| 青狗尾草RNAi途径相关基因的全基因组鉴定和表达分析 |
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| 引用本文： | 罗皓天,王龙,王禹茜,王月,李佳祯,杨梦珂,张杰,邓欣,王红艳.青狗尾草RNAi途径相关基因的全基因组鉴定和表达分析[J].生物技术通报,2023,39(1):175-186. |
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| 作者姓名： | 罗皓天 王龙 王禹茜 王月 李佳祯 杨梦珂 张杰 邓欣 王红艳 |
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| 作者单位： | 辽宁大学生命科学院，沈阳 110036 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31100172);辽宁省科技厅自然科学基金计划面上项目(2022-MS-174) |
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| 摘 要： | RNAi途径是RdDM途径的衍生途径，其中的AGO、DCL和RDR蛋白在植物的生长发育和响应非生物/生物胁迫过程中发挥重要作用。为了研究RNAi途径的3种主要蛋白在青狗尾草中的序列及结构特征，利用比较基因组学方法，在青狗尾草中鉴定到13个AGO基因、7个DCL基因和4个RDR基因，并对其蛋白质亚细胞定位、系统发育关系、保守结构域进行预测。同时，利用转录组数据分析RNAi途径的3类相关基因在青狗尾草的16种不同生长时期、不同生长条件下的表达模式。蛋白质结构域分析发现，SvDCL3b和SvRDR3缺少重要的结构域。转录组分析发现，SvAGO1b、SvDCL1a和SvRDR1在各家族中表达量较高，可能在RNAi途径中发挥主要作用，且大多数青狗尾草和谷子的同源基因间的表达模式基本一致。综上，本研究为理解RNAi途径的3种主要基因在调控青狗尾草的表观遗传修饰中的功能和作用提供初步的理论依据，为青狗尾草和谷子之间驯化的分子机制提供 参考。
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| 关 键 词： | RNAi 基因家族鉴定 蛋白质结构域 转录组 青狗尾草 |
| 收稿时间： | 2022-04-17 |
Genome-wide Identification and Expression Analysis of the RNAi-related Gene Families in Setaria viridis |
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| LUO Hao-tian,WANG Long,WANG Yu-qian,WANG Yue,LI Jia-zhen,YANG Meng-ke,ZHANG Jie,DENG Xin,WANG Hong-yan.Genome-wide Identification and Expression Analysis of the RNAi-related Gene Families in Setaria viridis[J].Biotechnology Bulletin,2023,39(1):175-186. |
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| Authors: | LUO Hao-tian WANG Long WANG Yu-qian WANG Yue LI Jia-zhen YANG Meng-ke ZHANG Jie DENG Xin WANG Hong-yan |
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| Institution: | School of Life Sciences, Liaoning University, Shenyang 110036 |
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