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| 兔出血症病毒NJ85株衣壳蛋白变异性分析及立体结构预测 | |
| 引用本文： | 王永山,陆承平,周宗安.兔出血症病毒NJ85株衣壳蛋白变异性分析及立体结构预测[J].中国病毒学,2003,18(6):557-562. |
| 作者姓名： | 王永山 陆承平 周宗安 |
| 作者单位： | 1. 南京农业大学动物医学院,江苏南京,210095;南京军区军事医学研究所,江苏南京,210002 2. 南京农业大学动物医学院,江苏南京,210095 3. 南京军区军事医学研究所,江苏南京,210002 |
| 摘 要： | 用分子克隆技术从兔出血症病毒(RHDV)中国早期流行株NJ85中成功克隆出vp60基因,序列分析表明基因长度为1740nt,编码579aa.利用GenBank数据库,NJ85与WX84、TP二个RHDV中国毒株vp60基因DNA序列的同源性分别为92.7%和97.2%,氨基酸序列的同源性分别为96.1%和98.6%,与其他国家16个毒株的vp60基因DNA序列的同源性在83.7%～97.0%之间,氨基酸序列的同源性在90.5%～99.0%之间,具有高度的同源性. 进一步分析vp60基因的六个分区,A、B、D、F四个区变异率较低,C、E二个区变异率较高.在遗传进化上,历年来的RHDV毒株在氨基酸水平上分析可分为三个支谱系,在核苷酸水平上趋向四个支谱系,谱系没有呈现地域或时间特征.三个中国毒株分布在二个不同的支谱系中.与RHDV同为兔病毒属的欧洲野兔综合征病毒(EBHSV)组成了另一个谱系.运用生物信息学方法分析了NJ85 VP60蛋白的分子量、等电点、疏水性和二级结构,根据同源模型预测分析了三级结构.NJ85 VP60的二级结构以β片层为主,三级结构稳定.病毒衣壳表面有32个杯状凹陷, 由90个二聚体组成,二聚体由VP60单体以A/B5和C/C2两种方式构成,单体在二聚体中的构象有A、B、C三种形式.单体含有S、P两个结构域,两者通过柔性绞链连接,P结构域由VP60的C端部分形成,P分为P1和P2二个亚结构域,P2位于病毒衣壳表面,含有病毒株特异性抗原表位和红细胞结合位点. |
| 关 键 词： | 兔出血症病毒(RHDV) 欧洲野兔综合征病毒(EBHSV) 衣壳蛋白(vp60)基因 结构预测 生物信息学 |
| 文章编号： | 1003-5125(2003)06-0557-06 |
| 修稿时间： | 2003年5月30日 |
Variant Analysis and Three-Dimensional Structure Prediction of the Capsid Protein of the Chinese Early Isolate NJ85 of Rabbit hemorrhagic disease virus |
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