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| 基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA | |
| 引用本文： | 刘倩,应晓敏,吴佳瑤,查磊,李伍举.基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA[J].生物物理学报,2011(3). |
| 作者姓名： | 刘倩 应晓敏 吴佳瑤 查磊 李伍举 |
| 作者单位： | 军事医学科学院基础医学研究所计算生物学中心; |
| 基金项目： | “863”计划项目(2006AA02Z323); 国家自然科学基金项目(31071157) |
| 摘 要： | 细菌sRNA是一类长度在40～500nt的调控RNA,在细菌与环境相互作用中发挥重要功能,因此,细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而,与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同,目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略,并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明,该模型在独立测试集中具有较高的特异性和阳性检出率,因此,这一方法将为实验发现细菌sRNA提供较好的生物信息学支持。 |
| 关 键 词： | 细菌sRNA 终点信号 预测 |
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