翘嘴红鲌苏州和宜兴养殖种群的遗传多样性分析

目的:对翘嘴红鲌养殖种群遗传多样性进行分析,以科学地评价它们的种群遗传结构。方法:采用RAPD技术,对翘嘴红鲌苏州和宜兴养殖种群的遗传多样性进行分析。结果:苏州养殖种群的多态位点比例为25%,种群平均杂合度为0.1654,Shannon多样性指数为0.671;宜兴群体的多态位点比例为22.4%,群体平均杂合度为0.1446,Shannon多样性指数为0.0594。苏州群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9378,遗传距离为0.0622;宜兴群体内各个体之间的遗传相似度度为0.9444,遗传距离为0.0556;两群体之间的遗传距离为0.0146。结论:两种群具有较低的遗传多样性。     

企鹅珍珠贝不同地理群体遗传多样性的fAFLP 分析

为阐明企鹅珍珠贝(Pteria penguin)不同地理种群的遗传多样性机制, 采用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术分析了企鹅珍珠贝广西涠洲岛、广东流沙湾和海南黎安3 个不同地理群体的遗传多样性。选取7 对引物组合对90 个个体(每个群体30 个)进行fAFLP 扩增, 结果发现每个个体均能扩增出清晰的、可重复的扩增条带, 每对引物的扩增位点数在100—163 之间, 共得到895 个扩增位点, 多态位点数为865 个; 涠洲岛、流沙湾和黎安群体的多态位点比例分别为70.73%、63.13%、66.82%。Nei 遗传多样性指数为0.1634、0.1558、0.1783, Shannon 遗传多样性指数为0.2635、0.2474、0.2932。3 个群体间遗传相似度在0.9722—0.9824之间, 遗传距离在0.0177—0.0282 之间。根据遗传距离绘制UPGMA 聚类图, 但Mantel 检验结果显示企鹅珍珠贝三群体间的遗传距离与地理距离之间无显著相关。Shannon 遗传多样性指数和AMOVA 分析, 结果均显示企鹅珍珠贝的遗传变异主要来源于群体内个体间, 7.91%的遗传变异来自群体间, 92.09%的遗传变异来自群体内。分析群体的显性基因型频率分布和基因流Nm 发现3 个群体有基本相同的遗传结构, 有明显的基因交流。研究结果表明北海涠洲岛群体、湛江流沙湾群体和海南黎安群体的企鹅珍珠贝种质有较高的多态位点比例, 但未发生显著地理分化。这一结果为我国企鹅珍珠贝的良种选育以及种质资源保护措施的制定提供了参考依据。       

利用SRAP标记研究四个暗纹东方鲀群体的遗传多样性

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)分子标记首次对4个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)群体(1个长江捕捞群体、1个放流群体和2个养殖群体)进行了遗传多样性分析。从49对引物组合中筛选出18对扩增条带清晰、稳定的引物组合对4个群体进行扩增,共获得231个位点,其中多态位点数为156个,总多态位点百分率为67.53%。4个群体内多态位点比例为54.98%—58.87%,群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.1992—0.2005,群体Shannon多样性指数(I)为0.2953—0.3016,群体间基因流(Nm)为4.1291。长江捕捞群体的多态位点比例、基因多样性指数、Shannon多样性指数均略高于其他三个群体。采用UPGMA法对4个群体进行聚类分析显示,上海养殖群体单独聚为一类,其余3个群体聚为另一类。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.40%。以上结果表明,4个暗纹东方鲀群体具有较高的遗传多样性,群体间相似性较大,并且存在一定的基因交流。     

上海崇明明珠湖摇蚊幼虫群落结构特征及其对水质的指示作用

2006年7月至2008年4月,对上海崇明岛明珠湖摇蚊群落的结构特征进行了季节调查研究.共调查到11种摇蚊,隶属3亚科10属,优势种为红裸须摇蚊和微小摇蚊.聚类分析表明,优势种具有明显的季节性,春夏季优势种为微小摇蚊、秋季为中国长足摇蚊、冬季为红裸须摇蚊.摇蚊群落物种多样性（H′）季节间差异显著,春、秋、冬季较高,夏季最低;物种多样性与均匀度（J）和物种丰富度（S）均显著相关,但主要受均匀度的影响.摇蚊幼虫年平均密度冬季最高、秋季最低,生物量冬季最高,其他3季均处在较低水平上.红裸须摇蚊和微小摇蚊种群动态季节变化显著,而中国长足摇蚊的变化不明显.采用Shannon多样性指数和Hilsenhoff生物指数对明珠湖的水质进行了评价,表明该湖的水质等级为中污染-污染,已达富营养化水平.     

三个地理群体赤眼鳟遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对宿鸭湖、青龙湖和丹江口水库3个野生赤眼鳟群体的遗传多样性进行分析.9个RAPD引物共获得93个扩增位点,其中多态位点56个,多态位点比例为60.22%.3个群体的多态位点比例分别为53.01%、54.12%和57.95%,遗传距离分别为0.1548、0.1613和0.1764,Shannon信息指数分别为0.2249、0.2318和0.2437.群体间遗传距离以宿鸭湖和青龙湖群体最近(0.1257),青龙湖与丹江口水库群体最远(0.1416).结果表明3个赤眼鳟群体的遗传多样性均较丰富,但群体间地理遗传分化差异并不明显.     

三种兰科植物的保护遗传学研究初探

采用随机扩增多态DNA（RAPD）分析研究了中国3种珍稀濒危兰科植物硬叶兜兰（Paphiopedilum micranthum Tang et Wang),麻栗坡兜兰（P.malipoense S.C.Chen et Tsi)和独花兰（Changnienia amoena Chien)的遗传多样性与群体遗传结构,12个RAPD引物在2种兜兰中共扩增出131条带,对4个硬叶兜兰群体的检测表明其物种水平的多态条带百分率（PPB）为71.6%,Nei的基因多样度（h)为0.2171,Shannon多样性指数（I）为0.3301;4个群体的平均多样性水平为PPB=45.2%,h=0.1457,I=0.2204,低于远交兰花的平均水平,在总遗传变异中,群体间遗传变异占20.31%,略高于远交物种的平均水平,在物种水平上,麻栗坡兜兰的PPB为49.5%,h为0.1174,I为0.1764,均大大低于硬叶兜兰,对11个独花兰群体采用16个RAPD引物共扩增出119条带,物种水平PPB-76.5%,h=0.1941,I=0.3058;在群体水平上,上述3个指标的平均值则分别为37.2%,0.1197和0.1810。均低于远交兰花的平均水平,群体间的遗传变异占45.27%,遗传分化明显高于远交物种的平均水平,导致3个物种遗传多样性偏低而群体间遗传分化较高的主要原因在于人为的过度采挖和生境的片断化,研究结果为兰花保护策略和措施的制定提供了理论基础。     

珞珈山东亚三角头涡虫群体遗传多样性贫乏的RAPD证据

无脊椎动物是在生物多样性中占优势的类群,生物多样性研究还未受人们重视。遗传多样性研究是生物多样性研究的重要方面,采用RAPD技术分析了取样于武汉大学珞珈山的一个东亚三角头涡虫群体,该群体多态位点比例为11.3%,遗传相似度0.9505～1.0000,平均遗传相似度为0.9784,Shannon多样性指数为0.180,UPGMA聚类分析显示该群体分为两个大的分支,各项参数显示该群体的遗传多样性贫乏。根据RAPD分析结果,该东亚三角头涡虫群体遗传多样性贫乏与其周围生境退化有关,也可能与东亚三角头涡虫具有无性生殖和有性生殖这一独特的繁殖方式相关。     

WHBE 兔、日本大耳白兔和新西兰兔遗传多样性的 RAPD 分析

目的：应用随机引物扩增多态性DNA技术（ random amplified polymorphic DNA , RAPD）对大耳白黑眼兔（ white hair black eyes rabbit , WHBE rabbit ）、日本大耳白兔（ Japanese white rabbit , JW rabbit ）和新西兰兔（New Zealand white rabbit, NZW rabbit）3个实验兔品系进行遗传分析。方法选用90只实验兔的皮肤组织样品提取基因组DNA,用60个随机引物对实验兔基因组DNA进行PCR扩增,根据电泳结果筛选出多态性较高的引物进行RAPD-PCR分析,再利用Popgene 3．2统计软件对3个品系的扩增条带进行遗传分析,获得实验数据。结果分析结果表明：（1）60个随机引物中筛选出25个多态性较高的引物,3个品系实验兔共检测到493个扩增片段,长度在100～1800 bp之间,筛选的25个引物中,其中16个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出WHBE兔特有的特征条带;（2） WHBE兔位点数为234个,其中多态位点数166个,多态位点比为70．94％,JW兔位点数为228个,其中多态位点数122个,多态位点比为53．51％,NZW兔位点数为231个,其中多态位点数94个,多态位点比为40．69％;（3）三个群体的Shannon多样性指数分别为0．3385,0．2222和0．1905;（4） JW兔和NZW兔的遗传相似系数最高,为0．8443,其次为WHBE兔和JW兔的遗传相似系数,为0．8204,WHBE兔和NZW兔的遗传相似系数最低,为0．7862。结论结果表明WHBE兔与JW兔和NZW兔之间有遗传的相似性,也存在着遗传差异,应用RAPD技术可以很好地检测实验兔不同品系之间以及同一品系不同个体之间的亲缘关系。     

珍稀濒危植物金毛狗的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术,对7个居群79株金毛狗进行遗传多样性分析。结果表明:10对SRAP引物组合共得到107条扩增条带,多态性条带比率为85.98%,Nei’s基因多样性指数为0.229 6,Shannon’s多样性指数为0.358 6,表明金毛狗居群水平具有较高的遗传多样性;金毛狗7个居群的总基因多样度为0.229 6,居群内遗传多样度为0.135 4,居群间的遗传分化指数为0.410 6,表明有41.06%的变异存在于居群间,有58.94%的变异存在于居群内;居群间基因流为0.717 8,表明居群间基因交流频率较低;遗传一致度和UPGMA聚类分析结果显示,生境条件相似的居群优先聚集,说明金毛狗种质亲缘关系与地理分布相关性不显著。     

朱鹮随机微卫星扩增多态DNA（RMAPD）研究

首次利用RMAPD标记对43只洋县人工饲养朱鹮群体的遗传多态性进行了分析。结果表明,RMAPD技术的稳定性与多态性比RAPD高。12对引物共扩增出2147条带纹,93条具有多态性。朱鹮的条带共享率为0.718,遗传多样性指数为3.664,反映群体内个体间相似程度较高,遗传多态性较低,需要加强对朱鹮的遗传多样性保护。     

南方红豆杉不同居群遗传多样性的RAPD研究

用随机扩增多态性方法对广东、湖南、江西等3省的12个南方红豆杉自然居群进行了基因组DNA多态性分析,从100条引物中共筛选出10个引物,获得RAPD谱带86条,多态性谱带占51％。聚类分析结果表明：南方红豆杉居群间的遗传距离与这些居群的地理分布相关,即相同或相邻产地的居群间的遗传距离较小,不同产地个体间的遗传距离较大。粤北南方红豆杉的9个居群的遗传多样性较低,可能与近年来资源遭到严重破坏,及其生长缓慢、种子萌发率低、成活率不高等原因有关。     

应用RAPD标记技术对树鼩遗传多样性的分析

目的建立树鼩RAPD（random amplified polymorphic DNA）遗传标记分析方法,了解中缅树鼩种群的遗传多样性。方法采用PCR技术对40条随机引物进行优化,筛选出能有效用于树鼩群体遗传分析的RAPD位点,对48只树鼩个体的基因组DNA进行PCR扩增,并应用Popgene 1.32与RAPDistance Package Version 1.04等软件进行数据处理,分析树鼩的群体遗传特性。结果20个RAPD引物共检测到113个位点,平均每个引物可扩增出5.65个位点,其中多态位点数为69个（占61.1%）。个体间的遗传相似系数平均为0.8307,个体间遗传距离在0.09-0.27之间,平均遗传距离为0.1693。雄性群体的遗传多态度（H0）（0.1864）略高于雌性群体（0.1470）,平均遗传多态度（Hpop）为0.1667;树鼩遗传多态度所占的比例在群体内为48.29%,而雌、雄群体间为51.71%。NJ法进行聚类分析得出T15、T33和T47号树鼩个体聚类成一大类,其余45只树鼩个体聚成另一大类,雌、雄个体呈相互交叉现象。结论实验所筛选的随机引物可有效用于中缅树鼩种群的遗传结构分析。本树鼩群体具有较好的遗传多样性。     

我国部分金莲花种质资源遗传多样性的RAPD研究

用RAPD标记对来自不同产地的24份金莲花种质从分子水平开展遗传多样性研究,为综舍评价我国金莲花资源现状及植物资源的合理保护提供参考。结果显示,30条RAPD引物共扩增获得194条清晰可辨条带,其中多态性条带108条,多态性位点百分率为55．67％,金莲花总多样性指数为0．1460,居群内遗传多样性为0．0591,Shannon’s多样性指数为0．2248;通过UPGMA进行聚类分析,将24份金莲花种质划分为3个大类,根据总遗传多样性和居群内遗传多样性计算不同居群间遗传分化系数为0．6902,基因流估计平均值为0．2244。研究结果表明,目前我国金莲花种质资源的遗传多样性指教偏低,应该尽快采取相应措施,对不同金莲花资源进行合理保护。     

有性生殖对栗疫病菌群体结构的影响

采用RAPD方法对来源于栗疫病菌8个不同子囊壳的子囊孢子后代和无性生殖的对照群体各23个菌株进行了群体结构的比较。从RAPD随机引物中筛选出扩增多态性丰富的4条引物,共扩增出条带73条,多态性检测率为100%。研究结果表明,在8个子囊壳和无性生殖群体中的基因多样性,64.27%由群体内部引起,只有35.73%的多样性由群体之间的基因差异引起。各子囊壳群体间存在的基因流动很小(Nm=0.8994)。有性群体和无性群体之间的遗传距离为0.1389,基因流动值为3.4212,说明子囊壳群体和无性生殖群体之间存在一定的系统关系。分析表明栗疫病菌子囊孢子后代在自然界的传播对自然界的病菌的多样性起重要的作用。     

采用RAPD标记探讨瓣蕊唐松草(毛茛科唐松草属)的遗传多样性及其地理分布格局(英文)

Random amplified polymerphic DNA(RAPD)method was applied to assessg enetic variation and population structure of Thahctrum petalotdeum L(Ranunoulaceae),Two hundred and forty-six individuals from 11 populations of the species were investigated by RAPD profiles Twenty selected RAPD primers generated 125 bands．in which 120 were polymorphic Ther esults revealed a high level of genetic variation(ercentage of polymorphIc bands(PPB was 96％．Nei’s gene diversity(りwas 03502 and shannon’s information index(I) was 0．5199 at the species level) The differentiation among the populations was high(Gst=0．3511)in this species．Result of analyzing of molecularvariance(AMOVA)showedthat38．88％of genetic variance was found among the populations Positive correlation withr r=01945(P=00002)was found between genetic distance and geographic distance amongpo pulations Two populations distributed in the drainage basin of YanELz River affined genedcally and formed one clada and the rest nine populations formed the other clade in both unweighted pair-group method using arithmetic average(UPGMA)trees made by two different method different methods. It was yen/clear that these two populations were very special, andmust be closely related in history, despite the fact that they now share quite weak link to the restpopulations through gene communication.     

长筒石蒜居群遗传多样性RAPD分析

利用RAPD标记对长筒石蒜3个居群的遗传多样性及分化程度进行了研究。12条随机引物扩增出94个可分析位点,多态位点比率(PPB)为65.96%,表明长筒石蒜具有比较高的遗传多样性。经POP-GENE32分析表明:Nei’s基因多样性指数(h)为0.1897,香农多样性指数(Ⅰ)为0.2945,基因分化系数(GST)为0.1191,基因流(Nm)为3.6980。经WINAMOVA分析表明:居群内遗传变异占71.75%,而居群间只占28.25%。遗传多样性分析表明,各居群的遗传多样性水平由高到低为琅琊山居群>宝华山居群>盱眙居群。遗传分化表明:长筒石蒜各居群间遗传分化程度较低;大部分遗传变异存在于居群内部,表明其具有较强的进化潜力,自然情况下不会处于濒危状态,野生种质资源的破坏,主要来自于人为干扰。     

采用RAPD标记探讨瓣蕊唐松草(毛茛科唐松草属)的遗传多样性及其地理分布格局

采用随机扩增多态DNA(RAPD)标记对瓣蕊唐松草(Thalictrum petaloideum L.)(毛莨科)11个居群246个体的遗传多样性及居群遗传结构进行了检测.20个随机引物扩增出125个用于分析的条带.结果表明:瓣蕊唐松草在物种水平上具有极高的遗传多样性,多态条带比率(PPB)为96%,Nei的基因多样度(h)为0.3502,Shannon多样性指数(I)为0.519 9;居群间分化比较明显,基因分化系数(GsT)为0.351 1,分子方差分析(AMOVA)表明居群间遗传变异占总遗传变异的38.88%;根据条带频率与平均分类距离和Nei遗传距离分别进行UPGMA聚类,结果基本一致,并且反映出与该种地理分布有一定相关性;长江流域分布的两个居群表现出较高的相似性,并与北方分布的各居群构成独立的两支,显示出这两个居群的特殊性,从而对该物种独特分布区成因是由于冰退回迁造成的观点提供了一定的支持.     

濒危植物三棱栎遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA (RAPD)标记对 5个三棱栎 (Trigonobalanusdoichangensis)居群共 99个个体进行遗传多样性和居群遗传结构分析。 16个引物共检测到 15 7个位点 ,其中多态位点 83个 ,占 5 2 87%。物种水平Shannon多样性指数I =0 2 4 31,Nei基因多样度h =0 15 95 ,种内总遗传变异量Ht=0 16 0 0 ,居群内遗传变异量Hs =0 0 74 9,居群间变异量大于居群内变异量 ,表明三棱栎的遗传变异主要存在于居群之间。与同科植物相比 ,三棱栎遗传多样性较低 ,遗传分化系数Gst =0 5 32 0 ,说明居群间的遗传变异占 5 3 2 0 % ,居群间已出现强烈的遗传分化。当地人的强烈活动造成的生境破碎化和居群隔离 ,以及三棱栎演化过程中的地史变化对其种群发展的影响等 ,可能是造成其居群间强烈的遗传分化和较低遗传多样性的原因。基于本研究结果 ,提出了三棱栎遗传多样性的保护策略。     

内蒙古中东部不同草原地带羊草种群遗传分化

运用 RAPD技术对内蒙古不同草原地带分布的 5个羊草种群 (共 10 0个个体 )的遗传多样性进行分析。 31个随机引物(10 nt)在 5个羊草种群中共检测到 4 96个扩增片断 ,其中多态性片断 4 89个 ,总的多态位点百分率达 98.6 %。利用 Nei指数和Shannon指数估算了 5个种群的遗传多样性 ,并计算种群相似系数和遗传距离运用 UPGMA法进行聚类分析。结果表明 :无论是种群内还是种群间 ,羊草均存在较高的遗传变异 ,大部分的遗传变异存在于种群内 (Nei指数和 Shannon指数估算结果分别为 85 .4 %和 72 .5 % ) ,只有少部分的遗传变异存在于种群间 ;不同种群的遗传多样性存在差异 ,各种群的遗传多样性与其所处的地理位置具有显著的相关性 ;5个种群的平均遗传距离为 0 .5 0 95 ,变异范围为 0 .4 6 84～ 0 .5 4 76 ;聚类分析结果显示地理距离较近的种群遗传距离较小 ,首先聚在一起 ,而地理距离较远的种群遗传距离较大 ,说明羊草种群间的遗传分化与地理距离存在一定相关性 ;但地理距离最近的两个种群并未最先聚集 ,说明羊草种群间的分化还与其生境的异质性有关     

Study on DNA Diversity of Liaodong Oak Population at Dongling Mountain Region,Beijing

Random amplified polymorphic DNA(RAPD) and DNA amplification fingerprinting (DAF) markers were used in detecting genetic structure and DNA diversity of two Liaodong oak ( Quercus liaotungensis Koidz. ) populations at Dongling mountain region, a suburb of Beijing City. Shannon's index of phenotypic diversity was used to partition diversity into components within and between populations. Two hundred and five bands from twelve primers were analyzed. The results showed very high genetic variability within the Liaodong oak populations. The diversity in the central population was higher than that of the marginal one. 95 % of total genetic diversity occurred within populations and the coefficient of gene differentiation was 0.05. Significant difference of gene frequency has been detected in a few loci between populations. The study of different age groups of the oak trees implied that deforestation exerted certain impacts on the genetic structure of the Liaodong oak.