毛竹GRF转录因子家族的全基因组鉴定与分析 |
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引用本文: | 何龙燕,刘武阳,娄永峰,肖复明.毛竹GRF转录因子家族的全基因组鉴定与分析[J].植物科学学报,2018,36(5):713-720. |
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作者姓名: | 何龙燕 刘武阳 娄永峰 肖复明 |
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作者单位: | 1. 江西农业大学, 江西省森林培育重点实验室, 南昌 330045;
2. 江西省林业科学院, 江西省植物生物技术重点实验室, 南昌 330032;
3. 江西省信丰县林木良种场, 江西信丰 341602 |
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基金项目: | 江西省青年科学基金项目(20171BAB214033)。 |
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摘 要: | 利用生物信息学方法,于毛竹(Phyllostachys edulis (Carr.) Lehaie)全基因组中鉴定获得18个GRF转录因子,并对其理化特性、保守结构域、系统发育关系、mi R396靶位点以及基因表达模式进行了分析。结果表明,18个Pe GRF蛋白长度为170~551 aa,分子量为18.5~58.8 k D;这些Pe GRF蛋白均具有QLQ和WRC结构域,部分Pe GRF含有FFD和TQL保守结构域。对毛竹、拟南芥(Arabidopsis thaliana (L.) Heynh)和水稻(Oryza sativa L.)的系统进化分析结果显示,毛竹18个GRF可分为3个亚类,且单子叶植物毛竹和水稻的GRF转录因子亲缘关系更近。mi R396靶位点预测分析结果发现,在13个Pe GRF基因序列的编码区存在毛竹mi R396结合位点; Pe GRF基因表达模式分析结果显示,Pe GRF主要在毛竹的竹笋中表达。
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关 键 词: | 毛竹 GRF 基因家族 表达分析 |
收稿时间: | 2018-03-16 |
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