烟草种质基因分型核心SNP标记的开发 |
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引用本文: | 余世洲,曹领改,王世泽,刘勇,边文杰,任学良.烟草种质基因分型核心SNP标记的开发[J].生物技术通报,2023(3):89-100. |
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作者姓名: | 余世洲 曹领改 王世泽 刘勇 边文杰 任学良 |
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作者单位: | 1. 贵州省烟草科学研究院;2. 河北科技师范学院;3. 河南农业大学;4. 安徽中烟工业有限责任公司 |
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摘 要: | 基于KASP(kompetitive allele specific PCR)技术平台,开发并验证可用于烟草核心种质基因分型的SNP(single nucleotide polymorphism)标记和对应检测引物,为烟草种质基因型鉴定评价、遗传多样性分析、核心种质筛选等提供技术和数据支持。利用Python和Perl脚本程序对覆盖烟草全基因组的1 179 154个SNP位点进行KASP引物设计和筛选,并通过试验验证其准确度和可用性。结果共有217 621个SNP位点完成了对应KASP引物设计,选择1 378个SNP位点进行试验验证,明确了732个可作为SNP标记,并确定48个SNP标记作为烟草种质资源基因分型的核心标记。这48个核心标记在烟草24条染色体上平均分布,平均PIC为0.36,平均MAF为0.39。利用确定的48个核心SNP标记,可以将各供试种质特别是将当前主栽烟草品种基因型进行区分,且标记具有极高的可靠性。
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关 键 词: | 烟草 种质资源 单核苷酸多态性 竞争性等位基因特异性PCR |
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