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| 椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发 | |
| 作者姓名： | 王久利 陈世龙 邢睿 宋相杰 朱明星 张发起 |
| 作者单位： | 1. 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室, 中国科学院西北高原生物研究所, 西北生态环境资源研究院, 西宁 810008; 2. 中国科学院大学, 北京 100039; 3. 青海大学生态环境工程学院, 西宁 810016; 4. 青海省作物分子育种重点实验室, 西宁 810008 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金（31400322）;青海省应用基础研究计划（2016-ZJ-761）;青海省自然科学基金青年基金（2015-ZJ-925Q）;青海省作物分子育种重点实验室（2017-ZJ-Y14） |
| 摘 要： | 基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚（Halenia ellipitica D.Don）简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR（二、三、四、五、六核苷酸）位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种（12~36 bp）;重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多（91种）。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁（P<0.05）;其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡（P<0.01）且存在较高的纯合子数量（观测杂合度Ho均值0.226）;近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流Nm为0.474。 |
| 关 键 词： | 椭圆叶花锚 RAD-seq SSR分子标记 简化基因组测序 |
| 收稿时间： | 2017-09-21 |
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