顾了快速、准确鉴定病原微生物的技术发展状况.     

人乳头瘤病毒致癌机制的研究进展

宫颈癌发病率居全球女性恶性肿瘤的第二位,每年约有50万宫颈癌新发病例,其中80％在发展中国家,我国每年约有新发病例13．15万,占世界新发病例的28．8％。近年来宫颈癌发病年龄趋向年轻化,从原来的40-50岁提前到35岁左右。人     

博卡病毒属基因组特征与致病的分子机制

博卡病毒是细小病毒科细小病毒亚科的成员之一.目前已知博卡病毒成员有牛博卡病毒、犬博卡病毒、人博卡病毒、以及新鉴定的猪博卡病毒,猩猩、猫、犬以及加利福尼亚海狮体内发现的新博卡病毒成员.作为新发病原,博卡病毒成为各国科研人员的研究热点.本文结合前人的文献和我们近期的研究成果,对博卡病毒的家族成员分类、基因组结构与复制、临床致病特点、致病分子机制等方面进行了阐述,为广大科研人员对博卡病毒的研究提供一定的帮助.     

宏基因组学在传染病防控中的应用进展

新发突发传染病暴发给全球公共卫生防控带来严峻挑战。快速识别致病病原体是应对新发突发传染病的首要问题,传统病原检测方法难以应对已知变异较大病原或未知病原,基于高通量测序的宏基因组学研究给病原识别鉴定带来了新的方法和思路。核酸提取、高通量测序和数据分析等关键技术方法不断发展,使宏基因组学成为新突发传染病防控的重要研究方向。宏基因组学可对传染病防控中的多种类型样本进行直接测序,获得高通量的测序数据,并结合病原核酸数据库,通过序列比对、变异进化分析等生物信息学方法,通过监测可疑样本对疫情暴发进行预测预警;识别传染病患者感染致病病原,为临床诊治提供指导;构建病原系统发育关系,追溯疫情潜在感染来源,最终实现新突发传染病病原的快速识别、分型、耐药及溯源分析。宏基因组学作为一项新兴技术,在传染病防控领域具有巨大潜力和发展空间。通过对宏基因组学在传染病病原监测、检测及溯源等方面的应用进展进行综述,以期为传染病防控提供新的视角。     

猎枪瞄准目标锁定“十三五”助力“病毒猎人”——“十三五”国家重点研发计划“重要新发突发病原体发生与播散机制研究”项目正式启动

动物源性呼吸道病毒及媒介传播病毒所导致的新发突发传染病对公共卫生及社会经济危害重大。为了阐明这两类重要新发突发病原体起源、演化与传播扩散的生物学基础,及其鉴别的分子标记,由中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所牵头、舒跃龙研究员作为项目首席科学家,凝集了10家我国新发突发传染病应对一线单位和微观组学、计算生物学和群体遗传学优势平台单位的"重要新发突发病原体发生与播散机制研究"项目获得了"十三五"国家重点研发计划专项资助。该项目将围绕"分子标记的筛选——分子标记的验证——分子标记指标体系的形成"三个环节,从病原体与宿主、个体与群体、基因型与生物表型三个方面,分子、细胞、动物和群体4个层面,筛选及验证同病原发生、传播、致病、耐药相关的病原及宿主关键分子标记,建立一套基于分子调频理论的新发突发传染病分子标记指标体系。     

基于宏基因组学的猪群样本病毒探测方法的建立

极其多样的病毒广泛存在于我们周围的环境和动物体内,其中很多病毒是人类所未知的,而发现未知病毒常常受制于病毒常规检测技术的局限性.[目的]构建未知病毒检测技术平台.[方法]应用病毒宏基因组学的理念,结合新型分子诊断技术,首先利用过滤和核酸酶处理去除样品宿主核酸干扰,然后随机PCR扩增潜在的病毒宏基因组,最后通过大规模测序及序列分析获取病毒核酸信息.[结果]利用此技术我们对猪瘟病毒(CSFV)细胞培养物和猪圆环病毒2型(PCV2)感染猪病料进行了分析,分别检测到序列总长度1680 bp,占基因组13.7％的CSFV序列和序列总长度834 bp,占基因组47.2％的PCV2序列;利用此检测技术平台研究一未知病原细胞培养物,通过测序和序列分析,结果显示56条序列中有26条为副流感病毒5型(PIV5)同源序列,覆盖了其基因组全长的16.4％;此外,应用本研究建立的方法结合新一代高通量测序,我们在混合的7份病原未知的病猪组织样品中检测到了1.1％的病毒序列,包括CSFV、PCV2、猪细环病毒(TTSuV)、猪bocavirus (PBoV)和人腺病毒6型(Ad6)等的部分基因序列.[结论]本研究建立的基于病毒宏基因组学的未知病毒的检测方法突破了传统病毒研究方法的缺陷,对于猪群样本中病毒的检测具有较高的敏感性,有望为新发、突发感染性疾病的诊断和监测提供技术支持.     

Emaravirus属新病毒:中国枣树花叶伴随病毒全基因组测序

[目的]2016年以来,新疆阿克苏等地区出现了一种新的枣树病害,严重威胁当地及周边红枣产业。本研究旨在鉴定引起此次病害的病原,探究病原体的传播方式,为生物防治策略的开发提供研究基础。[方法]对发病植株进行小RNA测序以鉴定病原体;对新鉴定的病毒,通过RNAseq和反转录PCR获取病毒全序列;体外表达重组的病毒结构蛋白并制备特异性抗体,通过Western斑点杂交法在发病植株中确证病毒蛋白;收集发病区域的媒介昆虫,通过反转录PCR在昆虫体内检测病毒的基因组,鉴定可能的传毒介体。[结果]本研究鉴定一种新的欧洲山梣环斑病毒属病毒为新疆新发枣树病害可能的病原体,命名为中国枣树花叶伴随病毒(Chinese date mosaic-associated virus,CDMaV)。CDMaV是一种多分段单链RNA病毒,基因组由5条负义RNA组成;RNA1-RNA5大小分别为7160、2224、1230、1493、971 nt,每条基因组RNA的互补链包含一个开放阅读框,共编码5个蛋白,依次为依赖RNA的RNA聚合酶、包膜糖蛋白、核衣壳蛋白和两个未知功能蛋白。在枣树寄生虫枣瘿螨体内扩增到病毒序列,表明该病毒可能以枣瘿螨为介体在枣树间进行传播。[结论]本研究为新疆新发枣树病害鉴定了相关病原体CDMaV,完成CDMaV全基因组测序,并鉴定枣瘿螨为可能的传毒介体。鉴定病原体和传播介体是建立病害防治方法的必要基础。     

发热伴血小板减少综合征病毒感染人源巨噬细胞形成包涵体结构

发热伴血小板减少综合征病毒(Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTSV)是在我国首次发现的布尼亚病毒科白蛉病毒属的一种新型病毒,是新发传染病发热伴血小板减少综合征的致病病原。本研究通过免疫荧光共聚焦实验观察不同感染剂量和不同感染时相SFTSV核衣壳蛋白(Nucleocapsid protein,NP)在THP-1细胞内的动态定位特点,并应用电镜方法在超微结构水平观察不同感染时相THP-1细胞的胞内形态结构特征,发现SFTSV感染THP-1在胞内形成包涵体结构。研究进一步显示感染后的第3天核衣壳蛋白NP所形成包涵体的形态大小与感染后第7天培养上清中的病毒载量之间存在相关。本研究揭示SFTSV感染人源巨噬细胞THP-1形成的包涵体结构可能是SFTSV利用宿主细胞形成的特殊胞内结构以利于大量合成和产生新的病毒颗粒。     

多重RT-PCR用于临床检测三种胃肠炎病毒的研究

轮状病毒、诺瓦克病毒和星状病毒是引起病毒性胃肠炎的主要病原因子。研究采用JV12/JV13、P1/P2和Mon340/Mon348三对引物,建立了同时检测这3种病毒的多重RT-PCR技术,并应用于128份临床粪便样本的检测,检出轮状病毒62份(48.44%),诺瓦克病毒8份(6.25%),星状病毒11份(8.59%)。在灵敏度试验中,轮状病毒的检测灵敏度为5pg/mL、诺瓦克病毒和星状病毒的检测灵敏度均为50pg/mL。该研究所建立3种常见胃肠炎病毒的多重RT-PCR方法具有特异性强、灵敏度高的特点,可用于临床病原诊断和溯源。     

甲型H1N1流感病毒核酸荧光定量RT-PCR检测技术

目的:建立基于TaqMan荧光探针技术的甲型H1N1流感病毒实时定量RT-PCR方法。方法:分析H1N1流感病毒基因特性,根据新发甲型H1N1流感病毒突变基因片段设计检测引物和TaqMan荧光探针,建立荧光定量RT-PCR检测体系,体外转录制备RNA标准品,进行特异性、敏感性、重复性及盲样检测评价实验。结果:可特异性有效检测新发甲型H1N1流感病毒核酸,与H1～H16流感病毒基因无交叉反应;对RNA标准品的检测敏感性达103拷贝/μL;重复性实验中,阳性标准品Ct值变异系数(CV)10%,阴性标准品检测结果均呈阴性;12份盲样检测结果特异性好。结论:该荧光定量RT-PCR方法可作为甲型H1N1流感防控的病原快速诊断技术。     

我国牛病毒性腹泻流行现状与防控策略

我国牛病毒性腹泻病(Bovine viral diarrhea,BVD)的流行比较复杂,其病原BVDV (BVDV-1和BVDV-2)不仅仅局限于已知易感动物牛群感染,其他动物种群中感染BVDV-1和BVDV-2的现象也值得注意,如猪群中BVDV感染很大程度上混淆了猪瘟等病原的监测,从而加剧病程发展。牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)可致持续感染(Persistent infection,PI),这一特性导致该病的净化面临巨大困难,对整个养殖场的健康发展形成了严峻威胁。BVDV抗原变异速率非常快,目前BVDV-1已有22个亚型,BVDV-2有4个亚型,鉴于病原在自然界的适应和演进特性,对该病的防控措施迟后其病原的变异速度。因此,定期摸清BVDV-1和BVDV-2在我国的流行现状是实施疫病净化的第一步和关键步骤,进一步借鉴国外BVD净化成功经验,综合考虑我国国情,采取适宜的防控策略,逐步净化该病原感染,有助于促进国内养殖业的健康发展。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒三型、猪流感病毒三重RT-PCR检测方法建立及初步应用

【背景】猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒三型(porcine circovirus type III,PCV3)和猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)是3种影响猪只健康的重要呼吸道病原,对养猪业造成严重的经济损失,因此需要建立高效快速的检测方法,以了解3种病原在国内的流行情况。【目的】建立能同时检测PRRSV、PCV3和SIV的三重RT-PCR方法,为3种病毒的流行病学调查和疾病监控提供技术支持。【方法】针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),猪圆环病毒三型(PCV3),猪流感病毒(SIV)基因序列,分别设计3对特异性引物,扩增PRRSV M和N基因(436bp)、PCV3 Cap基因(619bp)和SIV M基因(199bp)。通过对退火温度和引物浓度优化建立三重RT-PCR检测方法,并对建立的多重检测方法进行特异性、敏感性、重复性试验验证。【结果】建立了能够同时快速检测PRRSV、PCV3、SIV的三重RT-PCR方法,而对猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)、猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus type II,PCV2)、猪细小病毒2型(porcine parvovirus II,PPV2)、猪细小病毒3型(porcine parvovirus III,PPV3)和猪细环病毒1型(torque teno sus virus I,TTSuV1)等6种病原的扩增均为阴性,特异性较好。敏感性结果显示,同时检测PRRSV、PCV3、SIV这3种病原的检测下限为100copies/μL,批间与批内试验结果均一致。用该方法对黑龙江省部分地区猪场的67份临床病料进行检测,结果显示PRRSV阳性率为16.5%,PCV3阳性率为10.5%,SIV阳性率为10.5%,而且存在混合感染。【结论】该方法灵敏度高、特异性强,能够应用于临床样品检测,有效预测病原的流行情况。     

马传染性贫血发病过程中细胞毒性T细胞的作用及其表位研究进展

马传染性贫血(Equine infectious anemia,EIA)是马属动物感染的一种主要经由虫媒传播的传染性疾病。该病的临床表征为反复发热、贫血、出血、水肿以及消瘦等,病理生理变化以血小板减少为主[1]。EIA的致病原为马传染性贫血病毒(Equine infectious anemia virus,EIAV),该病毒与人