鲫鱼生长激素Ⅰ基因内含子2的多态性分析

利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Denaturing-Polyacrylamid Gel Electrophoresis，DPAGE)和单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism，SSCP)分析技术，在普通鲫鱼种群(7个野生鲫鱼群体和2个金鱼群体)和银鲫种群(1个方正银鲫群体)共162个个体生长激素Ⅰ(Growth HormoneⅠ，GHⅠ)基因的内含子2中检测到丰富的长度和序列多态性。在所有群体中，GHⅠ基因内含子2的长度存在7种类型，分别为A、B、c、D、E、F和G型，变异频率为4．32％；其序列存在15种单倍型，分别为Al、A2、A3、B、c1、C2、Dl、D2、D3、D4、D5、E1、E2、F和G型，变异频率为9．26%。对这15种单倍型的DNA序列进行分析，结果表明：1)鲫鱼GHⅠ基因内含子2的扩增DNA片段长为243～263bp，其中包括部分外显子2(3’端，33bp)、内含子2和部分外显子3(5’端，2lbp)。15种单倍型A、T、G、C碱基平均百分比组成分别为34．13％、37．36％、15．130A，、13．38％，其中G C(28．5l％)含量明显小于A T(71．49%)含量。内含子2与外显子2、3的接头区存在GT-AG保守序列，此为真核基因中mRNA剪接的识别信号。内含子2的5’端存在有一序列为GTAAGAT的保守区域，在其近3’端分布有一高丰度嘧啶区；2)内含子2的7种长度类型A、B、C、D、E、F和G型分别为189、196、204、205、206、207和209bp，其差异主要由单碱基T重复次数N不同(Ⅳ：0、8、9、10、11和13)和3种序列(TGAAAAC、TT和GAGTG)中1种或2种序列的缺失所引起；3)内含子2的15种单倍型的核苷酸序列中共有17个突变位点，包括2个碱基颠换突变位点和15个碱基转换突变位点，碱基转换突变频率为88．24％，明显高于颠换突变频率(11．76％)。普通鲫鱼种群中金鱼群体D11b、Dhr的GHⅠ基因内含子2均为长度类型A，含有两种序列单倍型(以下简称单倍型)即A1和A2；野生鲫鱼群体的内含子长度和序列变异较大，检测到A、B、C、D、E、F、G7种长度类型和14种单倍型(A1、A2、A3、B、C1、C2、D1、D2、D3、D4、E1、E2、F和G型)。在银鲫种群CaG中检测到c和D两种长度类型和4种序列单倍型(C1、C2、D2和D5)，其中D5仅在此种群中检测到。