| 蕨类植物rbcL基因正选择和负选择位点的鉴定 |
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| 引用本文： | 陈洁,张丽君,王艇.蕨类植物rbcL基因正选择和负选择位点的鉴定[J].西北植物学报,2009,29(12). |
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| 作者姓名： | 陈洁 张丽君 王艇 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院武汉植物园,武汉,430074;中国科学院研究生院,北京,100049
2. 中国科学院武汉植物园,武汉,430074 |
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| 基金项目： | 中国科学院"百人计划"资助项目，湖北省自然科学基金，国家自然科学基金 |
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| 摘 要： | 基于分支模型、位点模型及分支-位点模型对蕨类的rbcL基因所受到的选择压力进行了分析.结果显示:分支模型下检测到大部分分支处于负选择,仅4个分支处于正选择压力下,并且仅2分支具有统计上的显著性;在位点模型下,通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上模型M2a和模型M8均鉴定出98L位点被正选择;在模型M8下,鉴定负向选择位点共228个,占总序列的83.82%,从而揭示出负选择对rbcL基因的进化起着非常重要的作用;在分支位点-模型c下鉴定出262A被正选择.98L、262A位点分别位于rbcL羧基末端α/β桶结构域的第3和第8个α螺旋上.蕨类通过该结构域的适应性进化,适应白垩纪被子植物兴起而引发的陆地生态系统改变,研究结果为以后实验分析提供了首选位点.
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| 关 键 词： | 蕨类 rbcL基因 分支模型 位点模型 分支-位点模型 正向选择 负向选择 |
Diversifying and Purifying Selection Sites in rbcL Gene of Fern Species |
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| CHEN Jie,ZHANG Li-jun,WANG Ting.Diversifying and Purifying Selection Sites in rbcL Gene of Fern Species[J].Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica,2009,29(12). |
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| Authors: | CHEN Jie ZHANG Li-jun WANG Ting |
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| Institution: | CHEN Jie1,2,ZHANG Li-jun1,WANG Ting1(1 Wuhan Botanical Garden,Chinese Academy of Sciences,Wuhan 430074,China,2 Graduate University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China) |
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| Abstract: | To understand the selective pressure acting on Rubisco and to examine possible differences in the evolutionary dynamics among ferns,we use branch model,site model and branch-site models established by Yang et al.to conduct the analyses.Except 4 branches,most of the branches are under purifying selection under branch model,and only 2 branches show statistics significance.Under the site model,based on the comparisons between the models M1a/M2a and M7/M8,98L was found to be positively selected under both model... |
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| Keywords: | fern rbcL gene branch model site model branch-site model positive selection purifying selection |
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