嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆与序列分析 |
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引用本文: | 李雪,胡秀彩,兰云,沈晓静,吕爱军,朱爱华.嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因的克隆与序列分析[J].生物技术通报,2014(7). |
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作者姓名: | 李雪 胡秀彩 兰云 沈晓静 吕爱军 朱爱华 |
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作者单位: | 江苏师范大学生命科学学院; |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31272692,30800847) |
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摘 要: | 根据嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)转录调控蛋白(AhyR)基因序列设计特异性引物,采用PCR方法克隆嗜水气单胞菌Zf1菌株AhyR基因,测序目的基因大小为1 063 bp。对AhyR基因编码蛋白进行生物信息学分析,推导其开放阅读框(ORF)编码260 aa,含有自体诱导物结合域(18-168 aa)、LuxR型螺旋-转角-螺旋(HTH)DNA结合结构域(176-241 aa),以及13个磷酸化位点(15S、30T、62S、144S、145S、156S、161Y、173S、184T、188T、200S、227S、231Y)。AhyR蛋白三级结构与模板(PDB:3SZT_A)相似性达28.40%,结果显示LuxR型螺旋-转角-螺旋结构域主要以α螺旋分布在C端外侧,这与拉马钱德兰图(Ramach andran plot)检测分析AhyR蛋白空间结构基本一致。
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关 键 词: | 嗜水气单胞菌 转录调控蛋白 序列分析 三级结构 |
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