| 分子对接的随机聚点搜索算法 |
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| 引用本文： | 张有广,李炜疆.分子对接的随机聚点搜索算法[J].生物物理学报,2001,17(1):181-186. |
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| 作者姓名： | 张有广 李炜疆 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古大学理论物理与理论生物学研究室,
2. 无锡轻工大学生物工程学院, |
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| 基金项目： | 基金项目：国家自然科学基金资助项目(编号:39760027)，内蒙古自治区自然科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | 随机聚点搜索算法是一种普遍的全局极小化方法，在目标函数自变量数目不很大时，计算效率较高。将该算法应用于分子对接，首先要通过模型分子对接，反复调整算法各控制参数使效率最高。对于HIV－1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接，算法成功的找到了相互作用能量全局极小，与晶体结构的均方根偏差(RMSD)仅0.2?。这表明，该算法可高效率找到分子对接的能量最适构型。
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| 关 键 词： | 随机聚点搜索算法 刚性分子对接 全局极小化 生物大分子 |
| 文章编号： | 1000－6737(2001)01－0181－06 |
| 修稿时间： | 2000年5月16日 |
AN IMPROVED RANDOM ACCUMULATION SEARCH ALGORITHM APPLIED TO DOCKING OF HIV PROTEASE AND LIGAND |
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| ZHANG You-guang,LI Wei-jiang.AN IMPROVED RANDOM ACCUMULATION SEARCH ALGORITHM APPLIED TO DOCKING OF HIV PROTEASE AND LIGAND[J].Acta Biophysica Sinica,2001,17(1):181-186. |
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| Authors: | ZHANG You-guang LI Wei-jiang |
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| Institution: | ZHANG You-guang1,LI Wei-jiang2 |
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| Abstract: | The random accumulation search algorithm is a new general-purpose global optimization algorithm. Which is efficient when the freedom degrees of the objective function is not very large. We applied the algorithm to molecular docking problems. Beginning with several simple model molecules as docking receptor and ligands. The control parameters of the algorithm were carefully adjusted to make the algorithm most efficient. The best-adjusted algorithm was then used to docking benzamidine into HIV-1 protease. It was found successfully the global minimum. Which agrees well with the crystal structure with only 0.2? root mean squared deviation. The results show that the algorithm can used for finding the energetically most favored configurations of docking molecules. |
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| Keywords: | The random accumulation algorithm Molecular docking HIV-1 protease |
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