| 亚历山大藻属微卫星标记的筛选 |
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| 引用本文： | 王东东,杨维东,刘洁生.亚历山大藻属微卫星标记的筛选[J].生态学报,2009,29(4):2124-2133. |
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| 作者姓名： | 王东东 杨维东 刘洁生 |
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| 作者单位： | 1. 暨南大学生物工程学系,广州,510632;广东省微生物研究所,广州,510070
2. 暨南大学生物工程学系,广州,510632;水体富营养化与赤潮防治广东省高等学校重点实验室,广州,510632 |
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| 基金项目： | 广东省自然科学基金重点项目，国家自然科学基金-广东省联合基金重点项目 |
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| 摘 要： | 采用生物信息学方法,从塔玛亚历山大藻的ESTs数据库中筛选微卫星(Simple Sequence Repeat, SSR)位点,设计SSR引物,利用毛细管电泳对4株塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、2株相关亚历山大藻(Alexandrium affine)和1株链状亚历山大藻(Alexandrium catenella)进行种内、种间遗传多样性分析,获得以下主要结果:(1)从6830条非冗余的ESTs中共查找到222个SSR,平均每18.5kb就有一个SSR,三核苷酸重复在所有的重复类型中所占比例最大,达到48.2%,重复单元CTG/CAG出现频率最高.进一步筛选出12条SSR引物,用于遗传多样性分析.(2)种内遗传多样性水平整体偏低,多态性引物比率仅为41 67%,Nei's基因多样性平均为0.2130.种间遗传多样性水平较高,多态性引物比率为75%,Nei's基因多样性平均水平为0 4643;另外,种间遗传分化系数较高,平均水平为0.7051.(3)对7个样品的聚类图分析发现,A. tamarense CCMP116 与A. affine CCMP112遗传距离极为接近;A. tamarense ATHK9301、CCMP1598和ATDH01相互聚在一起;A. catenella ACDH01与A. tamarense分属两枝.以上结果表明,SSR标记在亚历山大藻种内遗传多样性分析方面是一种非常有用的工具.
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| 关 键 词： | 亚历山大藻 表达序列标签 微卫星标记 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2007/10/24 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2008/8/29 0:00:00 |
Screening of microsatellite markers in Alexandrium spp. |
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| WANG Dong-Dong,YANG Wei-Dong,LIU Jie-Sheng.Screening of microsatellite markers in Alexandrium spp.[J].Acta Ecologica Sinica,2009,29(4):2124-2133. |
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| Authors: | WANG Dong-Dong YANG Wei-Dong LIU Jie-Sheng |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Alexanderium spp EST SSR Genetic diversity |
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