盐芥ICE1转录因子的克隆及生物信息学分析 |
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引用本文: | 轩春雷,肖向文,李晓波,祝建波.盐芥ICE1转录因子的克隆及生物信息学分析[J].生物技术通报,2010(11). |
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作者姓名: | 轩春雷 肖向文 李晓波 祝建波 |
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作者单位: | 1. 石河子大学生命科学学院,石河子,832003 2. 中国科学院新疆理化技术研究所,乌鲁木齐,830023 |
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基金项目: | 国家转基因重大专项,国家"863"重点项目 |
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摘 要: | ICE1基因编码一个MYB类型的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子,在冷胁迫条件下调节CBF基因的表达,能够提高植物抗寒性。利用盐芥5′EST序列和拟南芥ICE13′UTR保守序列设计引物,从盐芥基因组中克隆得到了1个2525bp的基因xhICE。生物信息学分析,表明该基因具有4个外显子,4个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则。由此推导的cDNA包含一个1500bp的开放阅读框,编码500个氨基酸。与拟南芥ICE1相比,二者的内含子具有相同的类型和相对保守的位置,在核酸水平与氨基酸水平高度同源,并且具有相同的bHLH结构域。以上分析都表明,xhICE基因可能是盐芥ICE1基因,涉及抗寒相关的CBF转录调控途径。
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关 键 词: | 转录因子 表达序列标签 生物信息学 |
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