草莓TCP转录因子家族生物信息学鉴定及基因表达分析 |
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引用本文: | 张志强,卢世雄,马宗桓,周 琪,何红红,陈佰鸿,毛 娟.草莓TCP转录因子家族生物信息学鉴定及基因表达分析[J].西北植物学报,2020,40(12):2031-2043. |
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作者姓名: | 张志强 卢世雄 马宗桓 周 琪 何红红 陈佰鸿 毛 娟 |
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作者单位: | (甘肃农业大学 园艺学院,兰州 730070) |
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基金项目: | 甘肃农业大学青年导师基金(GAU QDFC 2019 05); |
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摘 要: | TCP转录因子家族是植物特异的一类调控逆境胁迫的重要转录因子。该研究利用生物信息学方法对草莓TCP转录因子家族成员进行鉴定,采用qRT PCR方法检测转录因子家族在非生物胁迫中的表达,并对相应转录因子家族基因的结构和功能进行了预测,为探究TCP转录因子在森林草莓非生物胁迫中的作用奠定基础。结果显示:(1)从森林草莓(Fragaria vesca)基因组和凤梨草莓(Fragaria ananassa)基因组中分别筛选了18个和58个TCP基因,并根据基因在染色体上的位置分别命名为FvTCP1~FvTCP18和FaTCP1~FaTCP58,亚细胞定位显示TCP家族基因主要位于细胞核上。(2)qRT PCR分析表明,森林草莓家族基因对逆境胁迫具有响应作用,但不同成员在不同胁迫处理下的响应程度存在差异,FvTCP14在200 mmol·L-1 NaCl、10% PEG、100 μmol·L-1 ABA、4 ℃低温、40 ℃高温和100 mmol·L-1 H2O2处理下相对表达量极显著高于对照,分别是对照的43.78倍、166.73倍、38.39倍、265.87倍、626.24倍和451.85倍,表明FvTCP14响应干旱、盐、ABA、H2O2、低温和高温胁迫;另外发现,FvTCP12在4 ℃低温、100 μmol·L-1 ABA和100 mmol·L-1 H2O2胁迫下与对照相比呈下调趋势,推测FvTCP12基因对低温、ABA和H2O2胁迫具有负调控作用。研究表明,森林草莓TCP转录因子在不同逆境胁迫中的表达存在一定的差异。
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关 键 词: | 草莓 TCP家族 生物信息学 qRT PCR |
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