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苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析
引用本文:沈兵琪,高晓宇,王大玮,周 军,邓 浪,周 凡,纪 晴,程 慧.苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析[J].西北植物学报,2017,37(3):460-469.
作者姓名:沈兵琪  高晓宇  王大玮  周 军  邓 浪  周 凡  纪 晴  程 慧
作者单位:(1 西南林业大学 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,昆明 650224;2 西南林业大学 西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室,昆明 650224)
基金项目:国家林业局948项目(2013 4 44);
摘    要:DREB转录因子属于AP2/ERF转录因子家族,能够与DRE/CRT顺式作用元件特异性结合,调控与逆境应答基因的表达,因而在植物应对低温、干旱、高盐等逆境胁迫中发挥重要作用。该研究利用苹果全基因组数据,通过生物信息学手段鉴定苹果DREB转录因子家族成员,并分析DREB转录因子家族保守域特点与功能及表达情况。结果表明:从苹果全基因组中共鉴定出60个DREB转录因子家族成员,与拟南芥和水稻相比基本一致,通过引入拟南芥DREB基因进行系统发生分析,进一步可以将其细分为6个亚组;结构域和保守元件分析表明,DREB基因家族含有一个AP2保守结构域;染色体定位表明,苹果DREB基因分布于11条染色体上,部分基因存在串联复制现象;基因结构分析显示,该亚家族基因不含内含子。利用同源拟南芥RNA-Seq数据分析结果表明,DREB转录因子家族对低温、ABA调节等非生物胁迫具有调控作用,同时在DREB亚家族中每个亚组响应不同的非生物胁迫;通过分析DREB基因在不同组织中的表达情况,结果显示DREB基因在植物根部中的表达量最强,其次是叶。

关 键 词:苹果  DREB  转录因子  生物信息学  同源表达
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