| 香樟转录组基因密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 梁晓静,朱昌叁,李开祥,安家成,王鹏良.香樟转录组基因密码子偏好性分析[J].广西植物,2021,41(12):2077-2083. |
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| 作者姓名： | 梁晓静 朱昌叁 李开祥 安家成 王鹏良 |
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| 作者单位： | 广西林业科学研究院,广西特色经济林培育与利用重点实验室,国家林业局八角肉桂工程技术研究中心,广西木本香料工程技术研究中心,南宁 530002;北部湾大学,广西 钦州 535011 |
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| 基金项目： | 自治区主席科技资金项目(1517-06); 第八批广西特聘专家专项; 广西林科院基本科研业务费项目(林科201806号); 广西重点实验室开放课题(19-B-04-01)[Supported by the Scientific Program of Chairman in Guangxi(1517-06); the Eighth Batch Guangxi Special Expert Program; Basic Research Fund of Guangxi Forestry Research Institute(LinKe 201806); Open Project of Guangxi Key Laboratory(19-B-04-01)]。 |
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| 摘 要： | 为了解香樟基因密码子偏好性,该文以NCBI网站中香樟转录组数据为材料,利用生物信息学手段评价转录组数据质量,选取高质量数据的转录组,去除低质量序列,组装转录组,预测基因结构,再利用自编perl脚本提取以AUG开头的基因序列37 Mb序列34 931个基因,进一步利用CodonW分析基因密码子偏好性。结果表明:GC含量的变化范围为0.273～0.742,均值为0.452; ENC的范围为26.29～61.00,均值为52.76; CAI的范围为0.064～0.401,均值为0.199; RSCU值大于1的密码子数目为27个,其中以U或A结尾的有22个; 中性分析表明,小部分基因在对角线上,大多数基因偏离对角线; ENC-plot分析表明小部分基因在标准曲线上,大多数基因偏离标准曲线。上述研究结果表明,香樟基因的密码子偏好性比较弱,密码子常以A/U结尾; 突变和选择两者都在密码子偏好中起作用,而选择作用更大; 最终确定了GUU、CAG、GAA、UCU、GCU、GGU为最优密码子,通过对目标基因密码子的校正,提高表达效率,从而为利用基因工程技术改良香樟重要性状奠定了基础。
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| 关 键 词： | 香樟 转录组 基因 密码子 偏好性 |
| 收稿时间： | 2020/7/22 0:00:00 |
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