| 新城疫病毒P/V/W基因编码产物功能结构域的分析及定位 |
| |
| 引用本文： | 仇旭升,孟春春,于洋,陈鸿军,于圣青,丁铲.新城疫病毒P/V/W基因编码产物功能结构域的分析及定位[J].生物技术通报,2011(1). |
| |
| 作者姓名： | 仇旭升 孟春春 于洋 陈鸿军 于圣青 丁铲 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国农业科学院上海兽医研究所,上海,200241;扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室,扬州,225009
2. 中国农业科学院上海兽医研究所,上海,200241 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金重点项目(30630048); 2010年中央公益性研究院所基础业务专项经费项目(2010JB24) |
| |
| 摘 要： | NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码3种病毒蛋白P、V和W。为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置,对这3种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行生物信息学分析。分别设计针对基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class Ⅰ NDV毒株P基因的引物。RT-PCR获得5种基因型NDV P基因的正确序列。通过核苷酸序列预测P基因表达产物的氨基酸序列,并进行二级结构预测和三级结构模拟。将SV5 V蛋白空间结构作为模板,从而分析获得了NDVP/V/W基因编码产物的二级结构以及部分空间结构。综合各种分析数据,预测P蛋白辅助N蛋白折叠的结构域位于N端前50 aa内;介导P蛋白四聚体形成的coiled-coil结构位于221-290 aa范围内;介导P蛋白与基因组的作用的X结构域位于291-392 aa范围内。V蛋白的C端结构域的编码区域位于P蛋白132-239 aa编码区域内。
|
| 关 键 词： | 新城疫病毒 P蛋白 V蛋白 生物信息学 功能结构域 |
Bioinformatics Analysis of the P Gene-coded Viral Proteins of Newcastle Disease Virus |
| |
| Qiu Xusheng,Meng Chunchun,Yu Yang,Chen Hongjun,Yu Shengqing,Ding Chan.Bioinformatics Analysis of the P Gene-coded Viral Proteins of Newcastle Disease Virus[J].Biotechnology Bulletin,2011(1). |
| |
| Authors: | Qiu Xusheng Meng Chunchun Yu Yang Chen Hongjun Yu Shengqing Ding Chan |
| |
| Institution: | Qiu Xusheng1,2 Meng Chunchun1,2 Yu Yang1 Chen Hongjun1 Yu Shengqing1 Ding Chan1(1Shanghai Veterinary Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Shanghai 200241,2Key Laboratory of Animal Infection Disease of Ministry of Agriculture,Yangzhou University,Yangzhou 225009) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Newcastle disease virus Phosphoprotein V protein Bioinformatics Functional domain |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
