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兰州大尾羊MAPK13基因cDNA克隆及生物信息学分析
引用本文:金方园,徐红伟,达小强,臧荣鑫,柏家林,曹忻,蔡勇,冯玉兰,杨具田.兰州大尾羊MAPK13基因cDNA克隆及生物信息学分析[J].生物技术通报,2014(8).
作者姓名:金方园  徐红伟  达小强  臧荣鑫  柏家林  曹忻  蔡勇  冯玉兰  杨具田
作者单位:西北民族大学生命科学与工程学院;西北民族大学实验中心;
基金项目:国家自然科学基金项目(31160440,31260533,31360529);甘肃省科技支撑计划项目(1011NKCA051);兰州市科技计划项目(2011-1-113);西北民族大学研究生科研创新项目(ycx13175)
摘    要:克隆兰州大尾羊促分裂素原活化蛋白激酶MAPK13基因,并分析其序列及其编码蛋白的生物学特性,为研究绵羊MAPK13基因的功能和生产应用提供参考。根据绵羊MAPK13基因CDS序列设计特异引物,利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因全长序列,并结合生物信息学方法分析其生物学特性。克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因cDNA序列全长1 397 bp,其CDS区片段长1 102 bp,编码367个氨基酸。预测兰州大尾羊MAPK13蛋白分子量为42.29 kD,理论等电点为8.82,为非跨膜的疏水性蛋白,亚细胞定位主要在细胞质中,无信号肽,不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有19个磷酸化位点,3个糖基化位点,3个磷酸化功能结构域,4个其他结构域,1个LCR片段,二级结构以α-螺旋为主。同源性分析显示兰州大尾羊MAPK13基因序列与已发布的绵羊MAPK13 mRNA序列(登录号:NM_001139455.1)相比,其第852位发生碱基转换(CA),导致编码蛋白第265位氨基酸发生碱基转换(ST),同时,第951位发生碱基转换(TG),但其所编码氨基酸不变。构建的基因进化树分析结果显示兰州大尾羊与牛亲缘关系最近。兰州大尾羊与其他物种MAPK13基因在结构上相似性较高,说明该基因具有高度的保守性,其序列包含的S_TKc结构域可将ATP的γ磷酰基转移到蛋白质丝氨酸/苏氨酸残基上,导致一系列肥胖相关基因的功能失调和表达变化,为进一步研究MAPK13基因与成脂分化过程的相关性提供了参考。

关 键 词:兰州大尾羊  MAPK基因  cDNA  末端快速扩增  生物信息学
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