| 雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布 |
| |
| 引用本文： | 孙高飞 何守朴 杜雄明. 雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布[J]. 遗传, 2013, 35(10): 1226-1236. DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.01226 |
| |
| 作者姓名： | 孙高飞 何守朴 杜雄明 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国农业科学院棉花研究所, 棉花生物学国家重点实验室, 安阳455000; 2. 安阳工学院计算机科学与信息工程学院, 安阳455000 |
| |
| 基金项目： | Gossypium raimondii; genome-wide; cis-regulatory element (CRE) |
| |
| 摘 要： | 随着雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)基因组草图的完成, 相关的基因组学研究已经全面展开。文章利用已公布的雷蒙德氏棉和拟南芥基因组序列, 结合顺式作用元件(cis-regulatory element, CRE)数据库PLACE中的CRE序列信息, 对两个物种中带有5′UTR注释的基因启动子上游1 000 bp序列进行CRE扫描和统计。结果表明, 雷蒙德氏棉和拟南芥基因组中分别有44(12.3%)和57(15.5%)个CRE在启动子的特定位置呈峰状分布, 其中在两个基因组均呈峰状分布的有34个, 这些CRE又可以根据核心序列分为4大类。TATABOX类CRE顶峰在启动子中出现的位置和其真实位置(~ -30 bp)具有一致性, 预示CRE真实位置在不同基因启动子中相对保守, 从而推测本研究中呈峰状分布CRE的顶峰位置可能就是转录因子和该CRE结合的真实位置。而同一CRE在两个基因组中存在的位置差异则主要源于雷蒙德氏棉基因的5′UTR长度变异大于拟南芥。另外, 文章还发现绝大多数峰状分布的CRE的位置都集中在-110 bp~0 bp之间, 这种集中的分布可能更有利于转录因子之间相互作用, 从而调控下游基因的表达。
|
| 关 键 词： | 雷蒙德氏棉 全基因组 顺式作用元件 |
| 收稿时间： | 2013-04-07 |
Analysis of cis-regulatory element distribution in gene promoters of Gossypium raimondii and Arabidopsis thaliana |
| |
| Affiliation: | 1. State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang 455000, China;2. Department of Computer Science and Information Engineering, Anyang Institute of Technology, Anyang 455000, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Gossypium raimondii genome-wide cis-regulatory element (CRE) |
|
| 点击此处可从《遗传》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《遗传》下载全文 |
|
